基于高通量测序数据构建斑马鱼隐性遗传突变筛选系统

目的:针对斑马鱼高通量测序数据,通过一系列质量控制和突变过滤,构建一套有效隐性遗传突变筛选系统。方法:A)经过与斑马鱼参考基因组比对,利用GATK获得初始的VCF格式突变信息。B)使用perl语言编写本地脚本,对突变信息进行过滤,注释等。C)通过绘制纯合突变点分布图,找出突变富集区域。整合以上步骤,构建出一套针对斑马鱼高通量测序数据的遗传性突变筛选系统。结果:对获得的突变位点进行了一系列的质量控制,定位到具体染色体上的特定区域,并且对获得的突变进行了功能上的注释。结论:本过滤筛选系统能有效控制检测的假阳性率,对斑马鱼致病性的隐性突变位点筛查提供有力参考。     

甲状腺转录因子-1融合表达载体的构建及体外活性鉴定

目的:构建人甲状腺转录因子-1(TTF1)编码基因的真核表达载体pcDNA3.1/myc-His(-)C-TTF1,并观察其蛋白质体外转录翻译情况。方法:据已知的TTF1基因序列,应用巢式PCR技术,从人肺腺癌细胞株SPC-A1中扩增出TTF1基因,通过TA连接将其克隆入pGEM-T-easy载体,经测序鉴定后,双酶切插入真核表达质粒pcDNA3.1/myc-His(-)C中;重组质粒经XhoⅠ和BamHⅠ双酶切鉴定后,进行蛋白质体外翻译观察TTF1体外表达情况,用电泳迁移率变动分析(EMSA)验证获得的体外翻译蛋白TTF1是否具有与下游靶基因UGRP1启动子结合的能力。结果:成功构建了含TTF1编码基因的真核表达载体pcDNA3.1/myc-His(-)C-TTF1,并能在体外表达TTF1蛋白。结论:能方便地获得TTF1体外翻译蛋白,为进一步研究TTF1蛋白与相应的DNA反应元件及其他转录因子的相互作用奠定了基础。     

转基因斑马鱼分析胰岛β-细胞发育情况

斑马鱼的个体小、高产和体外受精等特点使其已经迅速成为研究脊椎动物器官发育和人类疾病的模式生物之一。我们建立了一个转基因斑马鱼动物模型来研究胰岛β-细胞的发育。首先,构建了斑马鱼胰岛素（Insulin ,INS） 启动子与绿色荧光蛋白(GFP) 组成的表达载体, 命名为INS:GFP。其次,将质粒在斑马鱼1-细胞期注射到细胞质内。最后我们成功获得了生殖系稳定遗传胰岛素转基因斑马鱼,在成鱼和幼鱼期均可以通过GFP标记β-细胞。通过方便的荧光筛选,我们观察到胰岛在受精后18h开始形成,1－5d后由初始的脊索中线两侧向右迁移。从我们构建的胰岛素转基因斑马鱼,可以直观判断胰岛的发育情况,为研究胰岛的发育、损伤和再生提供了一个简便和直观的新型工具。