HPCL2基因表达的选择性剪切分析

2-羟基植烷酸辅酶A裂解酶（2-hydroxypanthyl-CoA lyase,HPCL2）是3-甲基脂肪酸α-氧化途径中的关键酶.采用鸟枪法测序技术,得到了HPCL2基因的基因组序列.结果显示,HPCL2基因组大小为40 829 bp,共有17个外显子,16个内含子.外显子平均大小为116 bp,内含子平均大小为2 429 bp,属于结构紧凑基因.从dbEST数据库中筛选与HPCL2基因的mRNA (GenBank Acc.:AJ131753) 相互重叠表达序列标签(EST)共有213个,分别来自29个不同的组织.将EST与基因组序列进行Blast分析,共检测17个EST具有选择性剪切,其中14例属外显子遗漏（exon skipping）,2例外显子增加 (exon inclusion)和1例剪切位点改变(splicing site shift).外显子遗漏主要发生在5′端的第3到第8个外显子.结果表明,外显子遗漏可能是HPCL2基因选择性剪切的主要形式.     

微生物组测序与分析专家共识

在过去的十几年,微生物组相关研究和应用持续升温。微生物组逐渐成为生命科学、环境科学和医学等领域的研究焦点。与此同时,全球多个国家和组织也都积极发起各自的微生物组计划,进行多方面的布局,力争在这一具有广阔前景的领域获得战略地位。此外,无论是科研还是产业应用已经迎来了研究高潮和投融资热潮,微生物组相关产品和服务也不断出现。然而,行业在快速发展的同时,也存在一些不足。由于微生物组测序和分析相关技术和方法发展迅速,各国研究和应用尚未在技术、方案和数据等标准上达成统一,国内行业参与者对微生物组也存在认识不足,对微生物组相关新方法、新技术、新理论等还未能充分掌握和使用。除此之外,已有的一些标准和指南,内容过于简单,实操性也不足,这不仅给科研数据的整合造成了困难和资源浪费,还给相关企业进行不良竞争、以次充好提供了机会。更重要的是,我国尚缺乏微生物组相关的国家标准,国家微生物组计划仍处于筹备过程。在此背景下,中国生物工程学会、中国科学院微生物研究所于2019年6月至2020年3月,共同设立了“微生物组测序与分析专家共识”专项研究课题。中国生物工程学会组织了微生物组相关领域的27位专家以及来自行业内的30多位专业人员,通过分成4个项目小组、召开4轮研讨会后,最终形成了涵盖从微生物采集与保存、DNA提取与建库、高通量基因测序和数据分析以及质控标准品等全流程的“微生物组测序与分析专家共识”。本专家共识具有较强可参考性和可操作性,不仅能指导国内科研和产业机构规范进行微生物组相关产、学、研,还能为国家相关职能部门提供可参考的技术依据,保障规模型和规范化的企业利益,加强行业自律,避免不规范的企业扰乱市场,最终促进微生物组相关产业的良性发展。     

湖南栎类天然次生林幼树更新特征及影响因子

以湖南典型栎类天然次生林为研究对象,基于51块样地的调查数据,采用k-means聚类分析划分林分类型,研究湖南不同栎类天然次生林幼树更新特征,分析了湖南不同栎类天然次生林幼树更新指标(幼树密度、幼树平均地径、平均高以及平均冠幅)与环境因子、林分因子的相关性,旨在阐明环境因子、林分因子对幼树更新的影响,以期为湖南不同栎类天然次生林的恢复与经营管理提供理论依据。结果表明:(1)利用聚类分析可将研究区内栎类天然次生林划分为5个类型,包括甜槠锥栗混交林(CC)、亮叶水青冈多脉青冈混交林(FC)、石栎樟树混交林(LC)、枹栎甜槠混交林(QC)、青冈栎混交林(CG)。(2)不同类型栎类天然次生林更新幼树优势种分化明显,物种丰富度差异显著(P0.05)。5种不同栎类次生林幼树密度均未超过500株/hm~2,更新情况较差;幼树数量差异显著(P0.05),为亮叶水青冈多脉青冈混交林石栎樟树混交林青冈栎混交林枹栎甜槠混交林甜槠锥栗混交林;生长情况差异显著(P0.05),为青冈栎混交林亮叶水青冈多脉青冈混交林枹栎甜槠混交林甜槠锥栗混交林石栎樟树混交林。(3)相关分析结果显示,不同类型次生林幼树更新的主要影响因子存在差异。甜槠锥栗混交林中幼树密度与腐殖质厚度呈显著负相关(P0.05);幼树平均高与灌木盖度呈显著正相关(P0.05);幼树平均地径与草本盖度、灌木盖度呈显著正相关(P0.05)。亮叶水青冈多脉青冈混交林中幼树密度与海拔、腐殖质厚度、枯落物厚度呈显著正相关(P0.05),与草本盖度呈极显著正相关(P0.01);幼树平均地径与郁闭度呈显著负相关(P0.05);幼树平均高、幼树平均冠幅与坡位呈显著正相关(P0.05)。石栎樟树混交林中幼树密度与坡向、土壤厚度呈显著正相关(P0.05),其余因子对幼树生长无显著影响。枹栎甜槠混交林中幼树密度与郁闭度、乔木密度呈极显著正相关(P0.01),与坡位呈显著负相关(P0.05);幼树平均冠幅与坡度呈显著负相关(P0.05)。青冈栎混交林中幼树平均地径与土壤厚度呈显著正相关(P0.05),与乔木密度呈极显著正相关(P0.01);幼树平均冠幅与灌木盖度呈显著正相关(P0.05)。     

豌豆卷须肌动蛋白Ⅱ类异型体cDNA克隆的序列分析

分析１５个豌豆卷须肌动蛋白ｃＤＮＡ 克隆的限制性内切酶图谱,发现在豌豆卷须中至少存在三类肌动蛋白异型体,分别命名为Ⅰ类（ＰＥＡｃ Ⅰ）、Ⅱ类（ＰＥＡｃ Ⅱ）和Ⅲ类（ＰＥＡｃ Ⅲ）异型体．三类异型体的克隆数目分别为１０、４和１个,表明三类异型体在豌豆卷须中的表达是不同的,很可能具有组织或发育阶段的特异性．对Ⅱ类异型体的三个ｃＤＮＡ 克隆ＰＥＡｃ３、ＰＥＡｃ９和ＰＥＡｃ１１进行了全序列测定,所测定的序列已被ＧｅｎＢａｎｋ 数据库所接受．测序结果表明,ＰＥＡｃ３、ＰＥＡｃ９和ＰＥＡｃ１１的序列长度分别为１５５０、１６８０和１０９１个核苷酸,其中编码区长１１３４个核苷酸,编码的氨基酸长度为３７７（ＰＥＡｃ１１缺少编码氨基端前９６个氨基酸的核苷酸序列）．三个克隆的核苷酸序列完全相同,差别仅在于３′非翻译区的长度不同,即ｐｏｌｙ（Ａ）的加入位点不同．这说明它们可能是由同一基因转录而来,但转录后的加工过程不同．豌豆卷须中肌动蛋白基因ｐｏｌｙ（Ａ）加入位点的使用,可能与组织或发育的特异性表达有关．此外,豌豆卷须肌动蛋白三类异型体之间的核苷酸序列同源性为８０％ ,氨基酸序列同源性为９４％ ．     

复杂基因组测序技术研究进展

复杂基因组指的是无法使用常规测序和组装手段直接解析的一类基因组,通常指包含高比例重复序列、高杂合度、极端GC含量、存在难消除异源DNA污染的基因组。为了解决复杂基因组的测序和组装问题,需要分别从基因组测序实验方法、测序技术平台、组装算法与策略3个方面进行深入研究。本文详细介绍了复杂基因组测序组装相关的现有技术与方法,并结合复杂基因组经典实例介绍了复杂基因组测序的技术解决途径和发展历程,可为制订合适的复杂基因组测序策略提供参考。     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组全序列分析

已完成斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮＰＶ)基因组全序列测定。ＳｐｌｔＭＮＰＶ基因组全长 1 39341ｂｐ ,碱基组成中Ｇ Ｃ含量为 42 .7% ,与已发表的Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｅｘｉｇｕａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＳｅＭＮＰＶ) (44 % )和Ｂｏｍｂｙｘｍｏｒｉｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ (ＢｍＮＰＶ) (40 % )相似 ,而与Ｌｙｍａｎｔｒｉａｄｉｓｐａｒｍｕｌｔｉ ｃａｐｓｉ…     

斜纹夜蛾核多角体病毒基因组的hr序列分析

对斜纹夜蛾核多角体病毒 (Ｓｐｏｄｏｐｔｅｒａｌｉｔｕｒａｍｕｌｔｉｃａｐｓｉｄｎｕｃｌｅｏｐｏｌｙｈｅｄｒｏｖｉｒｕｓ,ＳｐｌｔＭＮ ＰＶ)基因组进行全序列分析 ,发现共存在 1 6个非编码的同源性 (ｈｏｍｏｌｏｇｏｕｓｒｅｇｉｏｎｓ,简称ｈｒ) ,长度介于 1 5 6～ 1 347ｂｐ之间 ,Ｇ Ｃ含量平均为 33.0 %。在这 1 6个ｈｒ中 ,存在两类的不完全回文重复 (ｉｍｐｅｒｆｅｃｔｐａｌｉｎｄｒｏｍｉｃｒｅｐｅａｔ) ,即Ｐ Ｉ和Ｐ ＩＩ。Ｐ Ｉ是一个 41ｂｐ的回文序列 ,无明显的保守侧翼区 (ｆｌａｎｋｉｎｇｒｅｇｉｏｎ)。除ｈｒ3…     

丝瓜的三聚体G蛋白的初步研究

根据拟南芥（ａｒａｂｉｄｏｐｓｉｓｔｈａｈｌｉａｎａ）ＧＰＡ１的保守区段Ａ设计一对特异引物（５′ｃｔｇｇｇｇａａｔｃｔｇｇａａａａｔｃ３′,５′ｃａｃａｇｃｔｇｔａｃａｃｃｔｃａａａｃ３′）通过ＰＣＲ从丝瓜核基因组中扩增植物的三聚体Ｇ蛋白α亚基编码基因,获得了２个片段（ＬＦＧ１,ＬＦＧ２）,并已克隆和测序（已在ＥＭＢＬ数据库中登记,登记号为：ｙ１５２７０,ｙ１５２７１）．序列分析表明ＬＦＧ１和ＬＦＧ２分别由１５１５ｂｐ和７３２ｂｐ构成,都含有三聚体Ｇ蛋白α亚基编码基因的保守区段Ａ,但也都含有内含子．根据片段的大小及ＰＣＲ的特性,ＬＦＧ１可能是丝瓜三聚体Ｇ蛋白α亚基编码基因上的片段．     

小鼠精子发生早期microRNA的表达谱和调控模式——miRNA在小鼠精子发生中的作用

精子发生是一个依赖于精原干细胞自我更新和精原细胞分化的精确而又复杂的调控过程,目前对这一过程知之甚少.mi RNA作为转录和转录后基因沉默的关键调节子,参与很多生物的多种发育过程.本研究采用高通量小RNA测序系统研究了mi RNA在小鼠B型精原细胞(BSc)和初级精母细胞(PSc)中的表达谱.结果显示,在这2种细胞类型中let-7mi RNA家族的表达水平都相当高.并且在BSc向PSc的转化过程中,mi R-21,mi R-140-3p,mi R-103,mi R-30a,mi R-101b和mi R-99b的表达水平明显降低.这些mi RNA参与调控与细胞凋亡、细胞增殖和分化、连接组装和细胞周期调控相关的诸多基因的表达.上述结果表明,mi RNAs在精子发生过程中发挥着不可替代的作用.     

羊轮状病毒NT株VP1基因的测序和分子进化分析

摘要：【目的】为了研究羊轮状病毒NT株VP1基因的遗传进化规律,【方法】根据GenBank中相关VP1基因的保守序列,设计合成引物,扩增NT株VP1基因并进行克隆测序和序列分析。【结果】 氨基酸序列比较表明NT株与其他毒株VP1基因的相似性为77.3%～98.4%,且氨基酸突变多发生在VP1蛋白的非功能区。VP1蛋白进化树表明NT株与牛轮状病毒处于同一进化分支,有较近的亲缘关系。结合26株具有代表性的轮状病毒,计算毒株间VP1基因的核苷酸和氨基酸进化距离,并对核苷酸的同义突变率（dS）和非同义突变率（dN）进行研究,发现dN/dS的比值小于1,说明同义替代是VP1基因在进化过程中的主要变异。【结论】本文首次对羊轮状病毒NT株进行了VP1基因的测序,并对VP1基因的进化距离和进化规律进行深入探讨。