均匀设计优化太行菊SRAP-PCR反应体系

为探索适宜太行菊的SRAP-PCR反应体系,采用两轮均匀设计试验,对SRAP-PCR反应体系中模板DNA、引物和2×Taq MasterMix的用量进行优化。结果表明:在10μL SRAP-PCR反应体系中,含模板DNA 1.3μL,正反引物0.35μL,2×Taq MasterMix 5.3μL。在此最佳条件下,利用Me1/em4引物对11株太行菊扩增的条带清晰、多态性好,表明此反应条件适合于太行菊的SRAP-PCR反应体系。     

缢蛏SRAP-PCR体系的正交优化

运用L16(45)正交设计对影响缢蛏SRAP-PCR反应的5个因素:Taq酶浓度、Mg2+浓度、模板DNA浓度、dNTPs浓度和引物浓度在4个水平上进行了优化试验,PCR结果采用SPSS v16.0软件分析.结果表明,各因素对SRAP-PCR反应的影响依次为:引物>Taq酶>模板DNA>Mg2+;缢蛏SRAP反应最佳体系为:在20μL PCR反应体系中,引物0.3 μmol/L、Taq 酶0.5 U、模板DNA 50 ng、dNTPs 0.2 mmol/L及Mg2+2 mmol/L.用不同缢蛏的基因组DNA两次SRAP-PCR扩增,8对引物均能扩增出清晰且重复性好的谱带.因而建立的缢蛏反应体系稳定可靠.     

油茶SRAP-PCR反应体系的建立和优化

为了建立油茶SRAP-PCR扩增体系,本研究使用单因素试验设计,对反应体系的Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTP和引物浓度5个主要影响因子各设10个不同的水平梯度,筛选出适宜的因子范围;在此基础上,进一步采用L16(45)正交设计,对影响油茶SRAP-PCR反应体系的5个因素在4水平上进行优化,建立了油茶SRAP-PCR最佳反应体系,即25μL体积中包含模板DNA30ng,Mg2+2.8mmol/L,引物0.44μmol/L,dNTP0.2mmol/L和Taq酶1.0U。该SRAP-PCR体系的建立为油茶种质资源遗传多样性分析、品种鉴定及指纹图谱构建等研究提供了一个标准化的程序。     

狗牙根SRAP-PCR反应体系的优化

本研究以狗牙根幼叶为为试材,采用单因子试验和正交设计试验2种方法,对SRAP-PCR反应体系进行优化试验,结果表明狗牙根25μL SRAP-PCR最佳反应体系为:1.5 mmol/L Mg~(2+)、0.25 mmol/L dNTP、0.4 μmol/L引物、1.5 U Taq酶和80 ng模板DNA,最佳退火温度为50.6℃.运用该体系对30份狗牙根种质进行验证,电泳结果显示扩增条带清晰、多态性高,证明该体系稳定可靠,这一优化体系的建立为今后利用SRAP标记技术对狗牙根进行分子生物学研究提供了帮助.     

怀地黄SRAP扩增体系的建立与引物的筛选

为建立适合怀地黄SRAP-PCR分子标记技术体系,通过单因子实验分别研究了DNA模板浓度、TaqDNA聚合酶浓度、Mg2+浓度、引物浓度以及dNTP浓度对怀地黄SRAP扩增反应的影响,确立了适合怀地黄SRAP最佳反应体系为:在25μL的反应体系中,模板DNA量20ng/25μL、2.5mmol/LMg2+、0.32μmol/L的上下游引物、0.30μmol/L的dNTP以及2.5UTaq酶,并利用确定的体系从88个引物组合中筛选出12对适合怀地黄SRAP-PCR反应的引物。     

葡萄SRAP反应体系优化及引物筛选

本试验利用L16(45)正交试验设计探寻葡萄SRAP-PCR反应体系中的关键因子,同时结合单因素试验简单、快捷的特点逐个对PCR反应体系的主要成分进行优化.充分利用两种方法的优点并降低试验工作量取得了较好的效果,建立了适于葡萄的SRAP反应体系.结果表明Mg2+浓度为影响葡萄SRAP-PCR反应的关键因素:优化的20 μL SRAP-PCR反应体系中各组分的最适含量为:10×Buffer 2.0μL,Mg2+2.5mmol/L,dNTPs 0.3 mmol/L,引物0.4 μmol/L,DNA聚合酶1.0 U,模板DNA 1.0 ng/L.利用SRAP反应体系,从100对SRAP引物组合中筛选出扩增稳定,条带清晰,多态性好的引物19对.本研究建立的适于葡萄SRAP-PCR扩增的反应体系,将为葡萄种质遗传多样性评价、基因组分析、指纹图谱构建,分子标记辅助育种和遗传改良研究提供基础.     

罗汉果SRAP反应体系的建立与优化

建立适合罗汉果的SRAP-PCR扩增体系,为罗汉果的遗传图谱构建及基因定位奠定基础。实验对罗汉果SRAP-PCR反应体系的影响因素(引物,dNTP,Taq酶,Mg~(2+),模板DNA)在多个水平上进行优化试验,筛选出各反应因素的最佳水平,建立了罗汉果SRAP-PCR反应的最佳体系(10μL):引物0.6μmol/L、dNTP0.25 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5U、Mg~(2+)2.0 mmol/L和模板DNA 30 ng。该体系的建立能很好的满足罗汉果基因组DNA的扩增要求,SRAP标记应用于罗汉果遗传研究是可行的。     

利用正交设计优化异色瓢虫SRAP-PCR反应体系

利用正交设计L16(45)对异色瓢虫Harmonia axyridis(Pallas)SRAP-PCR反应体系的5个因素(Taq酶、Mg2+、模板DNA、dNTPs、引物)在4个水平上进行优化试验,试验结果用DPS和MINITAB软件进行分析,建立了异色瓢虫SRAP-PCR反应的最佳体系,即在20μL体系中模板50~100ng、引物0.25μmol/L、dNTPs0.1mmol/L、Taq DNA聚合酶1.5U、Mg2+0.375~0.625mmol/L。并对反应体系进行梯度退火试验,得到最佳退火温度为50.3℃。这一优化系统的建立,为今后利用SRAP技术进行瓢虫遗传图谱的构建、多态性分析和基因定位奠定了技术基础。     

马铃薯SRAP-PCR反应体系优化及验证

为建立马铃薯最佳的SRAP-PCR反应体系,以马铃薯基因组DNA为模板,采用单因素和正交试验相结合的方法,对影响SRAP-PCR反应体系的5个因素(引物浓度、Mg2+浓度、模板DNA用量、d NTPs浓度和Taq DNA聚合酶用量)进行优化,建立马铃薯优化的SRAP-PCR反应体系。结果表明:马铃薯SRAP-PCR最佳反应体系中模板DNA用量为60 ng,Mg2+浓度为1.5 mmol/L,d NTPs浓度为0.25 mmol/L,引物浓度为0.60μmol/L,Taq DNA聚合酶用量为0.75 U。各因素对扩增结果影响依次是:Mg2+浓度Taq DNA聚合酶用量模板DNA用量引物浓度d NTPs浓度。用6份马铃薯样品DNA对优化体系进行验证,扩增结果清晰稳定,可用于马铃薯遗传多样性分析和遗传图谱构建等研究。     

丹参SRAP反应体系的建立与优化

相关序列扩增多态性(SRAP)是一种新发展起来的分子标记技术.实验以丹参总DNA为模板,对SRAP-PCR反应体系的重要参数设置梯度实验,筛选最佳的SRAP-PCR反应条件.经过大量重复性实验,建立了一套适用于丹参稳定可靠、重复性好、带型清晰的SRAP-PCR反应体系:25μL的反应体系中,模板DNA量40ng、2.5mmol/L Mg2 浓度、0.8μmol/L的上下游引物、200μmol/L的dNTPs以及Taq酶1U.研究结果表明,该体系可应用于丹参植物种质的分类鉴别,并为其地道性及功能基因的研究奠定基础.     

棉花高质量DNA的提取及SRAP反应体系的优化

建立一种简便、快速、经济、有效的gDNA提取方法,并以得到高质量的gDNA为模板摸索棉花SRAP反应体系的最优条件。在提取棉花DNA之前对样品进行预除酚处理,采用CTAB法并加以改进,摸索了一种简便、快速、经济、有效的gDNA提取方法。结果表明预处理除酚法提取天然彩色棉的gDNA为白色,OD260 nm/OD280 nm平均值达到1.900,OD260 nm/OD230 nm平均值1.659,琼脂糖电泳检测表明所提取的DNA较完整,RNA含量少;通过对重要参数进行摸索和优化试验,建立一套稳定可靠、扩增效果好、可重复性强的适用于棉花的SRAP反应体系：25μL的反应体系中,模板DNA量30ng、2.5mmolm/L Mg2＋浓度、0.8μmol/L的上下游引物、200μmol/L的dNTPs以及Taq酶1U。     

兰属SRAP-PCR反应体系的建立与优化

为获得兰属清晰的SRAP标记图谱,对兰属SRAP-PCR反应体系进行了初步探讨,建立了扩增多态性高、重复性好、带型清晰的SRAP-PCR反应体系。最佳反应体系：在30 μL反应总体系中,Mg2+ 2.2 mmol/L、dNTPs 0.8 mmol/L、DNA模板150 ng、DNA聚合酶2.0 U,上、下游引物各1.5 μmol/L;扩增程序：在94 ℃预变性4 min,反应前5个循环在94 ℃变性1 min、35 ℃复性1 min、72 ℃延伸1 min的条件下运行,随后的30个循环复性温度提高至55 ℃,最后72 ℃延伸5 min．     

SRAP体系中苔藓植物遗传多样性分析中的正交优化及初步应用

以黄灰藓为材料,通过正交法优化SRAP-PCR反应条件,并在此基础上对11种苔藓植物进行遗传多样性分析。结果表明:苔藓植物SRAP反应(25μL体系)的最佳条件为:40 ng DNA模板,2.5 mmol/LMg~(2+),0.3 mmol/L dNTP,15 pmol引物,1.5 U Taq酶。用30对引物组合进行筛选,有5对引物组合扩增条带清晰,重复性好,共扩增出65条带,其中多态性条带63条,多态性比率为96.9%。通过SPSS11.5分析软件对扩增结果进行聚类分析,结果与形态学分类基本一致,说明SRAP技术可用于苔藓植物的遗传多样性研究。     

花椒ISSR-PCR反应体系的建立与优化

采用单因子试验和正交设计2种方法对影响花椒ISSR-PCR反应体系的4个因素（TaqDNA聚合酶、Mg2＋、dNTP、引物）在3个水平上进行优化试验。选用L9（34）正交设计方案,从电泳结果中直观获得影响因素的最佳组合。单因子试验分别研究各影响因素不同含量对ISSR-PCR反应的影响情况,找出最佳反应水平。结果表明,适宜花椒ISSR-PCR反应的最佳体系为：20μL的反应体系中,Taq酶1.0U,Mg2＋2.0 mmol/L,dNTP 0.2mmol/L,引物1.0μmol/L,10×PCR buffer2.5μL,50 ng模板DNA,53℃退火,35个循环。     

岩白菜ISSR-PCR反应体系的优化

目的:优化岩白菜ISSR-PCR反应体系,为利用ISSR标记进行岩白菜遗传多样性研究服务。方法:采用5因子4水平正交设计法优化岩白菜ISSR-PCR反应体系。结果:五个因子从大到小的影响力排序结果为:dNTPs>Mg2+>模板DNA>引物=Taq酶。岩白菜ISSR-PCR最佳反应体系为:总体积25μL,内含10×PCR缓冲液2.5μL、2.5 mmol.L-1Mg2+、2.0 U Taq酶、0.2 mmol.L-1dNTPs、0.48μmol.L-1ISSR引物、125 ng模板DNA。结论:研究获得的最佳反应体系具有标记位点清晰、反应系统稳定、检测多态性能力强、重复性好等特点,为利用ISSR标记技术研究岩白菜遗传多样性奠定了基础。     

光萼荷属植物SSR反应体系确立与指纹图谱构建

利用正交试验设计优化并确立光萼荷属（Aechmea）植物SSR反应体系,构建部分光萼荷属植物的SSR分子指纹图谱。结果表明：光萼荷属植物的最佳SSR反应体系为10 μL总体积包括1×PCR buffer、Mg²⁺ 2.0 mmol·L^-1、dNTPs 200 μmol·L^-1、引物2.5 μmol·L^-1、模板DNA 90 ng和Taq DNA聚合酶1.5 U。利用该体系和6对SSR引物对15份光萼荷属植物进行扩增反应和电泳检测,其中M1、M3、M4等3对SSR引物扩增图谱清晰、多态性较高,均能将该15份光萼荷属植物鉴别出来,初步建立了15份光萼荷属植物的SSR分子指纹图谱,进一步证明该SSR反应体系稳定可靠,可以有效用于光萼荷属植物种质资源鉴定。     

RAPD反应体系优化的研究

筛选随机扩增多态性DNA(RAPD)反应体系的最佳优化方案,以期获得稳定可靠的实验结果。选取对结果影响较大的4种因素(Taq酶、dNTP、引物、Mg2+)进行单因素设计,寻找最佳反应浓度。优化后得到4种因素的最佳反应浓度分别为Taq酶2.5U、dNTP 200μmol/L、引物1μmol/L、Mg2+2.5mmol/L。在优化的反应条件下,RAPD的稳定性和重复性均好。     

正交设计优化缩叶藓属植物的ISSR-PCR反应体系

目的：建立缩叶藓属（Ptychomitrium）植物ISSR-PCR反应的最佳体系。方法：利用正交设计实验的方法,采用引物562,10号材料Ptychomitrium gardneri为模板对缩叶藓属植物的ISSR-PCR反应体系中的5种主要因素（Mg2＋d、NTPs、引物、模板量、Taq酶量）在4个水平上进行体系优化。结果：确定了缩叶藓属（Ptychomitrium）植物ISSR-PCR反应的最佳体系（25μl）为：Mg2＋浓度为3.2mmol/L、dNTPs浓度为0.96mmol/L、引物浓度为1.04μmol/L、模板量10ng、Taq酶量1.5U。利用该体系,采用引物564在16个材料中能有效扩增。结论：这一优化体系的建立为以后缩叶藓属植物的ISSR遗传多样性的分析奠定了基础。     

薰衣草高质量DNA提取及ISSR-PCR多重化体系的建立

以伊犁薰衣草‘701’新鲜叶片为材料,对4种基因组DNA提取方法进行比较,并通过单因子梯度比较试验结合L9(34)正交优化设计,对ISSR-PCR扩增体系中退火温度、DNA、Mg2+、dNTP和引物浓度进行最佳条件及配比筛选。结果表明,改良3×CTAB法是薰衣草高质量DNA少量提取的最佳方法 ;建立薰衣草ISSR-PCR扩增优化体系为,20μL反应体系中包括模板DNA 50 ng,Mg2+3 mmol/L,dNTP 0.3 mmol/L,引物0.3 mmol/L,Taq酶1 U;扩增程序退火温度为56℃。运用本试验建立的ISSR-PCR优化体系,对5份薰衣草种质进行了初步验证,获得了良好的多样性扩增条带。