湖北宜昌寒武系纽芬兰统岩家河组小壳化石

小壳化石在寒武纪早期地层时代划分中具有重要意义,尤其在寒武系纽芬兰统的区域和洲际对比以及第二阶全球界线层型的确定方面,它们是重要的生物地层对比化石。湖北省宜昌滚子坳剖面寒武系纽芬兰统岩家河组含大量的小壳化石,根据小壳化石带可知岩家河组第1-3层为幸运阶,第5层硅磷质结核灰岩中出现Aldanella yanjiaheensis,表明第5层应属于第二阶。由于第4层炭质灰岩中缺乏化石记录,而不能确定幸运阶和第二阶的地层界线位置。笔者首次在湖北宜昌寒武系纽芬兰统岩家河组第4层上部炭质灰岩处理出一批微体古生物化石,弥补了这一层位化石记录的空缺。通过28个样品的系统分析,笔者获得上千枚小壳个体,系统鉴定和描述了6属10种,其中包括1个未定种和1个新种,新种为肿瘤形盘织金壳Zhijinites tumourifomis sp.nov.。据材料中出现的纽芬兰统第二阶的标准分子Zhijinites longistriatus、其它共生化石组合以及碳同位素地层学等证据,可以推测第4层上部应该属于纽芬兰统第二阶,因此幸运阶和第二阶间的界线位置应该在第4层的中下部。     

树莓果粉对I型糖尿病大鼠血糖、免疫反应及氧化应激的影响北大核心CSCD

本研究采用链脲霉素(STZ)诱导的大鼠模型来研究树莓果粉在Ⅰ型糖尿病中降血糖、免疫调节及抗氧化的活性。结果发现树莓果粉能增加糖尿病大鼠的体重,降低其血糖,并对糖尿病大鼠受损的胰岛有一定的修复作用。同时,树莓果粉能明显降低糖尿病大鼠血清中CD4、CD8分子、干扰素-γ(IFN-γ)、白介素-2(IL-2)、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)以及免疫球蛋白Ig G、Ig A和Ig E的含量。此外,树莓果粉能显著增强糖尿病大鼠胰腺和血清中超氧化物歧化酶(SOD)的活性,增加还原型谷胱甘肽(GSH)含量,并明显降低丙二醛(MDA)的含量。说明树莓果粉能通过减缓自身免疫反应程度和缓解氧化应激来改善胰岛β细胞的损伤,从而达到治疗Ⅰ型糖尿病的作用。     

蛋白质氨基酸网络研究进展

氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如：度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。     

蛋白质氨基酸网络研究进展

氨基酸网络是运用复杂网络工具对蛋白质结构-功能关系研究的新方法。本文回顾了氨基酸网络中常用网络参量的计算方法,如:度分布,聚集系数,平均最短路径等。结合本研究小组的工作,介绍了常用的网络构建和分析方法,并总结了氨基酸网络在蛋白质折叠以及蛋白质分子对接问题中的应用。最后,分析了氨基酸网络研究目前存在的主要问题,并对未来的工作进行了展望。     

HIV-1整合酶与L708, 906抑制剂结合模式及运动性的研究

前期工作已用分子对接方法获得了HIV-1整合酶与L708,906抑制剂分子的复合物模型(IN_L708,906),现从距离、能量和氢键三个方面详细地分析了IN_L708,906模型中的关键残基.结果表明,复合物模型与蛋白质晶体库中整合酶(IN)与5CITEP的结合模式相近.用主成分分析和动力学交叉相关图方法分别研究了IN_L708,906复合物模型和IN单体的运动模式及相关性差异.计算结果显示,L708,906抑制剂的结合使得IN功能loop区残基柔性下降、分子规律性运动的丧失及集团运动相关性的无序增加,这些可能是酶活性下降的主要因素.模拟结果将有利于基于芳香二酮酸类的抗HIV药物设计.     

蛋白质-蛋白质分子对接方法中分子柔性处理与近天然结构筛选的研究

蛋白质-蛋白质分子对接方法是研究蛋白质分子间相互作用与识别的重要理论方法。该方法主要涉及复合物结合模式的构象搜索和近天然结构的筛选两个问题。在构象搜索中,分子柔性的处理是重点也是难点,围绕这一问题,近年来提出了许多新的方法。针对近天然结构的筛选问题,目前主要采用三种解决策略:结合位点信息的利用、相似结构的聚类和打分函数对结构的评价。本文围绕以上问题,就国内外研究进展和本研究小组的工作作详细的综述,并对进一步的研究方向进行了展望。     

湖北宜昌乔家坪村寒武系水井沱组海绵动物化石群

海绵动物是最原始的动物门类之一,其演化史对于研究多细胞动物的起源和早期演化至关重要。现有的化石记录显示,水体较深的贫氧环境可能是寒武纪早期海绵动物演化的重要场所之一。前人在贵州、湖南、安徽等多地的斜坡至盆地相黑色页岩中已经报道了数个海绵化石群。在这样的环境中,由于水动力作用较弱,海绵骨架结构容易得到原位保存。湖北宜昌秭归乔家坪村剖面的水井沱组为一套寒武系第三阶的台内凹陷沉积。本文描述在此剖面顶部发现的一个海绵动物化石群,其中包含Palaeosaccus minus sp.nov.、Triticispongia giganta sp.nov.、Triticispongia cf.diagonata、Sanshapentella dapingi、?Wapkia sp.以及三类分类未定的海绵动物化石,共8类,分属至少4个属。其中Triticispongia和Sanshapentella也常见于前人报道的多个同时期深水相海绵动物化石群。除此以外,作者还识别出了三种根束类型。水井沱组海绵动物化石群所呈现出的形态多样性进一步佐证了在寒武纪大爆发期间,至515 Ma左右,海绵动物已成功适应多种环境,且繁盛于水体较深、大多数动物难以生存的贫氧环境。     

蛋白质复合物结构预测的集成分子对接方法

蛋白质分子间相互作用与识别是当前生命科学研究的热点,分子对接方法是研究这一问题的有效手段．为了推进分子对接方法的发展,欧洲生物信息学中心组织了国际蛋白质复合物结构预测（CAPRI）竞赛．通过参加CAPRI竞赛,逐步摸索出了一套用于蛋白质复合物结构预测的集成蛋白质一蛋白质分子对接方法HoDock,它包括结合位点预测、初始复合物结构采集、精细复合物结构采集、结构成簇和打分排序以及最终复合物结构挑选等主要步骤．本文以最近的CAPRI Target 39为例,具体说明该方法的主要步骤和应用．该方法在CAPRI Target 39竞赛中取得了比较好的结果,预测结构Model 10是所有参赛小组提交的366个结构中仅有的3个正确结构之一,其配体均方根偏差（L_Rmsd）为0．25nm．在对接过程中,首先用理论预测和实验信息相结合的方法来寻找蛋白质结合位点残基,确认CAPRI Target 39A链的A31TRP和A191HIS,B链的B512ARG和B531ARG为可能结合位点残基．同时,用ZDock程序做不依赖结合位点的初步全局刚性对接．然后,根据结合位点信息进行初步局部刚性对接,从全局和局部对接中挑出了11个初始对接复合物结构．进而,用改进的Rosetta Dock程序做精细位置约束对接,并对每组对接中打分排序前200的结构进行成簇聚类．最后,综合分析打分、成簇和结合位点三方面的信息,得到10个蛋白质复合物结构．竞赛结果表明,A191HIS,B512ARG和B531ARG三个结合位点残基预测正确,提交的10个蛋白质复合物结构中有5个复合物受体一配体界面残基预测成功率较高．与其他参赛小组的对接结果比较,表明HoDock方法具有一定优势．这些结果说明我们提出的集成分子对接方法有助于提高蛋白质复合物结构预测的准确率．