基于GPL软件的小型生物实验室计算服务解决方案

针对小型实验室特点和实际需要,提出并实现一个以服务器-客户机模式,涵盖web服务,生物序列分析,生物芯片数据分析,实验数据统计处理,文献服务等计算机辅助的通用解决方案。该解决方案已经应用在批量ESTs电子注释和寄生虫病分子诊断的靶序列筛选上。可作为小型实验室生物信息学基础设施部署。     

响应曲面法优化小牛胸腺肽提取工艺

目的:为了模拟并且优化小牛胸腺肽提取工艺,获得良好的活性肽提取效果.方法:在单因素试验的基础上,采用响应曲面法对影响胸腺肽提取率的四个因素即料液比、匀浆时间、匀浆液pH值和冻融次数进行优化.利用Design Expert7.0软件对胸腺肽提取率的二次多项数学模型分析.结果:在液料比1.94:1、匀浆时间3.38min、pH值3.23、冻融次数7次时,胸腺肽提取率达最大值,最佳提取率预测值为8.874mg/g,实测值为8.349mg/g.结论:采用响应曲面法能有效地优化小牛胸腺肽提取工艺,获得理想的提取效果.     

大片吸虫成虫cDNA表达文库的构建及其表达序列标签初步分析

为发现潜在的抗大片吸虫病的候选疫苗分子,控制大片形吸虫病,本研究以大片吸虫成虫为材料,应用SMARTTcDNA文库构建技术,构建了以表达载体λTriplEx2为基础的大片吸虫成虫cDNA表达文库。经测定,库容量为1·08×106PFU/ml ,重组率为96·6 %,扩增后的文库滴度为2·41×109PFU/ml ,插入片段平均大小约为1 000 bp;经大肠杆菌BM25·8质粒化后,从文库中随机挑选40个重组克隆测序,获得32条有效ESTs ;经BLASTX和BLASTn程序检索和分析,发现有9条ESTs代表已知基因, 16条ESTs相似性较低或无匹配,列为新基因。9条已知基因代表了半胱氨酸蛋白酶、卵壳蛋白、钙连接蛋白等三类功能蛋白,其余新基因也暗示与信号传导、蛋白合成、免疫刺激等基因相关,具有潜在的研究价值[动物学报51 (5) : 879 -883 , 2005]。