基于RNA-Seq数据识别果蝇剪接位点和可变剪接事件

完整基因结构的预测是当前生命科学研究的一个重要基础课题,其中一个关键环节是剪接位点和各种可变剪接事件的精确识别.基于转录组测序（RNA-seq）数据,识别剪接位点和可变剪接事件是近几年随着新一代测序技术发展起来的新技术策略和方法.本工作基于黑腹果蝇睾丸RNA-seq数据,使用TopHat软件成功识别出39718个果蝇剪接位点,其中有10584个新剪接位点.同时,基于剪接位点的不同组合,针对各类型可变剪接特征开发出计算识别算法,成功识别了8477个可变剪接事件（其中新识别的可变剪接事件3922个）,包括可变供体位点、可变受体位点、内含子保留和外显子缺失4种类型.RT-PCR实验验证了2个果蝇基因上新识别的可变剪接事件,发现了全新的剪接异构体.进一步表明,RNA-seq数据可有效应用于识别剪接位点和可变剪接事件,为深入揭示剪接机制及可变剪接生物学功能提供新思路和新手段.     

A Stable Upstream Stem-loop Structure Enhances Selection of the First 5''''-ORF-AUG as a Main Start Codon for Translation Initiation of Human ACAT1 mRNA

Acyl-coenzyme A:cholesterol acyltransferase (ACAT)is an integral membrane protein, which is mainly locatedin rough endoplasmic reticulum (ER), and is responsiblefor catalyzing the intracellular formation of cholesterylester from cholesterol and long-chain fatty acyl-coenzymeA [1,2]. Human ACAT1 cDNA K1 was firstly cloned andfunctionally expressed in 1993 [3]. Further studies withspecific anti-ACAT1 antibody (DM10) illustrated that onemajor 50 kD ACAT1 protein was expressed in various…     

小鼠精囊自身抗原的原核表达和纯化

目的：在原核细胞中表达小鼠精囊自身抗原（SVA）,并对表达产物进行鉴定和纯化。方法：提取小鼠附睾组织总RNA,RT-PCR获得SVA的cDNA,设计并合成特异引物序列,进一步扩增出不含信号肽的SVA编码序列,连入原核表达载体pET28a中,经酶切和测序鉴定正确的重组质粒转化大肠杆菌Rosetta（DE3）感受态细胞,IPTG诱导表达,Western印迹分析表达产物His-SVA,采用Ni-NTA纯化融合蛋白His-SVA。结果：原核表达获得融合6个组氨酸的SVA,用抗His单克隆抗体进行Western印迹鉴定,检测到相对分子质量约18×10^3的目的蛋白,与理论值一致;经Ni-NTA纯化获得较高纯度的His-SVA融合蛋白。结论：获得了在大肠杆菌中表达的小鼠附睾蛋白SVA,为后续研究其对小鼠生殖的影响奠定了基础。     

Purification and characterization of Moschatin, a novel type Ⅰ ribosomeinactivating protein from the mature seeds of pumpkin (Cucurbita moschata), and preparation of its immunotoxin against human melanoma cells

A novel ribosome-inactivating protein designated Moschatin from the mature seeds of pumpkin (Cucurbita moschata) has been successively purified to homogeneity, using ammonium sulfate precipitation, CM-cellulose 52 column chromatography, Blue Sepharose CL-6B Affinity column chromatography and FPLC size-exclusion column chromatography. Moschatin is a type 1 RIP with a pI of 9.4 and molecular weight of～29 kD. It is a rRNA N-glycosidase and potently blocked the protein synthesis in the rabbit reticulocyte lysate with a IC_(50) of 0.26 nM. Using the anti-human melanoma McAb Ng76, a novel immunotoxin Moschatin-Ng76 was prepared successfully and it efficiently inhibited the growth of targeted melanoma cells M_(21) with a IC_(50) of 0.04 nM, 1500 times lower than that of free Moschatin. The results implied that Moschatin could be used as a new potential anticancer agent.     

基于线粒体 CO玉及 Cyt b 基因的7种龙虾类分子系统关系

运用 PCR 法扩增湛江沿海海域7种龙虾的线粒体 CO玉和 Cyt b 基因并对其序列进行分析,以分析7种龙虾的分子系统关系.从 7种龙虾中扩增到的 CO玉基因片段长度均为650 bp,共存在224个核苷酸位点变异,变异率为35.22%,简约信息位点161个;扩增到的 Cyt b 基因片段长度均为536 bp,共存在148个核苷酸位点变异,变异率为29.48%,简约信息位点66个.所有的扩增序列中,没有发现碱基的缺失以及插入,序列中的转换大于颠换,且碱基替换多发生于密码子的第3位.以帝加洛真龙虾(Palinurus delagoae)、普通真龙虾(Palinurus elephas)、吉氏真龙虾(Palinurus gilchristi)为外群,对 CO玉和 Cyt b 两个基因序列采用最大简约法(maximum parsimony, MP)和贝叶斯推论法(bayesian inference, BI)构建龙虾类分子系统树.结果显示:日本龙虾和密毛龙虾亲缘关系比较近,而其它5种龙虾与真龙虾属的3种关系较近,与传统的分类存在一定分歧.     

乙醇合成途径的计算机重构

目的:用计算机重构乙醇合成途径,为合成生物燃料乙醇提供理论依据。方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉42个通用代谢物参与的反应,然后利用剩下的反应构建反应矩阵;利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索生成乙醇的代谢途径。结果:计算机重构了23 108条乙醇合成途径,以大肠杆菌作为产乙醇基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了78条以酒精O-乙酰基转移酶为关键酶的乙醇合成通路和89条以丙酮酸脱羧酶和乙醇脱氢酶为关键酶的乙醇合成通路,并构建了相应的乙醇合成网络图,标注每个反应的酶及编码该酶的基因。结论:通过计算机方法重构了多种乙醇合成途径,可以为利用微生物工业化生产乙醇提供理论依据。     

Fusion Protein of Interleukin 4 and Diphtherial Toxin with High Cytotoxicity to Cancer Cells

One means to improve the selectivity of cancer therapyis by directing foreign protein with activity againsttherapeutic targets that displays different expression levelon malignant cells from normal cells. There have hadsubstantial efforts to rationally de…     

红莲型水稻不育系统花粉发育不同时期MADS-box基因家族的表达分析

以红莲型水稻不育系、保持系、恢复系和杂种为材料 ,根据 MADS- box的保守序列设计特异引物 ,并分别以 Oligo d T1 2 GC和 Oligo d T1 2 CG为锚定引物对花粉发育单核期和二核期的花药进行了差异展示分析。扩增共得到 382条带 ,其中有组成型表达带 2 2× 8=176条。对差异带的统计分析表明 :MADS- box基因家族参与了水稻CMS和育性恢复的核质互作。最后 ,对这些差异带与 CMS和育性恢复之间的关系以及特异引物在研究复杂生物学现象中的应用进行了讨论。     

红莲型细胞质雄性不育水稻线粒体DNA的AP-PCR分析

为了研究红莲型细胞质雄性不育与线粒体基因组的关系。以水稻红莲型粤泰细胞质雄性不育系A和保持系B及杂种一代F1为材料。应用AP-PCR分析,用10个单引物对其线粒体DNA进行扩增。实验结果表明,不同的引物在3种材料间均有不同程度的差异。为红莲型细胞质雄性不育分子机理的研究提供了线索;此外,在引物6F1的扩增图谱中找到一条在YTA和F1中特异的带TAF6F2,Sounthern分析TAF6F2不育胞质的特异性,可能与红莲型水稻细胞质雄性 不育性状的形成有关。