荧光-构象敏感凝胶电泳技术筛查上海市郊区野生小家鼠线粒体编码区SNP位点

利用通用引物荧光PCR方案, 应用荧光-构象敏感凝胶电泳(fluorescence-based conformation sensitive gel elec-trophoresis, F-CSGE)和DNA直接测序分型技术, 对上海地区64只野生小家鼠线粒体DNA(mtDNA)编码区进行序列分析, 在上海市郊区野生小家鼠群体中初步检测mtDNA编码区SNP, 以发现合适的遗传位标用于野生小家鼠遗传多态性分析。结果发现: F-CSGE所有存在SNP突变的峰图中同源双链和异源双链峰电泳泳动距离差异均较为明显, 在检测未知SNP中无假阳性出现, 检测效率高。F-CSGE检出野生小鼠mtDNA编码区SNP 24个, 其中新发现SNP为16个。结果表明, F-CSGE可用于mtDNA编码区SNP检测, 新发现的SNP可作为遗传位标用以研究整个上海地区野生小家鼠的遗传结构和遗传多态性。     

应用改进的通用荧光PCR引物进行多重STR分型

通过设计通用荧光PCR引物并结合DNA测序系统建立了小鼠的多重STR分型方案.实验针对小鼠基因组设计了两对不同的通用引物序列,标记了FAM荧光的通用序列和"加尾"的位点特异性引物共同用于小鼠的多重PCR的STR基因分型.本研究优化了通用引物和特异性引物间的比例,优化了多重STR-PCR的反应条件,并最终利用该技术方案实现了五重STR分型.实验验证了该方案在多重STR分型中的可行性.与传统的荧光检测PCR产物方案相比,应用通用方案完成多重PCR反应大大节省了实验时间与经费.