三种绵羊BMP15基因第二外显子多态性及与产羔数的相关性分析

绵羊存在影响多胎性状的不同主效基因,选择影响Romney Hanna绵羊和Cambridge绵羊高繁殖力的骨形态发生蛋白15 (bone morphogenetic protein 15, BMP15)为候选基因,采用PCR-SSCP的方法检测BMP15基因外显子Ⅱ第747位点(T747→C)和755位点(T755→C)在蒙古羊、甘肃高山细毛羊、小尾寒羊三种绵羊母羊中的多态性,同时还研究了上述两处突变对三种绵羊产羔数的影响。表明:(1)一共检测到野生纯合型AA、突变杂合型AB (T747→C)、AC (T755→C)三种不同的基因型,AA为优势基因型,A为优势等位基因;(2)三种基因型在甘肃高山细毛羊中均被检测到,而蒙古羊和小尾寒羊中未检测出AB基因型;(3)突变杂合型蒙古羊(AC)比野生纯合型(AA)的平均产羔数多0.27只(p<0.05)。(4)AC的基因型频率,双羔母羊和多羔母羊均高于单羔母羊。根据以上实验推测,BMP15第755位点发生的T→C突变(AC型)对蒙古羊一胎产双羔影响十分显著,甘肃高山细毛羊中AC基因型的绵羊其产羔数有比AA基因型和AB基因型多的趋势,因此该位点可能是一个影响绵羊高繁殖力潜在的DNA标记。     

新疆4个绵羊品种内皮型一氧化氮合酶基因第8外显子的PCR-SSCP鉴定

目的:对新疆4个绵羊品种内皮型一氧化氮合酶(eNOS)基因第8外显子的多态性进行鉴定。方法:利用PCR-SSCP和测序的方法对76只中国美利奴羊、51只无角陶赛特羊、57只萨福克羊、37只哈萨克羊共4个绵羊品种进行单核苷酸多态性(SNP)检测,并用生物信息学方法对检测出的SNP进行统计分析。结果:在中国美利奴羊、无角陶赛特羊、萨福克羊、哈萨克羊中共检测到AA、AB、BB等3种基因型,AA基因型的频率分别为0.0526、0.0980、0.1754和0.2973,BB基因型的频率分别为0.6316、0.1961、0.5614和0.1892,AB基因型的频率分别为0.3158、0.7059、0.2632和0.5135。通过测序,在eNOS基因第8外显子上发现了一个新的SNP位点(ss974768653),位于绵羊eNOS基因第8外显子142 bp处(A142G)。结论:中国美利奴羊和哈萨克羊的多态性位点(P0.05)处于Hardy-Weinberg平衡状态,萨福克和无角陶赛特羊的多态性位点(P0.05)不处于Hardy-Weinberg平衡状态。     

红鳍东方鲀(Takifugu rubripes)MC4R基因的多态性分析

采用PCR-SSCP(single strand conformation polymorphism)技术和DNA测序方法分析红鳍东方鲀MC4R(Melanocortin-4receptor)基因编码区多态性。在MC4R基因编码区48 nt和264 nt均发生了碱基的转换突变(G→A),两个突变位点分别位于M1和M2引物扩增产物中。引物M1扩增产物SSCP分析得到两种基因型:AA基因型和AB基因型,并且AA基因型和A等位基因频率明显高于AB基因型和B等位基因。引物M2扩增产物也得到两种基因型:CC基因型和CD基因型,CC基因型和C等位基因频率明显高于CD基因型和D等位基因。遗传变异结果分析表明,两个突变位点均属于低度多态性,而且群体遗传杂合度较低,反映了该群体的遗传一致性较高。     

绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾、瘦尾绵羊群体中的多态性检测及分析

为了探讨绵羊X染色体上两处SNP(59571364和59912586)与绵羊尾脂沉积性状的关系, 继而为利用分子标记辅助选择育种技术培育低脂绵羊品种提供依据, 文章以尾型极端差异的阿勒泰羊、湖羊、中国美利奴细毛羊以及萨福克羊为研究对象, 利用PCR-RFLP检测两位点在群体中的多态性, 并分析了两个SNP位点在阿勒泰羊群体中的单倍型。结果表明：59571364位点的TT基因型和59912586位点的GG基因型在瘦尾中国美利奴与萨福克羊群体中属于优势基因型, 而两种基因型在脂尾(臀)阿勒泰羊与湖羊群体中比率均不足2%; 两位点在阿勒泰羊群体中的单倍型分析结果显示, CA单倍型为主单倍型, 比率高达55%, CA与TA两单倍型约占88.33%。以上结果提示, 绵羊X染色体59571364与59912586位点在脂尾(臀)与瘦尾绵羊群体中分布存在较大差异, 可作为理想的分子标记应用于高、低脂绵羊品种选育。     

CXCR2基因多态性与奶牛乳房炎和乳品质的关联

采用PCR-SSCP技术研究了荷斯坦牛、西门塔尔牛和通江黄牛3个品种共160头个体CXCR2基因多态性与乳房炎抗性性状和对牛奶品质性状的遗传效应。结果表明: CXCR2基因有3个SNP多态位点, 分别位于序列的第685 bp、777 bp和861 bp位点, 确定了5个等位基因A、B、C、E和F。685 bp位点表现为BC和CC基因型, 777 bp位点表现为AA和AB基因型, 861 bp位点为CC和BC基因型。与奶牛乳房炎敏感性有关的基因型主要是BC、CC和FF, 可能对乳房炎有抗性的是AA、AB和EE基因型。据不同基因型对乳品质的遗传效应分析来看, AA、AB和EE基因型的乳品质性状极显著或显著优于其他基因型。     

FGF5基因对内蒙古绒山羊绒毛性状的影响

根据FGF5基因已知DNA序列设计了2对引物, 采用PCR-SSCP和PCR-RFLP技术, 在内蒙古绒山羊群体中进行基因多态性检测, 结果发现FGF5基因外显子1存在限制性内切酶BglⅠ多态位点。对其不同基因型个体PCR回收产物进行测序, 测序结果发现该SNP是由碱基序列C→T的突变而引起的。基因型和基因频率统计, 该实验群体以等位基因A具有明显的优势, χ2检验表明该SNP位点的基因频率处于Hardy-Weinberg平衡状态; 对该SNP与绒毛性状关联分析, 表明该SNP对绒纤维伸直长度(P<0.01)和含绒量(P<0.05)有显著影响, 而对其他各绒毛性状的影响不显著(P>0.05)。AB基因型个体绒纤维伸直长度(P<0.01)和含绒量(P<0.05)显著高于AA基因型个体。     

甘肃肉羊新品种选育群GDF9基因外显子2多态性及其与产羔性状关联分析

根据GenBank发布的绵羊GDF9基因外显子2的序列设计4对引物,采用PCR-SSCP技术分析GDF9基因外显子2在甘肃内羊新品种选育群羊中的单核苷酸多态性,并与产羔性状进行关联分析.结果表明,GDF9基因的扩增片段在所检测的新品种群羊中存在PCR-SSCP多态性,检测到3种基因型(AA、AB和BB),而在32只无角陶赛特母羊群中只检测到AA和AB基因型.测序结果显示,GDF9基因编码区第978位碱基发生A→G突变,但没有导致氨基酸的改变;第994位碱基发生G→A突变,导致Ⅴ变成Ⅰ(缬氨酸→异亮氨酸).新品种选育群羊产羔数的最小二乘均值关系为AB＞ AA＞ BB,统计分析结果初步表明3种基因型之间差异不显著(P＞0.05).故该区域可能不是影响新品种群羊繁殖力的功能结构区城.     

藏绵羊JNK1基因遗传特征及其适应性进化分析

JNKs(c-Jun N-terminal kinases)是丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)家族中的成员,主要参与动物应急反应和组织发育等生命活动的调控过程。为分析藏绵羊在高寒低氧环境中的适应性进化机制,利用PCR-SSCP技术对藏绵羊、甘肃高山细毛羊和滩羊的JNK1基因第1、第8外显子的分子遗传特征进行分析,从而明确3个绵羊群体JNK1基因遗传序列特征、单核苷酸突变位点、单倍型组成和群体遗传特性。结果表明,在3个绵羊群体JNK1基因第1外显子区均检测到AA、BB和AB 3个基因型和1个突变位点,其中AA基因型和A等位基因为藏绵羊的优势基因型和优势等位基因,显著高于甘肃高山细毛羊和滩羊。在第8外显子区检测到EE、FF和EF 3个基因型,发现3个碱基插入和1个SNPs,其中等位基因F为藏绵羊和甘肃高山细毛羊的优势等位基因。研究结果与3个绵羊群体所处海拔高度及所受外界环境应激反应(高寒低氧)的强弱是相一致的,表明JNK1基因可以作为藏绵羊的高原适应性进化研究以及抗逆/病性分子选育的候选基因。研究结果将为藏绵羊的遗传改良和种质创新提供基础数据。     

FSHβ 基因PCR-SSCP多态性及其与济宁青山羊高繁殖力关系的研究

采用PCR-SSCP技术检测促卵泡素b亚基(follicle-stimulating hormone β, FSHβ)基因5′调控区、外显子1和外显子2在高繁殖力山羊品种(济宁青山羊)和低繁殖力山羊品种(辽宁绒山羊、波尔山羊、安哥拉山羊)中的单核苷酸多态性, 同时研究该基因对济宁青山羊高繁殖力的影响。结果表明: 山羊与绵羊的FSHβ 基因该段核苷酸序列同源性为98%。9对引物中, 只有P9的扩增片段存在多态性。P9的扩增片段在济宁青山羊和辽宁绒山羊中检测到AA、AB和AC 3种基因型; 在波尔山羊中检测到AA、CC和AC 3种基因型; 在安哥拉山羊中检测到AA、BB、CC、AB、AC和BC共6种基因型。测序分析发现BB型与AA型相比在外显子2的第94 bp处有G→A突变, 并引起氨基酸改变(丙氨酸→苏氨酸); CC型与AA型相比在外显子2的第174 bp有一处C→T沉默突变。济宁青山羊AA、AB和AC基因型频率分别为0.686、0.137和0.177。AA基因型济宁青山羊产羔数最小二乘均值比AB基因型的多0.78只(P<0.05), 比AC基因型的多0.64只(P<0.05)。     

TNF-α基因多态性及其与奶牛乳房炎的相关性分析

以417头中国荷斯坦奶牛为研究对象,根据体细胞评分(Somatic cell score,SCS)的大小将该奶牛群体划分为感染牛群(100头)和健康牛群(317头)。通过PCR-RFLP和CRS-RFLP方法检测了肿瘤坏死因子α(Tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因在荷斯坦奶牛群体中的多态性,并分析这些多态位点和奶牛乳房炎的相关性。研究发现了3个单核苷酸多态位点(Single-nucleotide polymorphism,SNP):第2外显子39bp处G→A的突变;第4外显子293bp处C→T的突变;5′侧翼区(5′-flanking region,5′UTR)C→G的突变。这3个突变位点分别是DraⅠ、AfaⅠ和DdeⅠ限制性内切酶的酶切多态位点,其中DraⅠ为创造酶切位点。经过基因型分析与χ2检验表明:3个酶切多态位点在荷斯坦奶牛群中均未达到Hardy-Weinberg平衡状态。运用SPSS13.0软件,采用最小二乘拟合线性模型分析3个酶切多态位点与SCS的关系,结果表明:AA基因型个体在DraⅠ酶切位点中的SCS显著大于BB及AB基因型个体(P0.05),BB基因型表现出乳房炎抗性。AfaⅠ酶切位点中BB基因型个体的SCS显著大于AA及AB基因型个体(P0.05),AA基因型表现出乳房炎抗性。DdeⅠ酶切位点中,AB基因型个体的SCS显著低于AA基因型个体(P0.05),AB基因型为优良基因型。因此BB、AA、AB基因型分别为DraⅠ、AfaⅠ、DdeⅠ酶切位点中的优良基因型,可作为分子标记应用于奶牛乳房炎抗性筛选。     

绵羊H-FABP基因单核苷酸多态性的研究

以小尾寒羊(48只)、宁夏滩羊(121只)、滩寒杂交羊F1(23只)、无角陶塞特(48只)、萨福克(24只)5个绵羊群体为实验材料, 利用PCR-SSCP和DNA测序技术对心脏型脂肪酸结合蛋白(H-FABP)基因(GenBank登录号: AY157617)外显子2和内含子2部分序列进行单核苷酸多态性(SNPs)检测及遗传多态性分析。结果表明: (1)引物2的PCR扩增产物中存在981(G/A)、1014(A/C)、1019(T/C) 和1058 (-/G ) 4个SNP位点, 表现为AA、BB、CC、AB、AC、BC、AD、CD和BD 9种基因型, 其中AA为优势基因型。经χ2检验后, 除滩羊和萨福克羊外, 其他群体的基因频率和基因型频率均处于Hardy-Weinberg平衡状态。群体遗传多态性分析表明: 宁夏滩羊、小尾寒羊和无角陶塞特羊3个群体中的多态信息含量(PIC)均处于0.25和0.50之间, 为中度多态, 萨福克羊和滩寒杂交羊F1为低度多态(PIC<0.25), 表明脂肪酸结合蛋白基因在不同绵羊品种中具有单核苷酸多态性, 可以进一步作为候选基因来分析其与肌内脂肪含量性状的关联性。(2)引物4的PCR扩增产物中检测到1个SNP多态位点为2407(T/C), 表现为HH、Hh和 hh 3种基因型, 基因型频率大小为HH＞Hh＞hh, 经χ2检验后, 在滩羊和无角陶塞特羊中均为达到Hardy-Weinberg平衡状态, 其多态信息含量均为低度多态(PIC<0.25), 而在小尾寒羊、滩寒杂交羊F1和萨福克羊均没有多态出现。     

绵羊18号染色体微卫星多态性与后臀发育关系的研究

根据绵羊18号染色体遗传连锁图谱及相关报道, 选择了可能与Callipyge基因连锁和有关的10个高度多态微卫星基因座(ILSTS54、TGLA337、 HH47、TGLA122、BP33、OB2、BM3413、MCM38、MCMA26和CSSM18), 分别对Dorset和Suffolk两个肉羊群体的遗传特性进行了分析。研究发现, 同一微卫星基因座在Suffolk与Dorset群体间的群体遗传参数以及对同一性状的影响情况明显不同。Dorset群体中, 等位基因个数为8~16个, 杂合度为0.8370~0.9252, 多态信息含量为0.8221~0.9167; 而在Suffolk群体中相应参数分别为5~10, 0.7603~0.8913与0.7176~0.8809。对10个微卫星基因座进行臀宽的最小二乘分析, 结果表明: 在Dorset群体中, 微卫星基因座BM3413、MCMA26和CSSM18对臀宽有显著影响(P<0.05), 其余7个微卫星对后臀宽度的影响均未达到显著水平(P>0.05); Suffolk群体中微卫星基因座TGLA122、BM3413、MCM38和CSSM18对绵羊臀宽存在显著或极显著影响(P<0.05或0.01), 其余6个微卫星基因座对臀宽的影响均未达到显著水平(P>0.05)。研究表明, 导致新疆肉羊群体后臀肌过度发育可能是其他基因或QTL的作用。     

Polymorphism in a Microsatellite of the Acrp30 Gene and Its Association with Growth Traits in Goats

Acrp30 plays a critical role in the regulation of glucose and lipid homeostasis. In this study, polymorphism of the Acrp30 gene was detected by PCR-SSCP and DNA sequencing methods in 321 individuals from three goat breeds, and the association of Acrp30 gene polymorphism with growth traits in the three goat breeds was analyzed. A novel insert/deletion (GT)(5) microsatellite sequence was detected in the 5' flanking region of the gene. Three genotypes (AA, AB, and BB) were found in three breeds. There was moderate genetic diversity in the locus in the analyzed populations. Significant associations were observed between the genotypes of the locus and growth traits in the Boer goat population. The chest circumference of individuals with genotype BB was significantly greater than that of individuals with genotype AA.     

Ovine prion protein genotype frequencies in northwestern China

Anti-scrapie breeding programs have been initiated to screen for scrapie-resistant sheep based on ovine prion protein gene (PRNP) genotypes at codons 136, 154 and 171 in many countries, especially European Union member states. However, investigation of sheep PRNP genotypes is limited in China, despite the large number of sheep breeds. We analyzed 432 sheep of five different breeds from farms in northwestern China, using PCR-single-strand conformational polymorphism analysis (PCR-SSCP); the corresponding haplotypes of different PRNP alleles were cloned. PRNP allele genotyping was done by amplification refractory mutation system-PCR (ARMS-PCR), according to the haplotype clones of each PRNP allele. The validity of ARMS-PCR was checked by PCR-SSCP. Another 325 unknown PRNP genotypes of other sheep breeds were analyzed according to the established ARMS-PCR. Genotype frequencies of 757 sheep were analyzed with these two methods to evaluate susceptibility to scrapie in northwestern China. Relevant mutations were also detected at other sites. Both methods were effective for ovine PRNP allele genotyping, and the results of the analysis completely coincided. Scrapie-resistant genotypes were found to be uncommon, indicating a high risk for ovine scrapie in northwest China. In addition to codons 136, 154 and 171, we found numerous new mutations; nearly half of them were previously unreported. These sheep populations have a high degree of polymorphism at the PRNP locus.     

Polymorphism of 5′ regulatory region of ovine FSHR gene and its association with litter size in Small Tail Han sheep

Single nucleotide polymorphisms of 5?? regulatory region of follicle-stimulating hormone receptor (FSHR) gene were detected in two high prolificacy sheep breeds (Small Tail Han and Hu sheep) and two low prolificacy sheep breeds (Corriedale and Chinese Merino sheep) by polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP). The results indicated that there were three genotypes (AA, AB and BB) detected by primer 1 in Hu sheep while only one genotype (AA) in other three sheep breeds, and frequencies of AA, AB and BB genotypes in Hu sheep were 0.700, 0.225 and 0.075, respectively. There were three genotypes (EE, EF and EG) detected by primer 3 in Small Tail Han sheep while only EE genotype occurred in other three sheep breeds, and frequencies of EE, EF and EG genotypes in Small Tail Han sheep were 0.775, 0.200 and 0.025, respectively. No polymorphism was detected in four sheep breeds by primer 2 and primer 4. The sequencing results showed that there were two nucleotide mutations (g. ?681T>C and g. ?629C>T) in genotype BB compared with AA for primer 1. As for primer 3, two mutations (g. ?197G>A and g. ?98T>C) in genotype EF compared with EE and two mutations (g. ?200G>A and g. ?197G>A) in genotype EG compared with EE. The heterozygous ewes with EG or EF had 0.89 (P?<?0.05) or 0.42 (P?<?0.05) lambs more than homozygous ewes (EE genotype) in Small Tail Han sheep, respectively, while there was no significant difference on litter size between EG and EF ewes.     

利用微卫星DNA标记法进行5个肉用绵羊品种的多态性分析和杂种优势率预测

研究选择了与产肉性能相关的5个微卫星标记,分析了这5个位点在杜泊、德国美利奴、特克塞尔、道塞特和右玉本地绵羊5个品种中的遗传多态性.通过遗传分析预测了4个国外引进肉用绵羊品种与右玉本地绵羊的杂种优势,并与实际测定结果进行了比较分析.结果表明,利用微卫星DNA多态性进行品种间杂种优势预测是可行的,杜泊羊与右玉本地绵羊杂交的杂种优势最大,与实际测定结果一致.     

Genetic polymorphism of beta-lactoglobulin gene in native Turkish sheep breeds

The genetic polymorphism of the beta-lactoglobulin gene was investigated in three native Turkish sheep breeds. The study was carried out on 108 sheep (29 Kivircik, 38 G?k?eada, and 41 Sakiz) by means of PCR-RFLP methods. Two genetic variants (A and B) and three genotypes (AA, AB, and BB) of beta-lactoglobulin have been identified. The gene frequencies of beta-LG A and B were 0.7759 and 0.2241 in Kivircik, 0.7632 and 0.2368 in G?k?eada, and 0.9756 and 0.0244 in Sakiz breeds, respectively. The populations were in Hardy-Weinberg equilibrium in all samples from the three breeds.     

优良的BMPR-IB基因型可提高绵羊冷冻胚胎的受胎效果

以控制BooroolaMerino羊高繁殖力的BMPR-IB基因为候选基因,以小尾寒羊及其杂交羊、东北半细毛羊、澳洲美利奴羊、德国肉用美利奴羊、萨福克羊、特克塞尔羊、夏洛莱羊为试验对象,采用PCR-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)方法进行基因单核苷酸多态性(SNP)检测和基因型分析,同时研究基因对高繁殖力的影响.研究结果表明:小尾寒羊及其杂交羊、东北半细毛羊和夏洛莱羊群体中发现了与BooroolaMerino羊相同的A746G碱基突变,而小尾寒羊及其杂交羊群体的B等位基因频率明显高于其他2个品种.另外4个品种中未发现此突变.携带B等位基因的群体较非携带B等位基因群体排出更多的卵子,排卵后黄体直径较小.移植入冷冻胚胎后, 、B 和BB3种基因型群体的妊娠率分别为38.78%、45.71%和66.67%.由此推断,BMPR-IB基因突变很有可能从增加卵巢排卵数和提高胚胎着床及妊娠建立效率两个方面同时影响绵羊高繁殖力性状.所得BB型群体冻胚移植妊娠率明显高于 和B 型群体,已接近鲜胚移植水平,通过PCR-RFLP方法进行基因型分析,选用合适基因型群体作为胚胎移植受体,有可能为提高绵羊胚胎移植受胎率提供新的方向.