支持向量机在PPⅡ二级结构预测中的应用

PPⅡ二级结构是一种稀有的蛋白质结构类型。目前使用机器学习方法预测此二级结构的工作还比较少见。引入一种新的方法———支持向量机 (SVM)来预测PPII二级结构 ,并与神经网络方法进行了比较 ,结果表明 ,SVM方法在预测PPII结构上表现良好 ,预测精度达到 76 .5 2 %。     

蛋白质二级结构预测的系统误差

目前蛋白质二级结构的预测准确率徘徊在75%左右,难以作进一步提高。本文通过统计学的方法,对蛋白质的冗余数据库进行了分析。并由此证明,目前影响预测准确率继续的真正原因是蛋白质数据库本身的系统误差,系统误差大约为25%。而该误差是由于实验条件的客观原因带来的。     

14-3-3蛋白与植物细胞信号转导

14-3-3蛋白通过直接蛋白质-蛋白质相互作用对植物代谢关键酶、质膜H^＋ -ATP酶等发挥广泛调节作用。越来越多证据显示14-3-3蛋白通过与转录因子和其他信号分子结合参与调控植物细胞信号转导。对植物细胞中14-3-3蛋白调控信号转导途径,尤其是植物细胞对胁迫响应的调控机制进行了综述。     

癌细胞转移的关闭与启动

在6月出版的《自然一细胞生物学》上,一篇论文报告了一种在癌细胞转移过程中发挥作用的新因子。与此同时,Sung Hee Baek和同事还描述了一种全新的控制某种蛋白质的方法,这种蛋白质负责指挥癌细胞的转移。     

全国光合作用研讨会召开

由中国科学院植物研究所光合作用研究中心等单位联合举办的全国光合作用学术研讨会日前在扬州大学举行。研讨会期间,与会代表分别从光合膜蛋白质结构与功能、光合作用分子调控机理、光合作用功能基因组学等方面展现了国际和国内光合作用研究的最新研究成果,并进行了研讨和交流。     

黄粉虫蛹的营养成分分析

采用现代分析技术手段对黄粉虫Tenebrio molitor（L．）蛹的营养成分进行分析,结果表明：其蛋白质、粗脂肪、碳水化合物及灰分含量分别为鲜重的16．8％、7．6％、1．2％、1．4％,其氨基酸和胆固醇含量分别为18.7mg／g和0．4mg／g;含有7种人体必需氨基酸,其必需氨基酸占总氨基酸含量的44．40％,必需氨基酸与非必需氨基酸含量的比值为79.8％,第一限制性氨基酸为含硫氨基酸,即蛋氨酸和胱氨酸;同时,其不饱和脂肪酸与必需脂肪酸分别占总脂肪的73．9％和24．1％,特别是油酸和亚油酸含量较高,分别达49．8％和23．4％：另外,该昆虫还含有K、Ca、Mg、Fe、Zn、Cu、Mn等多种矿物质和微量元素。     

用离散量的方法识别蛋白质的超二级结构

用离散量的方法,对2208个分辨率在2.5I以上的高精度的蛋白质结构中四类超二级结构进行了识别。从蛋白质一级序列出发,以氨基酸(20种氨基酸加一个空位)和其紧邻关联共同为参数,当序列模式固定长取8个氨基酸残基时,对“822”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到78.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到76.7%;当序列模式固定长取10个氨基酸残基时,对“1041”序列模式3交叉检验的平均预测精度达到83.1%,jack-knife检验的平均预测精度达到79.8%。     

采用蛋白质组学技术筛选大肠癌转移相关蛋白

采用对同一亲本来源、不同转移潜能细胞株SW480和SW620的蛋白质表达谱进行双向凝胶电泳和质谱技术分析,并在蛋白质和mRNA水平进行验证,成功鉴定了10个大肠癌转移相关蛋白,其中SW620细胞株表达上调的蛋白质有磷酸甘油酸变位酶1,磷脂酰乙醇胺结合蛋白和高迁移率族蛋白B-1,而热休克蛋白27,膜联蛋白Ⅰ,甲硫腺苷磷酸化酶,切丝蛋白1和表皮型脂肪酸结合蛋白在SW620中表达下调.大多数差异蛋白质功能涉及肿瘤细胞生长、运动、粘附、凋亡等过程,研究结果为阐明大肠癌转移机制及寻找预测大肠癌转移的潜在标志物提供了理论依据.     

胶质细胞源性神经营养因子(△N39)-R9神经营养活性和透过血脑屏障的研究

为了研究胶质细胞源性神经营养因子(GDNF)在中枢神经系统疾病中的治疗应用,运用基因突变、蛋白质融合表达和蛋白质纯化技术获得分子质量较小的GDNF(△N39)活性片段.将HIV-1 Tat蛋白转导区(protein transduction domain,PTD)的9个碱性氨基酸49RKKRRQRRR57模拟物9个精氨酸(R9)与GDNF(△N39)活性片段融合表达,获得纯度达95%以上的GDNF(△N39)-R9融合蛋白.将GDNF、GDNF(△N39)、GDNF(△N39)-R9分别加入原代培养的中脑多巴胺能神经元和转染GDNF受体GFRαl和Ret的PC12细胞中,观察它们的神经营养活性和毒性.运用脑微血管内皮细胞株B-Endo 3,观察GDNF(△N39)-R9蛋白穿越血管内皮细胞膜的功能;运用脑血管内皮细胞和Matrigel铺板模拟血脑屏障,Transwell法检测Tat-GDNF(△N39)蛋白穿越脑血管内皮细胞和外周胶质膜的能力.结果显示:GDNF(△N39)-R9蛋白具有类似GDNF的神经营养活性,促进原代培养的中脑多巴胺能神经元和稳定表达GFRα1和Ret受体的PC12-GFRα1-Ret细胞株的存活,没有显示毒性,并且能很好地穿过脑微血管内皮细胞层和模拟的血脑屏障.