基于核酸适配体的生物分析新方法研究进展

核酸适配体是从随机文库中采用SELEX技术筛选所得的单链短链寡核苷酸片段(通常为15-80个ss DNA或ss RNA)。其能够折叠形成独特稳定的三维结构,通过静电相互作用,氢键,范德华力,碱堆叠或多种作用力组合特异性地与多种靶标结合。适配体因具有构象变化能力而被用作生物分析中的理想识别配体。目前,基于适配体的生物分析新方法得到广泛研究,并用于蛋白多肽类药物分析、疾病标志物诊断、外泌体检测、循环肿瘤细胞检测和病毒检测等方面。本文综述了核酸适配体用于生物分析方法开发的最新进展,比较和讨论不同分析方法,并对基于适配体的生物分析新方法提出了设想和展望,为开发新的生物分析方法和检测技术提供了思路和借鉴。     

滇东南地区的蚂蚁物种多样性

为了全面揭示云南蚂蚁多样性规律,采用样地调查法研究了滇东南地区的蚂蚁物种多样性。结果表明:在滇东南地区5个垂直带共采获蚂蚁7亚科57属202种;各样地蚂蚁群落主要指标为:物种数目6～49种(平均24种),个体密度0.7～5 943.6头/m~2(平均560.5头/m~2),多样性指数0.1693～2.6382(平均1.6574),均匀度指数0.0771～0.8022(平均0.5468),优势度指数0.0012～0.9031(平均0.2733);蚂蚁群落间相似性系数0.0333～0.3810,处于极不相似至中等不相似水平。结论认为,滇东南地区栖息着丰富的蚂蚁种类,在生态系统功能和生物多样性保护中具有重要价值。垂直带上蚂蚁物种的丰富度和多样性主要受气温制约,具体表现为纬度和海拔对蚂蚁群落的影响。该地区蚂蚁群落主要指标普遍表现出多域效应现象,除了地形和森林结构因素外,主要受到人类干扰影响,应当结合天然林保护工程对该地区蚂蚁群落加以保护,以便充分发挥其生态功能。     

反硝化基因工程菌株YP4S的构建及对污水除氮特性研究

从养殖场污泥中筛选出菌株YP4,经16S rDNA分子发育树的同源序列比对,确定为克雷伯什菌属(Klebsiella sp.)。由NCBI数据库查编码亚硝酸还原酶(Nir)的基因nirS序列,设计引物,以铜绿假单胞菌PAOI基因组DNA为模板,应用PCR技术扩增目的片段nirS,经过双酶切、克隆和转化,得到重组质粒pYP4S,然后转化野生菌株YP4,构建反硝化基因工程菌YP4S。菌株生长曲线测定表明,工程菌株YP4S与YP4的生长特性基本一致。工程菌株YP4S对模拟污水COD、TN、NH_4^+-N和NO_3^--N具有较高的去除率,YP4S与YP4相比,对NO_2^--N积累的减少量为(32.44±3.96)%,明显减少了NO_2^--N的积累。通过正交试验获得工程菌株YP4S在C/N=10、T=30℃、r=200 r/min和pH=7.0的最佳组合条件下,对模拟污水TN去除率较高。应用工程菌株YP4S处理猪场沉淀池的实际污水,COD、TN、TP、NH_4^+-N和NO_3^--N去除率分别为(95.87±0.82)%、(76.38±3.84)%、(97.13±0.54)%和(75.35±2.57)%,NO_2^--N积累量为(3.31±1.24) mg/L,表明工程菌株YP4S具有较好反硝化作用,对含氮量高的实际污水修复具有潜在的应用前景。     

血清miR-30c水平预测贝伐单抗治疗非小细胞肺癌患者的心脏毒性

为了探讨血清miR-30c水平对贝伐单抗(Bevacizumab)治疗的非小细胞肺癌(NSCLC)患者心脏毒性的预测价值,本研究检测了我院收治的100例NSCLC患者不同治疗阶段时的血清miR-30c水平。研究显示,miR-30c表达随着治疗时间的增加而显著升高(p0.05)。在治疗第8周时,与治疗前相比,相对miR-30c表达水平达到最高,约为治疗前的3倍。然而,治疗后1个月时,miR-30c表达与治疗期间第8周相比显著降低,但仍高于贝伐单抗治疗前的水平(p0.05)。血清miR-30c水平与心脏毒性呈显著正相关(p0.05)。采用血清miR-30c水平预测贝伐单抗诱导的NSCLC患者的心脏毒性。ROC分析显示,从化疗前到化疗期间,miR-30c水平的AUC、敏感性和特异性值分别为0.866、0.708和0.882。从化疗前到化疗后,miR-30c水平的AUC、敏感性和特异性值分别为0.705、0.679和0.654。本研究表明,血清miR-30c可能是预测贝伐单抗化疗后发生心脏毒性的生物标志物。     

丁香油酚在牙槽骨组织中的骨保护作用评价

绝经后雌激素缺乏会引起牙槽骨质流失、重塑和炎症。丁香油酚是一种酚类化合物,在牙科应用广泛并具有抗炎特性。在本研究中,以卵巢切除的大鼠为模型,服用不同剂量丁香油酚(2mg·kg-1·d-1和4mg·kg-1·d-1)12周(卵巢切除组),研究丁香油酚在牙槽骨组织中的骨保护作用。使用ELISA法检测血清中骨代谢标记物和促炎细胞因子,使用高分辨率微型计算机断层摄影术(CT)扫描牙槽骨形态,并进行骨组织学分析(H&E染色)。研究结果表明,丁香油酚不会增加卵巢切除大鼠体重和延缓子宫萎缩。由丁香油酚处理的卵巢切除大鼠的骨代谢标志物和炎性细胞因子含量显著提高,特别是高剂量组。丁香油酚的处理显著减弱了牙槽骨的形态测量变化,改善了牙槽吸收功能和牙龈渗透。卵巢切除大鼠的牙槽骨由于丁香油酚处理得到改善,炎性细胞因子表达降低。本研究初步结论表明,丁香油酚可以防止卵巢切除动物实验性诱导的牙槽骨损失,具有抗炎作用,对牙槽骨组织具有保护作用。     

杭州市西湖景区春季空气细菌多样性特征

选取了杭州市西湖景区4个典型样点,利用高通量测序方法研究了其空气细菌多样性特征。结果表明,在细菌门水平上,各样点优势细菌为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其总相对含量在断桥残雪(MSBB)、柳浪闻莺(OSW)、宝石流霞(PSHFRC)和三潭印月(TPMM)分别为88.31%、86.03%、85.06%和89.28%,且不同样点优势菌群存在一定的差异,OSW和TPMM厚壁菌门分别占9.65%和11.6%,拟杆菌门分别占6.86%和5.55%,MSBB和PSHFRC拟杆菌门分别占7.31%和7.86%,厚壁菌门分别占7.09%和5.32%。在细菌属水平上,各样点优势菌属及含量差异显著,MSBB、TPMM、OSW和PSHFRC相对含量最高的菌属分别为马赛菌属(Massilia)、两面神菌属(Janibacter)、鞘氨醇单胞菌属(Sphingomonas)和甲基杆菌属(Methylobacterium),分别占6.22%、6.45%、6.05%和11.5%,各样点相对含量高于2%的细菌属有鞘氨醇单胞菌属、甲基杆菌属、薄层菌属(Hymenobacter)和异常球菌属(Deinococcus),这些菌属是西湖景区各样点共有的优势菌群;通过空气细菌OTU及多样性分析可知,MSBB空气细菌丰富度较高,均匀度较低,而PSHFRC丰富度较低,均匀度较高。杭州西湖景区不同样点空气细菌群落特征差异显著,且其丰富度和均匀度明显不同。     

人参皂苷单体定向转化的生物催化及应用进展

人参是我国传统中药,药效显著、应用广泛。通过定向修饰与转化人参皂苷糖基可产生高抗癌活性稀有人参皂苷。传统化学法由于制备工艺极其复杂、成本过高,不能应用于临床,微生物及其酶系转化成为解决该瓶颈问题的最可行手段。有关全细胞催化、糖苷酶重组表达、固定化及其催化分子识别机制和溶剂工程的生物转化已有大量综述报道,但尚无在人参皂苷转化应用中的系统研究。文中通过对人参皂苷单体生物转化理论和应用研究最新进展的回顾,结合目前广泛采用的生物催化方法的讨论,系统梳理归纳了能够改善产物专一性、提高催化效率,且具有工业应用前景的人参皂苷单体定向转化方法。基于酶分子设计以及离子液体溶剂工程,对人参皂苷单体抗癌药物和食品、保健品市场的开发、规模化制备进行了展望。     

白菜PLD基因家族全基因组鉴定及对高温胁迫的响应

膜磷脂是产生胞内信号信使的重要来源,磷脂酶Ds(phospholipase D,PLDs)可以催化磷脂产生信号分子磷脂酸(phosphatidic acid, PA),从而响应不同胁迫信号。该研究利用生物信息学方法对白菜PLD基因家族的基因成员进行鉴定及结构域分析,并采用qRT PCR方法对不结球白菜的18个BrPLD基因的表达进行分析,以探讨不结球白菜的BrPLD基因家族对高温胁迫的响应机制。结果表明：(1)共鉴定到18个白菜PLD基因家族成员,其中有2个成员(BrPLD03和BrPLD09)的C2结构域被替换为PH/PX结构域,另有1个基因(BrPLD12)缺少了其N末端保守结构域,由信号肽代替。(2)根据编码蛋白结构域的不同,18个BrPLD基因分为3个亚类,分别为15个C2 BrPLD、2个PH/PX BrPLD和1个SP BrPLD;氨基酸理化性质分析发现,该基因家族编码蛋白多半为酸性蛋白;18个基因分布在除4号和7号之外的8条染色体,且呈现不均匀分布,并发现了BrPLDs蛋白Ca²⁺配位碱基的缺失。(3)qRT PCR检测发现,高温处理下不结球白菜的BrPLD基因的表达量发生明显变化,各基因在耐热和热敏品种中的表达具有差异。(4)对BrPLD基因家族不同功能顺式响应元件的预测发现,所有家族基因含有光应答有关的作用元件,9个基因含有与低温有关的顺式元件,10个基因含有调控干旱相关元件,18个基因均未预测到热胁迫相关顺式响应元件。