一种简易的制备和纯化质粒DNA的方法

近年来随着遗传工程的飞速发展,DNA重组技术被广泛应用,许多实验室在制备一定纯度、产量较高、方法简便的质粒DNA方面作了许多工作。国外大多数实验室普遍采用CsCl等密度梯度超离心法,但国内受仪器限制,应用较少。我们比较了PEG沉淀质粒DNA, 羟基磷灰石法制备质粒DNA,快速抽提质粒DNA,以及M.A.K柱制备质粒DNA等方法,它们都各有利弊。本实验室对L.P.Elwell的实验条件稍作改进,温和地制备清亮裂解液并抽提质粒DNA,然后应用Sephacryl S-1000作凝胶过滤,获得了纯度高、产量大,无染色体DNA     

基于邻接矩阵分解的肿瘤亚型特征提取方法

基于肿瘤基因表达谱的肿瘤分类是生物信息学的一个重要研究内容。传统的肿瘤信息特征提取方法大多基于信息基因选择方法,但是在筛选基因时,不可避免的会造成分类信息的流失。提出了一种基于邻接矩阵分解的肿瘤亚型特征提取方法,首先对肿瘤基因表达谱数据构造高斯权邻接矩阵,接着对邻接矩阵进行奇异值分解,最后将分解得到的正交矩阵特征行向量作为分类特征输入支持向量机进行分类识别。采用留一法对白血病两个亚型的基因表达谱数据集进行实验,实验结果证明了该方法的可行性和有效性。     

基于Fiedler向量的基因表达谱数据分类方法

尝试将一种基于图的Fiedler向量的聚类算法引入到基因表达谱数据的肿瘤分类中来。该方法将分属不同类的所有样本通过高斯权构造Laplace完全图,经SVD分解后获得Fiedler向量,利用各样本所对应的Fiedler向量分量的符号差异来进行基因表达谱数据的分类。通过模拟数据仿真实验和对白血病两个亚型(ALL与AML)及结肠癌真实数据实验,证明了这一方法的有效性。     

基于核局部线性嵌入的基因表达谱数据分类

针对局部线性嵌入算法（LocalLinearEmbedding,LLE）利用试凑法寻找近邻数耗时的缺陷性,提出一种增强的核局部线性嵌入算法（EnhancedKernelLocalLinearEmbedding,EKLLE）自动为样本分配邻域;该算法以高斯核函数为核心改进标准LLE距离度量准则,结合样本的类别信息,无需人工干预自动为样本设置不同的近邻数,克服了试凑法获得最优结果时需要大量时间;最后在各样本近邻数不相同的情况下对数据进行维数简约及待测样本分类。EKLLE算法有效地将高维基因表达谱数据映射到低维本质空间中,解决了传统LLE算法不能很好地处理合噪声或者稀疏数据的缺点。通过对比其他肿瘤样本分类实验,验证本文方法的实时性和精确性。     

云南保山盆地新近纪云杉属针叶化石及其古海拔指示意义

松科(Pinaceae)云杉属(Picea A. Dietrich)花粉化石记录丰富,大化石则以木材和球果居多,而针叶化石报道较少且缺少微形态研究。云南保山盆地新近纪羊邑组产大量三维立体保存的云杉属针叶化石。这些针叶化石呈扁平条形,叶尖急尖,叶基截形,无叶柄;上表面中脉隆起,中脉两侧各有一个气孔带,每个气孔带有5–6条气孔线,气孔线多连续,少数不连续,气孔呈椭圆形至长椭圆形,非气孔带表皮细胞矩形至长矩形,细胞壁波浪状弯曲;下表面中脉亦隆起,无气孔,表皮细胞多为矩形至长矩形,细胞壁波浪状弯曲。通过与现生云杉属针叶的宏观形态和微形态对比发现,该化石与油麦吊云杉(Picea brachytyla var. complanata(Mast.) W. C. Chengex Rehder)在形态上最为相似。但由于缺少其他植物器官(如球果),难以判断化石是否真正代表了这个现生种,因此,将其暂定为似油麦吊云杉。基于云杉属在青藏高原东南缘的海拔分布范围(2000–4000 m),以及考虑到新近纪比现在更为温暖的气候环境,推测保山盆地在新近纪时期具有比现在(1650 m)更高的海拔。该推断进一步丰富了青藏...     

基于熵信息处理和PCA的肿瘤基因表达谱分类识别

通过对基因表达谱数据的分析从而促进肿瘤诊断与治疗技术的发展,其研究正成为生物医学领域的一个热点。因此,提出了一种熵信息处理和主成分分析（principal component analysis,PCA）相结合的方法。首先运用熵信息对超高维基因表达谱数据进行粗选取,得到特征基因子集;由于基因子集仍存在相关性,进而利用PCA对其进一步冗余剔除;最后对得到的无冗余且具有正交性信息的基因特征进行真实数据实验。实验结果显示所采用的方法能有效去除肿瘤样本中的不相关和冗余信息,同时最大程度的保留肿瘤分类信息。与其他肿瘤分类方法相比,在精度上具有比较明显的优势,从而验证了该方法是有效的、可行的。     

微生物氧化As(III)和Sb(III)的研究进展

砷(Arsenic,As)和锑(Antimony,Sb)属于同族元素,具有相似的化学性质,是公认的有毒类金属(metalloid),广泛存在于自然界中。随着人类的发展,环境中砷和锑的污染日益严重,类金属污染环境的修复已经刻不容缓。现已表明,自然界中的微生物在砷和锑的生物地球化学循环中发挥着重要的作用,尤其是微生物的氧化作用,可以将毒性较强的亚砷酸盐[Arsenite,As(III)]和亚锑酸盐[Antimonite,Sb(III)]氧化为毒性较低的砷酸盐[Arsenate,As(V)]和锑酸盐[Antimonate,Sb(V)],被认为是一种潜在的类金属污染环境修复方法。本文就国内外对As(III)氧化菌和Sb(III)氧化菌的多样性、As(III)和Sb(III)微生物氧化调控机制和应用的研究进展进行总结,旨在为深入了解和探索微生物介导的砷和锑生物地球化学循环及污染环境的微生物修复提供参考。     

基于LNMF的癌症基因表达谱数据的特征提取

海量数据的存在是现代信息社会的一大特点,如何在成千上万的基因中有效地选出样本的分类特征对癌症的诊治具有重要意义。采用局部非负矩阵分解方法对癌症基因表达谱数据进行特征提取。首先对基因表达谱数据进行筛选,然后构造局部非负矩阵并对其进行分解得到维数低、能充分表征样本的特征向量,最后用支持向量机对特征向量进行分类。结果表明该方法的可行性和有效性。