甘蔗属种及其近缘属种蔗茅的全基因组密码子偏好性分析

【目的】为解析甘蔗基因组的密码子使用特征,提高异源基因在甘蔗中的表达效率。【方法】以已发布的甘蔗属种（热带种LA-purple、割手密NP-X和AP85-441）及其近缘属种蔗茅（Yunnan2009-3）基因组为数据,利用Python、CodonW1.4.2进行密码子偏好性分析,同时通过中性绘图、ENC-plot、PR2-plot等分析探讨密码子偏好性形成的影响因素,并结合转录组测序数据分析密码子偏好性参数与基因表达水平的相关性。最后,基于RSCU均值与7个主要模式生物种（玉米、高粱、水稻、拟南芥、烟草、大肠杆菌、酿酒酵母）的密码子使用模式进行比较分析。【结果】显示热带种、割手密和蔗茅的基因组都富含GC,平均GC含量为56.3%,且GC3>GC1>GC2,倾向于使用以G/C结尾的密码子,平均ENC值为48.45,偏好性较低。中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明它们的密码子偏好性受到自然选择、突变压力等多种因素的共同影响,其中自然选择占主导作用。相关性分析表明密码子偏好性参数与基因实际的转录表达水平存在显著相关性,但相关性不强。根据RSCU和?RSCU值,确...     

伊犁郁金香叶绿体基因组密码子偏好性分析

目的：明晰伊犁郁金香叶绿体基因组密码子偏好性的使用模式。方法：以伊犁郁金香53条蛋白编码序列(CDS)为研究对象,使用CodonW1.4.2、CUSP等软件对其进行密码子组成分析、偏性影响因素分析、最优密码子筛选。结果：伊犁郁金香叶绿体基因组密码子的GC₁、GC₂、GC₃含量不同,其中GC₃的平均含量最低为27.15%,说明GC₃偏好以A/U结尾。有效密码子(ENC)值均大于35,表明密码子使用偏性较弱;通过中性绘图、PR2-plot和ENC-plot的分析,伊犁郁金香叶绿体基因组密码子使用偏好性主要受到自然选择的影响,同时受突变因素的影响。结论：伊犁郁金香叶绿体基因组共筛选到18个最优密码子可为后续野生郁金香资源开发、优良性状的遗传改良、外源基因表达及叶绿体工程育种等提供技术支撑和理论依据。     

超声波法提取剑花总皂苷工艺研究

利用超声波法,采用正交实验对剑花总皂苷提取工艺进行研究。结果表明,提取剑花总皂苷的最优条件为:粒度80目,最佳溶剂水,超声时间40 min,溶剂挥干温度80℃,料液比1:20。     

激光及γ射线对有丝分裂染色体畸变感应现象的比较

波长514nm的激光照射可用于研究激光导致有丝分裂染色体畸变的效应。本文提供了一种新的辐照系统,能用于研究突变的感应现象,并与从γ-线辐射源获得的结果进行了比较。 Abstract:Laser irradiation at wavelength 514 nm was used to study the effect of lasers in inducing chromosomal aberrations at mitosis.This study offers a new radiation system which could be used for the induction of mutations.Results are compared with those obtained from studies using γ-rays as irradiation source.     

利用枯草杆菌α-淀粉酶分泌载体合成和分泌具有生物活性的鼠β干扰素

经BAL31酶消化除去信号序列的鼠β-干扰素(IFN-β)cDNA,引入到用枯草杆菌α-淀粉酶基因的启动子和信号序列所构造的一个枯草杆菌分泌载体中。把得到的嵌合质粒转移进枯草杆菌207-25中。采用菌落杂交和一种新的、用于分泌蛋白质的免疫印迹方法选出四株卡那霉素抗性转化株。这些转化株把与羊抗-IFN-β血清起交叉 反应的蛋白分泌到培养基中去。用L细胞和水泡性口膜炎病毒系统检测,其中一株表达一种高IFN-β活性,而其它三株表现弱的或没有IFN-β活性。基于我们先前的研究[Ohmura等人,Nucl.Acids Res.12(1984)5307-5319],认为这种分泌的IFN分子是杂种蛋白,在这分子中,NH_2-末端区域由一部分α-淀粉酶信号肽组成。核苷酸序列分析指出:表达高IFN活性的pTUB502质粒是与来自鼠的成熟蛋白质的密码子位置6的IFN-β基因连接。其它三个质粒,pTUB506、pTUB509和pTUB519分别含有来自密码子位置3,1和5的鼠IFN-β基因。鼠IFN-β的NH_2-未端区域似乎与它的生物活性紧密相关。     

猪链球菌GZ1基因组密码子使用分析

以猪链球菌GZ1为研究对象,利用Codon W在线工具、对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等方法研究其基因组的密码子使用情况及影响因素.猪链球菌GZ1基因组中GC含量为41.4%,偏爱使用以U或A结尾的密码子,其密码子使用具有一定的偏好性.对应分析表明,第1条向量轴与CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C...     

对普通高中《生物》教科书中几处知识点的认识

现行高级中学生物学教科书全日制普通高级中《学教科书试验修订本必修生物人教版分第1(·)》(),册和第2册本文就第2册的几处知识点提出看法。。1关于DNA分子的特性作为遗传物质应具有多方面的特性从DNA分,。子结构可以看出对不同的DNA分子有不同的碱基,,排列顺序代表着千变万化的多种多样的遗传信息由,,此体现出DNA分子具有多样性但对一个个具体的。DNA分子而言其碱基排列顺序又是特定的因而又构,,成了每一个DNA分子的特异性作为遗传物质又必须。具有一定的稳定性才能使每个物种的遗传性状保持,相对的稳定性DNA分子在结构上具有很…     

HIV-1B亚型gp120基因密码子优化前后免疫原性的比较

对HIV-1B亚型gp120基因按照哺乳动物优势密码子的使用原则进行优化,以Westem blot方法比较其体外表达量.将优化前的野生型gp120基因和改造后的modgp120基因插入重组腺伴随病毒载体,构建了重组病毒rAAV-wtgp120和rAAV-modgp120,比较两者免疫Balb/C小鼠后的抗体和CTL应答.Western blot检测结果显示:优化后基因的体外表达量明显高于野生型基因,rAAV-modgp120与rAAV-wtgp120相比可更好地诱导Balb/C小鼠的CTL应答,但检测不到明显的抗体反应.由此得出结论,优化后gp120基因的体外表达量明显高于野生型基因,并且可以诱导更强的特异性CTL应答,但检测不到gp120抗体.     

稳定有界的Logistic方程的最优捕获策略

考虑单种群非自治的Logistic方程的开采问题．在R^ 中都存在均值的意义下,作为周期和概周期函数的推广,首先给出稳定有界函数的概念．然后定义一个新的最终最优收获策略用于处理我们的问题．选择单位时间的最大持久收益的极限均值作为管理目标。同时得到了最佳的种群水平．作为应用,我们以概周期系数的Logistic方程为例,表明我们的结果不仅推广了经典的Clark关于自治的Logistic方程的收获问题,而且推广了范猛和王克的关于周期的Logistic方程的收获问题的结果．     

遗传密码子进化的阶段性

密码子的起源与进化可划分为4个阶段,即：前密码子期,tRNA形成期,原密码子与有序肽同步起源期,以及密码子进化期。不同的观点,大都能在不同时期找到自己的位置,从而是互补的。在此基础上,首次将主要理论的主旨整合为一个进化过程的理论框架,基本上协调了持续了近半个世纪的确定论和偶然论之争,并且解释了密码子设定的多态性的由来。