固始鸡1日龄和36周龄下丘脑高丰度差异性MiRNA的鉴定及功能预测分析

为鉴定鸡下丘脑发育相关特异性表达miRNA,基于固始鸡1日龄和36周龄下丘脑小RNA的Solexa测序数据,共鉴定到266种2个发育阶段共表达的miRNA,其中157种miRNA的表达水平被显著下调,22种被显著上调.聚类分析显示,鸡下丘脑高丰度差异性miRNA主要集中于let-7、mir-181、mir-30、mir-99、mir-1和mir-17等基因家族.另外,预测了10种高丰度差异性miRNA的靶基因,并进行了相应的GO分析和KEGG通路分析.结果显示,预测靶基因在发育过程、代谢过程、细胞过程和生物学过程调节等4个生物学过程以及细胞周期、粘着斑、TGF-beta信号通路和MAPK信号通路等通路中显著富集.研究结果为进一步揭示miRNA调控鸡下丘脑发育的分子机制提供了有益线索.     

鸡miR-21的组织表达谱及其功能预测分析

已知miR-21在多种生物学过程中发挥重要的调控作用,然而有关鸡miR-21功能的研究尚未见报道。为了解鸡miR 21的潜在生物学功能,采用qRT-PCR检测了固始鸡5个发育阶段、15种组织中miR-21的表达情况。同时,利用Pictar和TargetScan算法预测了miR-21的靶基因并对预测的靶基因进行了Gene Ontology分析和通路分析。结果显示,miR-21的表达具有明显的时序特征,除14胚龄鸡的小脑和腺胃外,胚胎期各组织中miR-21的表达水平均显著低于出壳后对应组织的表达水平;出壳后鸡的下丘脑、大脑、小脑、小肠、肝脏、胸肌和肾脏等组织中miR-21的表达水平随发育进程均显著上调。生物信息学分析显示,预测的miR-21的靶基因在基因表达调控、大分子代谢调控、转录调控、细胞代谢调控、细胞衰老和增殖、呼吸系统发育、骨骼发育、心脏发育和神经系统发育等广泛的生物学过程中显著富集。总之,鸡miR-21为广泛性时序表达miRNA,可能参与鸡出壳后诸多器官发育相关的生物学过程的调控。     

猪组织中miR-103实时定量PCR分析时合适内参的确定

定量实时PCR是miRNA表达检测的主要方法之一,而利用合适内参对定量实时PCR数据进行校正处理是确保该方法分析准确性的关键.为了确定猪正常组织中miR-103定量实时PCR检测分析的合适内参,首先采用geNorm算法和扩增效率试验对miR-196、U6 snRNA和总RNA 3个候选内参进行了评价;然后以miR-103的绝对定量结果为对照,比较分析了3个候选内参的校正准确性．结果表明,miR-196的表达稳定性和扩增效率均优于U6 snRNA和总RNA;以miR-196为内参的miR-103相对定量结果同绝对定量结果具有较高的一致性,两者均显示miR-103在猪大脑中高丰度表达,在胃、小脑、小肠、心脏、肝脏和胰脏中适度表达,在肺、脾脏和腿肌中轻度表达.这些结果说明,miR-196可作为猪正常组织中miR-103定量实时PCR相对定量分析的一个合适内参.     

鲤鱼脾脏中保守miRNA的鉴定

miRNA参与动物免疫系统发育及功能调节,但与鲤鱼免疫相关的miRNA研究还未见报道.为鉴定鲤鱼免疫相关miRNA,本研究构建了鲤鱼脾脏小RNA文库.通过Solexa测序,共获得纯净序列读数10 603 456条. 经过生物信息学分析,鉴定到192种保守miRNA,其中69种为新的鲤鱼miRNA.表达分析表明,高丰度miRNA主要集中于let-7、mir-10、mir-15和mir-30等30余个基因家族. miRNA保守性分析显示,23个家族在原口和后口动物中均存在,46个家族仅在脊椎动物中保守,5个家族仅在鱼类中被鉴定到.此外,GO富集分析表明,鲤鱼脾脏保守miRNA与免疫系统发育、淋巴细胞活化、免疫应答等相关.本研究首次鉴定了鲤鱼脾脏组织miRNA转录组谱,增加了鲤鱼已知miRNA数量,有助于更好地理解鲤鱼免疫防御机制.     

MicroRNA调控动物脂肪细胞的分化

MicroRNA (miRNA)属于非编码小调节RNA,在动物细胞的增殖、分化、凋亡和代谢等许多生物学过程中具重要作用.研究显示大量miRNA也参与动物脂肪细胞的分化调节,在前体脂肪细胞向成熟脂肪细胞的分化过程中具有多种功能.目前的研究结果表明,这些miRNA在脂肪细胞分化的早期或后期通过其靶基因发挥功能,如miR-17-92和miR-143分别通过其靶基因Rb 2/p 130和ERK 5/BMK 1调节脂肪细胞分化,过表达可促进体外培养的脂肪细胞分化.因此,了解更多miRNA在脂肪细胞分化中的功能,可以加深对动物脂肪形成分子机制的理解,并有可能将其作为脂类代谢性疾病治疗的潜在靶点.     

鸡Visfatin基因9 bp indel杂合突变异源双链DNA的鉴定

内脂素(Visfatin)是脂肪细胞因子家族的新成员,主要由内脏脂肪组织产生.研究表明内脂素具有类胰岛素样作用.在检测固始鸡-安卡鸡资源群体3代(亲本,F1,F2)964只鸡Visfatin基因9bp插入/缺失(9 bp 'TAACCTGTG' insertion-deletion)多态的过程中,发现其杂合子的变性和非变性聚丙烯酰胺胶上除2条同源双链DNA(282bp和273bp)外有2条未知条带(命名为A和B).A,B条带经回收、二次PCR、再次聚丙烯酰胺凝胶电泳及DNA测序表明:Visfatin基因第10内含子中9bp insertion-deletion突变杂合子的PCR产物中,本身包含2种同源双链DNA片段和2种异源双链DNA片段,不需要经过额外的变性、退火处理,其PCR产物可以直接进行突变检测,在229个杂合突变中异源双链DNA的检出率为100%.因此,通过异源双链DNA这一标示物作为基因分型时的依照或者参考,建立适当的异源双链DNA分析法可进行基因中几个核苷酸插入/缺失多态的检测.     

鲤脾脏高丰度micoRNA let-7a序列特征、组织表达及功能预测分析

先前研究表明let-7a为鲤(Cyprinus carpio)脾脏高丰度miRNA, 但其功能尚不清楚。为全面了解鲤let-7a的潜在生物学功能, 研究分析了其成熟序列特征、组织表达谱和靶基因富集情况。结果显示, let-7a在鲤脾脏中存在序列长度变异和碱基替换, 长度为18—25 nt, 碱基替换类型有9种, 种子区序列碱基替换率达2.1%。表达谱分析表明, let-7a为广泛性高丰度miRNA, 具明显的时序表达特征, 其在鳃、肠、脾脏和肾脏等免疫相关器官中的表达水平明显高于其他器官。GO富集分析显示, let-7a与转录调控、细胞刺激应答、离子转运、跨膜运输、蛋白质氨基酸磷酸化和细胞迁移等生物学过程密切相关, 尤其是靶基因GO term在刺激应答相关的许多生物学过程显著富集。总之, 鲤let-7a可广泛参与多种生物学过程调控, 尤其是机体各种刺激应答。     

鸡miR-9不同组织表达差异及其功能预测分析

miRNA在动物生长发育过程中有重要作用. 本文采用定制茎环反转录引物,利用实时荧光定量PCR技术构建miR-9在鸡2个阶段11个组织中的表达谱,同时用TargetScan5.1与PicTar两种计算方法对其进行靶基因预测,交集的基因集合分别进行GO（gene ontology）富集分析和生物通路富集分析. 结果表明,采用实时定量PCR检测的miR-9在鸡下丘脑中的表达量和高通量测序结果一致;采用实时定量PCR在对不同组织定量结果表明,miR-9在0日龄鸡的肾脏、下丘脑、腿肌和大脑中高丰度表达,在成年鸡表达量较高为大脑、腿肌、心脏、小脑和下丘脑.在同一组织的0日龄和成年鸡中表达呈现时序性,除肝脏的表达量差异不显著,其他10个组织miR-9表达量差异显著（P<0.05）.预测到交集靶基因有160个.涉及到多个KEGG通路和GO富集中.GO分类结果显示,这些基因分布于63个群中,其中基因超过45个基因群集有26个群,与代谢有关的群有11个. 其它与发育、调控等过程有关. 在KEGG通路分析中,显著的通路有细胞骨架调控、细胞增殖和分化有关的通路（P<0.01）等5个通路. 表明miR 9基因的表达有组织和时序特异性,靶基因参与细胞代谢、生长发育和调控.这些结果为进一步验证miR 9基因在在脑中调控生长发育过程中的作用奠定了基础.     

桑疫病菌噬菌体的分离及其特性

从一些省市的桑叶,土壤中分离到29株桑疫病菌噬菌体,根据噬菌斑的大小、潜伏期长短、平均裂解量和血清学差异等可以分成三种类型:(1)大斑型(MF-Ⅰ):培养24小时的噬菌斑直径为6.5mm,血清中和反应速度常数K值(600×)为552,潜伏期60分钟,上升期50分钟,平均裂解量为37个,最适生长温度为28℃,(2)中斑型(MP-Ⅱ),直径2.1mm,K值(400×)为233,潜伏期90分钟,上升期90分钟,平均裂解量为18个,最适生长温度25℃,(3)小斑型(MP-Ⅲ):直径1.4mm,K值(200×)为146,潜伏期为390分钟,上升期280分钟,平均裂解量为22个,最适生长温度20℃。 MP-Ⅰ和MP-Ⅱ噬菌体形态都具有等轴多面体的头部和短尾,MP-Ⅲ噬菌体为蝌蚪形,有等轴多面体的头部,尾部细长,直而不收缩。     

饲料中添加杜仲叶粉对黄河鲤体成分、肌肉氨基酸组成和生理指标的影响

试验以黄河鲤(Cyprinus carpio)为研究对象, 以饲料中杜仲(Eucommia ulmoides)叶粉0添加组为对照组, 2%、4%、6%和8%添加组为实验组, 每组3个平行, 对黄河鲤[体重: (505.13±1.37) g]进行55d的投喂试验, 旨在探讨杜仲叶粉在黄河鲤饲料中的应用效果。结果表明: (1)黄河鲤背肌脂肪含量随饲料中杜仲叶粉添加量升高显著下降, 粗蛋白含量显著上升(P<0.05)。除6%添加组外, 鱼体粗灰分、粗蛋白和粗脂肪鲜重含量随杜仲叶粉添加量升高呈上升趋势(P<0.05), 鱼体鲜重水分含量呈显著下降趋势(P<0.05); (2)在黄河鲤肌肉中检出16种氨基酸, 杜仲叶粉添加显著影响肌肉中苏氨酸、丝氨酸和组氨酸含量(P<0.05)。酸味氨基酸总量与总氨基酸比值在2%添加组显著高于其他处理组, 药效氨基酸总量与总氨基酸比值则在2%添加组显著低于其他处理组(P<0.05); (3)黄河鲤血浆和肝脏中GSH-PX、MDA、AKP和ACP活性随饲料中杜仲叶粉添加量增加整体呈先升高后降低趋势, 血浆和肝脏中SOD活性呈显著上升趋势(P<0.05)。血浆GSH-PX活性和MDA含量在6%处理组显著最高(P<0.05), AKP活性在4%处理组、ACP活性在8%添加组显著最高(P<0.05), SOD活性至8%处理组升至对照水平。肝脏GSH-PX活性和MDA含量在4%处理组显著最高(P<0.05), AKP活性则在6%处理组显著最高(P<0.05), ACP活性在4%处理组显著升至最高后维持在此水平(P<0.05), 肝脏SOD活性至8%处理组显著高于其他处理组(P<0.05)。综上, 综合考虑鱼体肌肉和全鱼营养成分、肌肉氨基酸组成及血液和肝脏生理指标, 推荐黄河鲤成鱼饲料中杜仲叶粉添加量在4%—6%。