云南澜沧拉祜族HLA-DRB1基因多态性研究

采用我们改进的高分辨率基于内含子的PCR-SBT分型方法,首次检测云南拉祜族HLA-DRB1基因多态性。在55例拉祜族个体中共检出16种HLA-DRB1等位基因,最常见的DRB1等位基因是HLA-DRB1*12021、09012、15011,基因频率分别为30.909%、15.455%、13.636%,共占拉祜族可检出等位基因的60%,其中DRB1*0413、11081、1312、1418、1504首次在我国人群中检出,并且在世界各地人群中也比较罕见。对拉祜族和世界各地人群的HLA-DRB1频率进行了比较,分析了HLA-DRB1等位基因在各人种中的分布特点,并用Neighbor-joining法进行了聚类分析。比较分析的结果显示拉祜族明显属于中国南方族群,未显示出其族源来自北方的痕迹。对此遗传数据和民族学、历史学研究的矛盾,做了初步的分析。 Abstract:The HLA-DRB1 gene polymorphism in Lahu ethnic of Yunnan,China was the first time investigated using high resolution PCR-SBT method,which is based on sequences of HLA-DRB1 Intron 1 and Intron 2 and with our improvement.From 55 individuals of Lahu ethnic 16 DRB1 alleles were detected.The three most common alleles were HLA-DRB1*12021(30.909%),09012(15.455%),15011(13.636%),and they covered 60% of the total alleles detected from Lahu ethnic.HLA-DRB1*1413,*11081,*1312,*1418,*1504 were the first time detected in the Chinese,and were very rare in worldwide ethnic groups.With comparison of HLA-DRB1 gene frequencies between various ethnic groups we analysized the characteristics of HLA-DRB1 gene distribution in worldwide populations,and constructed the phylogenetic tree by Neighbor-joining method and Nei measure of genetic distance.The result showed Lahu ethnic obviously belong to the Chinese South ethnic groups and can't trace its origin from northern groups with the HLA-DRB1 genetic data.The preliminary explanations about the contradiction were given in this paper.     

中国人常见HLA—DPB1不明确杂合子SSP分型解决方案

目的：人类染色体是二倍体,这使得以测序方法研究多态性区域时会遇到不明确杂合子,这个问题在HLA-DPB1的分型上尤为突出。试图寻找一个来解决HLA-DPB1分型中不明确杂合子比例高给分型带来的困难的方案。方法：对946例样品进行HLA-DPB1分型,其中不明确杂合子有353例,共30种,占总例数的37％。建立了一套SSP分型方法,设计上游引物6条,下游引物15条,每一个样品同时用两对特异性引物进行扩增,两对引物分别代表两种不同的杂合模式。再从30种不明确杂合子类型中各挑2个样品进行克隆测序,结果与SSP分型结果比较。结果：SSP分型方法采用同一套扩增体系与两套循环反应条件,只需一次PCR扩增,就可以方便快捷地实现不明确杂合子的分辨,其结果与克隆测序结果相符。结论：与以往的克隆测序、SSCP方法相比,本研究中SSP分型方法具有高效率、高通量、省时省力的特点。     

用ＰＣＲ—ＳＳＯ方法研究云南西部彝族ＨＬＡ—ＤＱＢ１基因的多态性

应用ＰＣＲ－ＳＳＯ基因分型技术,对我国云南西部地区３代内无血缘关系的７６个彝族健康个体进行了ＬＡ－ＤＱＢ１位点的基因分型。结果显示,在ＤＱＢ１的３８个等位基因中,观察到１３个等位基因,云南西彝族表现为ＤＱＢ１＊０３０１（３６．１８％－３６．８４％）最常见。其他频率大于５％的等位基因还有ＤＱＢ１＊０５０２（１０．５３％－１１．１８％）、ＤＱＢ１＊０４０１（９．２１％）、ＤＱＢ１＊０３０２（８．５５％－９．２１％）、ＤＱＢ１*0601(7．８９％）ＤＱＢ１＊０５０３１（６．５８％）、ＤＱＢ１＊０３０３２（５．９２％－６．５８％）。和其他１３个华人群体ＤＱＢ１等位基因的频率比较分析表明,总体上,云南西彝族和其他各华人群体间都存在很大的差异。显示其ＨＬＡ等位基因频率分布的民族独特性。     

云南纳西族HLA—DRB1基因多态性研究及其族源分析

首次在国内采用本室改进的高分辨率的基于内含子的PCR－SBT分型方法,检测云南纳西族HLA－DRB1基因多态性。在60例纳西族个体中共检出37种HLA－DRB1等位基因,其显著特点是等位基因的类型检出较多,频率分布比较平均,除12021（17.50%）外其他的等位基因频率均低于8％,其他较常见的等位基因（＞5％）还有1404（7.50%）,1504（5.83%0,04051（5.83%0,08032（5.83%）,09012（5％）,03011（5％）。这几种中频等位基因共占可检出等位基因的35％,与12021一起共占52.49%,其中DRB1＊0305、0438、1123、1132、1310、0812为首次在我国人群中检出,并且在世界各地人群中也比较罕见。以纳西族和世界各地人群的HLA－DRB1频率进行了聚类分析。比较分析的结果显示纳西族明显属于中国南方族群,未显示出其族源来自北方的痕迹。根据遗传数据,并参照民族学、历史学研究,对其民族起源做了初步的分析。     

中国人常见HLA-DPB1不明确杂合子SSP分型解决方案

目的:人类染色体是二倍体,这使得以测序方法研究多态性区域时会遇到不明确杂合子,这个问题在HLA-DPB1的分型上尤为突出。试图寻找一个来解决HLA-DPB1分型中不明确杂合子比例高给分型带来的困难的方案。方法:对946例样品进行HLA-DPB1分型,其中不明确杂合子有353例,共30种,占总例数的37%。建立了一套SSP分型方法,设计上游引物6条,下游引物15条,每一个样品同时用两对特异性引物进行扩增,两对引物分别代表两种不同的杂合模式。再从30种不明确杂合子类型中各挑2个样品进行克隆测序,结果与SSP分型结果比较。结果:SSP分型方法采用同一套扩增体系与两套循环反应条件,只需一次PCR扩增,就可以方便快捷地实现不明确杂合子的分辨,其结果与克隆测序结果相符。结论:与以往的克隆测序、SSCP方法相比,本研究中SSP分型方法具有高效率、高通量、省时省力的特点。     

76种细菌DNA双链碱基使用频率的比较及其意义

应用生物信息学方法,对已完成测序的76种细菌基因组进行比较,分析细菌基因组中编码区及密码子上碱基使用频率情况,结果显示：1.先导链与滞后链上在编码区的碱基使用频率无明显差异且显著正相关;2.先地链与滞后链在第一,第二,第三密码子碱基使用频率基本一致且显著正相关,结果表明,选择压力及自然突变对DNA双链总体碱基分布的影响相等。