整合素α6在不同转移潜能膀胱癌细胞中的定量差异表达分析

整合素是一类跨膜糖蛋白,能够与细胞外基质结合参与许多生物学过程,尤其是与癌细胞的增殖、迁移等密切相关.目前在研究膀胱癌的发生发展过程中,对整合素的关注较少.本研究利用稳定同位素标记技术(SILAC)蛋白质定量技术结合质谱分析技术,对3株不同转移潜能的膀胱癌细胞株中的蛋白质组差异表达进行研究,并通过蛋白质免疫印迹技术、实时荧光定量PCR、细胞免疫荧光照相和流式细胞术等多种技术进行验证.同时使用临床组织基因芯片结果对比分析表明,与正常膀胱表皮细胞HCV29相比,整合素α6在膀胱癌细胞中表达量均有明显的上升,且在非侵染性膀胱癌KK47细胞中的表达量最高,侵染性的膀胱癌YTS1细胞中表达量次之.这一结果说明整合素α6与膀胱癌的发展具有密切关系,并为深入研究整合素α6在膀胱癌发生发展中的作用提供了前期基础.     

帕金森病患者脑脊液蛋白质组学分析

帕金森病（Parkinson′s disease,PD）是一种中枢神经系统慢性进展性疾病.本研究采用双向凝胶电泳（two-dimensional gel electrophoresis,2-DE）分离脑脊液（cerebrospinal fluid,CSF）蛋白,获得2-DE图谱,通过ImageMaster 2D Elite软件分析寻找两组的差异蛋白点.结果显示,PD患者CSF中有4个蛋白点丰度下降,22个蛋白点丰度上升.还利用电喷雾质谱（electrospray ionization-tandem mass spectrometric,ESI-MS）对差异蛋白点进行鉴定,发现丰度上升的蛋白点有电压依赖性钙通道α2/δ1亚基,结合珠蛋白,β2-微球蛋白和阿朴脂蛋白A-IV前体,丰度下降的蛋白点为转铁蛋白和转甲状腺蛋白.研究发现,PD患者与对照组CSF蛋白质表达有明显差异,对差异蛋白进行质谱鉴定并了解它们的功能,为以后进一步研究他们在PD发病机制和病程进展中的作用奠定基础.     

凝集素法与酰肼法富集糖肽的方法学比较

蛋白质糖基化(glycosylation)是最常见和最重要的翻译后修饰之一.大规模N-连接糖基化位点鉴定是糖蛋白质组学研究的重要组成部分,而N-连接糖肽富集是高通量N-连接糖基化位点鉴定的关键步骤.凝集素富集法和酰肼化学法是目前被广泛应用的N-连接糖肽富集技术,有报道认为两种方法具有很强的互补性,联合使用能提高糖基化位点的鉴定数目.本文以Hep G2细胞系为模型,系统比较了这两种方法的富集效率和糖蛋白鉴定数目.结果表明,虽然酰肼法的糖肽富集效率为76.6%,远高于凝集素法的54.6%,但是凝集素法却能鉴定到825个糖蛋白和1 959个N-连接糖基化位点,显著多于酰肼法富集到的522个糖蛋白和1 014个糖基化位点.并且,两种方法并未显示出显著的互补性,仅28个糖蛋白和80个糖基化位点未在凝集素法中鉴定到.     

内质网上的蛋白质RCN2与STIM1-Orai1复合体相互作用

膜蛋白质Orail组成了一类被称为钙释放激活钙通道（CRAC）的离子通道,并且由相互作用的蛋白质STIM1作为其在内质网上的钙感受器．但是这类通道的调节机制还未研究透彻．通过串连亲和纯化STIM1-Orai1复合体,发现与之相互作用的内质网蛋白质RCN2．共聚焦显微术显示RCN2与STIM1在钙库排空前后完全共定位．对RCN2的EFhands结构突变体所作单细胞测钙,结果显示其对钙库操控通道电流特性有微弱影响．全内反射荧光显微术显示,RCN2以花环状围绕包围STIM1聚集堆,这提示RCN2在STIM1聚集中起到一种结构约束作用．     

质谱检测叶酸缺乏人胚肾细胞中低组蛋白H3赖氨酸79甲基化修饰

目的：探讨叶酸（Folic acid,FA）缺乏在培养的人胚肾细胞（HEK-293）中对细胞组蛋白修饰水平的影响。方法：人胚肾细胞分两组培养,一组正常培养,一组无叶酸培养。细胞提取组蛋白后通过高效液相色谱一线性离子阱/静电场轨道阱高分辨质谱（HPLC-LTQ/Orbitrap Ms）检测组蛋白的修饰以比较叶酸缺乏对人胚肾细胞组蛋白修饰的影响。结果：用高分辨质谱方法成功检测到人胚肾细胞的五个组蛋白变体H1,H3,H4,H2a和H2b上的33个组蛋白修饰位点,其中23个修饰位点为uniprot数据库上已经报道的组蛋白修饰位点,而其余10个为未报道修饰位点。通过质谱比较正常和叶酸缺乏组人胚肾细胞修饰谱发现H3K79me1和H3K79me2在叶酸缺乏培养组中检出率较低。进一步用蛋白免疫印迹的方法也证明了在叶酸缺乏的人胚肾细胞中H3K79me1水平低于正常培养组。结论：细胞中叶酸缺乏影响组蛋白甲基化包括H3K79me2和H3K79me1修饰水平,提示细胞外营养因素叶酸水平可影响组蛋白修饰水平从而参与疾病如神经管畸形（Neural tube defect,NTD）的发生。     

蚂蚁水提取物抗疲劳的研究

目的:研究蚂蚁水提取物抗疲劳作用及其机制,为提高运动员训练效果及比赛成绩提供科学方法。方法:将80只小鼠随机分为4组(n=20):阴性生理盐水对照组、蚂蚁水提取物分为高、中、低三个剂量组,比较各组小鼠力竭游泳时间、肝糖原、肌糖原、乳酸脱氢酶、超氧化物歧化酶、血乳酸和血尿素氮的差异,研究蚂蚁水提取物抗疲劳的效果和机制。结果:与阴性生理盐水对照组比较,蚂蚁水提取物中高剂量组能够延长小鼠负重游泳时间(P<0.01),提高小鼠乳酸脱氢酶、超氧化物歧化酶活力(P<0.01),降低血乳酸和血尿素氮含量(P<0.01),提高小鼠肌糖原储备量,但对肝糖原的储备量影响不大。结论:蚂蚁水提取物能起到抗疲劳作用,其原因可能是它提高了乳酸脱氢酶、超氧化物歧化酶活力,使得代谢产物的分解加快,从而小鼠在耐力运动中坚持更久的时间。     

运动对2型糖尿病大鼠血清生物标记物时序性特征的代谢组分析

目的：分析2型糖尿病大鼠在运动干预不同时点的血清生物标记物组合特征。方法：100只SD大鼠,随机选取90只高糖高脂饲料喂养4周,40 mg/kg体重腹腔注射链脲佐菌素（STZ）造模,稳定1周后,71只大鼠成模。最后进入实验共81只大鼠。实施三个时点游泳运动干预（2周、4周和8周）。实验设计共分8组,具体如下：正常对照组（C₀组,n=10）;糖尿病模型对照组（DC₀组,n=10）;糖尿病模型对照2周组（DC₂组,n=10）;糖尿病模型对照4周组（DC₄组,n=10）;糖尿病模型对照8周组（DC₈组,n=9）;糖尿病运动干预2周组（DE₂组,n=11）;糖尿病运动干预4周组（DE₄组,n=10）;糖尿病运动干预8周组（DE₈组,n=11）。采用UPLC/Q-TOF MS技术对大鼠血清进行代谢组学检测,分析运动干预三个时点血清生物标记物的组合特征。结果：依据变化倍数大小排列组合,形成运动干预三个时点的血清生物标记物组合。这些血清生物标记物组合中,大部分差异性物质在不同时点同时出现,但变化倍数有明显不同。2周时点单甘油酸酯的变化倍数最明显,4周时点葡糖酸的变化倍数最明显,4~8周时点二十碳五烯酸、亚麻酸含量可回归至正常水平。结论：2型糖尿病大鼠运动干预不同时点血清生物标记物组合呈现出一定特征。二十碳五烯酸、亚麻酸是运动干预三个时点中上调显著的共同物质,单甘油酸酯、葡糖酸、丙基肉碱、精氨酸、1-磷酸鞘氨醇是三个时点中下调显著的共同物质。     

质谱检测叶酸缺乏人胚肾细胞中低组蛋白H3赖氨酸79甲基化修饰

目的:探讨叶酸(Folic acid,FA)缺乏在培养的人胚肾细胞(HEK-293)中对细胞组蛋白修饰水平的影响。方法:人胚肾细胞分两组培养,一组正常培养,一组无叶酸培养。细胞提取组蛋白后通过高效液相色谱一线性离子阱/静电场轨道阱高分辨质谱(HPLC-LTQ/Orbitrap Ms)检测组蛋白的修饰以比较叶酸缺乏对人胚肾细胞组蛋白修饰的影响。结果:用高分辨质谱方法成功检测到人胚肾细胞的五个组蛋白变体H1,H3,H4,H2a和H2b上的33个组蛋白修饰位点,其中23个修饰位点为uniprot数据库上已经报道的组蛋白修饰位点,而其余10个为未报道修饰位点。通过质谱比较正常和叶酸缺乏组人胚肾细胞修饰谱发现H3K79me1和H3K79me2在叶酸缺乏培养组中检出率较低。进一步用蛋白免疫印迹的方法也证明了在叶酸缺乏的人胚肾细胞中H3K79me1水平低于正常培养组。结论:细胞中叶酸缺乏影响组蛋白甲基化包括H3K79me2和H3K79me1修饰水平,提示细胞外营养因素叶酸水平可影响组蛋白修饰水平从而参与疾病如神经管畸形(Neural tube defect,NTD)的发生。     

人类新基因ACBP5cDNA的克隆及其同源物在小鼠/鸡胚发育过程中的表达

利用电子克隆的方法寻找具有重要结构域的人类新基因ACBP5 ,根据得到的序列信息用RT PCR的方法获得全长基因 .通过生物信息学方法预测其结构 ,采用整体原位杂交和组织RT PCR的实验方法 ,在小鼠和鸡胚胎实验模型中研究该基因在发育过程中的表达情况 ,并对其功能进行初步的预测 ,获得一个含有乙酰辅酶A结合蛋白 (acyl CoAbindingprotein ,ACBP)结构域的人类新基因ACBP5 .ACBP5基因的cDNA长度为 10 83bp ,生物信息学方法预测其定位在人第 1号染色体上 ,包含 7个外显子 ,6个内含子 ,包含一个 35 4bp的完整阅读框架 ,编码一个 118个氨基酸残基的蛋白 .在以小鼠胚胎和鸡胚为模型的整体原位杂交中 ,以ACBP5基因全长编码区为探针的结果均显示该基因在胚胎头部特异表达 ,并且主要集中在中脑与间脑之间的峡部 .成体小鼠的组织RT PCR的结果显示 ,ACBP5的同源基因在各组织中均有表达 .这提示ACBP5基因在不同物种中的表达可能比较保守 ,并与头部发育有密切关系 ,同时也对维持细胞的正常功能起到重要的作用 .     

小鼠和鸡的类E1酶新基因UBAL的克隆和表达分析

根据含有UBA_NADbindingdomain的EST序列,利用同源性序列查找和EST拼接的方法,克隆得到鼠、鸡的新基因UBAL(ubiquitin-activatingenzymelikeprotein),它们都具有泛素活化酶Uba1的保守结构域Ⅰ,可能的ATP结合序列GVGGVG和Cys活性位点.用半定量RT-PCR分析11种成年小鼠组织的mUBAL表达量,显示mUBAL在成年小鼠多种组织中都有表达,在肾、睾丸、脑、心脏中尤为丰富.用mUBAL的编码区为探针进行的小鼠胚胎整体原位杂交显示,mUBAL在胚胎发育早期即开始表达,并随着前内脏内胚层(AVE)的向前迁移而迁移,随后在胚胎的端脑区特异性表达.与小鼠胚胎的表达谱相类似,gUBAL在HH14、HH16和HH18期鸡胚中的表达主要集中在头部.根据mUBAL和gUBAL的序列相似性保守结构域和活性位点,可以初步断定它们可能是类泛素活化酶E1的新成员,可能通过活化类泛素蛋白参与胚胎脑部的发育和调控成体组织的功能.