基于单细胞转录组的视网膜母细胞瘤进展特征分析

视网膜母细胞瘤（retinoblastoma,RB）是婴幼儿最常见的眼内恶性肿瘤。在RB进展过程中的关键致病因素目前尚不十分清楚。因此,识别与RB进展密切相关的基因能为病情诊断及基因治疗提供重要信息。然而,肿瘤组织具有很强的细胞异质性,不同病理状态下的细胞,其功能及基因表达都可能呈现显著的差异。本研究从公共基因表达数据库（gene expression omnibus,GEO）下载了1例4个月肿瘤患者和1例2年患者的肿瘤及癌旁组织的单细胞转录组测序数据,从单细胞水平解析不同患病时长的RB肿瘤转录图谱,鉴定与RB进展有潜在关联的细胞亚群及基因集。结果显示,肿瘤组织与癌旁组织在单细胞转录图谱上具有整体的一致性,但视锥前体G1期细胞群、G2期细胞群以及小胶质细胞群在肿瘤与癌旁组织中的分布比例存在明显差异。进一步分析了这3种细胞群在RB肿瘤进展过程中的作用。研究发现,在RB肿瘤的早期阶段,视锥前体细胞在G1期异常增殖,随着RB肿瘤的进展,视锥前体G2期细胞比例显著增加。同时,RB进展过程的小胶质细胞群差异分析结果显示,主要参与免疫应答的关键基因包括RPL23、B2M、HLA家族基因。本研究可为RB发病机制及进展研究提供更多新视角和数据资源。     

基于单细胞转录组的多级别胶质瘤异质性及免疫微环境分析揭示了潜在的预后生物标志物

脑胶质瘤（glioma）是中枢神经系统最常见的内在肿瘤,具有发病率高、预后较差等特点。本研究旨在鉴定多形性胶质母细胞瘤（glioblastoma multiforme,GBM）和低级别胶质瘤（lower-grade gliomas,LGG）之间的差异表达基因（differentially expressed genes,DEGs）,以探讨不同级别胶质瘤的预后影响因素。从NCBI基因表达综合数据库中收集了胶质瘤的单细胞转录组测序数据,其中包括来自3个数据集的共29 097个细胞样本。对于不同分级的人脑胶质瘤进行分析,经过滤得到21 071个细胞,通过基因本体分析、京都基因与基因组百科全书途径分析,从差异表达基因中筛选出70个基因,我们通过查阅文献,聚焦到delta样典型Notch配体3（delta like canonical Notch ligand 3,DLL3）这个基因。基于TCGA的基因表达谱交互分析（gene expression profiling interactive analysis,GEPIA）数据库用于探索LGG和GBM中DLL3基因的表达差异,采用基因表达谱交互式分析和肿瘤免疫学估计资源（tumor immune estimation resource,TIMER）数据库,研究关键基因在不同分级的脑胶质瘤中的表达,预测了与免疫治疗密切相关的生物标志物。cBioPortal数据库用于探索DLL3表达与25个免疫检查点之间的关系。基因集富集分析（gene set enrichment analysis,GSEA）进一步确定了与中心基因相关的途径。最后,在中国胶质瘤基因组图谱（Chinese glioma genome atlas,CGGA）中验证了生物标志物在预后和预测中的疗效。这些结果发现,预后基因与肿瘤增殖和进展有关,通过生物学信息和生存分析,表明这些基因可能作为一种有前途的预后生物标志物,并作为选择治疗策略的新靶点。     

入侵性杂草皱匕果芥在中国的适生区预测及分析

[目的]对入侵性杂草皱匕果芥在我国的适生区进行预测,为入侵风险评估和损失预测提供数据支撑,同时为控制预案制定提供科学依据。[方法]先用ENMTools和SPSS分别对分布数据和环境变量进行筛选,再调用R程序包Kuenm校准MaxEnt模型确定最优参数设置,然后使用MaxEnt和ArcMap对皱匕果芥在中国的适生区进行预测,并将已公布的进境粮食指定监管场地、进口粮食加工企业地理位置与皱匕果芥在中国的适生区进行匹配分析。[结果]最冷月份最低温度、温度季节变化标准差和最冷季度降水量是对MaxEnt模型拟合重要性排名前3位的环境变量,最冷月份最低温度可能是影响皱匕果芥发生分布的最重要的自然因素;皱匕果芥在中国的中度适生区占中国陆地总面积的15.13%,主要集中在秦岭-淮河以南、龙门山-大凉山以东的亚热带季风气候区域;高度适生区占中国陆地总面积的1.67%,主要形成川渝、湖北-湖南和长三角3个中心。在皱匕果芥的中、高度适生区分布有901个进口粮食加工企业和57个进境粮食指定监管场地。[结论]皱匕果芥的中、高度适生区内存在我国粮棉等作物的重要产区,一旦该杂草大面积发生,将给我国粮棉等作物种植造成非常不利的影响。进口粮食的国际贸易是皱匕果芥入侵中国的主要途径,应当加强对进口粮食接卸、运输、加工等高风险区域和环节的监管力度,并积极实施外来入侵杂草的监测和调查,确保做到早发现、早防除,防止进一步扩散和危害。     

植物核糖体应激响应机制研究进展

核仁是真核细胞中重要的核结构, 核糖体发生最初在核仁中进行, 该过程涉及一系列复杂的反应, 需要许多核仁相关因子参与。核糖体生物发生出现异常通常引起核仁结构紊乱, 并导致细胞周期阻滞、细胞衰老甚至凋亡。核糖体应激响应机制在哺乳动物细胞中研究得较为深入, 但在植物细胞中尚不明晰。尽管如此, 人们逐渐发现某些植物特有的NAC转录因子家族成员在植物细胞中可能参与包括核糖体应激在内的多种胞内应激响应过程。此外, 前期研究发现生长素系统与核糖体生物合成之间存在一种相互协调机制来调控植物发育。该文结合哺乳动物细胞中已知的核糖体应激响应通路, 探讨植物细胞潜在的核糖体应激机制。     

结构方程混合模型在SNP分析中的应用

采用结构方程混合模型(SEMM)对实际SNP数据进行分析,为遗传统计学提供一种新的有效的分析方法。本研究的数据是由GAW17提供的,包含697个个体的22条常染色体的上万个SNP和根据这些SNP所模拟的697个个体的性状特点。随机挑选了1号染色体上的4个SNP和3个定量性状作为研究变量,分别进行潜在类别分析和结构方程混合模型分析。根据4个SNP数据,人群被分为3个潜在类别,概率分别为0.53,0.34,0.13。潜在类别1、2和3中的因子均值Q分别为-4.029、-2.052和0,潜在类别1、2的因子均值均低于3(<0.001)。研究表明:结构方程混合模型(SEMM)综合了结构方程模型和潜在类别模型的思想,形成了自己的优势,可用于处理同时包含分类潜变量和连续潜变量的数据。     

以分子生物学鉴定结果为“金标准”评估Rapid ID Yeast Plus及API20C AUX对酵母样真菌的鉴定效能

目的 以分子生物学方法为“金标准”对两种商品化酵母样真菌鉴定产品Rapid ID Yeast Plus（简称RapIDYST）及API20C AUX（简称API20C）的鉴定效能进行评估.方法 从2010年中国医院侵袭性真菌感染监测网菌株库中筛选酵母样真菌25种,共计194株.其中,包含临床最常见的5种酵母样真菌（白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌、近平滑念珠菌、新生隐球菌）共130株,占研究总菌株数的67.0％.所有菌株已经过分子生物学方法准确鉴定至种水平.菌株复苏分纯后,严格按照产品操作指南,平行进行RapID YST和API20C鉴定.结果 所研究菌株中,有181株（18种）在RapID YST鉴定菌种数据库中,所有在库菌株种及复合体鉴定正确率为87.8％（159/181）.相比,API鉴定菌种库包含菌株174株（18种）,在库菌株种及复合体鉴定正确率为92.0％ （160/174）.RapID YST与API20C对于5种临床常见的酵母样真菌的种鉴定正确率分别为93.1％和97.1％.对于库外菌株,RapID YST的鉴定错误率分别为23.1％（3/13）,相比API20C的鉴定错误率为60.0％ （12/20）.综合此次评估结果,二者对酵母样真菌的鉴定效能无显著差异（McNemar检验,P＞0.05）.结论 两种商品化产品对酵母样真菌的鉴定效能基本一致;相较而言,RapID YST在操作便捷性、检测时间方面具有较大优势.     

中国北方地区血清钙、维生素D水平与乳腺癌的相关性研究

目的:探讨中国北方地区血清钙、维生素D水平与乳腺癌及相关临床因素的关系.方法:选取2007年12月至2012年7月哈尔滨医科大学附属肿瘤医院794例女性乳腺癌患者及976例乳腺良性肿瘤患者,并以128例健康妇女为对照,取空腹血清采用原子吸收分光光度法检测三组血清钙含量,采用放免法检测三组中162例血清25(OH)D含量,结合相关临床资料进行分析.结果:乳腺癌组血清钙含量为2.26± 0.12 mmol/L,乳腺良性肿瘤组血清钙含量为2.26±0.09 mmol/L,正常对照组血清钙含量为2.25±0.24 mmol/L,经方差分析,三组总体均数差别无统计学意义(P＞0.05);乳腺癌患者的血清钙水平与年龄、TNM分期、BMI、绝经情况、乳腺癌家族遗传史无关(P＞0.05).乳腺癌组血清25(OH)D含量为41.91±7.55 ng/mL,乳腺良性肿瘤血清25(OH)D含量为54.62±7.48 ng/mL,正常对照组血清25(OH)D含量为56.15±8.87 ng/mL,经方差分析,乳腺癌患者血清25(OH)D含量低于乳腺良性肿瘤组,差别有统计学意义(P＜0.05),乳腺良性肿瘤组与正常对照组差别无统计学意义(P＞0.05);乳腺癌患者的维生素D水平与年龄、TNM分期、BMI、绝经情况有关(P＜0.05),而与乳腺癌家族遗传史无关(P＞0.05).结论:中国北方地区的乳腺癌患者血清钙水平与乳腺良性肿瘤患者无明显差异.乳腺癌患者的维生素D水平低于乳腺良性肿瘤患者,并且与年龄、TNM分期、BMI、绝经情况有关.维生素D水平降低可能与乳腺癌的发生有关,高水平的维生素D可能会降低女性患乳癌的风险.     

河南省2013年风疹流行病学特征分析

目的了解河南省2013年风疹的流行病学特征,为制定风疹的防治策略提供参考依据。方法对河南省2013年风疹发病资料进行流行病学分析。结果 2013年河南省共报告风疹病例352例,无死亡病例。年均发病率为0.37/10万,其中以信阳市最高,郑州市次之,漯河市最低;发病主要集中在<15岁人群(80.40%),并以散居儿童和学生为主,男女性别比为1.61∶1;发病呈现明显的季节性,3—6月为发病高峰。结论河南省风疹发病率处于较低水平,<15岁儿童为主要发病人群。应提高重点人群风疹疫苗的接种率,预防风疹暴发,减少先天性风疹综合征的发生。     

派伦螨属四已知种雄螨及若螨描述(蜱螨亚纲:中气门目:派盾螨科)

本文描述拟双毛派伦螨Parholaspulus paradichaetes Petrova,1967雄螨及前若螨,阿氏派伦螨 P.alstoni Evans,1956后若螨及前若螨,微小派伦螨 P.minutus Petrova,1967和东方派伦螨 P.orientalis Petrova,1967后若螨.