应用Real-time PCR检测溶脲脲原体生物群的实验研究

目的建立一种检测溶脲脲原体两个生物群的快速简便方法。方法采用Real-time PCR技术对50例男性科门诊的尿道炎患者中的溶脲脲原体的两个生物群进行了检测。结果50例男性患者经Real-time PCR技术检测,溶脲脲原体阳性23例（36.9%）,在这23例溶脲脲原体阳性男性患者中,溶脲脲原体生物群1所占的比例为14%,溶脲脲原体生物群2所占的比例是32%,溶脲脲原体生物群1,2均阳性所占的比例为2%。结论Real-time PCR方法是检测溶脲脲原体两个生物群的一个快速,简便的方法。     

人工神经原网络处理PCR数据在细菌鉴定中的应用

目的16SrRNA和16S-23SrRNA间区片段是常用细菌分类鉴定靶点,本研究探讨人工神经原网络（ANN）对上述位点PCR扩增产物数据分析在细菌快速鉴定方面的价值。方法2对15SrRNA基因荧光引物和1对16S-23SrRNA区间基因引物用于扩增血液标本中分离出的317株细菌。相关毛细管电泳（CE）限制性片段长度多态性（RFLP）和单链构象多态性（SSCP）数据进行人工神经原网络分析。结果16S-23SrRNA基因的RFLP数据对未知菌鉴定的准确率高于16SrRNA基因的SSCP数据,分别为98．0％和79．6％。结论实验证明了人工神经原网络作为一种模式识别方法对于简化细菌鉴定十分有价值。     

建立PCR-CE-RFLP方法快速诊断女性生殖道的细菌感染

目的建立PCR-CE-RFLP方法直接检测女性生殖道感染标本中的细菌,为临床提供快速、准确的诊断依据。方法利用细菌16SrRNA集保守性和变异性于一体的特点,合成1对通用引物,其上游5’端用5＇-FAM标记。将8株已知菌和38例临床诊断为生殖道炎症的标本及其培养物进行PCR扩增,扩增产物经限制性内切酶HaeⅢ消化,经毛细管电泳（CE）通过限制性片断长度多态性分析（RFLP）来鉴定不同病原菌。结果（1）已知菌株PCR扩增阳性率为75％（6／8）、生殖道感染标本的PCR扩增阳性率为79％（30／38）,毛细管电泳阳性率两者均为100％。（2）已知菌株PER扩增产物的5’端HaeⅢ完全酶切片段的毛细管电泳结果,与电子克隆产物的酶切片段基本一致。（3）用传统培养检测法在生殖道能检出的常见致病菌,实验用PCR-CE-RFLP法同样也能检出。（4）实验还发现数种传统培养法未检出的细菌。结论PCR-CE-RFLP法比传统的细菌培养法具有快速、准确、灵敏的优点,比传统方法缩短20h,可用于临床标本的直接鉴定。     

PCR法检测正常女性宫颈中的溶脲脲原体生物群

目的了解正常妇女宫颈中溶脲脲原体两个生物群的分布及药物敏感性。方法采用PCR技术对妇科门诊的正常妇女宫颈的溶脲脲原体两个生物群进行检测。结果50例正常妇女经PCR-CE检测,21例(42.0%)溶脲脲原体阳性其中溶脲脲原体生物群1阳性16例(76.2%),生物群2阳性5例(23.8%)。结论溶脲脲原体生物群1可能是女性生殖道一种正常菌群。而溶脲脲原体生物群2能引起妇科疾病从而导致不孕。     

解脲脲原体生物群聚合酶链反应-毛细管电泳检测方法的建立及应用

目的 建立一种检测解脲脲原体生物群1、2的聚合酶链反应-毛细管电泳(PCR-CE)方法,研究解脲脲原体生物群与男性非淋菌性尿道炎(NGU)的关系。方法 合成解脲脲原体生物群1、2的通用引物,进行PCR,然后使用CE检测解脲脲原体生物群1、2的扩增产物。对该方法进行敏感性、特异性的评价。使用该方法检测不同男性人群尿样中解脲脲原体2个生物群。结果 PCR-CE法的敏感性为10拷贝/50μl。该方法仅特异扩增解脲脲原体生物群1、2。解脲脲原体生物群2在NGU组、非沙眼衣原体引起的NGU(NCNGU)组中的检出率高于对照组(P<0.05),解脲脲原体生物群1在NGU及NCNGU组中的检出率和对照组无差异(P>0.05)。结论 建立了一种敏感性高、特异性强、分辨率高的检测解脲脲原体2个生物群的PCR-CE方法。解脲脲原体生物群2与男性NGU有一定的关系。解脲脲原体生物群1不能引起男性NGU。     

95例肺炎支原体快速液体培养阳性标本分析

目的:采用巢式PCR法(nPCR)及全自动微生物鉴定仪对肺炎支原体(MP)快速液体培养阳性标本进行分析,探讨MP快速培养假阳性情况及原因.方法:收集95例MP快速液体培养阳性标本,巢式PCR检测MP核酸,用全自动微生物鉴定仪检测导致培养假阳性的微生物.结果:95例MP快速液体培养阳性标本中,90例巢式PCR结果阴性,假阳性率94.7%;经全自动细菌鉴定仪鉴定,97.8%为真菌所致.结论:普通的敏感细菌在MP快速液体鉴定培养基中可以被有效抑制;真菌是引起的快速培养假阳性的主要原因.     

慢性阴道炎患者生殖道解脲脲原体和沙眼衣原体感染分析

目的通过荧光定量聚合酶链反应(PCR)技术检测慢性阴道炎患者阴道内解脲脲原体(Uu)和沙眼衣原体(Ct)感染状况,用以指导临床正确治疗。方法应用荧光定量聚合酶链反应对380例慢性阴道炎患者的阴道分泌物进行解脲脲原体和沙眼衣原体PCR检测。结果解脲脲原体阳性率为42.9%,其阳性标本的平均拷贝数为3.4×105copies/ml,沙眼衣原体阳性率为16.6%,其阳性标本的平均拷贝数为5.8×104copies/ml,解脲脲原体和沙眼衣原体合并感染的阳性率为12.6%。结论PCR技术具有简便、快捷、准确的优点,是目前快速诊断慢性阴道炎患者Uu、Ct感染状况的可靠诊断方法之一。     

PCR-CE检测溶脲脲原体生物群的实验研究

建立了一种通用引物-PCR-CE检测溶脲脲原体2个生物群的方法,对这个方法进行了敏感性、特异性及重复性的研究,并与通用引物-PCR-琼脂糖凝胶电泳法进行了比较。研究表明,通用引物-PCR-CE法敏感性高,特异性强,重复性好,在区分溶脲脲原体2个生物群能力上要优于通用引物-PCR-琼脂糖电泳法。     

运用PCR 扩增技术检测解脲脲支原体生物群的临床应用

目的:探讨运用酶链聚合反应(PCR)技术检测泌尿生殖道解脲脲原体(Uu)的生物群,分析Uu生物群与临床症状的相关性。方法:以支原体16S rRNA保守区域基因为扩增靶序列设计引物,采用PCR方法扩增Uu 16S rRNA基因检测125例临床标本,并将检测结果与临床症状进行相关性分析。结果:PCR法检出Uu阳性率44.8%,其中35例Uu生物1群阳性,其中有16例有症状;27例Uu生物2群阳性,其中有18例有症状。Uu生物1群感染与症状的相关性无统计学差异(P>0.05),而Uu生物2群感染与症状相关性有统计学差异(P<0.05)。结论:PCR检测Uu 16S rRNA基因可用于Uu生物群的检测,Uu生物2群可能是非淋菌性尿道炎(NGU)的一个致病菌,而Uu生物1群与NGU无明显相关性。     

男性患者解脲脲原体三种不同检测方法评价及药敏分析

目的对男性患者解脲脲原体进行三种检测方法的对比研究及药敏分析。方法选取桂林医学院附属医院自2015年1月至2015年12月收治的406例男性解脲脲原体感染患者作为临床研究对象,分别同时用培养鉴定法、DNA实时荧光定量法(RT-PCR)及RNA实时荧光恒温扩增检测(SAT)法三种方法对标本进行检测。以培养鉴定法作为对照组,对比RT-PCR及SAT方法对解脲脲原体的阳性检出率。结果培养鉴定法、RT-PCR、SAT法阳性检出率分别为41.7%、35.5%、43.6%,培养鉴定法与SAT法阳性检出率明显高于RT-PCR,具有显著差异(χ~2=4.35,P=0.0362);培养鉴定法与SAT法阳性率无明显差异(χ2=2.89,P=0.0982),有较好的一致性(K=0.890,P0.05);药敏结果显示,解脲脲原体对强力霉素、美满霉素敏感性较高,敏感率为97.6%。结论对男性疑似解脲脲原体感染患者建议选择不同检测方法诊断以保证阳性检出率,可以更好指导临床抗生素合理使用。     

家蚕肠道细菌群体调查与分析

目前,环境微生物中绝大部分是无法获得纯培养的。为了比较全面地了解家蚕肠道的细菌群体结构,研究采用了非培养法和传统培养法相结合的方法进行调查分析。非培养法是先直接提取家蚕肠道中的微生物群体基因组DNA,用PCR法扩增细菌16S rRNA基因,建立16S rDNA文库;再以限制性片段长度多态性(RFLP)方法从文库中筛选可能不同细菌来源的克隆,并测定其核苷酸序列。将所获得的序列与GenBank数据库进行BLAST比对分析,并通过系统发育分析,推测它们可能代表的细菌种属,以及对家蚕生长发育所起的作用。结果表明,家蚕肠道中的细菌主要是节杆菌属、乳杆菌属、大肠杆菌属、芽胞杆菌属、葡萄球菌属、假单胞菌属。它们在家蚕消化利用桑叶和疾病预防中可能有着重要意义。非培养法和培养法均有各自的长处和不足,两者具有较强的互补性。     

Typing of clinical and environmental Aeromonas veronii strains based on the 16S-23S rDNA spacers

Genetic relationships of Aeromonas veronii strains isolated from human and environmental sources were investigated by restriction fragment length polymorphism (RFLP) of the polymerase chain reaction-amplified intergenic spacer region (ISR) flanked by the 16S and 23S rRNA genes. When using endonucleases AluI, HinfI and CfoI the 16S-23S rDNA-RFLP patterns showed considerable overall similarity, although most strains yielded specific profiles. Several intra-specific lines of descent comprised clinical strains linked to isolates from environmental sources. Strains having identical patterns may be individuals derived from highly similar, if not the same, microorganism. Results suggest that the ISR sequence-based method can be used to demonstrate colonization of a public water supply with a particular microorganism. In addition it could be very useful for tracing recurrent episodes of diarrhea and Aeromonas infection outbreaks.     

海绵中可培养与原位微生物组成的DGGE指纹分析

采用不依赖于分离培养的PCR-DGGE基因指纹技术对我国南海4种海绵体内的原位微生物种群组成以及混合培养的海绵微生物组成进行分析,通过比较不同指纹图间的差异与相似性,揭示可培养微生物与海绵原位存在的微生物的关系。由实验可以看出,来自同一海域的不同海绵体内的微生物存在宿主特异性,不同的培养条件是影响微生物可培养的重要因素,目前所能培养的海绵微生物还仅占自然环境下海绵微生物总量的很少一部分。     

女性生殖道解脲支原体感染与胎膜早破与新生儿窒息的相关性

摘要 目的：探讨女性生殖道解脲支原体(Ureaplasma urealyticum,UU)感染与胎膜早破与新生儿窒息的相关性。方法：2017年6月至2019年6月选择在地区门诊就诊的孕妇108例,检测生殖道解脲支原体感染情况,调查所有孕妇的一般资料、分娩方式、胎膜早破、新生儿窒息状况并进行相关性分析。结果：在108例孕妇中,48例检出解脲支原体感染,感染率为44.4 %。感染组的年龄、体重指数、产次、孕次、受教育年限、孕周等与非感染组对比差异无统计学意义(P>0.05)。感染组的胎膜早破与新生儿窒息发生率分别为22.9 %和18.8 %,显著高于非感染组的3.3 %和1.7 %(P<0.05)。感染组的剖宫产率高于非感染组,自然分娩率低于非感染组,对比差异都有统计学意义(P<0.05)。在108例孕妇中,Pearson分析显示解脲支原体感染与胎膜早破、新生儿窒息都存在相关性(P<0.05)。结论：女性生殖道解脲支原体感染比较常见,可导致剖宫产、胎膜早破、新生儿窒息发生率增加,也与胎膜早破、新生儿窒息存在显著相关性。     

Genus- and species-specific identification of mycoplasmas by 16S rRNA amplification.

Systematic computer alignment of mycoplasmal 16S rRNA sequences allowed the identification of variable regions with both genus- and species-specific sequences. Species-specific sequences of Mycoplasma collis were elucidated by asymmetric amplification and dideoxynucleotide sequencing of variable regions, using primers complementary to conserved regions of 16S rRNA. Primers selected for Mycoplasma pneumoniae, M. hominis, M. fermentans, Ureaplasma urealyticum, M. pulmonis, M. arthritidis, M. neurolyticum, M. muris, and M. collis proved to be species specific in the polymerase chain reaction. The genus-specific primers reacted with all mycoplasmal species investigated as well as with members of the genera Ureaplasma, Spiroplasma, and Acholeplasma. No cross-reaction was observed with members of the closely related genera Streptococcus, Lactobacillus, Bacillus, and Clostridium or with any other microorganism tested. On the basis of the high copy number of rRNA, a highly sensitive polymerase chain reaction assay was developed in which the nucleic acid content equivalent to a single organism could be detected.     

Genus- and species-specific identification of mycoplasmas by 16S rRNA amplification.

Systematic computer alignment of mycoplasmal 16S rRNA sequences allowed the identification of variable regions with both genus- and species-specific sequences. Species-specific sequences of Mycoplasma collis were elucidated by asymmetric amplification and dideoxynucleotide sequencing of variable regions, using primers complementary to conserved regions of 16S rRNA. Primers selected for Mycoplasma pneumoniae, M. hominis, M. fermentans, Ureaplasma urealyticum, M. pulmonis, M. arthritidis, M. neurolyticum, M. muris, and M. collis proved to be species specific in the polymerase chain reaction. The genus-specific primers reacted with all mycoplasmal species investigated as well as with members of the genera Ureaplasma, Spiroplasma, and Acholeplasma. No cross-reaction was observed with members of the closely related genera Streptococcus, Lactobacillus, Bacillus, and Clostridium or with any other microorganism tested. On the basis of the high copy number of rRNA, a highly sensitive polymerase chain reaction assay was developed in which the nucleic acid content equivalent to a single organism could be detected.     

Diversity and structure of the archaeal community in the leachate of a full-scale recirculating landfill as examined by direct 16S rRNA gene sequence retrieval

The diversity and structure of the archaeal community in the effluent leachate from a full-scale recirculating landfill was characterized by direct 16S rRNA gene (16S rDNA) retrieval. Total-community DNA was extracted from the microbial assemblages in the landfill leachate, and archaeal 16S rDNAs were amplified with a universally conserved primer and an Archaea-specific primer. The amplification product was then used to construct a 16S rDNA clone library, and 70 randomly selected archaeal clones in the library were grouped by restriction fragment length polymorphism (RFLP) analysis. Sequencing and phylogenetic analysis of representatives from each unique RFLP type showed that the archaeal library was dominated by methanogen-like rDNAs. Represented in the kingdom of Euryarchaeota were phylotypes highly similar to the methanogenic genera Methanoculleus, Methanosarcina, Methanocorpusculum, Methanospirillum and Methanogenium, where the clone distribution was 48, 11, 3, 1 and 1, respectively. No sequences related to known Methanosaeta spp. were retrieved. Four rDNA clones were not affiliated with the known methanogenic Archaea, but instead, they were clustered with the uncultured archaeal sequences recently recovered from anaerobic habitats. Two chimeric sequences were identified among the clones analyzed.     

镇江香醋醋酸发酵过程中细菌群落组成分析

用免培养法对镇江恒顺香醋醋酸发酵过程中醋醅的细菌群落的结构进行了分析。从醋醅样品中获得的总DNA经PCR扩增建立了16S rDNA克隆文库,共获得96个阳性克隆并进行了测序,以代表性序列构建了系统发育树。通过序列分析将它们分为16个OUTs,其中5个OUTs属于Lactobacillus属、2个属于Acetobacter属、1个属于Gluconacetobacter属、2个属于Staphylococcus属、2个属于Enterobacter属、2个属于Pseudomonas属、1个属于Flavobacterium属和1个Sinorhizobium属。     

新疆泥火山细菌群落PCR-SSCP 分析

采用单链构象多态性(SSCP)技术, 以16S rDNA 基因的V3 区为靶对象, 分析泥火山细菌多样性及其群落结构。通过对泥火山不同月份的不同深度土样DNA 提取后, 针对16S rDNA 进行PCR 扩增出236 bp 大小片段, 通过SSCP 电泳对泥火山细菌进行季节性多样性分析, 并对主要条带进行克隆分析。结果显示: 新疆泥火山细菌不同季节多态性明显, 而且这种多态性容易受生态和气候的影响; 假单胞菌属是泥火山土壤优势菌群, 在泥火山区土壤中广泛分布, 受生态和气候环境影响较小。     

Restriction fragment length polymorphisms of 16S rRNA genes in the differentiation of fast-growing mycobacterial species

Abstract DNA from several species of fast growing mycobacteria displayed a characteristic restriction fragment length polymorphism (RFLP) pattern when hybridizated to a Mycobacterium fortuitum 16S rRNA gene fragment. The resulting patterns were identical when comparing different strains belonging to the same species. The RFLP results were consistent with those obtained by DNA-DNA hybridization studies. Using this approach, we have been able to identify the number of copies for 16S rRNA genes in several fast-growing mycobacteria.