猪链球菌GZ1基因组密码子使用分析

以猪链球菌GZ1为研究对象,利用Codon W在线工具、对应分析、ENC绘图(Nc-plot)等方法研究其基因组的密码子使用情况及影响因素.猪链球菌GZ1基因组中GC含量为41.4%,偏爱使用以U或A结尾的密码子,其密码子使用具有一定的偏好性.对应分析表明,第1条向量轴与CAI(R=-0.749,P<0.01)、G+C...     

猪瘟病毒Erns在杆状病毒系统中的表达和纯化

采用Bac-to-Bac表达系统构建重组杆状病毒rAcV-MBP-Erns,感染Sf9昆虫细胞,经免疫荧光及Western blot分析证实MBP-Erns融合蛋白在Sf9细胞中高效表达。表达的MBP-Erns以可溶和包涵体两种形式存在。在Sf9细胞中规模化增殖重组病毒,经Amylose Resin亲和层析纯化获得高纯度MBP-Erns,制备的MBP-Erns具有良好免疫原性,这些工作为研究该蛋白的生物学功能和免疫原性奠定基础。     

一株新型旱獭源性宽谱大肠杆菌噬菌体的分离鉴定及基因组分析

[目的]分离喜马拉雅旱獭肠内容物样本中的噬菌体,并研究其生物学特性和基因组特征。[方法]以大肠杆菌为宿主菌,利用双层琼脂平板法从喜马拉雅旱獭肠内容物样本中分离噬菌体;用透射电镜观察形态特征;测定其最佳感染复数、一步生长曲线、酸碱耐受度及宿主裂解谱等生物学特性,并进行全基因组测序。[结果]从喜马拉雅旱獭肠内容物样本中分离得到一株裂解性大肠杆菌噬菌体,命名为vB_EcoM_TH18,其噬菌斑呈无晕环的透亮圆形,透射电镜观察发现该噬菌体头部直径为(90±5) nm,尾部长度为(115±5) nm;最佳感染复数为1;一步生长曲线显示其潜伏期为10 min,110 min后进入平台期,平均裂解量为15 PFU/mL;在pH 4.5-9.5的范围内具有稳定活性;可裂解多种致病型和血清型大肠杆菌和宋内志贺氏菌,无法裂解沙门氏菌、屎肠球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯杆菌及鲍曼不动杆菌;基因组测序结果表明,其基因组长度为133 882 bp,GC含量为39.95%。基因组共注释到210个编码序列(CDS)和13个tRNAs,不含毒力基因及耐药基因。BLASTn比对结果表明该基因组与Avunavirus属噬菌体Av-05同源性为95.17%。基于噬菌体全基因组、主要衣壳蛋白和终止酶大亚基分别构建系统进化树,结果表明vB_EcoM_TH18是一株肌尾噬菌体科(Myoviridae) Avunavirus属的新型噬菌体。[结论]从喜马拉雅旱獭肠内容物中成功分离并鉴定了一株新型宽谱大肠杆菌噬菌体vB_EcoM_TH18,可裂解多种致病型和血清型的大肠杆菌及宋内志贺菌。     

不同寄主来源白假丝酵母菌多态性与耐药性分析

为研究白色假丝酵母菌的分子多样性情况,探讨RAPD基因多态性与药物敏感性的关系,在获得病菌分离物的基础上,应用经筛选的10条10 bp随机引物,对18株病菌分离物进行RAPD分析,利用UPGMA对结果进行聚类.RAPD扩增的指纹图谱清晰,带型稳定,多态性丰富,可以作为白假丝酵母菌分型方法,18株不同来源的菌株可大致分为6种亲缘关系.药敏结果显示导致出现耐药的机制可能并不相同.所以利用RAPD标记技术在基因水平上对白色假丝酵母菌进行分子分型和鉴定是可行的.