我国辽宁，吉林地区恙虫病东方体分离株的PCR分型

为鉴定我国东北地区恙虫病东方体(Ot)型别,本文应用Ot外膜主要蛋白型特异抗原56ku构建的群、型引物,采用PCR技术对分离自辽宁、吉林地区的6株恙虫病东方体目的基因进行分析研究,并与Gilliam,Karp,Kato国际参考株进行比较.结果表明,辽宁、吉林恙虫病东方体分离株至少存在Gilliam和Karp2种型别.     

我国东北地区蜱中检出蜱传埃立克体DNA

应用16S rRNA基因构建的特异性引物进行半套式PCR,检测东北地区蜱标本中埃立克体DNA,并对扩增产物进行克隆和序列测定,与GenBank中已知序列进行同源性比较。结果从全沟硬蜱和森林革蜱中均扩增出了查菲埃立克体DNA,扩增片段与美国分离株(GenBankM73222)相对应片段完全一致,同源性为100%;另外从全沟硬蜱中扩增出了粒细胞埃立克体DNA,扩增片段与美国分离株(GenBankU02521)相对应片段相差2个碱基,同源性为99.7%。表明我国东北边境地区有埃立克体病的病原体存在,该地区可能存在埃立克体病的自然疫源地。     

恙虫病的免疫机制研究进展

恙虫病(scrub typhus)是经恙螨叮咬感染恙虫病东方体(Orientia tsutsugamushi)引起的一种自然疫源性疾病,在日本、东亚、澳大利亚北部、太平洋地区西部和西南部、印度洋地区广泛分布,发热、皮疹、焦痂、淋巴结肿大为其主要临床表现。恙虫病东方体主要感染人的内皮细胞,也可感染树突细胞、巨噬细胞、分叶核白细胞、淋巴细胞,并在细胞内专性寄生。现对恙虫病东方体致病机理的研究进展进行简要综述,以期为恙虫病的治疗提供新的思路。     

恙虫病立克次体分子生物学研究进展

恙虫病立克次体（Rickettsiatsut－sugamushi,Rt）是一类以恙螨为传播媒介,专性细胞内奇生的微生物。恙虫病（ScrubTxpes）是一种自然疫源性疾病,主要流行于亚洲、太平洋一带。在我国,以往经病原学证实恙虫病只分布于长江以南和台湾省,而1986年以来山东及江苏相继发生了恙虫病暴发流行,90年代初期新疆、天津北部农村和山西侯马也发现了恙虫病流行。1991－1995年我所在东北三省从野鼠和恙虫中共分离出19株Rt,首次证实东北地区也存在恙虫病的自然疫源地。可见恙虫病仍是一值得注意的问题,要弄清恙虫病在我国的流行情况仍需采用先进…     

应用PCR技术检测媒介恙螨体内恙虫病立克次体(英语)

本文PCR技术的引物是参考恙虫病立克次体Karp株Sta 58序列设计合成的一对DNA引物.以恙虫病立克次体DNA为模板,成功扩增长约1kb的DNA片段.该对引物首次应用于人工成虫腹内接种羔虫病立克次体(人工接种法)和幼虫叮咬恙虫病鼠(叮咬病鼠法)的我国主要恙虫病媒介地里纤羔螨的研究.PCR检测人工接种法成虫的不同时期和经卵传递的子代立克次体DNA均获满意结果,立克次体在恙螨体内生长持续360天及产卵孵出的第4代幼虫均呈阳性.叮咬病鼠法立克次体在恙螨亲代饱食蚴、若蛹、若虫、成虫及第2代子产代幼虫,PCR检测均呈阳性.结果显示PCR技术检测恙螨体内恙虫病立克次体的特异性和敏感性高;体外基因扩增检测恙螨体内及鼠宿主体内立克次体是流行病学调查的新的敏感方法.本法为恙虫病分子体流行病学调查提供了新的应用技术,亦为临床病人诊断提供了敏感方法.     

家蚕核型多角体病毒的PCR检测及其部分序列分析

为研究应用PCR技术进行家蚕核型多角体病毒广东株的敏感性检验以及探讨不同地理株系的基因水平的相互关系,本文通过对家蚕核型多角体病毒BmNPV广东株的人工繁殖与纯化,引用了一对根据多角体蛋白基因设计的引物phy35/phy36,对BmNPV的基因组模板DNA进行了PCR扩增,并对其产物进行测序分析.结果显示,PCR技术均可扩增检测出3×108个/mL至3×102个/mL不同浓度的BmNPV模板DNA,特异目标片段大小约为680 bp,且扩增带的亮度随着病毒液浓度的降低而减弱,说明应用引物phy35/phy36进行PCR方法可以有效地应用于检测BmNPV病毒感染的家蚕.同时,测序获得了BmNPV广东株多角体蛋白polyhedrin基因674 bp大小的片段,GC含量为46.4%.经过BLAST比对分析,与BmNPV泰国株的相似性为99%,暗示家蚕BmNPV广东株与泰国株的BmNPV (登录号AY779044)亲缘关系非常相近,两者可能属于BmNPV的不同地理株系.通过系统发育树的进一步分析发现,家蚕核型多角体病毒广东株polyhedrin基因部分序列与家蚕NPV分离株S9多角体蛋白基因(DQ231336)关系很近.     

猪博卡病毒环状附加体的发现与鉴定

为了证实博卡病毒可以环状附加体形式存在于宿主体内,本研究利用半巢式PCR方法在健康猪粪便标本中筛查出2株猪博卡病毒环状附加体PBoV_G2-episome和PBoV_G3-episome。通过反复测序和序列拼接得到其末端非编码区序列（405nt和511nt）。经过对其进行序列分析及二级结构的预测,发现PBoV_G2-episome与人博卡病毒3附加体（HBoV3-episome）结构相似,而PBoV_G3-episome与博卡病毒属其他成员的末端二级结构存在较大差别。猪博卡病毒环状附加体的发现证实了有些博卡病毒与其他细小病毒的复制方式存在一定差异,也为今后博卡病毒感染性克隆的构建提供了一条研究思路。     

动物实验感染恙虫病立克次氏体后对变形桿菌OXK血清学反应的观察

近年来,许多人以动物血清对OXK菌株之凝集反应作为恙虫病自然疫源地调查或作为立克次氏体分离的指征之一。本文选择浙江株恙虫痈立克我氏体2株,感染小白鼠、大自鼠、豚鼠及家兔。在感染后每隔l星期取血l幺,共血清对立克次氏体补体结合试验均呈阳性反应,而对变形杆菌0xK菌株凝集反应则为阴性。根据上述结果,我们认为外斐氏(oxK菌株)反应用于恙虫病自然疫源地动物宿主的调查,或作为分离立克次氏体的一种初步指征的价值十分有限,井且还是可疑的。     

PCR快速检测伪狂犬病病毒野毒感染

根据已发表的伪狂犬病病毒(PrV)gE、gI基因的序列,设计并合成了一对引物,以PrV容A株细胞培养毒为模板,筛选最佳反应条件和试剂工作浓度,建立了区分PrV野毒株和疫苗弱毒的鉴别PCR方法.该方法能从PrV容A株(RA)、上海株(SH)、鲁A株(LA)中扩增出一条848bp的片段,但Bartha-K61株没有扩增出该片段.测序结果表明PCR扩增产物和方法的特异性.对正常细胞与其它6种引起猪病毒性疫病相关病毒进行检测,结果均为阴性,没有出现交叉反应.对PrV容A株细胞毒提取物DNA进行检测,其最低检出量为5pg.PCR对感染野毒的发病猪不同组织器官检测发现,淋巴结检出率最高,依次为脾、脑(海马角)、肺、肾、肝等.对2003～2004年期间江苏、浙江、安徽、福建、上海等省市的37个大中型猪场送检的172份病料进行PCR检测病料阳性率为20.34%(35/172),猪场阳性率为40.54%(15/37).实验结果表明所建立的PCR技术可用于伪狂犬病野毒感染的快速鉴定和流行病学调查.     

PCR快速检测伪狂犬病病毒野毒感染

根据已发表的伪狂犬病病毒(PrV)gE、gI基因的序列,设计并合成了一对引物,以PrV容A株细胞培养毒为模板,筛选最佳反应条件和试剂工作浓度,建立了区分PrV野毒株和疫苗弱毒的鉴别PCR方法。该方法能从PrV容A株(RA)、上海株(SH)、鲁A株(LA)中扩增出一条848bp的片段,但Bartha-K61株没有扩增出该片段。测序结果表明PCR扩增产物和方法的特异性。对正常细胞与其它6种引起猪病毒性疫病相关病毒进行检测,结果均为阴性,没有出现交叉反应。对PrV容A株细胞毒提取物DNA进行检测,其最低检出量为5pg。PCR对感染野毒的发病猪不同组织器官检测发现,淋巴结检出率最高,依次为脾、脑(海马角)、肺、肾、肝等。对2003～2004年期间江苏、浙江、安徽、福建、上海等省市的37个大中型猪场送检的172份病料进行PCR检测病料阳性率为20．34％(35／172),猪场阳性率为40.54％(15／37)。实验结果表明所建立的PCR技术可用于伪狂犬病野毒感染的快速鉴定和流行病学调查。     

Uniform amplification of multiple DNAs by emulsion PCR

When several DNAs are amplified by PCR in one PCR tube, biased amplification is known to occur because amplification efficiency differs from one DNA to another. Therefore, we conducted PCR in the water in oil-emulsion (W/O emulsion) to examine whether the procedure allows the uniform amplification of several DNAs. In the amplification of a model library consisting of two clones, the emulsification of the PCR mixture successfully reduced the difference in its amplification efficiency to approximately one-seventh the value obtained without emulsification. Furthermore, we conducted repeated PCR to amplify a model library consisting of ten short hairpin RNA (shRNA) expression vectors as a model experiment for gene discovery using an shRNA expression library. Consequently, the emulsification of the PCR mixture successfully reduced PCR bias. Our results indicate that emulsion PCR is capable of uniformly amplifying libraries of shRNA, ribozyme, cDNA, and others, and is useful also for gene discovery using these libraries.     

基于专利分析的肿瘤基因PCR诊断技术研究

肿瘤目前成为人类健康和生命的重要危胁,肿瘤基因诊断是对肿瘤的各种原癌基因、抑癌基因进行检测,聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)技术是目前临床基因诊断应用最广泛的诊断技术,具有普及率高、特异性好、简便快捷等特点。肿瘤基因PCR诊断技术可以用于已知基因突变的检测,快速了解突变状态,有效制定治疗方案,为肿瘤患者带来福音。本研究主要基于专利数据,对肿瘤基因PCR诊断技术进行分析,探讨了全球与中国在肿瘤基因PCR诊断技术领域的发展现状与趋势。在Innography数据库共检索到PCR技术相关专利16,939件,专利家族6,285件。在肿瘤基因PCR诊断技术领域中,荧光定量PCR技术占比较大,约占肿瘤基因PCR诊断技术总量的三分之一。从技术技术生命周期来看,肿瘤基因PCR诊断技术目前仍处在高速发展阶段。美国是肿瘤基因PCR诊断技术的发展领先国家。该技术的主要来源国为美国,全球42.09%的专利来自美国,同时美国也是同族专利的主要分布地区。在肿瘤基因PCR诊断技术领域,排名前15位的顶尖机构中,来自美国的机构有7所。中国在肿瘤基因PCR诊断技术领域起步较晚,但发展迅速,在该技术领域申请的专利数量仅次于美国。中国申请的肿瘤基因PCR诊断技术的专利绝大多数都只在中国进行专利保护,并没有布局全球市场的意愿。     

Two new loci affecting cell division identified as suppressors of an ftsQ-null mutation in Streptomyces coelicolor A3(2)

We have cloned and sequenced the gene encoding the surface protein antigen PAa (antigen I/II family) from Streptococcus cricetus E49 (serotype a) using degenerate PCR. The deduced amino acid sequence of PAa reveals two repeating regions (A region; alanine-rich region, P region; proline-rich region). Two additional tandem repeats were found in the A region and part of the P region was deleted compared to antigen I/II. Homology and phylogenetic analyses reveal that PAa is homologous to Streptococcus sobrinus PAg rather than Streptococcus mutans PAc. Using degenerate PCR a gene homologous to PAc was identified in Streptococcus intermedius, but not found in Streptococcus rattus or Streptococcus anginosus.     

应用PCR-SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒的分子变异

应用PCR SSCP技术快速检测我国水稻条纹病毒病害特异性蛋白 (SP)基因和外壳蛋白 (CP)基因的分子变异。结果发现我国水稻条纹病毒 7个分离物之间存在广泛的变异 ,其中 ,PJ分离物的SP基因和JD分离物的CP基因不能扩增出来 ,能扩增出的 6个分离物的CP基因变性电泳后带型各不相同 ,但SP基固表现出 5种带型 ,其中云南省的YL和BS分离物带型一样。     

Drivers of composition and density pattern of tree seedlings in a secondary mixed conifer and broad-leaved forest,Jiaohe, Jilin,China

以吉林蛟河次生针阔混交林42 hm ²固定监测样地中209个幼苗监测站内的乔木幼苗为研究对象, 基于2016和2017年幼苗调查数据, 探究幼苗物种组成、数量动态等特征, 并运用广义线性混合效应模型分析了幼苗密度与生物邻体及其生境因素的相关性。结果表明: (1)该样地内所有幼苗监测站共调查到幼苗4 245株, 分属10科12属18种, 新生幼苗的数量在物种和调查年份间均有明显差异, 其中水曲柳(Fraxinus mandschurica)和紫椴(Tilia amurensis)幼苗表现出大量出生和死亡的动态特征。(2)群落水平上, 幼苗密度与局域同种成体胸高断面积之和、土壤全磷和有效钾等养分含量显著正相关, 适宜大树生长的生境同样适宜幼苗的生长。(3)水曲柳幼苗密度的影响因素与群落水平一致, 红松(Pinus koraiensis)存在明显的生境偏好, 在湿度较小、土壤全磷、有效氮和有效磷含量较低的生境中密度更高。相对于多年生幼苗, 同种成年邻体对当年生幼苗密度影响更加显著。该研究证实了扩散限制和生境过滤共同影响幼苗密度格局, 生物邻体和生境异质性的相对重要性随幼苗物种种类和年龄级变化。     

PCR 芯片及其应用研究进展

PCR芯片实质上就是固定有与研究对象有关的许多已知基因的引物阵列并可用于PCR检测的固相载体,其制作时最关键的是目的基因的引物设计。与基于杂交的芯片技术不同,PCR芯片技术是一种高通量的,准确、灵敏的定量检测基因表达的技术,它将待测基因的引物固定于固相载体上,通过简单的、经过优化的定量PCR体系和荧光定量PCR仪,实现待检样品中已知基因的扩增,用于定量检测待检样品中已知基因的表达情况。PCR芯片由于其操作简单、结果准确、数据产出快而多等特点,已应用于疾病发病机制、药物作用机理和细菌分型等研究领域,并将在生命科学研究领域得到更为广泛的应用。     

吉林蛟河针阔混交林乔木幼苗组成及其密度格局影响因素

以吉林蛟河次生针阔混交林42 hm ²固定监测样地中209个幼苗监测站内的乔木幼苗为研究对象, 基于2016和2017年幼苗调查数据, 探究幼苗物种组成、数量动态等特征, 并运用广义线性混合效应模型分析了幼苗密度与生物邻体及其生境因素的相关性。结果表明: (1)该样地内所有幼苗监测站共调查到幼苗4 245株, 分属10科12属18种, 新生幼苗的数量在物种和调查年份间均有明显差异, 其中水曲柳(Fraxinus mandschurica)和紫椴(Tilia amurensis)幼苗表现出大量出生和死亡的动态特征。(2)群落水平上, 幼苗密度与局域同种成体胸高断面积之和、土壤全磷和有效钾等养分含量显著正相关, 适宜大树生长的生境同样适宜幼苗的生长。(3)水曲柳幼苗密度的影响因素与群落水平一致, 红松(Pinus koraiensis)存在明显的生境偏好, 在湿度较小、土壤全磷、有效氮和有效磷含量较低的生境中密度更高。相对于多年生幼苗, 同种成年邻体对当年生幼苗密度影响更加显著。该研究证实了扩散限制和生境过滤共同影响幼苗密度格局, 生物邻体和生境异质性的相对重要性随幼苗物种种类和年龄级变化。     

Molecular quantification of environmental DNA using microfluidics and digital PCR

Real-time PCR has been widely used to evaluate gene abundance in natural microbial habitats. However, PCR-inhibitory substances often reduce the efficiency of PCR, leading to the underestimation of target gene copy numbers. Digital PCR using microfluidics is a new approach that allows absolute quantification of DNA molecules. In this study, digital PCR was applied to environmental samples, and the effect of PCR inhibitors on DNA quantification was tested. In the control experiment using λ DNA and humic acids, underestimation of λ DNA at 1/4400 of the theoretical value was observed with 6.58ngμL(-1) humic acids. In contrast, digital PCR provided accurate quantification data with a concentration of humic acids up to 9.34ngμL(-1). The inhibitory effect of paddy field soil extract on quantification of the archaeal 16S rRNA gene was also tested. By diluting the DNA extract, quantified copy numbers from real-time PCR and digital PCR became similar, indicating that dilution was a useful way to remedy PCR inhibition. The dilution strategy was, however, not applicable to all natural environmental samples. For example, when marine subsurface sediment samples were tested the copy number of archaeal 16S rRNA genes was 1.04×10(3)copies/g-sediment by digital PCR, whereas real-time PCR only resulted in 4.64×10(2)copies/g-sediment, which was most likely due to an inhibitory effect. The data from this study demonstrated that inhibitory substances had little effect on DNA quantification using microfluidics and digital PCR, and showed the great advantages of digital PCR in accurate quantifications of DNA extracted from various microbial habitats.     

A novel multiplex PCR method for Clostridium botulinum neurotoxin type A gene cluster typing

A rapid, simple and sensitive multiplex PCR method for boNT/A gene cluster typing was developed by combining the results of BoNT/A subtype (boNT/A1 or /A2) gene detection with ha33 and/or p47 gene detection. Ten isolates associated with infant botulism in Japan were examined and divided into boNT/A gene cluster types 2 and 3 by origin (honey feeding or not) and period (1986–1987 or 1999–2007). It is suggested that this multiplex PCR method will be be useful for epidemiological studies of botulism.