优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中 SSR位点鉴定、特征及分布规律

优雅蝈螽Gampsocleis gratiosa是一种在我国具有悠久人工饲养历史的鸣虫。简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)非常适用于种群遗传研究。本文运用MISA软件分别在优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中发现15 042和40 611个SSR位点。转录组中,双碱基型最为丰富5 444个(36.19%),其次为单碱基型4 785个(31.81%)和三碱基型4 273个(28.41%),而四碱基型514(5.83%)和五碱基型26(0.33%)极少,没有发现六碱基型。基因组浅层测序结果中,以三碱基型(38.89%)和四碱基型(38.43%)最为丰富,单碱基型(10.34%)和双碱基型(11.72%)次之,五碱基型(0.54%)和六碱基型(0.08%)最少。基因组浅层测序结果中SSR位点的密度为876.20个/Mb,约为转录组143.06个/Mb的6倍。利用primer 3_2.2.3搜索发现优雅蝈螽转录组和基因组浅层测序结果中侧翼序列满足设计引物条件的完整型SSR位点数分别为9 969个(70.18%)和21 437个(67.75%)。本研究加深了对优雅蝈螽基因组的认识和了解,并为下一步大量开发和筛选高质量微卫星标记提供数据支持。     

mRNA表观修饰方式及m6A功能研究进展

mRNA上能发生100多种化学修饰,其中N~6-腺嘌呤(m~6A)是mRNA修饰中最广泛的表观修饰方式之一。在细胞分化、胚胎发育和应激等生物学过程中,特定的mRNA会发生包括N~1-腺嘌呤甲基化、N~5-胞嘧啶甲基化、假尿嘧啶以及N`6-腺嘌呤甲基化等修饰,它们共同形成了mRNA转录后调控的表观修饰转录组,实现对mRNA翻译成蛋白质过程的精确时空调控,特别是m~6A修饰能通过调控mRNA的代谢和翻译等进而调控细胞的一系列生物学过程。文中主要综述mRNA的表观修饰类型和特点,特别是m~6A修饰参与调控mRNA和细胞生物学功能的最新研究进展,并展望了将来m~6A表观修饰的研究重点和方向。     

腹水降钙素原诊断肝硬化自发性腹膜炎的临床价值研究

目的:探讨腹水中降钙素原(PCT)诊断晚期肝硬化腹水并发自发性细菌性腹膜炎(SBP)的临床价值,并确定其参考值水平。方法:选择42例肝硬化失代偿期患者为研究对象(伴SBP22例,非SBP 20例),抽取其住院时、住院后24 h和48 h外周血及腹水标本各一次,进行腹水中有核细胞数计数,并采用免疫荧光层析法同时测定和比较其血清及腹水中PCT的含量。结果:22例伴SBP的患者血清和腹水PCT含量均明显高于20例不伴有SBP的患者(P0.01),而伴SBP的患者腹水PCT含量和同时间点血清PCT含量比较差异均无统计学意义(P0.05)。以入院时腹水PCT含量诊断SBP的ROC曲线的AUC为0.986,而血清PCT、腹水PMN计数的AUC分别为0.942、0.868;入院后24时腹水PCT和血清PCT诊断SBP的ROC曲线的AUC分别为0.998和0.986;入院后48时腹水PCT和血清PCT诊断SBP的ROC曲线的AUC为0.986和0.990。结论:腹水降钙素原可用于晚期肝硬化腹水并发SBP的诊断,且较血清降钙素原和腹水中有核细胞计数具有更高的诊断价值。入院时、入院后24 h和48 h时,腹水PCT大于0.565 ng/m L、0.545 ng/m L和0.410 ng/m L提示患SBP可能性大。     

腹水传代Walker256乳腺癌细胞系建立骨癌痛模型的可行性

目的:探讨应用腹水传代培养Walker 256大鼠乳腺癌细胞系建立wistar大鼠胫骨癌痛模型的可行性。方法:将体重180-200g Wistar大鼠随机分为三组:正常对照组(Control组)、假手术组(Fake组)、接种Walker256乳腺癌细胞组(Model组)。Model组为将含1×10~8个/m L Walker 256大鼠乳腺癌细胞悬液20μL注入Wistar大鼠胫骨上段骨髓腔制备的骨癌症疼痛模型。Fake组经微量进样器注射等量的生理盐水入骨髓腔;Control组则不进行手术接种,分别于手术后数天(post-cancer cell implantation day,PID)PID 0 d、7 d、14 d及21 d摄片检查手术侧胫骨,观察大鼠的疼痛行为学变化,PID 0 d、7 d及14 d行胫骨HE染色。结果:PID 7 d摄片检查提示骨密度不均一,HE染色见大量肿瘤细胞浸润、骨小梁破坏,PID 14 d Model组均与Fake组、Control组行为学方面有显著的统计学差异(P0.01)。结论:应用腹水传代培养Walker 256大鼠乳腺癌细胞系可以建立wistar大鼠胫骨癌痛模型。     

教酒链霉菌NRRL 3882中钙霉素生物合成后修饰基因calD的功能分析

【目的】钙霉素是二价阳离子载体,是一类含有吡咯环的聚醚类抗生素,广泛用于细胞二价阳离子的生物学功能研究。本文以钙霉素生物合成基因簇中cal D基因为研究对象,通过蛋白质同源序列比对、基因敲除、回补验证及HPLC/MS分析,对cal D基因的功能进行表征。【方法】对cal D基因功能进行生物信息学预测。选用钙霉素产生菌Streptomyces chartreusis NRRL 3882,通过PCR-targeting的方法对cal D基因进行敲除获得突变株,再将cal D基因克隆到链霉菌整合质粒上,通过接合转移技术将cal D回补到缺失株中。使用HPLC/MS技术对菌株发酵产物进行分析。【结果】生物信息学预测Cal D蛋白酶属于氧化还原酶。获得cal D基因敲除突变株Δcal D及基因回补菌株Δcal D:cal D。HPLC/MS检测到cal D基因的缺失菌株大幅降低钙霉素产生能力,与野生型菌株相比,突变株中积累更多的3-Hydroxylcezomycin和更少的氮-去甲基钙霉素。【结论】cal D参与钙霉素的生物合成。cal D的缺失导致3-Hydroxylcezomycin的积累,推测cal D负责钙霉素生物合成途径中苯并噁唑环3位上羟基转化成酮基的氧化反应。初步阐明了cal D基因在钙霉素生物合成途径中的功能机制。     

渔山岛岩石相潮间带大型底栖动物物种多样性

为系统研究渔山岛潮间带大型底栖动物群落结构与生物多样性,作者于2009年3月至2010年1月在该岛潮间带布设5条断面进行了4个季节的取样,调查大型底栖动物种类组成、生物量和丰度,并分析了多样性状况.结果显示:共鉴定出大型底栖动物100种;Shannon-Wiener多样性指数(H')、Pielou均匀度指数(J)、Ma...     

黑线仓鼠断乳后能量代谢和脂肪累积的适应性调节

小型哺乳动物能量代谢和脂肪累积的适应性调节是其应对自然环境变化的主要能量学策略,但在不同的生活史阶段,脂肪组织适应性调节的特征和能量机理尚不清楚。为探讨不同繁殖阶段能量代谢和脂肪累积的变化及其内分泌机理,本文测定了黑线仓鼠哺乳期和断乳后摄食量、脂肪重量,以及血清瘦素水平、下丘脑瘦素受体（Ob-Rb）和相关神经肽的基因表达。结果显示,哺乳高峰期黑线仓鼠的脂肪重量几乎降低至零,断乳后显著增加;与非繁殖对照组相比,皮下脂肪、肾周脂肪与腹腔脂肪重量分别增长了1.5倍、37.1倍和1.9倍。断乳后摄食量、血清瘦素水平显著高于非繁殖对照组,Ob-Rb基因表达显著下调,而促食与抑食神经肽的基因表达均未发生显著变化。哺育不同胎仔数的黑线仓鼠在断乳后能量摄入、静止代谢率、身体组分未出现显著差异。研究表明,在不同的繁殖阶段脂肪累积呈现显 著的适应性调节,瘦素抵抗是断乳后脂肪累积补偿性增长的重要内分泌机制之一。这对迅速恢复脂肪累积,以应对将来的能量需求增加或者食物资源短缺的环境,进而提高自身的适合度具有重要意义。     

沙利度胺对实验性矽肺血管生成的干预研究

目的观察实验性矽肺形成过程中肺组织局部血管生成的动态变化,以及沙利度胺对矽肺肺纤维化血管生成的干预作用。方法SD大鼠54只,随机分为3组,矽肺组和沙利度胺组气管内注入二氧化硅混旋液复制实验性大鼠矽肺模型,对照组在相同条件下给予生理盐水。第二天起沙利度胺组给予沙利度胺饲料喂养,其余各组在相同条件下给予普通饲料喂养。采用HE染色、羟脯氨酸含量测定、免疫组织化学染色等方法,观察实验性大鼠矽肺的发病过程,肺组织中p-Akt蛋白和局部血管生成的动态变化及其与肺胶原蛋白含量的关系。结果矽肺组第7天新生血管明显增多,第30天较第7天有所减少,到第60天肺组织正常结构基本消失,取代为广泛结节性纤维化,少见血管;沙利度胺组血管生成在第7天轻于矽肺组,但仍高于对照组。免疫组化显示p-Akt蛋白在矽肺组第7天明显达到高峰,第30天时较第7天有所减弱,第60天时明显减弱。沙利度胺组p-Akt蛋白和羟脯氨酸含量均低于矽肺组,但高于对照组。结论矽肺早期血管生成显著,血管生成在矽肺肺纤维化发生早期可能起重要作用;沙利度胺能在一定程度上抑制过度的血管生成,对实验性矽肺具有一定的阻抑作用。     

随机扩增多态性DNA分析院内感染的铜绿假单胞菌

目的 运用随机扩增多态性DNA(RAPD)基因分型技术监测铜绿假单胞菌(PA)的医院感染情况,了解耐药表型与RAPD基因型关系,为确定院内交叉感染发生及院感控制提供依据.方法 对10例ICU患者连续多次采样分离出的48株PA进行RAPD基因分型和药物敏感性试验.结果 48株PA共分出9个基因型.6例患者为单一RAPD型PA菌株感染,4例患者检出2种RAPD 型,有3组患者分别检出同型RAPD.耐药性最高的是环丙沙星(75%),其次是左氧氟沙星(73%),耐药性最低的为美洛培南(31%).结论 耐药表型与RAPD基因型之间不存在相关性;RAPD分型快速简单,对于流行病学调查确定院内交叉感染或流行具有重要意义.