新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18.57%.将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97.1%～100%,为同一基因型;与HEV Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74.1%～77.6%,71.6%～74.1%,73.3%～78.2%和82.8%～91.4%,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89.4%～91.4%.以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEVⅣT1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82.6%～91.3%,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEVⅣ型.     

新疆猪粪便戊型肝炎病毒RNA的检测及序列分析

从戊型肝炎病毒(Hepatitis Evirus,HEV)IgG检测阳性的新疆某猪场采集70份猪粪便,利用逆转录套式聚合酶链方法(RT-nPCR),检测HEV RNA,其中13份为阳性,阳性率18．57％。将PCR扩增产物克隆到pMD18-T载体上,构建成重组质粒并测序,结果表明,13株猪源HEV分离株在HEV ORF2 348bp核苷酸序列的同源性为97．1％～100％,为同一基因型;与HEVⅠ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ的同源性分别为74．1％-77．6％,71．6％-74．1％,73.3％～78．2％和82．8％-91.4％,与ⅣA亚型的同源性同源性最高达89．4％-91．4％。以该核苷酸片段绘制的基因进化树显示13株猪源HEV与HEV Ⅳ T1株在同一分支上,属基因Ⅳ型;与国内其他猪源HEV分离株该片段核苷酸序列的同源性为82．6％-91．3％,提示中国猪源HEV的基因型比较一致,同属HEV Ⅳ型。     

2010年内蒙古自治区手足口病病原谱及人肠道病毒71型分子特征研究

研究2010年中国内蒙古自治区引起手足口病(Hand foot and mouth disease,HFMD)的病原谱及人肠道病毒71型(Human enterovirus,HEV71)的分子特征。采集内蒙古自治区12个盟市门诊就诊的HFMD患者粪便和咽拭子标本共921份,进行病毒分离,然后利用三通道实时荧光定量PCR法[同时检测HEV71,柯萨奇病毒A16型(CVA16)和人肠道病毒(HEV)]对阳性分离物进行鉴定,对鉴定为其它HEV的阳性分离物进行VP4和VP1编码区扩增及核苷酸序列测定和分析。921份标本共分离出153株病毒,阳性率为16.61%,其中61株为HEV71,占39.87%,82株为CVA16,占53.59%,7株为其它HEV(分别为6株CVB4和1株Ⅱ型脊髓灰质炎疫苗病毒株),占6.53%,3株为腺病毒。重症病例中分离到9株病毒,其中6株为HEV71,3株为CVA16。选取从临床诊断分别为普通型病例、重型病例的HFMD患者临床标本中分离到的32株HEV71代表株进行VP1编码区基因扩增及核苷酸序列测定和分析,与HEV71其它各基因型和基因亚型的代表株构建亲缘性进化树。32株内蒙古HEV71代表株与1998年以来中国大陆HEV71分离株的VP1区核苷酸和氨基酸水平上的同源性都较高,尤其与2008年的北京代表株同源性最高,与C4基因亚型代表株聚为一支,属于C4基因亚型C4a进化分支,但它们之间的核苷酸和氨基酸的同源性略有差异,分别为96.4%～100%和98.14%～100%,与2007年的内蒙古代表株存在一定的差异,核苷酸同源性为96.95%～97.87%。亲缘进化关系树显示,这些HEV71处于不同的簇中,属于多个病毒传播链。2010年内蒙古HFMD的病原谱以CVA16和HEV71为主,重症病例中以HEV71居多。内蒙古流行的HEV71属于C4基因亚型C4a进化分支,并且存在多个传播链,与2008年北京代表株亲缘关系比2007年内蒙古代表株亲缘关系近,说明内蒙古流行的HEV71不是独立进化的,而是与中国流行的HEV71在共同进化。     

一株长春地区戊型肝炎病毒全基因cDNA序列测定

我国报道的戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus HEV)基因组序列,大多数为散发型HEV部分基因序列的测定,仅少数为全基因序列的分析结果,而且,各实验室所分析的HEV片段不同,因此,很难确定新型变异株,远远不能满足中国基因分型的研究和临床诊断的需要.为此,我们对长春地区一株散发性HEV进行了全基因cDNA序列测定.     

中国国内首次发现Ⅰ基因型乙型肝炎病毒基因序列

对云南省参加健康体检人员中一份乙肝表面抗原阳性标本S区基因序列测定,以了解其分子生物学特点。利用巢式PCR扩增HBV S基因片段,并对扩增产物进行序列测定,将基因序列提交到GenBank上进行BLAST搜索,同时运用Mega软件进行同源性分析,并构建基因树,并将其核苷酸和氨基酸与已报道的A~I基因型参考株的同源性进行比较。核苷酸和氨基酸比较结果证明,此标本病毒基因型为HBV I基因型。本文所发现的I基因型标本为国内首次报道。     

全耐药鲍曼不动杆菌分子分型和分子流行病学调查

重复片段引物PCR和随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对临床分离全耐药不动杆菌分子分型,并进行流行病学调查.从ICU病房感染多重耐药不动杆菌患者的标本分离不动杆菌,碱裂解法提取全基因组,重复片段引物PCR(Rep-PCR)和随机引物扩增(RAPD),对8株临床分离的全耐药菌基因分型,并与生物学分型和质粒分型比较,调查医院流行全耐药菌的基因型.结果显示,8株分离菌经两对重复片段引物分型可分为6种和4种基因型,经随机引物分型为4种和3种基因型,经质粒分型可分为2种基因型,生物学分型归属为1种表型.PCR方法用于全耐药不动杆菌分子分型简便易行,重复性好,适合医院感染流行病学调查,本医院同一部门出现多种基因型,各科室间不存在交叉传染.     

泌尿生殖道沙眼衣原体omp1基因多态性研究

从中国不同城市收集疑为沙眼衣原体(Ct)感染的泌尿生殖道标本323份,巢式PCR扩增Ctomp1基因片段(包括4个变异区),测定其中96份阳性标本omp1基因序列,根据同源性分型并分析其多态位点;根据氨基酸序列,用Mega 3软件构建进化树,分析临床株与相应参考株之间的亲缘关系。从96份沙眼衣原体阳性标本中,检出28种基因变体,其中E型最常见;同时发现Ct E、F型omp1基因高度保守,而其它基因型都显示一定的变异性。进化树分析发现,各临床株与相应参考株之间遗传距离较近。实验结果表明沙眼衣原体omp1基因呈现较大的多态性,可为其疫苗的研制及感染的防治提供重要的实验依据。     

沈阳市人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

从10份沈阳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)血浆标本中提取核糖核酸(RNA),经逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增HIV-1的p17与p24交界部分的基因片断并进行测序。将所测序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比对,确定被检标本的亚型,并进行基因序列分析。同时将所得亚型结果与经过亚型特异性引物的复合套氏PCR鉴定基因亚型的方法所获结果进行比较。结果表明,10份HIV-1病毒株分属B′、CRF07-BC和CRF01-AE3种基因亚型。本文所研究样本的p17区段的ks/ka值小于1,而p24区段的ks/ka值大于1;p24部分的基因同源性高于p17部分,即我国HIV-1B′、CRF07-BC和CRF01-AE3种亚型毒株的p17区段的基因变异较大,而p24区段相对较为保守。提示上述3种亚型HIV-1病毒株的p24区段更适合于HIV-1疫苗的研制。     

沈阳市人类免疫缺陷病毒的基因序列分析

从10份沈阳地区人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)血浆标本中提取核糖核酸(RNA),经逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)和套式聚合酶链反应(nest-PCR)扩增HIV-1的p17与p24交界部分的基因片断并进行测序.将所测序列与各亚型国际参考株及亚洲流行参考序列进行比对,确定被检标本的亚型,并进行基因序列分析.同时将所得亚型结果与经过亚型特异性引物的复合套氏PCR鉴定基因亚型的方法所获结果进行比较.结果表明,10份HIV-1病毒株分属B'、CRF07-BC和CRF01-AE 3种基因亚型.本文所研究样本的p17区段的ks/ka值小于1,而p24区段的ks/ka值大于1;p24部分的基因同源性高于p17部分,即我国HIV-1 B'、CRF07-BC和CRF01-AE 3种亚型毒株的p17区段的基因变异较大,而p24区段相对较为保守.提示上述3种亚型HIV-1病毒株的p24区段更适合于HIV-1疫苗的研制.     

中国国内首次发现Ⅰ基因型乙型肝炎病毒基因序列

对云南省参加健康体检人员中一份乙肝表面抗原阳性标本S区基因序列测定,以了解其分子生物学特点。利用巢式PCR扩增HBV S基因片段,并对扩增产物进行序列测定,将基因序列提交到GenBank上进行BLAST搜索,同时运用Mega软件进行同源性分析,并构建基因树,并将其核苷酸和氨基酸与已报道的A~I基因型参考株的同源性进行比较。核苷酸和氨基酸比较结果证明,此标本病毒基因型为HBV I基因型。本文所发现的I基因型标本为国内首次报道。     

基因Ⅰ、Ⅳ型戊型肝炎病毒高灵敏度通用引物的设计和初步应用

设计针对国内流行的戊型肝炎病毒(HEV)基因Ⅰ、Ⅳ型,在这两型序列的保守区域设计了一套RT-PCR引物——E引物,并将E引物与目前较常用的3对通用引物(Meng、ConORF1和ConORF2引物)比较了检测基因Ⅰ、Ⅳ型HEV的灵敏度。对基因Ⅰ型HEV,E引物能检出的稀释度为105,参考引物能检出的稀释度为10^2～10^4;对基因Ⅳ型HEV,E引物能检出的稀释度为10^2,参考引物能检出的稀释度为10^1～10^2。在17份HEV-IgM阳性血清中,E引物检出5份,检出率为29．4％;参考引物只能检出1份或2份,检出率最高为11．8％。E引物在33份HEV-IgM阳性的隐性感染血清中检出6份,阳性率18．2％;在79份HEV-IgM阳性的临床肝炎血清中检出36份,阳性率45．6％。以上结果初步表明,对于在国内流行的基因Ⅰ、Ⅳ型HEV,E引物的检测灵敏度要高于目前常用的通用引物。     

应用改进的通用荧光PCR引物进行多重STR分型

通过设计通用荧光PCR引物并结合DNA测序系统建立了小鼠的多重STR分型方案.实验针对小鼠基因组设计了两对不同的通用引物序列,标记了FAM荧光的通用序列和"加尾"的位点特异性引物共同用于小鼠的多重PCR的STR基因分型.本研究优化了通用引物和特异性引物间的比例,优化了多重STR-PCR的反应条件,并最终利用该技术方案实现了五重STR分型.实验验证了该方案在多重STR分型中的可行性.与传统的荧光检测PCR产物方案相比,应用通用方案完成多重PCR反应大大节省了实验时间与经费.     

南京地区戊型肝炎病毒基因型鉴定和变异分析

为了解南京地区戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)基因型的分布以及变异状况,本研究采用逆转录套式聚合酶反应(RT-nPCR)的方法检测南京地区40份急性散发性戊型肝炎患者的粪便标本,对PCR产物进行测序,利用生物信息学软件比较核苷酸的同源性、遗传距离,进行基因分型和变异分析。40份粪便标本中检测到14份阳性HEV、RNA,检出率为35%,基因分型均为HEV IV型,且分属2个不同的亚型;利用生物信息学软件对国内I型和IV型毒株加以比较,发现HEV IV型毒株比I型变异程度高,不同年份的HEV IV型毒株变异更大,有新的亚型出现,且变异有随时间推移而增大的趋势。     

Multicolor-based discrimination of 21 short tandem repeats and amelogenin using four fluorescent universal primers

The aim of this study was to develop a cost-effective genotyping method using high-quality DNA for human identification. A total of 21 short tandem repeats (STRs) and amelogenin were selected, and fluorescent fragments at 22 loci were simultaneously amplified in a single-tube reaction using locus-specific primers with 24-base universal tails and four fluorescent universal primers. Several nucleotide substitutions in universal tails and fluorescent universal primers enabled the detection of specific fluorescent fragments from the 22 loci. Multiplex polymerase chain reaction (PCR) produced intense FAM-, VIC-, NED-, and PET-labeled fragments ranging from 90 to 400 bp, and these fragments were discriminated using standard capillary electrophoretic analysis. The selected 22 loci were also analyzed using two commercial kits (the AmpFLSTR Identifiler Kit and the PowerPlex ESX 17 System), and results for two loci (D19S433 and D16S539) were discordant between these kits due to mutations at the primer binding sites. All genotypes from the 100 samples were determined using 2.5 ng of DNA by our method, and the expected alleles were completely recovered. Multiplex 22-locus genotyping using four fluorescent universal primers effectively reduces the costs to less than 20% of genotyping using commercial kits, and our method would be useful to detect silent alleles from commercial kit analysis.     

戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR快速检测技术的建立和初步应用

利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析, 选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针, 并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上, 建立了适用于戊型肝炎病毒主要基因型检测的荧光定量RT-PCR检测技术。该检测技术可以有效检测I型和IV型戊型肝炎阳性病料, 而对猪的其它几种疫病阳性病料则为阴性结果, 证实本技术的特异性强、可靠性好。对阳性标准品的检测结果表明, 所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR灵敏度可达2.0×101拷贝/反应, 相比于巢式RT-PCR方法, 其灵敏度高10~100倍以上。在对54份临床样品的检测中, 进一步证实了该方法快速、灵敏且重复性好, 可满足戊型肝炎病毒早期快速诊断的需要。     

戊型肝炎病毒荧光定量RT-PCR快速检测技术的建立和初步应用

利用DNAMAN软件对GenBank登录的戊型肝炎病毒四个主要基因型代表株的序列进行分析, 选择其高度保守的ORF2区域设计合成引物和探针, 并用包含有扩增区域的核苷酸片段进行体外转录制备标准品cRNA。在对荧光定量RT-PCR的反应条件优化的基础上, 建立了适用于戊型肝炎病毒主要基因型检测的荧光定量RT-PCR检测技术。该检测技术可以有效检测I型和IV型戊型肝炎阳性病料, 而对猪的其它几种疫病阳性病料则为阴性结果, 证实本技术的特异性强、可靠性好。对阳性标准品的检测结果表明, 所建立的TaqMan荧光定量RT-PCR灵敏度可达2.0×101拷贝/反应, 相比于巢式RT-PCR方法, 其灵敏度高10~100倍以上。在对54份临床样品的检测中, 进一步证实了该方法快速、灵敏且重复性好, 可满足戊型肝炎病毒早期快速诊断的需要。     

Genome-Wide Comparisons of Phylogenetic Similarities between Partial Genomic Regions and the Full-Length Genome in Hepatitis E Virus Genotyping

Besides the complete genome, different partial genomic sequences of Hepatitis E virus (HEV) have been used in genotyping studies, making it difficult to compare the results based on them. No commonly agreed partial region for HEV genotyping has been determined. In this study, we used a statistical method to evaluate the phylogenetic performance of each partial genomic sequence from a genome wide, by comparisons of evolutionary distances between genomic regions and the full-length genomes of 101 HEV isolates to identify short genomic regions that can reproduce HEV genotype assignments based on full-length genomes. Several genomic regions, especially one genomic region at the 3′-terminal of the papain-like cysteine protease domain, were detected to have relatively high phylogenetic correlations with the full-length genome. Phylogenetic analyses confirmed the identical performances between these regions and the full-length genome in genotyping, in which the HEV isolates involved could be divided into reasonable genotypes. This analysis may be of value in developing a partial sequence-based consensus classification of HEV species.     

Development of multiplex DNA electronic microarrays using a universal adaptor system for detection of single nucleotide polymorphisms

The NanoChip electronic microarray is designed for the rapid detection of genetic variation in research and clinical diagnosis. We have developed a multiplex electronic microarray assay, specific for single nucleotide polymorphism (SNP) genotyping and mutation detection, using universal adaptor sequences tailed to the 5' end of PCR primers specific to each target. PCR products, amplified by primers directed to the universal adaptor sequence, are immobilized on the microarray either directly or via capture oligonucleotides complementary to the universal adaptor sequence. This simple modification results in a significant increase in fidelity with improved specificity and accuracy. In addition, the multiplexing of genetic variant detection allows increased throughput and significantly reduced cost per assay. This general schema can also be applied to other microarray and macroarray formats.     

Single nucleotide polymorphism genotyping by mini-primer allele-specific amplification with universal reporter primers for identification of degraded DNA

Single nucleotide polymorphism (SNP) is informative for human identification, and much shorter regions are targeted in analysis of biallelic SNP compared with highly polymorphic short tandem repeat (STR). Therefore, SNP genotyping is expected to be more sensitive than STR genotyping of degraded human DNA. To achieve simple, economical, and sensitive SNP genotyping for identification of degraded human DNA, we developed 18 loci for a SNP genotyping technique based on the mini-primer allele-specific amplification (ASA) combined with universal reporter primers (URP). The URP/ASA-based genotyping consisted of two amplifications followed by detection using capillary electrophoresis. The sizes of the target genome fragments ranged from 40 to 67 bp in length. In the Japanese population, the frequencies of minor alleles of 18 SNPs ranged from 0.36 to 0.50, and these SNPs are informative for identification. The success rate of SNP genotyping was much higher than that of STR genotyping of artificially degraded DNA. Moreover, we applied this genotyping method to case samples and showed successful SNP genotyping of severely degraded DNA from a 4-year buffered formalin-fixed tissue sample for human identification.