北部湾红树林沉积物中微生物群落结构的时空变化分析

微生物群落结构对海洋红树林湿地生态系统中的物质循环非常关键。本研究从中国亚热带北部湾典型海洋红树林湿地生态系统中采集沉积物样品,利用宏基因组学技术手段,完成了沉积物样品16S rDNA基因的扩增子的高通量测序,分析了不同时空条件下红树林沉积物的微生物群落结构分布和变化规律。研究结果表明,不管在干季还是湿季,在门分类水平上变形菌门(Proteobacteria)是最丰富的类别。此外,变形菌门(Proteobacteria)与绿弯菌门(Chloroflexi)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、酸杆菌门(Acidobacteria)、硝化螺旋菌门(Nitrospirae)和放线菌门(Actinobacteria)一共占据总丰度的80%左右。干季时期的微生物α多样性显著高于湿季,主坐标分析(principal co-ordinates analysis, PCoA)显示干、湿两季的微生物群落结构具有明显差异。干季时期的细菌的相对丰度显著高于湿季,而古菌则相反。不同时空期(干季和湿季)的变形菌门(Proteobacteria)的相对丰度没有显著差异。冗余分析(redundancy analysis, RDA)和相关性分析表明温度和盐度对微生物群落结构具有显著影响。本研究对揭示亚热带海洋红树林湿地生态系统沉积物中的微生物多样性及其群落结构演替规律具有重要的实践意义。     

野生马氏珠母贝子一代的遗传多样性

分析了海南省三亚与广西省北海两地野生贝群体内交配所得子代两群体 (SS、BB)和群体间交配(SS♀ ×BB♂ →BS)所得子代群体 (BS)各 8个个体的遗传多样性。筛选的 2 0个含 1 0碱基的随机引物中 ,其中 1 4个产生稳定的可重复的多态扩增结果 ,共检测出 1 2 4个位点。用修正的Shannon表型多态性指数量化三个群体的遗传多态度 ,SS、BB、BS三群体的多态度分别为 0 2 47,0 2 3 7,0 2 61。SS与BB ,SS与BS ,BB与BS三群体间的遗传相似度分别为 87 2 4% ,80 3 9% ,83 90 %。讨论了不同地域之间进行马氏珠母贝育种及遗传多样性保护工作的可行性     

一种来自于土壤宏基因组文库的AprN基因的鉴定

宏基因组文库技术的发展拓宽了酶学的研究范围,从而导致了一系列新型的生物催化剂被发现和鉴定。采用蛋白酶的活性筛选策略,从已构建的碱性污染土壤宏基因组文库分离得到了一个表达蛋白酶的阳性克隆。生物信息学分析表明该克隆所包含的外源DNA片断编码一个由381个氨基酸编码组成的多肽,该多肽大约为39kDa,等电点为8.91。BLAST软件分析该外源DNA片断包含一个完整的碱性蛋白酶基因（ap01）,GC含量为46.3%。相关酶学数据表明该阳性克隆所分泌的碱性蛋白酶最适作用pH值为9.5,最佳作用温度为40℃。     

苏芸金杆菌广谱杀虫Tm13－14菌株晶体毒素及毒力特性

以新筛选的对鞘翅目、鳞翅目、双翅目均具毒性的Ｂ．ｔ．Ｔｍ１３－１４菌株为材料,用ＨＤ－１、３３７０－１为参考菌株,比较了伴孢晶体蛋白的多肽组成,以及经三种昆虫肠道酶降解产生的抗酶多肽组分。ＳＤＳ－ＰＡＧＥ分析表明：Ｔｍ１３－１４晶体蛋白含１３８ｋＤ、１３２ｋＤ主要成分和６５ｋＤ次要成分。其晶体分别由三种昆虫肠道酶消化产生绚毒性多肽,经生物测定,杀家蚕的毒性成分为６８．５ｋＤ、５９ｋＤ多肽;杀斜纹夜蛾毒性成分为７１ｋＤ,６７ｋＤ和５９．６ｋＤ多肽杀马铃薯瓢虫毒性成分为６９ｋＤ、６５ｋＤ多肽。它与ＨＤ－１、３３７０－１晶体均有明显差异。     

基于综合生物标志物响应指数法评估近岸海洋环境压力——以广西西部沿海为例

2011-2012年,在广西西部沿海设置5个站点,以野生文蛤作为指示生物进行3次采样监测.从个体、细胞和分子水平选择了钻沙所需时间、吞噬能力、溶酶体膜稳定性、血浆三价铁还原力、乙酰胆碱酯酶活性及彗星率6项指标,利用综合生物标志物响应指数模型(IBR),整合上述生物标志物指标,并转化为形象直观的星状图,对调查站点的环境状况进行风险评估.结果表明: 各站点的综合生物标志物响应指数值(IBR/n)介于2.30~8.68,茅尾海的环境压力最大,北仑河口最小.虽然不同的生物标志物对污染压力的响应存在差异,但利用IBR可以有效区分文蛤所在区域的环境压力状况.利用生物标志物的监测结果与化学监测结果基本吻合.     

荧光定量PCR 方法及分子标志物在海洋污染监测中的应用进展

荧光定量PCR 作为一种核酸定量技术, 可在PCR 扩增时在体系中加入荧光染料或荧光基团, 实时监测荧光信号从而对PCR 扩增产物进行实时准确定量, 技术灵敏度高, 特异性强。通过对荧光定量PCR 的原理、分类、优缺点及几种定量分析方法对比进行简述, 并对其在国内外海洋环境污染监测中的广泛应用和研究进行了全面综述, 从而对荧光定量PCR 和分子标志物在海洋监测中的应用前景做进一步的展望。     

宏基因组克隆——微生物活性物质筛选的新途径*

在现有技术条件下自然界存在的微生物95%以上未能培养,采用传统的分离培养筛选的途径寻找新的微生物生物活性物质受到局限;宏基因组是特定小生境中全部微小生物遗传物质的总和,直接抽提环境样品中的总DNA,利用适宜的载体克隆到替代宿主细胞中构建宏基因组文库,通过外源基因赋予宿主细胞的新性状或基于某些已知DNA序列筛选,寻找新的生物活性物质或基因,极大地扩展了微生物资源的利用空间,增加了获得新的生物活性物质的机会。     

宏基因组克隆--微生物活性物质筛选的新途径

在现有技术条件下自然界存在的微生物95％以上未能培养,采用传统的分离培养筛选的途径寻找新的微生物生物活性物质受到局限;宏基因组是特定小生境中全部微小生物遗传物质的总和,直接抽提环境样品中的总DNA,利用适宜的载体克隆到替代宿主细胞中构建宏基因组文库,通过外源基因赋予宿主细胞的新性状或基于某些已知DNA序列筛选,寻找新的生物活性物质或基因,极大地扩展了微生物资源的利用空间,增加了获得新的生物活性物质的机会。     

文蛤副溶血弧菌病的研究

近年来,广西沿海在５—６月份常发生文蛤大批死亡现象,从死亡文蛤中分离到病原菌,经人工感染试验得到证实。病原菌为革兰氏阴性短杆菌（０．８－１．０×１．５－１．８μｍ）,具偏端生单鞭毛。在ＴＣＢＳ琼脂平板上培养２４ｈ后,形成蓝绿笠状菌落,菌落直径２－３ｍｍ,发酵葡萄糖产酸不产气,精氨酸－碱反应阴性,赖氨酸、鸟氨酸脱羧阳性,靛基质阳性。在温度１０－４２℃、ｐＨ值５－１１、盐度０．５－８１％的环境条件下都能生长。该菌具有较强的毒力。经系统生理生化特性鉴定和ＶＩＴＥＫ微生物自动分析仪鉴定,病原菌为副溶血弧菌（Ｖｉｂｒｉｏｐａｒａｈａｅｍｏｌｙｔｉｃｕ）。选择适当的养殖场地、做好蛤苗投放工作、掌握好放养密度、加强养成管理、加强环境监测预报是防治文蛤疾病流行的主要措施。     

苏芸金杆菌广谱杀虫Tml3—14菌株晶体毒素及毒力特性

以新筛选的对鞘翅目,鳞翊目、双翅目均具毒性的B.t.Tml3-14菌株为材料,用HD-1、3370-1为参考菌株,比较了伴孢晶体蛋白的多肽组成,以及经三种昆虫肠道酶降解产生的抗酶多肽组分。SDS-PAGE分析表明：Tml3-14晶体蛋白含1 38kD、l 32kD主要成分和65kD次要我分。其晶体分别由三种昆虫肠道酶消化产生的毒性多肽,经生物测定,杀家蚕的毒性成分为68.5kD、59kD多肽;杀斜纹夜蛾毒性成分为71kD,67kD和59.6kD多肽;杀马铃薯瓢虫毒性成分为69kD、65kD多肽。它与HD01、3370-1晶体均有明显差异。