cDNA array analysis of the differential expression change in virulence-related genes during the development of resistance in Candida albicans

Candida albicans is the most frequently isolated fungus in immunocompromised patients associated with mucosal and deep-tissue infections, To investigate the correlation between virulence and resistance on a gene expression profile in C. albicans, we examined the changes in virulence-related genes during the development of resistance in C, albicans from bone marrow transplant patients using a constructed cDNA array representing 3096 unigenes. In addition to the genes known to be associated with azole resistance,16 virulence-related genes were identified, whose differential expressions were newly found to be associated with the resistant phenotype. Differential expressions for these genes were confirmed by RT-PCR independently. Furthermore, the up-regulation of EFG1, CPH2, TEC1, CDC24, SAP10, ALS9, SNF1, SP072 and BDF1, and the down-regulation of RAD32, IPF3636 and UB14 resulted in stronger virulence and invasiveness in the resistant isolates compared with susceptible ones. These findings provide a link between the expression of virulence genes and development of resistance during C. albicans infection in bone marrow transplant (BMT) patients, where C. albicans induces hyphal formation and expression change in multiple virulence factors.     

贵州典型峰丛洼地区域近50年村落演变规律及驱动机制

揭示当前多种因素驱动下聚落演变模式与功能转型的地域差异具有重要意义。通过长时间序列的高清影像数据,研究典型峰丛洼地区不同自然和社会经济条件下,近50年来,尤其最近10年乡村聚落在多重背景下的演变模式、内在机制,及其地域差异。结果发现:(1)研究区聚落分布分部主要受耕地、地形和道路的影响,聚落面积增长热点和聚落斑块增长热点的耦合关系存在区域差异;(2)聚落格局演变存在集聚与均匀分布两种趋势;(3)研究区聚落特征和演变的阶段性地域差异十分明显;(4)喀斯特山区聚落的规模变化、演变阶段和演变模式既存在一些共同性的特征,又有各自的差异性;(5)外部因素和聚落农户的自我调适是演化的主要驱动力。     

不同花期‘西伯利亚’百合花瓣单萜合成途径转录组分析

以‘西伯利亚’百合（Lilium ‘Siberia’）花蕾期、半开期、盛开期、衰败期的花瓣为材料,利用RNA-seq技术对其转录组进行高通量测序,分析单萜合成途径中差异表达的基因并阐明其分子机制。结果显示,‘西伯利亚’百合通过转录组测序分析共得到56.28 Gb clean base,223.40 Mb clean reads和124 233个unigene,其中35 749个基因得到注释。萜骨架合成途径中的基因表达水平在不同花期表现出显著差异。其中,甲基赤藓糖醇磷酸（MEP）中的1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸合成酶（DXS）、1-脱氧-D-木酮糖-5-磷酸还原异构酶（DXR）、4-羟基-3-甲丁-2-烯基二磷酸合成酶（HDS）、4-羟基-3-甲丁-2烯基二磷酸还原酶（HDR）、牻牛儿基二磷酸合成酶（GPS）基因的表达水平随花期变化呈先升高后降低的趋势。罗勒烯合成酶（OCS）基因表现出相似变化规律,在盛开期表达量最高。甲羟戊酸（MVA）途径中的3-羟基-3-甲基戊二酸单酰辅酶A还原酶（HMGR）的基因表达同样出现先升高后降低的趋势。单萜合成下游的分支途径中,茄尼基二磷酸合成酶（SDS）、牻牛儿基牻牛儿基二磷酸合成酶（GGDR）基因的表达则出现相反的趋势,在盛开期的表达量最低。研究结果表明MEP途径中的关键基因可随花期变化规律性的表达,以调控单萜的生物合成,在盛开期有较高释放量,且盛开期MVA途径的活化以及泛醌和萜醌代谢支路基因的低表达也促进了单萜的生物合成。     

水稻杂种一代与亲本幼苗基因表达差异的分析

杂种优势是一种普遍存在的生物学现象,其形成的原因十分复杂。本世纪初,Bruce和Shull相继提出的杂种优势形成的显性互补假设和超亲优势假设至今仍作为一种理论模型而缺乏实验证实。水稻杂种优势的利用自70年代三系配套技术建立得到了广泛的应用,但水稻杂种优势形成的遗传学基础目前还知之甚少。在水稻杂种优势形成机理研究中,分别从生理生化代谢、同工酶分析、DNA限制性片段多态性和DNA含量差异进行了分析,但杂种优势形成的分子机理仍未得到阐明。杂种优势的形成是与异质化相关的过程,它涉及到两个遗传背景不同的体系的相互作用。因此,在相互作用过程中,亲本基因的表达与调控就决定了杂种一代的基因表达类型和特性。因此,我们从分析基因表达与调控入手,运用mRNA差异展示技术分析了玉米杂种一代与亲本基因表达的差异,揭示了不少有意义的现象。本研究以水稻籼型杂交组合(汕优63:珍汕97A×明恢63)为材料,探讨水稻杂种一代与亲本基因表达的差异,揭示了杂种优势形成过程中的一些重要现象。     

快速捕获基因的方法——差异显示法

差异显示法是近年来出现的一些快速捕获基因的新方法,它的不断改进与完善,使基因表达的研究提高到一个新的水平。本对该方法的模板、引物、差异显示和鉴定等关键问题进行了论述。     

家蚕不同地理品种分子系统学研

利用随机引物扩增多态性DNA(RAPD)标志,在DNA分子水平上对不同系统、化性和眠性共六类59个家蚕Bombyx mori品种及野蚕且mandarina之间的遗传差异进行了研究。在34个随机引物中有12个(35.29%)引物出现稳定的扩增带,扩增总带数为103条,其中86条具多态性,占83.5%,平均每个引物7.2条。利用单匹配相似系数和UPGMA聚类法对结果进行分析,发现其RAPD不但具有品种特异性,而且具有系统特异性,证明中国一化性四眠种为最早从野蚕中分化出来的系统,中国一化性三眠种与中国一化性四眠种在进化上属有显著差异的两个类群。     

差异显示技术及其进展

差异显示技术是在转录水平上研究基因表达差异的有效方法。它通过一系列的锚定引物与随机引物组合把不同种细胞的ｍＲＮＡ进行分组反转录及ＰＣＲ扩增,在相邻泳道上显示扩增结果,通过比较电泳图谱找出差异。差异显示技术建立至今仅五年时间便在分析基因表达差异、绘制遗传图谱、分离特异性表达基因、临床诊断遗传疾病等方面被广泛应用,并不断得到改进和完善。     

介质对卤虫生物学特性的影响

比较了不同介质对不同生存环境的４个地理品系卤虫的孵化、生长、繁殖的作用．实验得出：介质对卤虫的孵化不起决定作用;介质对卤虫生长的作用极其显著,和卤虫原生境相同的介质更利于卤虫生长和存活;介质对卤虫繁殖的影响随卤虫品系的不同而异．４个品系卤虫在６,１２Ｂｅ’氯化钠型介质中均能较好生长、繁殖,这为海水孵化与养殖不同地理品系卤虫提供了依据．     

分子系统学研究中分子位点数与遗传差异信息可靠性的关系

用桑蚕(包括不同生态地理品种59个及野桑蚕)和桑属植物(包括12个种和2个变种)两类截然不同的材料,探讨了分子系统学研究中RAPD分子位点数与遗传差异信息可靠性间的关系。发现:(1)所分析的位点数多少与所能提供系统信息的量及可靠性之间有明显的关系;(2)当位点数在20以下时,得到的遗传差异的结果极不可靠,随着位点数的增加所提供的信息量及可靠性增加。当位点数超过70个时,所提供的信息可靠性趋于稳定;(3)对桑蚕和桑属植物两种截然不同的材料的分析,均得相似结果。由此推论:在用RAPD进行生物系统学研究中,以分析70个左右位点数为好;这一结论受研究对象的影响小,在其它类似的研究中或许具有一定的参考价值。 Abstract:We studied the correlation between the number of RAPD-loci investigated and the reliability of the information on genetic variation analysis using quite different two-kind materials,silkworms(including 59 geographic varieties of Bombyx mori belonging to different ecotype,as well as Bombyx mandarina M.)and mulberries(including 12 species and 2 varieties).The results showed as follows:(1)There was obvious correlation between the numbers of RAPD-loci investigated and the reliability of the information on genetic variation analysis.(2)The data were not suitable for the genetic variation analysis when the number of RAPD-loci in vestigated was smaller than 20.The more RAPD loci were analyzed,the more accurate genetic diversity would be identified when the number of the locus was varied from 20 to 70.Furthermore,the stable information to be available is shown when the number exceeded 70.(3)The similar regularities mentioned above were observed in both silkworm and mulberry.In order to get reliable information of genetic variation in molecular phylogenetic studies,at least 70 RPD loci would be investigated.And the results obtained in this study might be referential for AFLP and RFLP analysis.     

粘虫的年龄—发育期结构生命表

在23℃下用玉米嫩叶饲养幼虫,组建了粘虫的年龄-发育期结构生命表。这种生命表考虑到种群内个体发育进度的差异并包括雄性成虫。根据生命表资料计算的粘虫种群主要参数是：净繁殖率R_O= l55.88,内禀增长率r_m=0.1120,平均世代长度T=45.08天。讨论了年龄-发育期结沟生命表方法和传绕生命表方法的主要差别及各自的优缺点,比较了用这两种方法得到的粘虫种群的主要参数值。