屎肠球菌噬菌体vB_EfaS_29生物学特性及基因组分析

【背景】随着屎肠球菌耐药性越来越严重,亟需筛选获得新的、裂解效率高且遗传背景清晰的裂解性噬菌体,丰富噬菌体资源,为噬菌体疗法提供可用的菌株。【目的】从江苏省南京市西岗奶牛场粪便样品中分离出一株裂解性屎肠球菌噬菌体,研究其生物学特性及分析基因组学特征。【方法】通过双层平板法对其进行纯化,观察噬菌斑特征,透射电镜观察噬菌体形态,测定一步生长曲线、pH耐受性、温度耐受性以及最佳感染复数,对噬菌体进行全基因组测序及遗传进化分析。【结果】分离并纯化的一株裂解性屎肠球菌噬菌体命名为vB_EfaS_29,其噬菌斑圆形透亮,外周无晕环。该噬菌体头部呈二十面体,头部直径约52.4 nm,尾长约157.1 nm,为长尾噬菌体科。该噬菌体的最佳感染复数为0.1,最高耐受温度为70℃左右,当pH值在6.0-9.0时其效价稳定。一步生长曲线表明,其潜伏期为10 min,暴发期约为50 min,暴发量为80。基因组全长41 014 bp,GC含量为34.99%,共有63个开放阅读框(Open Reading Frame,ORF),其中36个被注释出已知基因,基因组中不含毒力基因、耐药基因及整合基因。进化分析显示以裂解酶编码氨基酸为靶标对比,该噬菌体与GenBank上的粪肠球菌噬菌体vB_EfaS_DELF1相似性大于99%,但是以噬菌体衣壳蛋白编码氨基酸为靶标比对发现,该噬菌体肠球菌与其他噬菌体遗传距离均较远。【结论】分离出一株裂解性屎肠球菌噬菌体,对其进行生物学特性及基因组分析,为噬菌体研究和应用提供理论依据及研究基础。     

非小细胞肺癌患者循环肿瘤细胞与血清SCC-Ag及Cy-fra21-1水平的关系研究

摘要 目的：研究非小细胞肺癌（NSCLC）患者循环肿瘤细胞（CTC）数与血清鳞状细胞癌抗原（SCC-Ag）及角质素19可溶片段（Cy-fra21-1）水平的关系。方法：将从2017年2月～2019年2月我院收治的NSCLC患者100例纳入研究,记作NSCLC组。另取同期我院收治的100例肺良性病变患者作为良性病变组。再取同期于我院进行体检的健康志愿者100例作为对照组。检测并比较三组人员的CTC数和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1水平,并以Pearson相关性分析CTC数和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1水平的关系。通过受试者工作特征（ROC）曲线分析CTC和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1诊断NSCLC的效能。此外,分析CTC和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1与NSCLC患者淋巴结转移的关系。结果：NSCLC组及良性病变组的CTC数以及血清SCC-Ag、Cy-fra21-1水平均高于对照组,且NSCLC组CTC数以及血清SCC-Ag、Cy-fra21-1水平均高于良性病变组（P＜0.05）。经Pearson相关性分析发现：NSCLC患者CTC数和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1水平均呈正相关（r=0.642、0.601,P＜0.05）。经ROC曲线分析可得：CTC和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1联合检测诊断NSCLC的曲线下面积、灵敏度、特异度较上述指标单独检测高（P＜0.05）。NSCLC淋巴结转移患者的CTC数和血清SCC-Ag、Cy-fra21-1水平均高于无淋巴结转移患者（P＜0.05）。结论：NSCLC患者CTC数与血清SCC-Ag及Cy-fra21-1水平存在明显正相关,三者联合检测可更加准确的诊断NSCLC,且上述三项指标可能和NSCLC患者淋巴结转移密切相关。     

银合欢成功入侵热带雨林先锋群落的关键因素

由于生长速率高, 耐旱性强, 银合欢(Leucaena leucocephala)被广泛应用于世界各地退化热带亚热带森林的修复, 但它也是一种全球性的外来入侵植物。已经有研究发现高生长速率可以帮助银合欢成功入侵亚热带森林, 但是目前还不清楚高生长速率和强耐旱性是否能帮助银合欢成功入侵热带森林。该研究以位于中国三亚抱坡岭被银合欢入侵的热带雨林先锋群落为研究对象, 通过t检验比较干季和湿季银合欢和8个热带雨林先锋群落的本地优势种与快速生长(光合速率、气孔导度和蒸腾速率)和耐旱性(叶片膨压丧失点)紧密相关的功能性状的差异, 并利用主成分分析(PCA)研究这些功能性状是否能很好地区分银合欢和其他8个本地优势种。结果表明: 银合欢在干湿季均能快速地生长(比本地物种显著更高的光合速率、气孔导度和蒸腾速率), 且在干季拥有更强的耐旱性(比本地物种显著更低的叶片膨压丧失点)。PCA结果表明这些功能性状能够显著区分银合欢和其他8个本地优势种。因此干湿季的稳定的快速生长和干季的强耐旱性使银合欢成功入侵热带雨林先锋群落。未来可利用这些功能性状筛选合适的本地物种对入侵其他热带森林的银合欢进行有效的生物防治。     

香芋粉喷雾干燥工艺研究

我国香芋资源极为丰富,但开发程度远不及山药、甘薯、马铃薯等,所以对香芋加工工艺的研究对其潜在价值的开发具有重要意义。通过单因素试验考察了烫漂温度、烫漂时间、进风温度、进料速度及料液浓度对香芋粉喷雾干燥的影响。试验确定了香芋粉喷雾干燥的最佳工艺为:55℃烫漂10 min、进风温度为180℃、进料速度50 mL/min、料液浓度为0.1 g/mL。     

突脉金丝桃的花器官发生及其系统学意义

利用扫描电镜（SEM）观察了突脉金丝桃（Hypericum przewalskii）（金丝桃科）的花部器官发生发育过程。结果表明,突脉金丝桃2枚苞片原基首先发生,花原基在苞片原基的包裹中完成发育。在苞片原基发生后,5枚萼片原基沿2/5圆周依次发生。萼片原基发生近完成时,5枚雄蕊—花瓣共同原基在萼片原基之间的角隅处近同时发生,此后,雄蕊—花瓣共同原基下部向外伸展形成花瓣原基,上部向上凸起形成与花瓣原基相对的雄蕊原基,之后雄蕊原基由内向外依次分化发育产生次生雄蕊原基,随着次生雄蕊原基的发育和数目的增多,形成了5束雄蕊。次生雄蕊原基发生的同时,5枚心皮原基近同时发生。突脉金丝桃雄蕊束的发生方式表明,金丝桃属的雄蕊束可能起源于5基数的单轮雄蕊。金丝桃科与藤黄科植物花瓣及雄蕊原基发生方式的显著不同,支持了APG Ⅲ系统将金丝桃亚科从藤黄科中独立为金丝桃科的观点。     

一株分离自西藏高山草甸土壤的肠球菌的分离鉴定及代谢特征

[目的]了解高海拔低温缺氧条件下土壤环境中微生物生理生化特性及代谢产物[方法]采用Hungate厌氧操作技术从西藏纳木措高山草甸土壤中分离到一株肠球菌C J-1.通过生理生化特征分析和16S rRNA基因序列的系统发育学分析确定该菌株的系统发育学地位.[结果]菌株C J-1为兼性厌氧的革兰氏阳性菌,菌体呈不规则球形,大小为直径约1 μm-1.5 μm,无鞭毛,不运动,成串珠型或成对排列.生长温度范围为10℃-50℃(最适温度为25℃) ;pH范围为5.0-8.5(最适pH为7.0) ;NaC1浓度为0％ -7％(最适NaC1浓度为5％).能够利用葡萄糖、核糖、松三糖以及纤维二糖等多种碳水化合物,发酵纤维二糖的产物是乳酸、乙酸、丙酸、CO2、H2以及少量的丁酸.菌株CJ-1的(G+C)Mo1％为39.2％.与Enterococcus aquimarinus( CCM7283)的相似性达95.9％.菌株可利用纤维二糖,其在沼气发酵过程中充当中间代谢物.[结论]菌株CJ-1为耐低温肠球菌,可以降解纤维二糖等,且适应性较强,在发酵过程中具有重要意义,将其暂定命名为Enterococcus namtsoensis,模式菌株DSM23475T(=ACCC 00521T).     

紫云英ISSR引物的筛选及PCR反应体系的优化

以紫云英为研究材料,用哥伦比亚大学(UBC)公布的100条ISSR引物和11种株系紫云英品种的DNA为模板进行PCR扩增,筛选出33条扩增条带较好的ISSR引物,对其中的ISSR引物进行梯度PCR,筛选出最佳的退火温度。再采用正交试验和单因素试验相结合的方法对紫云英ISSR-PCR反应体系的5种因素(模板、Mg2+、TaqDNA聚合酶、dNTP及引物)进行优化浓度。确立了适合紫云英的ISSR分析的反应体系。在25μl反应体系中,其反应浓度为:DNA模版50.00ng,Mg2+2.00mol/L,Taq聚合酶1.0 U,dNTP 0.25mmol/L,引物0.20μmol/L,2.5μl 10×buffer。本试验为以后利用ISSR技术进行紫云英遗传多样性分析和物种保护奠定了技术基础。     

精氨酸脱亚氨酶的表达、纯化和活性研究

目的：建立精氨酸脱亚氨酶的高效表达菌种和纯化工艺路线。方法：人工合成编码支原体精氨酸脱亚氨酶（arginine deiminase, ADI）的基因,构建pBV220-ADI原核表达载体,转染大肠杆菌DH5α中并诱导表达目的蛋白,离子交换层析和分子筛层析法纯化目标蛋白。采用体外精氨酸降解试验测定纯化产物活性。结果：成功构建了原核表达载体pBV220-ADI,基因侧序正确。转化大肠杆菌DH5α后筛选到高水平表达目的蛋白的菌株,目标蛋白以包含体形式存在于胞浆内,表达水平超过全菌体蛋白的35%。采用盐酸胍溶解包含体、低温条件下稀释和透析的方法进行复性。顺次采用阳离子交换和凝胶过滤层析对复性液进行纯化,最终获得纯度达到95%的活性产物。活性测定表明,纯化的ADI比活性为80IU/mg。结论：成功构建了ADI的高效表达菌种,建立了目标物质的分离纯化方法。     

减毒鼠伤寒沙门菌体内定位分析…

分析减毒鼠伤寒沙门菌口服感染后在小鼠体内定位的情况.将构建的红色荧光蛋白(RFP)原核质粒pYA33-DsRed,以电穿孔法转化减毒鼠伤寒沙门菌X4550,重组菌命名为X4550(33-DsRed).重组菌分别感染巨噬细胞RAW264.7和骨髓源树突状细胞(BMDC),并用流式细胞术检测红色荧光细胞荧光强度.此外,以不同剂量重组菌口服免疫BALB/c小鼠,并于免疫后1d、2d、3d、5d、7d取小鼠脾、肝、肠系膜淋巴结(MLN)、派伊尔氏结(PP)、腹股沟淋巴结(ILN)细胞,检测各组织器官中的红色荧光阳性细胞百分率.重组菌对RAW264.7细胞和BMDC均具有良好的侵袭力.口服小鼠后,第1d,仅在MLN及PP中检测到RFP阳性细胞,其中PP中阳性细胞达到1.4%;第2 d,在ILN中达到0.4%;第3 d,各个组织器官中RFP阳性细胞均有上升趋势,此时在脾、肝中也检测到RFP阳性细胞.第5 d,RFP阳性细胞均减少,第7 d则未检测到任何RFP阳性细胞.减毒鼠伤寒沙门菌具有良好的侵袭力,其黏膜移行方式以及对免疫组织器官靶向定位性,在优化黏膜疫苗以及提高疫苗免疫效力等方面都具有重要作用.     

关于开设"基因组学"课程的探讨

"基因组学"是伴随人类基因组计划而形成的一门新兴学科.系统整体和动态量化是基因组学研究的重要特点."基因组学"课程的开设可以替代分子遗传学,同时还需要正确处理与现代遗传学、分子生物学和生物信息学等课程之间的关系.现阶段"基因组学"课程的内容主要包括结构基因组学、功能基因组学和进化基因组学,还可以根据生命科学不同专业的特点选择药物基因组学和表观基因组学等分支内容.