鸡miR-9不同组织表达差异及其功能预测分析

miRNA在动物生长发育过程中有重要作用. 本文采用定制茎环反转录引物，利用实时荧光定量PCR技术构建miR-9在鸡2个阶段11个组织中的表达谱，同时用TargetScan5.1与PicTar两种计算方法对其进行靶基因预测，交集的基因集合分别进行GO（gene ontology）富集分析和生物通路富集分析. 结果表明,采用实时定量PCR检测的miR-9在鸡下丘脑中的表达量和高通量测序结果一致；采用实时定量PCR在对不同组织定量结果表明,miR-9在0日龄鸡的肾脏、下丘脑、腿肌和大脑中高丰度表达，在成年鸡表达量较高为大脑、腿肌、心脏、小脑和下丘脑.在同一组织的0日龄和成年鸡中表达呈现时序性，除肝脏的表达量差异不显著，其他10个组织miR-9表达量差异显著（P<0.05）.预测到交集靶基因有160个.涉及到多个KEGG通路和GO富集中.GO分类结果显示,这些基因分布于63个群中，其中基因超过45个基因群集有26个群，与代谢有关的群有11个. 其它与发育、调控等过程有关. 在KEGG通路分析中，显著的通路有细胞骨架调控、细胞增殖和分化有关的通路（P<0.01）等5个通路. 表明miR 9基因的表达有组织和时序特异性，靶基因参与细胞代谢、生长发育和调控.这些结果为进一步验证miR 9基因在在脑中调控生长发育过程中的作用奠定了基础.

Differential Expression and Bioinformatics Analysis of miR-9 in Chicken Tissues

As miRNAs play an important role in animal growth and development,the expression profiles of miR-9 in 11 normal chicken tissues in two stages were characterized by real-time RT-PCR using stem-loop RT-primers.TargetScan 5.1 and PicTar were used for the prediction of miR-9 targeted genes and cross-referenced with GO(gene ontology) overrepresentation and KEGG analyses.The results indicated that the miR-9 expression in hypothalamus from the Solexa sequencing is consistent with those from real-time RT-PCR measur...