荧光定量PCR检测家蚕核型多角体病毒在其宿主体内的增殖动态

为了研究家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nuclear polyhedrosis virus,BmNPV)在其宿主幼虫体内不同组织中的增殖动态,对敏感性家蚕品种306幼虫进行经口定量滴注病毒。在接种后9个时间点,对中肠、血淋巴和脂肪体进行取样。以BmNPV DNA 聚合酶基因(dnapol)指示病毒拷贝数,同时以家蚕细胞质肌动蛋白A3(actin A3)基因作为参比基因,用荧光定量PCR的方法分别检测各个时间点的中肠、血淋巴和脂肪体中病毒的拷贝数。结果表明经口感染2 h,病毒进入中肠;12 h,病毒已经到达血淋巴和脂肪体;再经过约12 h的潜伏期,病毒在各组织中开始快速增殖,到84 h各组织中病毒增殖达到平台期。     

鄱阳湖流域极端降水时空分布和非平稳性特征

全球变暖背景下的极端天气气候事件显著增加。本研究基于PreWhitening Mann-Kendall(PWMK)、极点对称模态分解法和广义可加模型,利用鄱阳湖流域1959—2019年16个国家级气象站点的逐日降水数据,从极端降水的强度、频率和持续性3个维度系统检测和分析流域极端降水的时空分布和非平稳性特征。结果表明: 研究期间,鄱阳湖流域极端降水强度和频率呈显著增加趋势,持续性呈下降趋势,极端降水整体表现出强度大、频率高、持续时间短的特点;极端降水存在明显的汛期和非汛期时间分异规律,汛期极端降水集中在流域北部和中部,而非汛期多集中于中部,子流域中信江流域降水量增加趋势最显著,达到2.10 mm·a^-1;汛期极端降水的持续时间越长,强度和范围越小,非汛期极端降水则相反;鄱阳湖流域的极端降水强度和频率以平稳性特征为主,持续性表现出非平稳性特征。随着鄱阳湖流域极端降水量的不断增加,其可能引发的灾害风险将进一步增大。     

化学基因组学在抗真菌药物研究中的应用CSCD

真菌感染特别是侵袭性感染严重威胁人类健康,而我们应对真菌感染的药物种类却很少。基于细胞表型变化的抗真菌药物筛选,容易获得活性先导物,但后续对其作用靶点和作用机制的研究通常需要耗费更多的时间和精力,这已成为抗真菌药物研发的瓶颈。识别活性化合物的分子靶点,对于进一步优化改造先导物获得高效低毒的候选药物至关重要。化学基因组学能在活细胞基因组水平上发现先导物的作用靶点,利用该策略,近年来已有多个抗真菌先导物发现了作用靶点。该文主要介绍了化学基因组学的技术特点,以及近年来在发现抗真菌先导物作用靶点方面的应用。     

白族群体间的Y染色体和线粒体DNA多态性的分析

从父系和母系基因库水平上,研究不同分布地区白族群体之间的遗传结构的异同,并对其族源以及本民族群体之间的微进化关系进行初步的探讨。利用PCR-RFLP方法对云南白族和湖南白族及云南的傣族、布依族、独龙族、怒族、阿昌族和湖南土家族共8个群体进行14个线粒体多态位点和Y染色体上的13个双等位基因位点进行基因分型。统计单倍型,在SPSS软件上进行主成分分析。结果显示,两个白族群体在Y染色体双等位基因单倍型分布上差异不大,以H6、H8为主要单倍型分布;在线粒体单倍群分布上,两个白族群体则差异显著,单倍群D、B、M8在湖南白族中的分布频率比云南白族高的多,而在云南白族中M^*、G、F的频率则比湖南白族高。对Y染色体单倍型分布频率进行主成分分析表明两个白族群体聚在一起,整体上和其他北方起源的群体聚成一组;而对线粒体的单倍群分布频率分析显示湖南白族接近湖南汉族和土家族,而云南白族则接近云南怒族和阿昌族。两个白族群体在父系遗传结构上相近,表明他们具有共同的父系族源;而母系遗传结构上的差异,可能与历史上迁到湖南的白族先民主要为男性军士,流寓到当地后与汉、土家等民族女子通婚所致。     

云南16个少数民族群体的线粒体DNA多态性研究

利用PCR—RFLP法对傣族、白族、蒙古族、彝族等10个少数民族的16个群体共654人进行了mtDNA编码区多态性分析,共检测到17种单倍群,其中4种为未能确认的单倍群。单倍群频率分布和主成分图共同显示,百越系的3个民族共6个群体有高频的B、F单倍群,聚集在图的下部,表现出鲜明的南方群体特征;蒙古族的2个群体有高频的A、D单倍群,聚在图的上部,具有典型的北方群体特征;氐羌系的5个民族共7个群体全部或绝大多数都兼有南北方高频单倍群,位于图的中间,提示他们同时具有南北方群体的一些母系遗传特征。同一民族不同群体间的单倍群频率分布存在差异,但差异不很大,一般小于不同族源民族间的差异,但不一定都小于同一族源民族间的差异。     

SRC1/SRC2双基因敲除小鼠胎肺转录组分析

甾体激素受体共激活因子(steroid receptor coactivators, SRC)显著提高各种甾体激素受体的转录活性,在摄食、睡眠、应激反应和繁殖等多种生理功能中发挥着重要的调节作用。前期研究发现SRC1/SRC2双基因敲除(SRC1/2 double-knockout,SRC1/2 dKO)的小鼠会出现分娩启动的延迟,部分原因是由于胎肺的发育不全和肺表面活性物质相关蛋白A (pulmonary surfactant protein-A, SP-A)、血小板激活因子(platelet activating factor, PAF)分泌减少所引起。然而,对于SRC1/2 dKO小鼠胎肺基因表达的变化,尚缺乏全转录组层面的系统解析。本研究选用SRC1基因敲除(SRC1 knockout, SRC1KO)、SRC2基因敲除(SRC2knockout,SRC2KO)、SRC1/2dKO与野生型(wild-type, WT)小鼠孕18.5天胎肺样本,利用Illumina平台进行转录组mRNA测序,筛选差异表达基因,并进行GO和KEGG功能注释和富集分析。结果显示,所有样本的碱基质量值...     

云南4个少数民族8个Y-STR位点的多态分布

对云南蒙古族、纳西族、普米族和藏族4个少数民族共183份样本进行了8个Y—STR位点的多态性分析。结果显示：4个民族都保留着较高的Y—STR遗传多态性,在测出的55个等位基因中共构建了101种单倍型,其中蒙古族有29种,纳西族有17种,普米族有26种,藏族有45种。Rst距阵表明,云南蒙古族与普米族和纳西族的遗传距离最远,分别为0．28945和0．25862;云南藏族与普米族的遗传距离较远,为0．20109;云南藏族与纳西族的遗传距离最近,比其他民族两两之间的距离小1个数量级,仅为0．09475。结合历史学和民族学对4个民族父系遗传的亲缘关系进行了初步的比较分析。     

云南18个民族Y染色体双等位基因单倍型频率的主成分分析

世居云南的少数民族中。壮、傣、水、布依、布朗、德昂、佤、彝、白、怒、哈尼、傈僳、拉祜、纳西、景颇、阿昌、基诺和独龙18个民族是由“羌”、“濮”、“越”3大部落群体演化而来,是云南的土著居民。利用PCR-RFLP方法对这18个土著民族进行Y染色体上13个双等位基因位点进行基因分型。结果显示,不同历史族源的民族群体在Y染色体双等位基因单倍型分布上具有一定的差异：在百越后裔民族群体中以单倍型H11、H12为主要分布;在氐羌后裔民族中以单倍型H5、H6和H8为主要分布;在百濮后裔民族群体中主要单倍型分布为H6、H8和H11。进一步主成分分析表明,百越后裔民族群体和氐羌后裔民族在主成分图上聚为两组,提示父系基因库有不同的来源,与历史记载相印证。     

《生物多样性公约》研究知识图谱: 基于CiteSpace的文献计量分析

《生物多样性公约》(简称《公约》)作为保护地球生物资源的国际性公约, 与生态文明建设、构建人类命运共同体息息相关。对《公约》进行不同角度的研究, 分析当前生物多样性保护进展中的热点与趋势能为科学制定“2020年后框架”提供参考, 也能为推动生态文明建设提供智力支持。本文以CNKI中的论文为研究对象, 通过CiteSpace软件构建知识图谱, 对《公约》研究的发文量、研究机构、作者、研究热点等进行分析, 探讨中国当前对《公约》领域的研究进展。结果显示: (1)自1992年来, 对《公约》研究的发文呈波浪形上升趋势; (2)对《公约》进行研究的学者及机构众多; (3)关键词词频分析显示生物多样性公约、生物多样性、遗传资源、惠益分享是学者关注的热点, 同时生物多样性公约、生物多样性、知识产权、全球生物多样性、事先知情同意、海洋命运共同体形成聚类知识图谱; (4)知识图谱显示研究始终围绕保护生物多样性、持续利用、遗传资源的获取与惠益分享等《公约》三大目标展开, 同时关键词突现分析显示当前热点已扩展到海洋、公海生物多样性保护等国际热点议题; (5)随着COP 15的召开, 《公约》研究将面临新的机遇, 三大目标的平衡推进是履约的重要议题, 跨机构合作和多学科深度融合是拓宽研究的主要途径。     

一种新的家蚕信息素相关蛋白基因BmP218的生物信息学分析及功能预测

在进行抑制性减法杂交实验中,我们获得一条差异基因片段,EST拼接终获得了这一个654bp ORF阅读框,NCBI数据库检索未发现同源基因.但在家蚕数据库检索有同源基因存在为一种信息素相关的结合蛋白,PCR实验结果表明该基因确实在家蚕多种组织中存在转录,证明是一种新的基因,暂命名为BmP218.进一步生物信息学分析表明该定位在家蚕的第23号染色体上,有7个外显子.其同源物物有8个,虽然基因结构不同,但结构域非常相似.蛋白质分析中发现蛋白结构中包含有6个α螺旋,12个不规则卷曲,在氨基酸序列中存在有一段与昆虫细小病毒表壳蛋白类似的区域(100-183).