林麝源支气管败血波氏杆菌FMDBb1株的分离鉴定及全基因组序列分析

[背景] 呼吸系统疾病是圈养麝常见疾病之一,其中部分由支气管败血波氏杆菌引起,但目前关于林麝源支气管败血波氏杆菌的研究甚少。[目的] 对分离自患病林麝鼻黏液的一株疑似支气管败血波氏杆菌进行分离鉴定和全基因组序列分析,为林麝相关疾病的防治奠定基础。[方法] 将病原菌纯化培养后,通过菌落形态和生化试验初步鉴定病原菌类型,然后进行药敏试验和小鼠致病性试验以观察其耐药和毒力表型,最后对其进行全基因组测序,通过平均核苷酸一致性（Average Nucleotide Identity,ANI）比对在全基因组水平进一步评估物种间的亲缘关系,并进行基因功能注释和遗传进化分析。[结果] 该病原菌经ANI分类属于经典波氏杆菌亚种,结合菌落形态和生化结果综合鉴定为支气管败血波氏杆菌,菌株命名为FMDBb1,药敏表型显示其对林可霉素、利福平及大多数β-内酰胺类抗生素耐药,对小鼠的半数致死量为8.55×10⁶ CFU。全基因组测序显示该菌基因组大小为5 133 936 bp,基因功能注释显示其拥有强代谢能力,基因组内检测到65个经典波氏杆菌毒力因子,以及1个粉霉素和1个利福平的靶向耐药基因,同时发现19个插入序列和1个噬菌体区域的存在。序列类型为ST33,克隆复合体类型为CC6,管家基因联合建树分析显示与分离于韩国短毛猫的KVNON-570株相似性最高。[结论] 研究分离了林麝源支气管败血波氏杆菌并对其进行了全基因组测序及分析,为该病原菌感染的防治提供了宝贵的信息。     

一株兔源A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定和全基因组测序及分析

【背景】多杀性巴氏杆菌可导致猪肺疫、牛出血性败血症和兔出血性败血症等多种疾病,严重威胁多种动物畜牧养殖业的健康发展。【目的】重庆某兔场送检一批病死兔,为研究其病原和治疗方法,对病原进行了微生物分离和全基因组测序分析。【方法】从2022年重庆某兔场送检兔病料中进行细菌分离纯化、生化试验、16S rRNA基因鉴定、荚膜血清型分型、药敏试验和毒力基因检测,同时通过全基因组测序结果进行毒力、耐药基因注释和遗传进化等分子生物学信息分析。【结果】该菌为兔源A:ST74多杀性巴氏杆菌,命名为LXSS001,基因组序列上传到NCBI数据库(登录号为CP119523.1),药敏试验显示该菌对四环素、杆菌肽、复方新诺明和磺胺异恶唑耐药,对头孢噻肟、头孢哌酮和丁胺卡那等药物敏感。全基因组长度为2 480 671 bp,并注释到了58个毒力基因和9类药物的靶向抗药基因。通过联合建树表明其与3480株一致性最高。【结论】本研究完成了一株A型多杀性巴氏杆菌的分离鉴定和全基因组测序,并揭示了其与国内外其他分离株的进化关系,为多杀性巴氏杆菌的后续研究提供了参考依据。     

非洲猪瘟病毒微滴数字PCR (ddPCR)方法的建立及应用

【目的】非洲猪瘟病毒(African swine fever virus,ASFV)能导致猪群高死亡率,从而造成严重的经济损失。因此,建立严密、高效的防控系统,包括灵敏、准确的诊断方法以及高效的预报预警机制等,以避免ASF传入我国。本文旨在建立一种新型而高灵敏度的ASFV微滴数字PCR(Droplet digital PCR,dd PCR)检测方法。【方法】针对ASFV K205R基因设计一对特异性引物和Taq Man探针,通过反应条件优化,建立了ASFV实时荧光定量PCR(q PCR)和dd PCR检测方法;并对两种方法的线性关系、灵敏性、特异性和重复性进行了评估,利用建立的ASFV检测方法对163份国内和进境的组织样本及血清样本进行检测,血清样本经商品化ASFV ELISA试剂盒复检,评估不同方法检测结果的符合率。【结果】建立的ASFV q PCR和dd PCR检测方法线性关系较好(R2≥0.998),dd PCR的最低检测限度可达到0.36拷贝,在20μL反应体系中约为10拷贝/反应,检测灵敏度是q PCR的10倍。ASFV dd PCR检测方法具有很高的特异性和重复性,不与其他猪常见病毒发生交叉反应。【结论】该方法灵敏度高、特异性强,可作为一种有效的分子生物学方法来诊断ASFV,为防止该病传入我国以及ASFV的实时监测提供新的技术储备,同时促进dd PCR技术在我国的发展和应用。     

猪霍乱沙门氏菌递送的双启动子表达载体的构建

猪霍乱沙门氏菌C500株不仅可以作为预防猪沙门氏菌病的活疫苗,还可作为运送其他DNA疫苗的优良载体,并通过粘膜免疫诱导产生针对特定抗原的各种免疫应答。为增强其携带的DNA疫苗的免疫效力,本研究以真核表达载体pEGFP-C1为基础,将其真核启动子CMVie与原核启动子Ptrc串联,并在其多克隆位点MCS下游引入rrnbT1T2转录终止序列,构建了真、原核双启动子表达载体pEGFPPtrcR。用1×TSS法将其转化C500,得到工程菌C500/pEGFPPtrcR,通过SDS-PAGE和Westernblotting鉴定了报告基因EGFP的原核表达,该菌在荧光显微镜下能发出强烈绿色荧光,被证明在体外至少能稳定遗传20代;采用脂质体介导法将pEGFPPtrcR转染Vero细胞,EGFP在胞核和胞浆内表达,24h后观察可到明显绿色荧光。结果表明,双启动子表达载体pEGFPPtrcR构建成功,预示其携带的外源基因既可在C500中表达,又可在体细胞中表达,为研制以C500为载体的新型DNA疫苗的发展开辟了一个新的途径。     

一株兔出血症病毒2型毒株的分离鉴定

【背景】我国于2020年4月突发兔出血症病毒2型(Rabbit Hemorrhagic Disease Virus 2,RHDV2)疫情,严重威胁兔养殖业和生态平衡,而且目前国内对RHDV2的病原学以及遗传特征等基础研究匮乏。【目的】分离鉴定RHDV2毒株,对分离株进行全基因测序与遗传进化分析。【方法】对成都某兔场疑似RHDV2感染致死的家兔进行病理剖检,通过RT-qPCR检测和动物回归试验,分离鉴定得到RHDV2毒株,进一步进行全基因测序及遗传进化分析。【结果】病死兔剖检表现为各实质器官出血肿大,以心、肺、肝脏尤为明显,经RT-qPCR确诊为RHDV2,而且不存在其他病原混合感染,试验感染家兔可致相似病变。将分离株命名为SCCN03,其基因序列全长为7464bp,与参考毒株(GenBank登录号为MN901451.1)一致性为99.21%。对比参考株氨基酸序列,分离株的非结构蛋白和结构蛋白氨基酸序列发生了多处错义突变,其中非结构蛋白p16和结构蛋白的几处错义突变可能与毒株变异有关。进化树显示毒株SCCN03属于GI.2基因型。【结论】分离鉴定出一株RHDV2毒株,获得其基因序列,丰富了RHDV2的全基因数据资料,为后续RHDV毒力相关研究和相关疫苗研发奠定了基础。     

基于胁迫影响的人工湿地植物筛选研究进展

植物是人工湿地技术的重要组成部分。人工湿地植物对于湿地生长环境胁迫因素的适应能力是湿地植物筛选的重要考虑因素,环境限制是人工湿地植物筛选的刚性条件。综述了污染物、盐度、温度、有毒物质、病虫害等显著影响因子对植物生长的影响以及植物对胁迫影响因子适应性的研究进展。应加强植物对胁迫因子抗性的机理研究, 结合目标水体加强选育培养工作, 构建科学筛选体系。     

兔出血症病毒2型理化特性研究

【目的】本研究旨在研究该病毒的理化特性,评价不同处理条件对RHDV2的杀灭效果。【方法】本研究拟对临床疑似RHDV2感染致死的家兔进行RT-PCR鉴定病原,并利用不同pH值、不同温度、常用兽用消毒剂、不同浓度甲醛处理RHDV2,通过PMA-RT-qPCR对病毒理化特性进行研究。【结果】经RT-PCR检测与测序分析,确诊为RHDV2感染,该毒株VP60基因序列与GenBank中RHDV2(登录号:MN276176.1)一致性为98.35%。PMA-RT-qPCR结果表明,RHDV2对酸碱、高温、兽用消毒剂、甲醛均表现不同程度的敏感性。酸碱处理病毒,随pH值降低或升高,病毒杀灭率均有提高。65℃处理病毒30 min后,病毒杀灭率可达77.61%,83℃处理5 min后,病毒杀灭率可达95.10%。RHDV2对3种所测兽用消毒剂均敏感,其中聚维酮碘对RHDV2杀灭作用最好,作用30 min后,病毒杀灭率达88.78%。0.3%甲醛的杀灭率优于0.2%甲醛,作用30 min后,其杀灭率可达82.22%。【结论】本研究探究了RHDV2的理化特性,该病毒对酸碱、高温、兽用消毒剂、甲醛均有不同程度的敏感性。本研究为RHDV2的诊断、临床消毒剂的选择提供了参考依据,为该病毒致病机理研究与疫苗研发奠定基础。     

猪Ⅱ型圆环病毒四川分离株鉴定及其ORF2基因序列分析

猪圆环病毒(Porcine circovirus,PCV),属于圆环病毒科(Circoviridae),圆环病毒属(Circovirus),血清型为PCV-1和PCV-2[1]。PCV-1首先由Tis-cher[2]于1974年从PK-15猪肾传代细胞系中分离获得,PCV-2首先由Clark[3]报道了是断奶仔猪多系统衰竭综合征(PMWS)的主要病原,随即相继报道了PCV-2与PDNSS(猪皮炎与肾炎综合症)、NP(增生性坏死性肿炎)、PRDC(猪呼吸道综合征)、繁殖障碍、先天性颤抖、肠炎等疾病亦有重要关联[4,5];它常与猪呼吸与繁殖综合征病毒(PRRSV)或猪细小病毒(PPV)并发感染或继发细菌感染[6]。我国自从2000年郎…     

林麝干扰素α基因克隆、表达及转录调控分析

干扰素在病毒性疾病的防治上,具有很高的临床应用前景.为了林麝干扰素的研究与应用,使用同源克隆方法首次克隆得到9条林麝干扰素α基因序列,序列全长均为570 bp,编码189个氨基酸,前23个氨基酸为信号肽,具有4个保守的半胱氨酸残基和5个保守的脯氨酸残基.9种亚型之间,核酸序列同源性为97.0％-99.6％,氨基酸序列同...