基于GPL软件的小型生物实验室计算服务解决方案

针对小型实验室特点和实际需要,提出并实现一个以服务器-客户机模式,涵盖web服务,生物序列分析,生物芯片数据分析,实验数据统计处理,文献服务等计算机辅助的通用解决方案。该解决方案已经应用在批量ESTs电子注释和寄生虫病分子诊断的靶序列筛选上。可作为小型实验室生物信息学基础设施部署。     

大片吸虫成虫cDNA表达文库的构建及其表达序列标签初步分析

为发现潜在的抗大片吸虫病的候选疫苗分子,控制大片形吸虫病,本研究以大片吸虫成虫为材料,应用SMARTTcDNA文库构建技术,构建了以表达载体λTriplEx2为基础的大片吸虫成虫cDNA表达文库。经测定,库容量为1·08×106PFU/ml ,重组率为96·6 %,扩增后的文库滴度为2·41×109PFU/ml ,插入片段平均大小约为1 000 bp;经大肠杆菌BM25·8质粒化后,从文库中随机挑选40个重组克隆测序,获得32条有效ESTs ;经BLASTX和BLASTn程序检索和分析,发现有9条ESTs代表已知基因, 16条ESTs相似性较低或无匹配,列为新基因。9条已知基因代表了半胱氨酸蛋白酶、卵壳蛋白、钙连接蛋白等三类功能蛋白,其余新基因也暗示与信号传导、蛋白合成、免疫刺激等基因相关,具有潜在的研究价值[动物学报51 (5) : 879 -883 , 2005]。     

姜黄素诱协同阿托伐他汀稳定易损斑块的作用与机制

探讨姜黄素诱导血红素氧合酶-1(hemeoxygenase 1,HO-1)过度表达协同阿托伐他汀稳定易损斑块的作用与机制。雄性SD大鼠40只,适应性饲养1周,随机分为对照组(A组)、模型组(B组)、他汀组(C组)、他汀+姜黄素组(D组)、他汀+姜黄素+锌原卟啉IX(Znpp IX)组(E组)。A组予以普通饲料喂养,B、C、D、E组予以高脂饲料喂养+液氮冻伤右颈总动脉+腹腔注射维生素D3+免疫损伤的方法复制动脉粥样硬化易损斑块模型。10周后,C、D、E组分别给阿托伐他汀、阿托伐他汀+姜黄素、阿托伐他汀+姜黄素+Znpp IX干预1周。同期处死大鼠,取血测定HO-1蛋白表达量及血脂、炎症与氧化应激指标的变化,并取右侧颈总动脉行组织病理学检查。与A组比较,B组的血脂水平、各项炎症及氧化应激指标均明显升高(P0.05),颈动脉形成较典型的易损斑块;与B组比较,C组血脂明显降低,而HO-1蛋白表达有所增加,各项炎症及氧化应激指标降低,颈动脉斑块减小且更稳定;D、E两组HO-1蛋白表达均显著高于C组,但在抗炎、抗氧化及稳定斑块效果上仅D组显著优于C组(P0.01),E组则明显不如C组而与B组相近。阿托伐他汀主要通过调脂作用抑制动脉粥样硬化病变;姜黄素能够显著诱导HO-1表达并能协同阿托伐他汀明显增强抗炎、抗氧化和稳定易损斑块的能力。