豫西寒武系第三统张夏组Schaubcylindrichnusheberti及其生态学特征*

豫西寒武系第三统张夏组上部保存有大量发育厚壁的遗迹化石。通过野外多剖面多角度观察,结合室内遗迹化石特征统计、宏观—微观结构的分析,发现该遗迹化石的纵切面形态多为I/J形和宽扁U形,且多呈簇状或束状的集群分布,具有厚的衬壁,被深色晕圈所围绕。单个潜穴结构由分界清晰的三部分组成:深灰色亮晶方解石组成的填充物、浅灰白色灰泥质衬壁、深灰色微晶方解石和白云石组成的晕圈。根据这些特征将其定名为Schaubcylindrichnus heberti,并对其进行形态功能分析,认为S.heberti体现了造迹生物复杂的行为习性:两种摄食方式(建造潜穴时的食沉积物以及居住时的漏斗进食),主动避免环境中的不利因素(建造厚的衬壁),以及快速生长的生存策略(不断废弃旧管、建造新管)。在寒武系张夏组灰岩中发育大量且属种单一的Schaubcylindrichnus,说明寒武纪生物的行为习性已有显著进化,生物应对复杂环境的能力有了很大提升。     

豫西寒武系苗岭统张夏组Talassinoides bacae 中莓状黄铁矿的成因及其生态学意义

豫西寒武系苗岭统张夏组薄层微晶灰岩中发育了大量的Thalassinoides bacae遗迹化石,利用微区X射线荧光光谱仪和扫描电镜观察,并结合能谱分析,对Thalassinoides bacae遗迹化石的元素分布及微观特征进行分析。结果表明:衬壁与围岩的元素特征相似,晕圈的Fe、Mg富集;在填充物与衬壁的边界处Fe的含量高,且有大量的莓状黄铁矿(微晶呈八面体、五角十二面体、立方体、球体和不规则形)、黄铁矿的自形单晶及其铁的氧化物。认为晕圈构造是受到铁白云石流体的影响而形成的成岩晕;莓状黄铁矿的特征表明其为生物成因,为Thalassinoides bacae的耕作行为习性提供了重要依据,表明造迹生物在潜穴衬壁的边缘培植微生物以提供食物来应对食物贫乏,这是早期生物行为习性进化及后生动物向不同环境辐射的重要标志。     

猪白细胞介素18成熟蛋白基因的克隆与表达

目的克隆猪白细胞介素18(pIL-18)成熟蛋白基因,并在植物乳杆菌(Lb.plantarum)NC8中进行表达。方法通过RT-PCR方法从猪脾脏细胞中扩增出pIL-18成熟蛋白基因,克隆到T载体pMD18-T后测序;将阳性基因片段克隆至大肠埃希菌-乳酸菌穿梭表达载体pSIP-409构建重组表达载体pSIP-409-IL-18,进行酶切和PCR鉴定;应用电穿孔技术将其转化至Lb.plantarum NC8中,经SppIP诱导表达后,进行SDS-PAGE及Western-blot分析。结果经测序,pIL-18成熟蛋白基因核苷酸长度为579 bp,编码193个核苷酸;酶切和PCR鉴定证明成功构建了重组表达载体pSIP-409-IL-18;SDS-PAGE及Western-blot分析表明重组菌表达了18 kD的融合蛋白,该重组蛋白可以与鼠抗猪IL-18多克隆抗体反应。结论成功克隆了pIL-18成熟蛋白基因,并获得有生物活性的pIL-18重组乳酸菌,为研制开发IL-18重组乳酸菌制剂奠定基础。     

基因工程乳酸菌的应用研究进展

随着分子生物学技术的不断发展,重组基因工程乳酸菌取得了较快的进展.本文主要从基因工程乳酸菌在食品、药品、保健品、饲料养殖领域中的应用进行综述,以便正确认识、了解和使用基因工程乳酸菌,对其进一步的研究以及开发应用具有深远的意义.     

三种四膜虫全基因组N6-甲基腺嘌呤比较研究

为了揭示N6-甲基腺嘌呤(6mA)在近缘物种间的分布规律和物种进化过程中的变化, 研究在分离2种四膜虫(Tetrahymena malaccensis和Tetrahymena pyriformi)大核的基础上, 利用三代测序技术绘制了其全基因组单碱基分辨率6mA图谱, 结合公共数据库中已有的模式种Tetrahymena thermophila数据, 开展了3种四膜虫比较6mA甲基化组分析, 发现: (1)3种四膜虫6mA甲基化位点分布特征类似, 包括呈约200 bp周期性分布和具有保守AT基序; (2)6mA主要分布于基因的5′端, 在种间直系同源基因上的分布模式具有区域近似性, 但在单碱基水平不完全保守; (3)在种内近期复制的并系同源基因中, 6mA分布在单碱基水平具有较高的保守性; (4)结合3种四膜虫的分化时间, 估算出了四膜虫中6mA动态变化过程, 6mA位点建立的速度大约为每Mb每百万年69.9—226个位点。     

基于地理环境相似度的长江经济带入侵物种虚拟负样本生成方法

入侵物种空间分布建模的核心数据源来源于物种多样性采样(物种出现点和未出现点),然而,大多数入侵物种标本库只记录物种出现点样本信息,缺乏对未出现点(负样本)位置的记录。因此,生成有效的入侵物种虚拟负样本是建立物种空间分布模型的关键。本文提出了一种基于地理环境相似度的虚拟负样本生成方法。首先利用主成分分析(PCA)方法对地理环境原始变量进行线性相关性建模,基于提取的主成分,采用K-means算法对入侵物种样本进行聚类分析并计算各样本的地理环境相似度。在此基础上,通过建立基于主成分的入侵物种相似性度量与可信度计算框架来识别虚拟负样本。以长江经济带入侵物种一年蓬(Erigeron annuus)数据集为例,分析了整个区域虚拟负样本的可信度。结果表明,与空间随机采样和单类支持向量机采样相比,用本研究提出的方法生成的样本数据建立的logistic回归和支持向量机预测结果更优,验证了该方法的可行性与有效性。基于地理环境相似度的虚拟负样本抽样策略有助于解决由于随机采样而引起的误采样到潜在入侵点的难题,同时负样本的可信度能有助于识别不同等级的入侵物种适应区。     

基于知识库的基因组数据整合分析

数据整合逐渐成为生物数据分析的重要方向。随着高通量技术的广泛应用,基因组序列数据大量产生,而如何充分、高效地整合这些序列数据成为了一个难题。本文从序列角度出发设计了一套新的数据整合方法:序列群富集分析(SequenceSet Enrichment Analysis,SSEA),并用实验数据探讨了其潜在的应用价值,结果显示SSEA能更好的挖掘出序列数据中的复杂生物学信息。     

流感病毒感染诱导T细胞免疫应答的研究进展

A型流感病毒(Influenza A virus,IAV)属正粘病毒科流感病毒属,是造成人畜呼吸道感染的重要病原微生物。随着研究的不断深入,国内外不断发现肺脏效应CD4+T细胞、CD8+T细胞和调节性T细胞利用多重效应和调节机制控制IAV感染。本文通过查阅流感病毒介导T细胞免疫反应的有关文献,主要对IAV逃逸T细胞免疫的策略、宿主感染IAV过程中T细胞亚群和固有免疫样T细胞产生的免疫反应等方面展开综述,为国内相关领域的研究提供理论依据。