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目的 基于位点特异性打分矩阵(position-specific scoring matrices,PSSM)的预测模型已经取得了良好的效果,基于PSSM的各种优化方法也在不断发展,但准确率相对较低,为了进一步提高预测准确率,本文基于卷积神经网络(convolutional neural networks,CNN)算法做了进一步研究。方法 采用PSSM将启动子序列处理成数值矩阵,通过CNN算法进行分类。大肠杆菌K-12(Escherichia coli K-12,E.coli K-12,下文简称大肠杆菌)的Sigma38、Sigma54和Sigma70 3种启动子序列被作为正集,编码(Coding)区和非编码(Non-coding)区的序列为负集。结果 在预测大肠杆菌启动子的二分类中,准确率达到99%,启动子预测的成功率接近100%;在对Sigma38、Sigma54、Sigma70 3种启动子的三分类中,预测准确率为98%,并且针对每一种序列的预测准确率均可以达到98%以上。最后,本文以Sigma38、Sigma54、Sigma70 3种启动子分别和Coding区或者Non-coding区序列做四分类,预测得到的准确性为0.98,对3种Sigma启动子均衡样本的十交叉检验预测精度均可以达到0.95以上,海明距离为0.016,Kappa系数为0.97。结论 相较于支持向量机(support vector machine,SVM)等其他分类算法,CNN分类算法更具优势,并且基于CNN的分类优势,编码方式亦可以得到简化。 相似文献
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基于河流水环境和河岸带生境状况进行河流化学完整性评价, 可以全面综合的判断河流水体及河岸带化学污染情况, 对有效控制水体污染, 科学制定整治计划, 恢复河流自身的环境承载力及生态系统功能以及对河流生态系统的修复都具有重要意义。以辽河干流为研究对象, 探讨了化学完整性的概念、评价指标、评价标准及评价方法, 从河流水环境和河岸栖息地环境两方面选取了19个指标, 构建了河流化学完整性评价指标体系。同时采用模糊综合评价法、贴近度法和综合指数法分别对辽河干流化学完整性进行评价, 最终筛选并确定综合指数法更适合河流化学完整性评价。综合指数法评价结果表明, 辽河干流化学完整性评价结果总体表现为“一般”, 河流水环境总体评价为“一般”, 哈大高铁、达牛和盘山闸评价为“差”。其中哈大高铁和达牛地处交通节点, 受人为干扰较大。另外盘山闸长期处于施工状态且靠近市区, 施工废料与城市污水污染不断。评价结果为研究者及管理者开展辽河干流生态修复与后评估等工作提供指标与方法参考。 相似文献
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目的 :探讨外周血单个核细胞 (PBMC)膜白介素 - 2受体 m IL- 2 R,(CD2 5 )表达在肺结核病鉴别诊断中的应用价值。方法 :用生物素 -链霉亲和素 (BSA)法检测肺结核、支气管肺炎患者 T细胞亚群及植物血凝素 (PHA)诱导前后 CD2 5表达水平。结果 :支气管肺炎患者 CD+ 3、CD+ 4、CD+ 8水平分别为 (6 2 .32±6 .34) %、(47.5 2± 7.16 ) %、(32 .12± 6 .5 5 ) % ,CD+ 4/ CD+ 8比值为 1.5 2± 0 .4 3,PHA诱导前后 CD2 5水平分别为 (4.5 6± 1.5 2 ) %、(35 .12± 7.2 1) %。空洞型肺结核 CD+ 3、CD+ 4、CD+ 8、CD+ 4/ CD+ 8水平分别为 (41.13±5 .2 5 ) %、(43.38± 5 .15 ) %、(36 .2 5± 3.4 6 ) %和 1.15± 0 .2 1,非空洞型肺结核 CD+ 3、CD+ 4、CD+ 8、CD+ 4/ CD+ 8水平分别为 (46 .2 9± 5 .6 0 ) %、(47.2 1± 4 .86 ) %、(32 .36± 4 .0 3) %、1.4 6± 0 .2 5 ,相互比较 CD+ 3、CD+ 3/CD+ 8差异均有显著性 (P<0 .0 1和 P<0 .0 5 )。空洞型肺结核与非空洞型肺结核患者 PHA诱导前后 CD2 5水平分别为 (2 .13± 1.14 ) %、(2 7.2 5± 3.5 0 ) %和 (3.4 3± 1.35 ) %、(31.14± 4 .11) % ,两者相比差异均有显著性 (P<0 .0 1)。结论 :肺结核病患者体内存在明显的细胞免疫功能紊乱 ,主要表现为 CD2 5表达水平降 相似文献
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为比较山美水库两种入侵齐氏罗非鱼(Coptodon zillii)和伽利略罗非鱼(Sarotherodon galilaeus)种群的繁殖生物学特征,于2021年3—10月份在山美水库逐月采样,分析了繁殖时间、性比、绝对繁殖力、相对繁殖力和成熟卵径等特征。结果表明,两种罗非鱼均于4月份开始繁殖,齐氏罗非鱼繁殖高峰为7月, 10月结束繁殖;伽利略罗非鱼繁殖高峰为6月, 9月结束繁殖。齐氏罗非鱼平均绝对繁殖力为(4009.85±1305.69)粒、平均体重相对繁殖力为(67.32±15.63)粒/g、平均体长相对繁殖力为(31.31±5.03)粒/mm;伽利略罗非鱼平均绝对繁殖力为(1701.85±591.29)粒、平均体重相对繁殖力为(6.46±0.87)粒/g、平均体长相对繁殖力为(8.22±2.33)粒/mm;齐氏罗非鱼的绝对繁殖力、体重相对繁殖力和体长相对繁殖力均显著高于伽利略罗非鱼,平均成熟卵径则显著小于伽利略罗非鱼。齐氏罗非鱼和伽利略罗非鱼繁殖群体的雌雄性比分别为1.59和1.83,两个种群的雌雄性比无显著差异,但均显著偏离1﹕1。研究表明两种共同入侵的罗非鱼种群具有不同的繁殖... 相似文献
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刘智黄志刚吴尚虹彭琼于峰 《现代生物医学进展》2012,12(26):5049-5052
目的:鉴于生长素结合蛋白(Auxin Binding Protein,ABP)能与生长素特异性结合,因而探讨研究其直接用于生长素信号转导机理和生物传感器的可能性与可行性。方法:通过RT-PCR获得拟南芥生长素结合蛋白1(Auxin bing protein 1,ABP1)的全长CDS,将其克隆到原核表达载体pGEX4T-1中,成功构建pGEX4T-1-ABP1重组表达载体。经酶切、PCR及DNA测序鉴定后,将阳性质粒转化表达受体菌BL21(DE3)。加入异丙基-β-D-硫代半乳糖苷(IPTG)进行诱导后,取样进行SDS-PAGE分析。结果:成功表达出一个分子量约为43 kD的可溶性融合蛋白,并利用GST亲和柱纯化方式得到了ABPl。结论:通过原核表达并经GST柱纯化后获得ABP1,为生长素生物传感器的研制开辟新的途径。同时为进一步研究ABP1与生长素的信号转导机制和生长素在生物传感测定技术中的研究和应用奠定基础。 相似文献
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枯草芽孢杆菌发酵条件优化及其破乳效能 总被引:1,自引:0,他引:1
本文对枯草芽孢杆菌在不同碳源、氮源培养基的生长及破乳效能进行了研究, 并通过正交试验对枯草芽孢杆菌的发酵条件进行优化结果表明, 单一碳源葡萄糖和混合碳源葡萄糖 + 液体石蜡的培养基可提高枯草芽孢杆菌的发酵产量; 单一碳源葡萄糖、混合碳源葡萄糖 + 汽油和以硝酸铵 + 酵母膏为氮源的菌液有较高的破乳效能; 在正交试验中, 培养温度对枯草芽孢杆菌的发酵产量影响最大, 其最优组合为: 培养温度25oC, 摇床转数140 r/min, 培养pH值7.0, 接菌量6 mL, 培养时间24 h。摇床转数对枯草芽孢杆菌的发酵产物的破乳效能影响最大, 优化结果为: 培养温度25oC, 摇床转数140 r/min, pH值7.0, 培养时间20 h。 相似文献
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聚合酶链让基因诊断渐渐变成一种判定病症常用技术,该项技术在我国已历经十来年时间,由爆炸式发展至暂停应用,可谓是路途多舛。当前我们务必深思其存在主要问题,并对它理论和应用价值科学看待,争取让它真正为民所用、为人类造福。该技术操作快捷方便,精准性和敏感度高,针对医学检验相关工作当中,应用此技术,不单能确保样品检验精准安全,还能对人财物等不必要浪费予以节约,可以说是经济社会效益十分凸显,推广价值很高。基于此,本文主要就该技术医学检验领域应用和发展展开一番综述。 相似文献
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磷甘霉素和洛伐它汀处理对中国红豆杉悬浮培养细胞生物合成紫杉醇的影响 总被引:3,自引:0,他引:3
采用非甲羟戊酸途径抑制剂磷甘霉素和甲羟戊酸途径抑制剂洛伐它汀对中国红豆杉悬浮细胞培养物进行处理.在添加和未添加茉莉酸甲酯诱导的情况下,前者使紫杉醇产量减少了2/5和1/5,后者使紫杉醇产量减少了1/6和1/10,表明两种途径对紫杉醇的生物合成都具有贡献,其中非甲羟戊酸途径贡献较大;通过定量PCR技术分别检测两条途径的关键酶5-磷酸脱氧木酮糖还原异构酶(DXR)和3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMGR)mRNA水平的变化,发现两种抑制剂都能够激活hmgr和dxr的转录,表明两种代谢途径之间存在协同作用,共同为紫杉醇的生物合成提供前体. 相似文献