微生物组学研究的“淘金时代”

人体及动物肠道中生存着数量庞大的共生微生物;这些微生物无时无刻不参与着宿主的生命活动。揭示这些共生微生物在宿主体内的变化规律、与宿主之间的依存和博弈关系等,将使人类更加全面的认知高等生物体的生命本质。本专刊从肠道微生物与疾病、肠道微生物群落结构、肠道微生物与宿主互作、肠道微生物资源和肠道微生物研究方法 5个层面展示了我国科研工作者在肠道微生物研究领域的新进展及新观点。     

分子生物学技术在热泉地质微生物学研究中的应用

陆地热泉是一类典型的极端生命-环境互作的地质系统,是我们认识生命与环境协同演化的天然实验室。然而,受限于有限的研究手段,热泉中仍存在大量未解密的微生物"暗物质"。这种困境随着技术的革新得到了改善,尤其是近几年来基于组学、探针和同位素标记的多元化检测手段在嗜热微生物多样性的挖掘、新物种和新代谢途径的发现以及嗜热微生物对元素地球化学循环的调控和响应等方面取得了一系列令人瞩目的研究成果,使得热泉极端微生物和地质环境内在联系的研究也成为地质微生物学研究的热点。立足于前人研究成果,本文将简述常用于热泉地质微生物学研究的分子生物学手段的发展,重点总结其在挖掘热泉微生物多样性和热泉微生物的环境功能研究中的应用及进展,最后对未来研究方向提出展望。     

贵州剑河寒武系“清虚洞组”管状微体骨骼化石初步研究

华南寒武系地层中广泛富集微体骨骼化石,为解决某些疑难化石的亲缘关系及研究早期后生动物的演化提供了重要化石证据。在贵州剑河八郎"清虚洞组"中发现一些管状微体骨骼化石。经鉴定后主要有4属,分别为小钻孔螺Torellella、似软舌螺Hyolithellus、鞘状螺Coleoloides和表面具鳞片状管状化石Mongolitubulus squamifer。Mongolitubulus分布范围较为广泛,本文结合前人对该化石亲缘关系的探讨及剑河寒武系"清虚洞组"化石的特征,推测M.squamifer可能是高肌虫的装饰刺。     

贵州思南奥陶纪末至志留纪初大息场组的笔石

贵州思南奥陶纪末至志留纪初大息场组的笔石研究结果表明,大息场组共产出笔石6属7种:Styracograptus chiai(Mu,1949),Normalograptus mirnyensis(Obut and Sobolevskaya,1967),Normalograptus ajjeri(Legrand,1977),Metaclimacograptus hughesi(Nicholson,1869),Avitograptus avitus(Davies,1929),Atavograptus atavus(Jones,1909)和Korenograptus laciniosus(Churkin and Carter,1970)。自下而上可识别出相当Dicellograptus complexus带、Akidograptus ascensus带和Cystograptus vesiculosus-Coronograptus cyphus带的3个含笔石地层带。虽然大息场组的笔石动物群分异度较低,但全都是上扬子区奥陶-志留系之交的常见属种,除S.chiai(Mu)之外,其它都是全球广布的物种。     

山西兴县中奥陶统马家沟组五5亚段遗迹化石组合及其古环境意义

鄂尔多斯盆地东缘关家崖剖面奥陶系马家沟组五5亚段地层中保存大量无脊椎动物遗迹化石,可识别出居住迹、牧食迹、觅食迹三大类,共7个遗迹属、14个遗迹种,分别是Arenicolites isp.,Cylindricumisp.,Helminthopsis abeli,Helminthopsis isp.1,Helminthopsis isp.2,Lorenziniaisp.,Planolites isp.,Planolites beverleyensis,Planolites montanus,Teichichnus rectus,Thalassinoides isp.1,Thalassinoides isp.2,Thalassinoides isp.3,Thalassinoides isp.4。根据遗迹化石特征及其沉积环境,可划分3个遗迹组合:1、Helminthopsis-Planolites组合,该组合以觅食迹为主,部分为居住迹,出现在潮间带和潮下带;2、Thalassinoides-Teichichnus组合,该组合遗迹化石种类较单一,主要为觅食迹,分布于潮间带和潮上带;3、Thalassinoides-Helminthopsis组合,该组合出现在潮间带。基于遗迹化石组合的分布特点,提出山西兴县奥陶系马家沟组五5亚段的沉积环境模式。     

川西汉源-荥经地区下奥陶统大乘寺组的笔石

对川西汉源-荥经地区CYD2井下奥陶统弗洛阶大乘寺组的笔石进行研究,结果表明Baltograptus deflexus笔石带在这一覆盖区发育良好。CYD2井的该带笔石动物群共含2属5种。根据下垂对笔石类的始端发育型式,修正前人对波罗的笔石属(Baltograptus)和巅峰笔石属(Corymbograptus)内一些种的归属,并对CYD2井的5种笔石进行描述。可能受制于钻心标本的限制,该地区的Baltograptus deflexus带笔石动物群分异度较低。川西汉源-荥经-峨眉山地区的大乘寺组与上覆二叠系梁山组呈假整合接触,表明该地区长期遭受沉积间断和剥蚀作用,B.deflexus带的确定,指示了这一长期剥蚀作用的最大深度。     

年龄、饮食及PPARγ对内脏脂肪组织调节性T细胞转录组的影响北大核心CSCD

炎症是肥胖和2型糖尿病之间的关键联系,过量的能量摄入可诱导内脏脂肪组织（visceral adipose tissue,VAT）的慢性炎症反应,最终引起血脂异常、胰岛素抵抗等代谢异常,甚至发展为2型糖尿病等代谢性疾病。前期研究发现,正常体重小鼠VAT 中存在一类调节性 T 细胞（regulatory T cell,Treg cell）,参与调控局部及系统性的炎症和代谢,其转录组与淋巴组织来源Treg细胞截然不同。然而,在不同生理或病理条件下,VAT Treg细胞的变化及调控机制尚不清楚。     

医学研究生开展转录组学课程必要性的探讨

转录组学是生命科学领域的一门交叉型、发展快速的前沿性学科。随着高通量测序技术的迅猛发展,在收集、整合及数据挖掘的基础上全面系统的研究转录组成为可能。目前,利用转录组学的理论及技术研究疾病的转录组信息,系统全面阐明其基因表达调控规律,构建其基因调控网络,已经成为医学研究领域的热点。通过在医学研究生中开展转录组学这门课程,使研究生掌握其中的科研思维和方法,帮助研究生更清晰地认识疾病发生发展的分子机制,并通过学习这门课程提高研究生的科研能力和水平。     

法舒地尔对单纯急性心肌梗死大鼠心肌形态学、心肌酶学及血液流变学的影响

目的:探讨法舒地尔对单纯急性心肌梗死模型大鼠心肌形态学、心肌酶学及血液流变学变化的影响。方法:将40只Wistar大鼠分为空白组、假手术组、治疗组和模型组。治疗组给予法舒地尔0.01 m L/g,股静脉注射,其余各组给予生理盐水。治疗结束后检测各组大鼠心肌形态学、心肌酶学及血液流变学各指标。结果:与其余各组相比,治疗组大鼠各指标均显著改善,空白组与假手术组各指标水平无显著差异(P0.05),治疗组具体表现为:CK、LDH、ASH水平明显降低(P0.05);PAR、PAG水平均明显改善,与模型组相比明显降低;HCT、ESR水平明显降低(P0.05);MIS水平明显下降(P0.05)。结论:法舒地尔能够明显改善单纯急性心肌梗死模型大鼠的心肌形态学、心肌酶学及血液流变学各指标,对临床有指导意义。     

人Daintain 基因5''调控区序列的生物信息学分析

目的：探讨人Daintain 基因5''调控区的序列特征。方法：利用在线软件BLAST、Neural Network Promoter Prediction、Promoter 2.0、Promoter SCAN、EMBOSS、CpG Island Searcher 和TF SEARCH预测人Daintain 基因启动子区域、CpG 岛分布和转录因子结 合位点。结果：人Daintain 基因5''调控区存在1 个CAAT盒。Daintain 基因可能存在6 个启动子位点,CpG岛可能位于216 bp 区 间( 23 ~ 238 bp)。评分85 分以上时,该序列存在251 个可能的转录因子结合位点;评分90 分以上时,该序列存在70 个可能的转 录因子结合位点;评分95 分以上时,该序列存在16个可能的转录因子结合位点;评分100 分以上时,该序列存在7 个可能的转 录因子结合位点;这些结合的转录因子基本是与免疫细胞增殖或性别发生有关。结论：人Daintain 基因5''调控区的生物信息学研 究表明其转录受甲基化和多种转录因子的调控,为研究Daintain 基因启动子的功能提供理论基础。