(行鸟)形目12种鸟类线粒体细胞色素b基因序列差异及其系统发育关系

采用PCR直接测序方法首次对Hang形目(Charadriiformes)12种鸟类：蒙古沙Hang(Charadrius mongolus)、环颈Hang(Charadrius alexandrinus)、大杓鹬(Numenius madagascariensis)、白腰杓鹬(Numenius arquata)、中杓鹬（Numenius phaeo-pus）、红脚鹬（Trina totanus）、林鹬（Trina alareola）、翘嘴鹬（Xenus cineres）、翻石鹬（Arenaria interpres）、大滨鹬（Calidris teruarostris)、反嘴鹬（Recurvirostra avosetts)和砺鹬（Haematopus ostralensis)线粒体cyt b基因全序列进行测定,并以白鹳（Ciconia ciconia)的同序列作为外群杓建系统发生树。经比对,Hang形目12种鸟类线粒体cyt b基因全序列均包括1143bp,序列间未见有插入和缺失,共有381个变异位点,种间序列差异值为5．16％—16．01％。重建的系统树将Hang形目12种鸟类分为2个支系：第1支系包括红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬,其中红脚鹬、林鹬、翻石鹬、大滨鹬、翘嘴鹬聚为一支,中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬聚为另一支;第2支系包括蒙古沙Hang、环颈Hang、反嘴鹬和硕鹬,其中反嘴鹬与砺鹬互为姐妹群,然后再与Hang属的两个种蒙古沙Jamg和环Hang组成的姐妹群构成并系群。分子证据提示：第1支系中各属问及种间的系统关系与形态学研究结果相吻合;第2支系中的反嘴鹬与Hang鹬之间的亲缘关系较近,两者聚为姐妹群,提示将这两个类群合并为一个亚科——反嘴葫亚科更为合理,与码亚科共同组成Hang科,与核型研究结果和Sibley在新分类体系中将码科分为反嘴鹬亚科和Hang亚科、反嘴鹬族和砺鹬族属于反嘴鹬亚科的观点相一致。     

东方田鼠部分BAC文库的微卫星筛选

目的 从东方田鼠的部分BAC文库中筛选微卫星.方法 应用非放射性的菌落杂交方法和磁珠富集法从东方田鼠的BAC文库中筛选高质量的微卫星标记.结果 以地高辛标记的寡聚核苷酸(CA)20为探针,通过菌落杂交法从136个东方田鼠BAC克隆中筛选出杂交信号最强的20个阳性克隆.再将这20个阳性克隆分别通过链霉亲和素磁珠法构建亚克隆文库,从中选取400个经PCR鉴定为阳性的亚克隆进一步测序分析,共得到220个微卫星序列,阳性率55％.选取重复次数高,侧翼序列完整的微卫星序列设计74对引物,共有35对引物能扩增出清晰的条带,其中16对引物具有多态性.结论 成功且高效地从阳性BAC克隆中筛选出微卫星序列,这些微卫星和阳性BAC克隆可用于后续的定位研究.     

基于蛋白质组学技术的新型冠状病毒肺炎研究进展

新型冠状病毒肺炎（coronavirus disease 2019，COVID-19）是一种由严重急性呼吸系统综合征冠状病毒2（severe acute respiratory syndrome coronavirus 2，SARS-CoV-2）引发的传染病。此种病毒传染性强、传播速度快，对全球人民的身体健康和生命安全造成严重威胁。蛋白质组学技术以其高通量、高灵敏度的特点，在疾病生物标志物的发现、分子机制研究及治疗靶点研究中扮演着重要角色，并被广泛应用于COVID-19的研究中。本文介绍了SARS-CoV-2的基因组结构及病毒感染过程，总结了目前常用的基于质谱的蛋白质组学研究技术，重点综述了蛋白质组学技术在COVID-19生物标志物的发现、分子机制研究和药物治疗靶标研究中的应用进展，最后展望了蛋白质组学的未来发展方向，以期能够有助于推动蛋白质组学技术在COVID-19精准诊断和治疗中的发展。     

常用医学图像“局部显微镜”程序的研究

在医学临床和科学研究中,常常需要将图像的某个感兴趣区域(ROI)进行放大显示,以便清晰地观察图像的细节.为了实现这一目标,采用IDL语言(Interactive Data Language)编写了应用程序,从而实现了医学图像“局部显微镜”的功能.一系列实验表明:对于各种常用的医学图像类型(灰度图像、RGB图像、DICOM图像等),程序均能较好地实现放大显示的功能.此外,该程序还具有人机交互性强、可移植性高等优点.     

猪肉中猪瘟病毒的检测

本文报道了一种检测猪肉中猪瘟病毒的新方法。即用氟里昂113去除肉样中杂蛋白,用聚乙二醇(Mw6000)浓缩样品以增加单位病毒量,用微量细胞培养增殖病毒以扩大病毒绝对量,用灵敏度高的酶免疫技术检测,本法重复性好,特异性强,简便快速,检测样品容量大。     

猛禽类15种鸟类线粒体tRNA基因序列及二级结构的比较研究

利用PCR方法扩增13个猛禽类物种线粒体基因组中3个主要的tRNA基因簇：IQM(tRNA^lle-tRNA^gln-tRNA^Met)、WANCY(tRNA^Trp-tRNA^Ala-tRNA^Asn-tRNA^Cys-tRNA^Tyr。)和HSL(tRNA^His-tRNA^Ser(AGY)-tRNA^Leu(CUN)),测序后结合GenBank已登陆的游隼和普通鵟相应序列探讨猛禽类共15种鸟类的分子系统进化。3个目的片段长度分别为212～214bp、353～362bp、205～208bp,通过比较这些tRNA基因序列和二级结构差异,发现可变核苷酸位点占47％,这些变异中67％出现在环区,且存在插入和(或)缺失。茎区相对保守,其中一些变异如双链的互补性碱基突变、G-U配对等对于维系tRNA二级结构的稳定性非常重要。以夜鹰为外群分别构建了15个猛禽类物种共11个线粒体tRNA基因全序列和茎区序列的NJ树和MP树．其中基于全序列的系统发育树分支具有较高的自引导值,因此该数据集所反映的猛禽类系统发育关系可能更接近真实水平。系统发育分析显示,隼形目鹰科更接近于鸱鹗科而不是隼科,而草鹗科的分类地位也与传统的形态学和DNA-DNA杂交数据的结论存在分歧。比较物种问tRNA基因二级结构发现,部分tRNA基因中的核苷酸插入和缺失特征在科水平具有共同衍征,提示这些特征对于猛禽类科间系统发育关系具有较高的参考价值。     

鸻形目15种鸟类线粒体ND6基因序列差异及其系统进化关系

采用PCR和质粒克隆测序方法,首次获得鸻形目l5种鸟类线粒体基因组的ND6基因全长522bp的序列。经对位排列,序列间末见有插入和缺失,共有216个变异位点,种间序列差异为5．17％—19．92％。以白鹤为外群,用NJ法构建15种鸟类的进化关系树。研究结果表明：构建的系统树将鸻形目15种鸟类分为2个支系：第1支系包括蒙古沙鸻、环颈鸻、灰斑鸻和反嘴鹬。第2支系包括红脚鹬、林鹬、青脚鹬、翘嘴鹬、翻石鹬、大滨鹬、尖尾滨鹬、斑尾塍鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬,其中鹬属的3个种和杓鹬属的3个种分别组成一个单系;翘嘴鹬和翻石鹬、大滨鹬和尖尾滨鹬分别聚为姊妹群,表现出较近的亲缘关系;斑尾塍鹬独立分支出来。分子证据提示：鹬科中的塍鹬属、鸻科中的斑鸻属应提升为亚科分类阶元;反嘴鹬与鸻科鸟类亲缘关系较近,组成一个单系,将其归入鸻科下属的一个类群更为合理,与核型研究结果及Sibley新分类体系的观点相一致。     

形目15种鸟类线粒体ND6基因序列差异及其系统进化关系

采用PCR和质粒克隆测序方法 ,首次获得形目 15种鸟类线粒体基因组的ND6基因全长 5 2 2bp的序列。经对位排列 ,序列间未见有插入和缺失 ,共有 2 16个变异位点 ,种间序列差异为 5 17%～ 19 92 %。以白鹳为外群 ,用NJ法构建 15种鸟类的进化关系树。研究结果表明 :构建的系统树将形目 15种鸟类分为 2个支系。第 1支系包括蒙古沙、环颈、灰斑和反嘴鹬。第 2支系包括红脚鹬、林鹬、青脚鹬、翘嘴鹬、翻石鹬、大滨鹬、尖尾滨鹬、斑尾塍鹬、中杓鹬、大杓鹬和白腰杓鹬 ,其中鹬属的 3个种和杓鹬属的 3个种分别组成一个单系 ;翘嘴鹬和翻石鹬、大滨鹬和尖尾滨鹬分别聚为姊妹群 ,表现出较近的亲缘关系 ;斑尾塍鹬独立分支出来。分子证据提示 :鹬科中的塍鹬属、科中的斑属应提升为亚科分类阶元 ;反嘴鹬与科鸟类亲缘关系较近 ,组成一个单系 ,将其归入科下属的一个类群更为合理 ,与核型研究结果及Sibley新分类体系的观点相一致 [动物学报 49(1) :6 1～ 6 7,2 0 0 3]。     

鸡卵清蛋白基因转录起始点的确定及表达载体的构建

采用5’RACE方法确定鸡卵清蛋白基因转录起始点的位置,通过序列分析得出转录起始点为G,从而确定出核心启动子及上游调控区的位置。应用PCR技术分别扩增两段卵清蛋白基因上游调控序列的两个片段,长度分别为1．5kb和2．9kb。经PCR测序和克隆测序后,针对突变的碱基进行修复,并将修复的两片段分别连接在带有绿色荧光蛋白报告基因pGFP-N2载体上,为使pGFP-N2载体本身的CMV启动子不影响对鸡卵清蛋白启动子的研究,将其切去,构建了P1.5koval-GFP和R2.9koval-GFP两种表达载体,经酶切鉴定这两种表达载体构建正确。     

鸮形目两种鸟类线粒体基因组全序列测定与比较研究

利用Long-PCR和Primer Walking结合克隆测序法对短耳鸮和长耳鸮线粒体基因组进行了全序列测定. 结果表明: 短耳鸮mtDNA序列全长为18858 bp, 长耳鸮mtDNA全长为18493 bp, 其中短耳鸮mtDNA是目前已知最长的鸟类线粒体基因组. 两种鸮类的基因组结构和基因排列顺序与家鸡相同, 无假控制区, 在ND3基因174位点都存在一个额外插入的胞苷酸(C). 控制区序列异常增大是造成这两种鸟类mtDNA增大的主要原因, 短耳鸮控制区长度为3288 bp, 长耳鸮为2926 bp, 这是目前已知的脊椎动物线粒体基因组中仅次于盲鳗的最大的控制区. 在其控制区3′端存在大量的串联重复序列, 分析发现这两种鸮类的重复序列和Mt5调控元件有较高的序列相似性, 且能形成多重的茎环二级结构, 这表明该重复序列可能具有一定的生理功能, 影响线粒体基因组的复制或转录表达, 从而使相应物种具有更大的选择优势, 以适应环境和生存竞争.