食线虫真菌28S rDNA PCR扩增片段的RFLPs分析*

本文对16个食线虫真菌(节丛孢属、隔指孢属和单顶孢属)菌株和3个其他相关丝孢菌(顶辐孢属和单端孢属)菌株的28S rDNA 片段进行了扩增, 并用限制性内切酶Sau3A I, Msp I, Rsa I and Hae III对PCR产物进行了消化。采用UPGMA法对 PCR 产物的限制性图谱特征进行了聚类分析。结果表明,捕食性真菌的聚类群与捕食器官类型相对应,顶辐孢属和单端孢属与捕食性真菌的遗传距离较远。该结果与rDNA 的ITS区间、5.8S和18S的序列分析结果一致。     

食线虫真菌28S rDNA PCR扩增片段的RFLPs分析

本文对16个食线虫真菌(节丛孢属、隔指孢属和单顶孢属)菌株和3个其他相关丝孢菌(顶辐孢属和单端孢属)菌株的28S rDNA 片段进行了扩增, 并用限制性内切酶Sau3A I, Msp I, Rsa I and Hae III对PCR产物进行了消化。采用UPGMA法对 PCR 产物的限制性图谱特征进行了聚类分析。结果表明,捕食性真菌的聚类群与捕食器官类型相对应,顶辐孢属和单端孢属与捕食性真菌的遗传距离较远。该结果与rDNA 的ITS区间、5.8S和18S的序列分析结果一致。     

苹果炭疽菌的分子鉴定与检测

测定苹果炭疽菌rDNA全序列,比对苹果炭疽菌和其它炭疽菌ITS序列以及构建系统关系树,发现苹果炭疽菌与胶孢炭疽菌的ITS序列相似性高达99．8％,并与胶孢炭疽菌聚在一起,可以明确苹果炭疽菌应属于胶孢炭疽菌。进一步的序列比对发现,苹果炭疽菌的18S rDNA3’端比其它胶孢炭疽菌多出一段379bp的序列,根据这一特有片段设计引物CgF1与通用引物ITS4配对,结果仅能从苹果炭疽菌中扩增出1232bp的特异性条带。用苹果炭疽菌接种离体苹果,以接种发病的病组织总DNA为模板,利用引物CgF1／ITS4进行PCR扩增,同样可以扩增出1232bp的特异性条带,而健康苹果组织DNA中未能扩增出任何条带,表明该方法可用于苹果炭疽菌的鉴定和快速检测。     

食线虫真菌28S rDNA PCR扩增片段的RFLPs分析

本文对16个食线虫真菌（节丛孢属,隔指孢属和单顶孢属）菌株和3个其他相关丝孢菌（顶辐孢属和单端孢属）菌株的28S rDNA片段进行了扩增,并用限制性内切酶Sau3 A,I,Msp I,RsaIand HaeⅢ对PCR产物进行了消化,采用UPGMA法对PCR产物的限制性图谱特征进行了聚类分析。结果表明,捕食性真菌的聚类群与捕食器官类型相对应,顶辐孢属和单端孢属与捕食性真菌的遗传距离较远。该结果与rDNA的ITS区间,5．8S和18S的序列分析结果一致。     

非核糖体肽合成酶缩合结构域基因片段克隆

从大连渤海海域筛选出1株放线菌L1,结合形态观察、生理生化实验和16S rDNA分子鉴定,确定L1属于链霉菌属球孢链霉菌(Streptomyces globisporus)。根据GenBank发布的非核糖体肽合成酶(NRPS)序列设计引物,从放线菌L1的基因组DNA中扩增获得NRPS基因片段。测序结果及比对分析表明该片段属于NRPS缩合结构域部分序列。三维建模显示其结构呈V型,包含缩合结构域核心序列,与数据库已知结构相一致,可以推断该克隆片段为NRPS缩合结构域基因片段,为后续深入研究缩合结构域特异性与相关NRPS功能提供基础。     

人参细胞器核糖体小亚单位DNA的PCR扩增与序列测定

采用CTAB法提取了人参(Panax ginseng)根基因组DNA,根据植物叶绿体16S rDNA和线粒体18SrDNA与细菌16S rDNA序列具有高度同源性,用扩增细菌16S rDNA的一对通用引物(8f,1492r)扩增了人参细胞器核糖体小亚单位DNA.对扩增产物进行了克隆与测序,经多序列比对,扩增片段分别与已知植物叶绿体16S rDNA和线粒体18S rDNA具高度同源性,表明该对引物可以用来扩增绝大多数植物细胞器核糖体小亚单位DNA,可以作为鉴定植物叶绿体16S rDNA和线粒体18S rDNA的一种基本实验技术.     

球束梗孢属一新种——弯孢球束梗孢(英文)

报道了采自贵州省宽阔水自然保护区的球束梗孢属一新种——弯孢球束梗孢,对其进行了形态描述和基于ITS-5.8S rDNA序列的分子研究。在球束梗孢属中与具有类似弯曲的分生孢子的G.formosana进行了比较,本种瓶梗基部为近球形膨大,分生孢子较大,4.7 11×1.6 2.4μm;而G.formosana瓶梗基部是纺锤形,分生孢子较小,3.5 4×1.5 2.2μm。     

前沟藻18S rDNA序列克隆和分子鉴定分析

旨在扩增一株未知微藻18S rDNA,并进行序列分析和物种鉴定分析.提取该微藻总DNA,用PCR技术扩增其18S rDNA,对序列进行测序,在GenBank进行序列比对分析,用ClustalX软件构建进化树;用光学显微镜进行形态学分析.经测序其序列长度为1 736 bp,G+C为47％;同源性分析表明,与GenBank中多个强壮前沟藻种的18S rDNA基因序列同源性迭99％;与前沟藻属的其它藻种同源性均迭95％以上.而与裸甲藻属和环藻属的藻株同源性为85％左右.经光学显微镜观察,该藻具有典型的强壮前沟藻形态.结合该藻18S rDNA序列分析和粗略的形态学分析,推断该藻可能为前沟藻属的强壮前沟藻.微藻形体微小,结构简单,需借助电子显微镜才可准确地从形态学上签定其种属,鉴定工作繁琐费时;而利用分子技术,则可能使鉴定工作变得简单快捷.     

我国几种鸟的寄生拉氏等孢虫

拉氏等孢虫[Isospora lacazei(Labbé,1893)]为寄生原虫,主要寄生于雀形目(Passeriformes)的一些鸟类的肠上皮细胞。国内尚未报道。 1964—1966年,我们在调查广州市家禽球虫的过程中,在一个养鸡场的鸡群粪便中和两个养鸭场的鸭群粪便中,检到一种形态相同的等孢虫卵囊,卵囊数量较少。后又剖检广州市[树]麻雀(Passer montanus)26只,在其肠内含物中也发现大量等孢虫卵囊,形态与鸡、鸭粪便中的完全相同,鉴定为拉氏等孢虫。1979年8月,在调查昆明市[树]麻雀的拉氏等孢虫时,     

鸡球虫18S rRNA基因序列的测定与分析

为了利用18S rRNA基因进行鸡球虫系统进化分析,对巨型艾美耳球虫(Eimeria maxima)、柔嫩艾美耳球虫(E.tenella)、堆形艾美耳球虫(E.acervulina)3种共8个不同来源的虫株,分别提取总DNA进行18S rRNA基因的扩增和测序;将得到的序列登录GenBank进行同源性和趋异性分析,并结合GenBank中其它原虫的18S rRNA基因序列构建进化树.结果显示扩增获得8株鸡球虫18S rRNA基因长度为1746～1756 bp,序列比对显示同种不同株间的同源性大于不同种间的同源性,其中3株E.maxima株间同源性在98.7%～99.3%之间,4株E.tenella株间同源性在99.7%～99.9%之间;不同种间同源性为96.5%～98.1%,其中E.maxima与E.tenclla的遗传距离最大,为0.038;E.maxima与E.acervulina的遗传距离最小,为0.021.顶复器门9个不同属所构建的进化树结果显示,E.imeria和等孢属(Isospora)聚为一支,说明亲缘关系比较近.与GertBank中其它5株不同鸡球虫的18S rRNA基因共同构建的进化树显示,3株E.maxima聚为一支,与E.brunetti、E.mitis、E.mivati、E.praecox和E.acervulina聚为一大分支;4株E.tenella与1株E.necatrix共同形成一个分支,说明E.tenella与E.necattix的亲缘关系最近.本研究证实了在鸡球虫系统进化研究中,18S rRNA基因不仅可以区分不同种,而且有可能成为区分同种不同株的理想靶基因.     

华南虎、东北虎、孟加拉虎的D-100p和ND5序列及其在系统进化分析中的应用

本文采用PCR和质粒克隆测序方法,获得了华南虎线粒体D-loop区的480bp序列和东北虎、孟加拉虎线粒体D-loop区的503bp序列;同时还获得了这三个虎亚种和金钱豹线粒体ND5基因5’端309bp的部分序列。根据D-loop序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离(p-distance)分别为0．11088和O．11087,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0．00994;根据ND5序列分析,华南虎与孟加拉虎、东北虎的平均距离分别为0．11434和0．11758,而东北虎与孟加拉虎间的平均距离为0．00324。三个虎亚种的mtDNA D-loop和ND5序列比较表明,华南虎是这三个虎亚种中最为古老的亚种。     

东北虎中五个Sox基因的保守区序列分析(英文)

在哺乳动物中,Y染色体决定着雄性性别,这是由于在其短臂上存在一个编码睾丸决定因子 (TDF) 的基因。1990年,人们克隆了睾丸决定因子基因并命名为SRY。序列分析表明SRY基因中存在一个保守区,与染色体高迁移率组 (HMG) 蛋白质上的DNA结合结构域具有一定的相似性。基于HMG基序的保守性人们发现了一个新的基因家族Sox基因家族。凡是在HMG区域与SRY基因具有50%以上相似性的基因被称为Sox基因。Sox基因在早期胚胎发育过程中参与多种发育途径,具有重要的作用。参与诸如性别决定、骨组织的发育、血细胞生成过程、神经系统的发育、晶状体的发育等多种早期胚胎发育过程。 虎(Panthera tigris)作为世界上最濒危的兽类之一,东北虎(Panthera tigris altaica Temminck)是其中的一个亚种,被列为一类珍稀动物。本文对其发育基因家族—SOX基因进行了研究。 利用肌肉组织为材料制备基因组DNA, 应用特异于HMG-box区域的兼并引物, 扩增了东北虎的SOX基因。在扩增产物中发现一条220bp的扩增带。经过克隆与序列测定和同源性检索,发现5个基因片段(Fig.1&2)。其与人SRY基因的相似性分别为75%、56%、51%、67% 和48%;与小鼠Sry基因的相似性分别为73%、54%、57%、66% 和 48% (Table 1)。因此这5个DNA片段为东北虎的5个Sox基因片     

一具东北虎尸体同时制作剥制和完整骨骼标本的试验

制作大型哺乳动物的剥制标本和完整的骨骼标本,通常都各需要一完整的个体为材料.本试验是以一具东北虎尸体为材料,探索出用同一具东北虎尸体制作剥制和完整的骨骼标本各一具的方法.     

东北虎种群的时空动态及其原因分析

作者通过对广泛的历史资料的综合分析, 研究了东北虎(Panthera tigris altaica)种群在近一个多世纪以来的时空动态及其原因, 并从景观生态学和可持续性科学的角度对东北虎的保护提出了建议。东北虎是俄罗斯远东、中国东北、蒙古东部以及朝鲜的关键种。近百年以来的多种人为干扰因素使该种群从一个世纪前的近3,000只的历史最高纪录减少到目前约500只的低水平。现存种群主要分布在俄罗斯远东地区Sikhote山脉的一个大生境区域和两个靠近中俄边境孤立的小生境斑块, 少数个体零星分布在中国境内几个小而孤立的生境斑块中。威胁东北虎种群生存的两个最主要因素是捕猎、生境丧失和破碎化。此外, 食物匮乏、战争等因素也对东北虎的生存和繁衍有一定程度的影响。我们建议建立长期监测平台; 禁止盗猎并限制在东北虎潜在栖息地采伐、狩猎以及修筑道路等人类活动; 建立相互连通的保护区域, 特别是建立中国与俄罗斯间跨国界的生态廊道。这些保护措施应该以景观生态学和可持续性科学为指导, 实现空间资源的合理配置和土地利用格局的优化, 同时考虑东北虎种群的生存和当地经济、社会发展的需求, 从而促进实现区域可持续发展的最终目标。     

Restoration of the Amur Tiger (Panthera tigris altaica) Population in the Northwest of Its Distribution Area

Biology Bulletin - The results of Amur tiger (Panthera tigris altaica) grouping recovery in the North-West of its distribution area are presented in this article. An analysis of tiger cubs...     

景观破碎化对东北虎主要猎物种群动态影响的模拟

以完达山东部地区的现实景观为背景,采用空间直观种群模型LAPS和情景模拟相结合的"虚拟实验"途径,模拟了在10个不同破碎化程度的景观情景中东北虎的主要猎物于1992-2011年间的种群动态,评价了完达山东部地区当前的景观破碎化程度对东北虎主要猎物种群动态的影响。结果表明:LAPS模型准确刻画了研究区东北虎主要猎物种群数量急剧下降的趋势,2002年模拟的东北虎主要猎物的种群数量和实测值之间没有显著差异,马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8651、0.9534和0.2836;不同生境类型的种群密度数据与实测值之间均没有显著差异,其中阔叶林生境中的马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8521、0.9447和0.3152;在灌丛生境中的马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8846、0.9576和0.2415。斑块类型和景观水平上的格局指标变化趋势表明由于农田扩张导致10个景观情景的破碎化程度逐渐增加,景观水平的破碎化程度低于斑块类型水平。方差分析显示10个景观情景中的种群数量没有显著差异,马鹿、野猪和狍子的P值分别为0.8516、0.2624和0.7636,说明研究区当前的景观破碎化程度对种群动态影响并不显著。完达山东部地区存在盗猎等人为干扰,导致了东北虎主要猎物的数量远低于环境容纳量,景观破碎化虽然在局部地区较为严重,但完达山东部地区整体上景观破碎化并不强烈,该地区景观破碎化的效应尚未显现。认为控制盗猎等人为干扰是增加该地区东北虎主要猎物的数量、实现东北虎种群恢复所应优先采取的措施。     

虎物种特异性鉴定的 PCR 方法研究

为了建立可对虎DNA 进行特异性检测的PCR 方法, 应用在野外调查中获得的虎疑似样品和保护执法工作中难以检查辨认的虎产品进行物种鉴定, 从Genbank 数据库下载5 个虎亚种及其它6 种猫科动物和6 种鹿科动物的mtDNA 细胞色素b 基因序列, 并用Wdnasis (V2.5) 软件对上述不同动物的该基因碱基序列进行比较。在此基础上, 综合考虑了设计引物的基本原则, 选择了虎与其它动物碱基序列上差异位点较多的两个片段, 设计出PCR 引物(引物1、2) 。用该对引物分别对从东北虎、华南虎及8 种猫科动物和6 种非猫科动物的肌肉、脏器组织、皮或毛发中提取的DNA 进行PCR (聚合酶链反应) 扩增。结果表明, 所设计的引物对虎DNA 具有特异性,从而达到了对该物种进行特异性检测鉴定的目的。     

Coprology of Panthera tigris altaica and Felis bengalensis euptilurus from the Russian Far East

Fecal samples from the Siberian tiger (Panthera tigris altaica) and the Amur cat (Felis bengalensis euptilurus) from Far Eastern Russia, were examined for parasites. A natural sedimentation methodology was used and a complete examination of all the sediment was performed. This fecal investigation allowed us to isolate and identify several developmental stages of gastrointestinal, hepatic, and respiratory parasites. Five parasites were found from P. t. altaica: 11 trematodes (Platynosomum fastosum) and 4 nematodes (Strongyloides sp., Ancylostomatidae, Toxascaris leonina, and Toxocara cati). Five parasites were found from F. b. euptilurus: 1 cestode (Diplopylidium sp.) and 4 nematodes (Trichuris sp., Ancylostomatidae, Toxascaris leonina, and Aelurostrongylus abstrusus). In addition, trophozoites of the amoeba Acanthamoeba sp. were detected in tiger feces.     

Phylogenetic Analysis of Coccidia Based on 18S rDNA Sequence Comparison Indicates that Isospora Is Most Closely Related to Toxoplasma and Neospora

The phylogenetic relationships and taxonomic affinities of coccidia with isosporan-type oocysts have been unclear as overlapping characters, recently discovered life cycle features, and even recently discovered taxa. continue to be incorporated into biological classifications of the group. We determined the full or partial 18S ribosomal RNA gene sequences of three mammalian Isospora spp., Isospora felis, Isospora ohioensis and Isospora suis , and a Sarcocystis sp. of a rattlesnake, and used these sequences for a phylogenetic analysis of the genus Isospora and the cyst-forming coccidia. Various alveolate 18S rDNA sequences were aligned and analyzed using maximum parsimony to obtain a phylogenetic hypothesis for the group. The three Isospora spp. were found to be most closely related to Toxoplasma gondii and Neospora caninum. This clade in turn formed the sister group to the Sarcocystis spp. included in the analysis. The results confirm that the genus Isospora does not belong to the family Eimeriidae, but should be classified together with the cyst-forming coccidia in the family Sarcocystidae. Furthermore, there appear to be two lineages within the Sarcocystidae. One lineage comprises Isospora and the Toxoplasma/Neospora clade which share the characters of having a proliferative phase of development preceding gamogony in the definitive host and an exogenous phase of sporogony. The other lineage comprises the Sarcocystis spp. which have no proliferative phase in the definitive host and an endogenous phase of sporogony.     

Detection and differentiation of coccidian oocysts by real-time PCR and melting curve analysis

Rapid and reliable detection and identification of coccidian oocysts are essential for animal health and foodborne disease outbreak investigations. Traditional microscopy and morphological techniques can identify large and unique oocysts, but they are often subjective and require parasitological expertise. The objective of this study was to develop a real-time quantitative PCR (qPCR) assay using melting curve analysis (MCA) to detect, differentiate, and identify DNA from coccidian species of animal health, zoonotic, and food safety concern. A universal coccidia primer cocktail was designed and employed to amplify DNA from Cryptosporidium parvum, Toxoplasma gondii, Cyclospora cayetanensis, and several species of Eimeria, Sarcocystis, and Isospora using qPCR with SYBR Green detection. MCA was performed following amplification, and melting temperatures (T(m)) were determined for each species based on multiple replicates. A standard curve was constructed from DNA of serial dilutions of T. gondii oocysts to estimate assay sensitivity. The qPCR assay consistently detected DNA from as few as 10 T. gondii oocysts. T(m) data analysis showed that C. cayetanensis, C. parvum, Cryptosporidium muris, T. gondii, Eimeria bovis, Eimeria acervulina, Isospora suis, and Sarcocystis cruzi could each be identified by unique melting curves and could be differentiated based on T(m). DNA of coccidian oocysts in fecal, food, or clinical diagnostic samples could be sensitively detected, reliably differentiated, and identified using qPCR with MCA. This assay may also be used to detect other life-cycle stages of coccidia in tissues, fluids, and other matrices. MCA studies on multiple isolates of each species will further validate the assay and support its application as a routine parasitology screening tool.