大肠杆菌热稳定性肠毒素的分离纯化和氨基酸顺序测定

上海市儿童医院婴儿腹泻病患中分离到产肠毒素的菌株,该菌株只产热稳定性肠毒素,经CAD-44树脂吸附,SephadexG-25凝胶过泸,DEAE-Seharose CL-6B离子交换层析,反相高压液相层析分离纯化后,用手工固相DABITC/PITC双偶合Edman降解法测定其氨基酸顺序为:Asn·Ser·Ser·Asn·Tyr·Cys·Cys·Gly·Leu·Cys·Cys·Asn·Pro·Ala·Cys·Thr·Gly·Cys·Tyr。     

关键基因的修饰对枯草芽孢杆菌尿苷合成的影响

【目的】探究磷酸核糖焦磷酸(PRPP)合成酶(prs)和氨甲酰磷酸合成酶(pyr AA/pyr AB)的点突变,以及异源5′-核苷酸酶(sdt1)的过表达,对枯草芽孢杆菌尿苷生物合成的影响。【方法】依据推断的变构位点,分别在prs基因和pyr AB基因编码序列中引入点突变;将点突变的prs基因在染色体xyl R位点整合表达,pyr AB基因则在染色体原位被修饰;sdt1基因在染色体sac B位点整合过表达。通过对重组菌摇瓶发酵液中尿苷、胞苷和尿嘧啶的分析,表征相关基因修饰对尿苷合成的影响。【结果】在PRPP合成酶中引入Asn120Ser、Leu135Ile和Glu52Gly或Val312Ala点突变,分别导致尿苷积累量提高67%和96%。进一步在氨甲酰磷酸合成酶中引入Ser948Phe、Thr977Ala和Lys993Ile点突变,导致尿苷积累量又增加了182%,达到6.97 g/L。在此基础上,过表达异源5′-核苷酸酶,导致尿苷产量增加17%,达到8.16 g/L。【结论】PRPP合成酶和氨甲酰磷酸合成酶的酶活或反馈抑制调节机制,是限制尿苷过量合成的重要因素。PRPP合成酶的Asn120Ser和Leu135Ile点突变,以及氨甲酰磷酸合成酶的Ser948Phe、Thr977Ala和Lys993Ile点突变,能够显著促进尿苷合成。PRPP合成酶附加的Glu52Gly或Val312Ala点突变,有利于尿苷合成。异源的嘧啶专一性5′-核苷酸酶的引入,也对尿苷的合成有明显的促进作用。     

海洋真菌与细菌发酵物中的环二肽*

从红树林真菌 1 3 5 6菌株发酵液中分离到 4个环二肽 ,它们是环Pro Tyr,环Pro Ile,环Gly Phe和环Ala Phe。另从海洋细菌 1 1 0菌株发酵液中分离到 5个环二肽 ,它们是环Leu Ile,环Val Leu ,环Ala Val,环Ala Ile和环Ala Leu。这些环二肽多数是新发现的微生物产物。本文比较了新分离的环二肽与已经报道的环二肽在来源、结构、功能等方面的区别。     

凤眼莲根分泌物氨基酸组分对根际肠杆菌属F2细菌的趋化作用

凤眼莲(Eichhornia crassipes)的根分泌物中含有Met等多种氨基酸,其中Met、GABA、Gly、Ala、Asp、Ser、Val和Leu(10^-7～10^-2mol·L^-1)均对凤眼莲的根际肠杆菌属F₂(Enterobacter sp.F₂)细菌有强烈的正趋化作用;Glu、Thr和His(10^-7～10^-3mol·L^-1)也对该菌有一定的正趋化作用;而Lys、Cys、Arg、Tyr、Pro、Asn、Gln、Ile、Phe和Typ则对该菌表现出一定的负趋化作用.对细菌的正趋化作用存在一个趋化物的最适浓度范围.具有正趋化作用的氨基酸在凤眼莲根际的浓度都较高,而具有负趋化作用的浓度则较低,这正是凤眼莲与该根际细菌结合为根际微生态系统的原因之一.     

SNP与Hbb基因多态性的关联性

目的从单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）水平探索小鼠生化标记基因Hbb多态性的形成机理。方法从DNA、RNA和蛋白多肽3个方面分析研究Hbb基因的多态性。结果基因组DNA中有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别为外显子1中的2个T（G）,外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）;RNA水平有4个SNP位点与Hbbd/s多态性相关：分别对应为外显子1中的2个T（G）,外显子2中的G（A）和外显子3中的A（G）;蛋白多肽水平第13、20和139位氨基酸残基,即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换与Hbb/s多态性相关,分别对应于外显子1中的2个T（G）和外显子3中的A（G）。结论第13、20和139位氨基酸残基,即Cys/Gly、Ser/Ala和Thr/Ala间的转换可能是Hbbd/s多态性的形成原因。     

枯萎病不同抗性黄瓜(Cucumis sativus L.)根系分泌物氨基酸组分与抗病的相关性

以5种对枯萎病不同抗性黄瓜品种为试材,对其根系分泌物氨基酸组分进行测定,并对氨基酸组分与黄瓜品种枯萎病抗病性之间的相关性进行了分析。结果表明：在中抗品种根系分泌中检测到的16种氨基酸：半胱氨酸Cys、苏氨酸Thr、丙氨酸Ala、缬氨酸Val、异亮氨酸Lle、天冬氨酸Asp、亮氨酸Leu、苯丙氨酸Phe、甘氨酸Gly、甲硫氨酸Met、组氨酸His、谷氨酸Glu、酪氨酸Tyr、赖氨酸Lys、丝氨酸Ser和精氨酸Arg。其中的精氨酸在感病品种中没有被检出,组氨酸和精氨酸组分在抗病品种中没有被检出。根系分泌物中总氨基酸含量随品种抗性的增加而降低;精氨酸、丝氨酸和赖氨酸的含量与品种对枯萎病的病情指数呈负相关,其他13种氨基酸组分含量与品种对枯萎病的病情指数呈正相关,其中苯丙氨酸含量与病情指数呈显著正相关。丝氨酸与苯丙氨酸、天冬氨酸、丙氨酸、甘氨酸的比值均与品种对枯萎病的病情指数呈显著负相关,其中Ser／Phe与品种对枯萎病的病情指数呈极显著负相关。     

Pharmacophore-directed Homology Modeling and Molecular Dynamics Simulation of G Protein-coupled Receptor： Study of Possible Binding Modes of 5-HT2c Receptor Agonists

A new pharmacophore-based modeling procedure, including homology modeling, pharmacophore study, flexible molecular docking, and long-time molecular dynamics (MD) simulations, was employed to construct the structure of the human 5-HT_(2C) receptor and determine the characteristics of binding modes of 5-HT_(2C) receptor agonists. An agonist-receptor complex has been constructed based on homology modeling and a pharmacophore hypothesis model based on some high active compounds. Then MD simulations of the ligand-receptor complex in an explicit membrane environment were carried out. The conformation of the 5- HT_(2C) receptor during MD simulation was explored, and the stable binding modes of the studied agonist were determined. Flexible molecular docking of several structurally diverse agonists of the human 5-HT_(2C) receptor was carried out, and the general binding modes of these agonists were investigated. According to the models presented in this work and the results of Flexi-Dock, the involvement of the amino acid residues Asp134, Ser138, Ash210, Asn331, Tyr358, Ile131, Ser132, Val135, Thr139, Ile189, Val202, Val208, Leu209, Phe214, Val215, Gly218, Ser219, Phe223, Trp324, Phe327, and Phe328 in agonist recognition was studied. The obtained binding modes of the human 5-HT_(2C) receptor agonists have good agreement with the site-directed mutagenesis data and other studies.     

圈养大熊猫粘液水解氨基酸含量的初步研究

收集了成都大熊猫繁育研究基地的 8只圈养大熊猫的 12个粘液样品并测定了其中 17种水解氨基酸(AA)的含量。结果如下 :粘液干物质中Glu含量最高 ,为 9 2 4 %± 0 4 7% ,其次为Leu、Asn、Thr、Ser、Pro、Val、Lys、Ala、Tyr、Arg、Gly、Ile、Phe、Cys、His,Met含量 (1 2 5 %± 0 18% )最低 ,不同样品中同一种AA的含量不同。样品中 9种非必需氨基酸 (NEAA)的总平均含量为 4 1 1%± 2 2 % ,8种必需氨基酸(EAA)的总平均含量为 2 9 8%± 1 8% ,NEAA/EAA的平均值为 1 38± 0 0 4 ,不同粘液样品的这些数值相近。不同样品中同一种EAA与该样品中Lys含量的比值存在不同程度的差异 ,样品中 (Tyr Phe) /Lys值最高 ,为1 79± 0 31;其次为Leu/Lys和Thr/Lys;而Met/Lys值最低 ,为 0 31± 0 0 5。各种氨基酸相对于总氨基酸含量的高低顺序与各AA绝对含量高低顺序完全相同 ,Glu含量最高为 13 0 %± 0 30 % ,Met含量为 1 76 %±0 2 5 %。结果表明 ,大熊猫粘液样品各种AA特别是EAA含量丰富 ,不同样品含量存在不同程度的差异 ;认为对排粘频繁和每次排粘量大的大熊猫 ,必须补充适量的优质蛋白以弥补由粘液排泄而造成的损失 ,以促进其体况的尽快恢复。     

γ-氨基丁酸 (GABA) 毛叶茶品质成分分析

以毛叶茶为研究对象,通过真空厌氧处理将其制作成γ 氨基丁酸(GABA)毛叶茶,探求毛叶茶经厌氧处理后的品质成分变化。结果表明：(1)厌氧处理后的毛叶茶,其GABA含量显著提高,达到GABA茶标准。游离氨基酸、黄酮和生物碱含量也显著升高,但茶多酚和水浸出物含量降低。同时,真空处理还能促进儿茶素的转化。简单儿茶素含量呈降低趋势,ECG和CG含量显著提高,EGCG、GCG含量及酯型儿茶素总量却先增加后降低,最终总量与对照样无明显差异。(2) 毛叶茶中除含有一般的蛋白质氨基酸外,还含有普通茶树品种所特有的特征氨基酸Thea,以及微量的GABA。游离氨基酸中含量较高的有Thea、Glu、Asp,较低的是Met、Cit、α ABA、Tau、Gly。Cysthi和EOHNH2是GABA毛叶茶中特有氨基酸。在真空厌氧条件下,GABA毛叶茶的游离氨基酸由于蛋白质发生降解而总量增加。其中P Ser、Thr、Ser、Asn、Pro、Gly、Cit、α ABA、Val、Cysthi、Ile、Leu、Tyr、Phe、GABA、Trp、Lys、His含量上升,Asp、Glu和α AAA含量均降低,而Ala 和Arg含量却呈现先增后降的趋势,Thea、Cys、Met等游离氨基酸含量在真空处理后无明显变化。     

酸性和碱性酶稳定性机制及其识别

了解酸性和碱性酶稳定性机制并对其进行识别具有重要理论和实践意义。通过分析105条酸性酶和111条碱性酶序列的氨基酸组成, 结果表明: 酸性酶中Trp、Tyr、Thr和Ser的含量明显高于平均值, 而Glu、Lys、Met和Arg的含量则明显低于平均值; 碱性酶中Trp、Ala和Cys的含量略高于平均值, 而Lys、Arg和Glu的含量则略低于平均值; 酸性和碱性酶中Ala、Glu、Leu、Asn、Arg、Ser和Thr的含量存在较大差异。在此基础上, 发展了一种加权氨基酸组成的方法对两种酶进行识别, 其自一致性检验的识别精度可达86.1%, 5倍交叉验证的精度为83.3%。建立了一种基于序列识别酸性和碱性酶的新方法。     

γ-氨基丁酸（GABA）毛叶茶品质成分分析

以毛叶茶为研究对象,通过真空厌氧处理将其制作成γ-氨基丁酸（GABA）毛叶茶,探求毛叶茶经厌氧处理后的品质成分变化。结果表明：（1）厌氧处理后的毛叶茶,其GABA含量显著提高,达到GABA茶标准。游离氨基酸、黄酮和生物碱含量也显著升高,但茶多酚和水浸出物含量降低。同时,真空处理还能促进儿茶素的转化。简单儿茶素含量呈降低趋势,ECG和CG含量显著提高,EGCG、GCG含量及酯型儿茶素总量却先增加后降低,最终总量与对照样无明显差异。（2）毛叶茶中除含有一般的蛋白质氨基酸外,还含有普通茶树品种所特有的特征氨基酸Thea,以及微量的GABA。游离氨基酸中含量较高的有Thea、Glu、Asp,较低的是Met、Cit、α-ABA、Tau、Gly。Cysthi和EOHNH2是GABA毛叶茶中特有氨基酸。在真空厌氧条件下,GABA毛叶茶的游离氨基酸由于蛋白质发生降解而总量增加。其中P-Set、Thr、Ser、Asn、Pro、Gly、Cit、α-ABA、Val、Cysthi、Ile、Leu、Tyr、Phe、GABA、Trp、Lys、His含量上升,Asp、Glu和仪．AAA含量均降低,而Ala和Arg含量却呈现先增后降的趋势,Thea、Cys、Met等游离氨基酸含量在真空处理后无明显变化。     

水稻生防菌株多粘类芽孢杆菌WY110抗菌蛋白的纯化及其基因克隆

通过DEAE—Sephadex A-50离子交换层析和Sephacryl S-200分子筛层析并采用抑菌活性和SDS-PAGE跟踪检测,从多粘类芽孢杆菌(Paenibacillus polymyxa)WY110菌株中分离纯化到一种对稻瘟病菌具有拮抗活性的抗菌蛋白P2(分子量约26kD)。平板抑菌试验表明,在PDA培养基上1．5μg纯化的P2蛋白即可有效地抑制稻瘟病菌菌丝生长,并对所测试的稻瘟病菌不同菌株均表现出抑菌活性。对P2蛋白的N—端测序结果表明,N—末端24个氨基酸序列为H2N—Ala—Asn—Val—Phe—Trp-Glu—Pro—Leu—Ser—Tyr—Tyr—Asn—Pro—Ser—Thr—Trp—Gln—Lys—Ala—Asp—Gly—Tyr—Ser—Asn—。以此为靶序列在网上用BlastP程序对蛋白质序列数据库进行了类似性检索,发现其与来源于芽孢杆菌的β-1,3-1,4-葡聚糖酶前体具有很高的同源性。进一步用此酶的特异底物地衣多糖进行了定性检测,验证了P2蛋白具有β-1,3-1,4-葡聚糖酶的活性。在此基础上,根据P2蛋白N-末端氨基酸序列及此酶C-端保守性序列设计合成了两端引物,以WY110基因组DNA为模板,通过PCR高保真扩增获得了P2蛋白编码基因的全序列,并克隆到pMD18-T载体上。核苷酸序列分析表明,其5′端72个核苷酸序列与蛋白N-端已知的24个氨基酸序列完全吻合,序列全长为636bp(GenBank登录号：AF284449),编码212个氨基酸;与已报道的一例来源于Paenibacillus polymyxa的β—1,3-1,4-葡聚糖酶基因(gluB)相比,核苷酸和氨基酸序列同源性分别为84％和88．7％。β-1,3-1,4-葡聚糖酶具有抗稻瘟病菌活性尚未见报道。P2蛋白编码基因的克隆为水稻抗病基因工程提供了有潜在应用价值的新的目的基因。     

蛋壳内膜分解菌所产蛋白酶的纯化及其N-末端氨基酸序列测定

从土壤中分离得到的1株产蛋壳内膜分解酶(ESM protease)的铜绿假单胞菌(Pseudomonasaeruginosa).通过对其发酵液进行饱和硫酸铵盐析,二次离子交换层析得到蛋壳内膜分解活性达到304.5 U/mg的目标蛋白,SDS-PAGE电泳显示该酶分子量约为32 kD,通过测定其N-末端15个氨基酸残基为:Ala、Glu、Ala、Gly、Gly、Val、Ala、Gly、Lys、Glu、Asp、Ala、Ala、Glu和Leu.     

浙江地区青霉素耐药肺炎链球菌PBPs基因及氨基酸序列研究

为阐明温州地区青霉素耐药肺炎链球菌（PRSP）的青霉素结合蛋白（PBPs）的基因和氨基酸序列的变异特点,对温州医学院自2000年11月～2004年1月收集的26份肺炎链球菌进行分离、鉴定及青霉素药敏实验,并对每株链球菌的PBP1A、PBP2B、PBP2X基因进行PCR扩增和直接测序,通过序列比对与生物信息学分析。结果表明,研究中的PBP1A的主要突变位点是保守基序KTG之后的4个连续氨基酸替换Thr574Ala、Ser575Thr、Gln576Gly、Phe577Tyr和保守序列STMK内的氨基酸替换Thr371Ser;PBP2B的主要突变位点是保守序列SSN之后的氨基酸替换Thr451Ala;PBP2X的主要突变位点是保守基序STMK 内的氨基酸替换Thr338Ala。以上突变类型以及菌株的青霉素耐药水平与文献报道相符。研究检测的PRSP的PBPs基因中暂未发现本地区特有的（新的）基因突变,也未检测出文献报道的某些与青霉素抗性相关的氨基酸替换。     

西藏温泉蛇血红蛋白高原低氧适应性分子机制研究

本文结合基因组学、分子进化以及计算生物学等分析方法,对西藏温泉蛇(Thermophis baileyi)血红蛋白(hemoglobin,Hb)基因家族成员、基因簇结构和蛋白质结构等进行研究,探索西藏温泉蛇对高原低氧环境适应的分子机制。结果显示,西藏温泉蛇基因组中包含2个α珠蛋白基因和2个β珠蛋白基因,其中β珠蛋白基因簇高度保守,α^A珠蛋白基因在有鳞目祖先分化及形成蛇类和蜥蜴类的过程中发生了基因转座事件,转座后在蛇类中的排列模式为(5′-RREB1,SSR1,α^A,RIOK1,DSP-3′)。西藏温泉蛇α^D和β²基因分别有2个和4个潜在的正选择位点,其中α^D亚基p.Arg9Lys和p.Val36Thr突变使得该亚基血红素口袋体积增大和亲水性升高,这有利于提高O₂的运输效率。β²亚基p.Ser53Asn突变导致血红素口袋的亲水性升高,p.Ile112Leu、 p.Thr135Cys和p.Ala139Ser突变使得β²...     

野生与豢养长江江豚血清氨基酸含量比较

应用高效液相色谱(HPLC)技术,首次测定了湖北石首长江天鹅州白豚自然保护区野生长江江豚(Neophocaena phocaenoides asiaeorientalis)和中国科学院水生生物研究所白豚馆人工饲养的长江江豚血清中17种氨基酸的含量.结果表明,除了脯氨酸Pro、蛋氨酸Met和组氨酸His外,人工饲养江豚血清中其余14种氨基酸(天门冬氨酸Asp、谷氨酸Glu、丝氨酸Ser、精氨酸Arg、甘氨酸Gly、苏氨酸Thr、丙氨酸Ala、异亮氨酸Ile、亮氨酸Leu、苯丙氨酸Phe、缬氨酸Val、赖氨酸Lys、酪氨酸Tyr、胱氨酸Cys)的含量显著高于野生长江江豚血清中相应氨基酸的含量.野生江豚和人工饲养江豚的血清氨基酸含量均没有显著的性别差异.野生江豚性成熟个体与未成熟个体之间血清氨基酸含量也没有显著性的差异.在所检测的17种氨基酸中,豢养江豚Glu含量最高,其次为Asp和Lys.野生江豚同样是Glu最高,其次是Lys和Asp.豢养和野生江豚都是Met含量最低.野生和豢养江豚必需氨基酸(EAA)和非必需氨基酸(NEAA)之间的比率分别是0.83和0.92,具有极显著的差异(p <0.01).     

Ydj1p二聚体中β14~β15与domain-III分离的拉伸分子动力学模拟研究

分子伴侣Hsp40是一种以二聚体的形式调控非天然多肽折叠的热激蛋白。本文通过拉伸分子动力学研究了酵母Hsp40家族成员Ydj1p二聚体中β14-β15与domain-Ⅲ的分离过程,深入探讨了影响Ydj1p二聚体稳定性的重要残基和相互作用力。研究表明,残基Thr366、Asp368、Cys370、Leu372和Phe375在Ydj1P二聚体的形成过程中发挥着重要的作用。其中,β14-β15中的残基Thr366和Asp368分别通过与domain-Ⅲ内的残基Asp291、Trp292和Trp292、Lys294之间形成的氢键,Asp368通过与domain-Ⅲ内的残基Lys314形成盐桥,Cys370、Leu372和Phe375则是通过与domain-Ⅲ形成疏水作用力来稳定Ydj1p二聚体结构。     

几种南海海藻的氨基酸分析

海藻的开发利用很大程度上首先是以了解海藻在人类食物链中的地位为基础的。海藻作为海洋植物在国内外都已引起关注,日本国的一些长寿村几乎都背山面海,长寿人常以海藻食品为主要副食,故其长寿很可能是与长期以海藻为食物有关。本文研究鼠尾藻、马尾藻、羊栖藻、石花菜、海萝等五种海藻的游离氨基酸和总氨基酸的组成和含量分析数据(除鼠尾藻外均已为当地居民食用),结果发现游离氨基酸总量的大小顺序为海萝>石花菜>鼠尾藻>羊栖菜>马尾藻,范围在0.5%—1.2%之间。其氨基酸占总含量一半的前列几种分别为:羊栖菜为Val、Cys、Asp;马尾藻为Cys、Val、Glu;鼠尾藻为Cys、Phe、Ala;石花菜为Phe、Cys、lie;海萝为Glu、Gly、Gys。总氨基酸大小顺序为石花菜>鼠尾藻>马尾藻>海萝>羊栖菜,其范围为1.5—10%之间。海藻各自的氨基酸含量最多的是Asp、Glu、Ala、Val.马尾藻和鼠尾藻都以Glu居首,含量分别为5.6%和6.6%;羊栖菜和石花菜则以Asp居首,含量分别为2.25%和13.7%,且必需氨基酸除色氨酸因水解破坏外,其余七种均有。必需氨基酸(E)与非必需氨基酸(N)之比值游离氨基酸以羊栖菜最大,石花菜次之,海萝最小,而总氨基酸中E/N值大小顺序为海萝>石花菜>马尾藻>鼠尾藻>羊栖菜。     

非小细胞肺癌患者K-ras基因突变与预后的相关性分析

目的:探讨非小细胞肺癌(NSCLC)患者K-ras基因突变与预后的相关性。方法:回顾分析2006年3月~2008年7月江西省肿瘤医院收治的92例NSCLC患者的临床资料,所有患者均采用蝎形探针扩增阻遏突变系统(ARMS)法行K-ras基因突变检测。结果:92例NSCLC患者中,11例K-ras基因突变阳性,阳性率为11.96%,包括Gly12Cys(GGTTGT)突变3例、Gly12Val(GGTGTT)突变2例、Gly12Ala(GGTGCT)突变2例、Gly12Arg(GGTCGT)突变2例、Gly12Cys(GGTTGT)突变与Gly12Val(GGTGTT)突变并存1例、Gly12Cys(GGTTGT)突变与Gly12Ala(GGTGCT)突变并存1例;K-ras基因突变阳性组与阴性组之间的患者性别、年龄、病理类型、吸烟史相比,差异无统计学意义(P0.05);K-ras基因突变阳性组Ⅲa~Ⅳ期患者中位生存期显著低于K-ras基因突变阴性组Ⅲa~Ⅳ期患者,差异有统计学意义(P0.05)。结论:NSCLC患者K-ras基因突变阳性率较低,但它可以对NSCLC患者预后产生负性影响。     

血清胸腺因子的固相合成及抗血清的制备

通过Bpoc·Ser(tBu)·Asp·OtBu的β-羧基上树脂和依次用Fmoc·Gly·Gly·OHFmoc·Gln·ONP,Fmoc.Ser(tBu).OH,Fmoc.Lys(Boc)·OH,Fmos·Ala·OH及pGlu·OH伸长,接着氨解和酸解的策略,我们用固相方法合成了血清胸腺因子(FTS,Thymulin),pGlu·Ala·Lys·Ser·Gln·Gly·Gly·Ser·Asn;制备了具有最大生物活性的该因子和Zn~(2+)的复合物,FTS-Zn;用该复合物与牛血清白蛋白(BSA)结合所形成的免疫原免疫家兔,获得了抗FTS-Zn~(++)的抗血清,通过酶联免疫吸附分析法(ELISA)测得其滴度高达1:12800。