前列腺癌多阶段相关枢纽蛋白的差异共表达模式

通过枢纽蛋白与其互作邻居之间的共表达关系在从前列腺正常组织到原位癌及原位癌到转移的两个发展阶段的变化,寻找在前列腺癌发生和发展过程中动态改变的枢纽蛋白,为探讨前列腺癌的发病与转移机理提供线索。基于前列腺正常组织、原位癌与癌转移后组织的基因表达谱数据,在前列腺癌的两个发展阶段分别检测到1578和2347个动态改变的枢纽蛋白。平均超过95%的在一个发展阶段动态改变的枢纽蛋白与在另一发展阶段动态改变的枢纽蛋白中的至少一个蛋白共享显著多的互作邻居。另外,两组动态改变的枢纽蛋白中有780个交叠蛋白,其中大约50%的蛋白与其互作邻居之间的共表达关系在两个发展阶段的强弱变化方向相反。结果提示,在前列腺癌的发生和发展过程中,动态改变的枢纽蛋白影响的功能通路高度一致,但是它们与其互作邻居之间有着不同的共表达模式。     

再障患者血清IL-2、TNF-α、IFN-γ和外周血T淋巴细胞亚群变化研究

目的:研究再生障碍性贫血(AA)患者患病过程中血清IL-2、IL-8、TNF-α、IFN-γ和外周血T淋巴细胞亚群变化与疾病严重程度相关性。方法:选取我院经酶联免疫吸附法(ELISA)筛选的AA患者40例,其中急性患者(AAA)20例,慢性患者(CAA)20例,随机抽取20例健康人,对比监测60例目标病例的血清IL-2、IL-8、TNF-α、IFN-γ和外周血T淋巴细胞亚群变化。结果:AA组患者中AAA的各项细胞因子CD3+、CD4+、CD4+/CD8+检测结果较CAA患者波动较大。AA患者的血清IL-2、IL-8、TNF-α、IFN-γ含量明显高于健康人员平均值。AA患者的CD4+、CD4+/CD8+低于含量明显低于健康人员平均值,CD3+变化差异无统计学意义,AA组CD8+显著高于对照组,差异有统计学意义,P<0.05。结论:再障患者发病过程中同时存在细胞免疫功能障碍和体液免疫机制异常两种情况,且变化规律与疾病轻重缓急程度正相关。     

根据蛋白质互作网络预测前列腺癌相关蛋白质的细致功能

对于功能部分已知的前列腺癌相关蛋白质,提出了一种基于Gent Ontology的功能特异的子网构建方法来细化其功能注释。结果显示该方法能够以很高的精确率为前列腺癌相关蛋白质预测更为精细的功能。预测的相关蛋白质的功能对于指导实验研究前列腺癌的分子机制具有重要的价值。     

利用癌功能类从癌基因组突变谱中识别癌基因

从大规模癌样本基因突变扫查数据中识别癌基因具有重要的意义. 一些重要功能的改变对于癌的发生发展是必需的, 因此将它们定义为癌功能类, 并从GO(Gene Ontology)中选择一组显著富集已知癌基因的细致功能类来代表它们. 为了评价以癌相关功能类作为特征识别癌基因的效果, 将已知的蛋白激酶癌基因定义为阳性金标准, 而将其他的蛋白激酶基因定义为阴性金标准. 结果表明, 与利用选择压力作为特征的方法比较, 利用癌相关功能类作为特征的方法可以更有效地识别癌基因. 进一步结合癌相关功能类与基因非同义突变个数可以产生更可靠的预测结果. 最后, 将46个注释到癌相关功能类并且其非同义突变个数至少为3的蛋白激酶基因预测为癌基因, 预测精确率达到0.42.     

可识别多种癌症的基因功能模块

在应用基因芯片技术研究包括癌症在内的多因素疾病时, 筛选差异表达基因是最重要的问题之一. 然而, 目前基因芯片研究的样本量较小, 不能完全反映在癌症中广泛的基因表达改变的特点, 导致基于统计学方法筛选的差异表达基因在不同的研究中的重复性很低. 本文通过分析7套癌症数据, 发现每种癌症中都有大范围的功能模块发生了基因表达的改变, 因此这些模块有很强的疾病识别能力. 其中7个功能模块能够有效识别多种癌症的疾病样本, 提示在不同癌症的发生与发展过程中存在着共同的基因表达改变机制. 因此, 功能模块可以作为疾病的功能性的标记来取代在基因芯片应用中难以重复发现的单个基因, 用于研究癌症的核心机制和建立更稳定的诊断分类器.     

采用基于Gene Ontology的聚类方法研究白血病的遗传异质性

采用基因表达谱可以研究基因功能模块与疾病异质性之间的关系.根据两套白血病基因表达谱数据,将富集高变异基因的Gene Ontology基因功能模块作为特征功能模块,将疾病样本聚为两类.通过对比原始多类标签,采用聚类评估指标来分析两类化聚类结果的效果,并探讨特征功能模块与疾病异质性之间的关系.实验结果显示:在两套不同的白血病基因表达谱数据中得到的特征功能模块类似,它们对白血病亚型有较强的分型能力.     

大鼠α-酰胺化酶(α-AE)在大肠杆菌中的表达、纯化及活性研究

α-酰胺化是神经和内分泌系统中许多生物活性肽重要的翻译后加工过程,C末端α酰胺基团的存在对于许多生物活性肽的生物活性极为重要。本研究通过PCR扩增获得了编码大鼠α-酰胺化酶的基因,以pET-30a为载体,重组质粒pET-A转化至 E.coli BL21成功表达了α-酰胺化酶。采用Ni2+-NTA亲和层析纯化重组蛋白。该蛋白具有催化三肽底物((Dns-Tyr-Val-Gly)成为酰胺化二肽 (Dns-Tyr-Val-NH2)的酶活性,这表明重组蛋白是α-酰胺化酶,有可能用于生物活性肽的酰胺化研究。     

急诊绿色通道提高颅脑外伤患者救治效果的体会

目的:评价建立急诊绿色通道对救治颅脑外伤患者的价值.方法:采用回顾性分析方法,收集我院2007年1月～2012年1月救治的颅脑外伤患者199例,其中急诊绿色通道组111例(A组)和非急诊绿色通道组88例(B组)的救治情况进行比较,分析两组救治的疗效、死亡率及预后.结果:199例颅脑外伤患者中,绿色通道组(A组)111例(55.78％),死亡26例(23.42％),对照组88例(44.22％),死亡30例(34.09％).A组的有效治疗时间较B组明显缩短,差异有统计学意义(0.01＜P＜0.05);A组硬膜外血肿(33例)的术前血肿量少于B组(30例),预后较B组好,差异有统计学意义(0.01＜P＜0.05);A组的中重型颅脑外伤的死亡率明显低于B组,差异有统计学意义(0.01＜P＜0.05),两组特重性颅脑外伤的死亡率仍较高,差异无统计学意义(P＞0.05).结论:急诊绿色通道可缩短颅脑外伤患者救治等待时间,改善中重型颅脑外伤患者的预后.     

淀粉样前体蛋白裂解片段sAPPβ、Aβ和AICD对SH-SY5Y细胞氧化损伤和线粒体膜电位的影响

阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease, AD)的一个主要的病理特征表现为神经细胞表面大量地呈现β-淀粉样蛋白(amyloidβ-protein, Aβ)。淀粉样前体蛋白(amyloid precursor protein, APP)是与AD病理密切相关的膜蛋白,它经β-裂解途径剪切后生成s APPβ、Aβ和AICD片段。Aβ能引发细胞内质网氧化应激、线粒体功能障碍等,但s APPβ和AICD片段对细胞的影响还有待进一步的研究。本实验采用慢病毒介导质粒转染技术,分别构建了稳定过表达s APPβ、Aβ和AICD片段的SH-SY5Y细胞系,并分析了其细胞活力、细胞膜损伤、胞内活性氧(reactive oxygen species, ROS)水平和线粒体膜电位去极化程度。结果表明, Aβ或AICD片段可在一定程度上导致细胞活力下降、细胞膜受损、胞内ROS水平升高和线粒体膜电位发生去极化,从而对细胞产生氧化损伤作用。     

肾细胞癌DNA甲基化标记检测的重复性及其与基因表达改变的相关性

DNA甲基化是影响基因表达的重要因素之一。DNA甲基化芯片已广泛应用于寻找癌症的标志物,但是目前还没有研究对这些标志物的重复性进行评价。另外,DNA甲基化对基因表达的影响也存在争议。在本文中,通过分析肾细胞癌的两套甲基化数据,发现它们的差异甲基化基因的方向高度的一致,证明通过甲基化芯片获得的甲基化标记有很高的重复性。进一步分析甲基化基因对应的表达改变,发现肾细胞癌中高甲基化的基因显著影响表达下调,而低甲基化的基因与表达改变无显著关系。最后,通过功能分析,找到了三个同时发生甲基化和表达改变的通路。针对这些通路研究DNA甲基化抑制剂,可能有助于肾细胞癌的靶向治疗。