红树林土壤总DNA不同提取方法比较研究

获得高浓度、大片段、无偏好的土壤微生物总DNA是土壤微生物分子生态学研究和宏基因组文库构建的基础。本研究采用了5种方法从红树林土壤中提取DNA,并对5种方法提取出的DNA的质量和产量进行比较评价。结果表明,5种方法均可从土壤中提取到DNA,但不同方法提取到DNA的产量和质量存在明显差异。Bio101FastPrep?SPINKit(forSoil)抽提到的DNA得率最高,适合分子生态学研究;SDS-GITC-PEG法提取的DNA纯度最高,所得到的DNA片段较大(>48kb),有利于构建宏基因组文库。     

羟基丁酸及中链羟基脂肪酸共聚物的微生物合成

聚羟基脂肪酸酯（polyhydroxyalkanoicacids,简称PHAs）是许多原核生物于非平衡生长（如缺乏氮、磷、镁、氧）条件下合成的细胞内碳源和能源的贮藏性聚合物,其分子通式可表述为川．其中m＝l,2和3,一般为m＝l,即p一羟基脂肪酸。n为单体数目。R为侧链,多为不同链长的正烷基,也可以是支链的,不饱和的或带取代基的烷基。自从1926年聚羟基丁酸（Polyhydroxyblltyrate,简称PHB）被首次发现后,已有约80种不同的脂肪酸作为PHAs的单体在约300种细菌中被发现,包括碳原子数从3到14的大量含饱和或不饱和键或支链的脂肪族以及芳香族3羟基…     

一株红树林曲霉菌Aspergillus sp.WHUF0343的次级代谢产物研究

【目的】研究分离自三亚亚龙湾红树林根系土壤的真菌Aspergillus sp. WHUF0343的次级代谢产物及其生物活性。【方法】利用硅胶柱层析、Sephadex LH-20凝胶柱层析和半制备高效液相色谱等技术对该菌的发酵产物进行分离纯化;综合利用核磁共振波谱(NMR)和质谱(MS)等现代波谱技术以及与文献数据对照确定化合物的结构;分别采用肉汤微量稀释检测法和MTS法对化合物进行抗菌和肿瘤细胞毒活性测试。【结果】从真菌Aspergillus sp.WHUF0343的发酵产物共分离并鉴定了10个化合物,分别为isoechinulin A (1)、neoechinulin A (2)、neoechinulin E (3)、preechinulin (4)、neoechinulin D (5)、variecolorin J (6)、dehydroechinulin (7)、questinol (8)、emodin (9)和catenarin (10)。活性评价显示化合物2、9和10对幽门螺杆菌(Helicobacter pylori)和金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aure...     

红树林放线菌及其天然产物研究进展北大核心CSCD

红树林是热带亚热带潮间带的木本植物群落。为从海洋环境寻找新的天然产物,红树林已经成为放线菌资源收集、天然产物分离鉴定及其生物合成机制研究的热点。从巴哈马红树林分离的盐孢菌所产生的盐孢菌素(Salinosporamide A)已经进入临床研究。从红树林分离的放线菌类群已经达到8个亚目11科24属,并发现新属3个,新种31个。从红树林放线菌分离的新天然产物包括生物碱、喹啉等芳香类、阿扎霉素等大环类脂及吲哚衍生物等,大多数天然产物来源于红树林链霉菌。新型吲哚咔唑、吲哚倍半萜及厦霉素等以新颖的结构备受关注,相关生物合成途径已被揭示。     

四种红树植物根际土壤微生物Ⅰ型和Ⅱ型PKS基因的检测与多样性分析

[目的]探究红树林土壤中聚酮合酶(Polyketide synthase,PKS)基因的多样性和新颖性.[方法]用Ⅰ型和Ⅱ型PKS基因酮基合成酶(Ketosynthase,KS)域的简并引物对海南清澜港红树林海莲、黄槿、银叶、老鼠簕4种红树根际土壤样品中DNA进行PCR扩增,之后利用PCR-限制性酶切片段多样性(PCR-RFLP)和测序分析法对Ⅰ型和Ⅱ型PKS基因的多样性进行探讨.[结果]对得到的72条Ⅰ型PKS基因的酮基合成酶(Ketosynthase,KS)域DNA序列进行PCR-RFLP分析,共得到51个可操作分类单元(Operational taxonomic unit,OTUs),其中37个OTUs为单克隆产生,没有明显的优势OTU.选取了26个代表不同OTU的克隆进行测序分析,这些序列与GenBank中已知序列的最大相似率均未超过85％. KS域氨基酸序列的系统发育分析显示,所得KS域来源广泛,包括蓝细菌门(Cyanobacteria)、变形杆菌门(Proteobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和一些未可培养细菌;对55条PKSⅡ基因KS域DNA序列的PCR-RFLP分析后共得到25个OTUs,有两个明显的优势OTUs,代表的克隆子数所占比例超过10％.[结论]PCR-RFLP分析表明红树林根际土壤中存在着丰富多样的Ⅰ型和Ⅱ型PKS基因,且前者多样性更高;低的序列相似度表明所获得的PKSⅠ基因KS域序列独特;系统发育分析表明得到的PKSⅠ基因来源广泛.     

高效液相色谱法测定红树林放线菌DNA的[G+C)mol%含量

应用高效液相色谱法测定了放线菌的(G+C)mol%,并就有关分析条件和DNA水解条件进行了优化选择.以Escherichia.coli DH5α作为标准菌株,实验室分离鉴定的8株红树林放线菌作为待测菌株,采用流动相为20 mmol/L KH2PO4缓冲液(pH 5.6)∶甲醇(体积比90∶10),检测波长为260 nm,硫速为1 ml/min,柱温为35℃,分析时间15 min对4种碱基进行分离.结果表明:标准碱基溶液的pH值、流动相的组成和pH值是影响各碱基色谱峰分离和峰形的主要因素.在优化选择的条件下测定,DNA碱基分离效果好,无杂峰干扰,以峰面积计算得到标准菌株Escherichia coli DH5 α的(G+C)mol%为54.9694%与已经报道的差异不显著;待测菌株的(G+C)mol%均在菌株所在科或属下的(G+C)mol%围内;采用酸水解放线菌的DNA可缩短鉴定时间,步骤简明.实验结果充分显示高效液相色谱法测定放线菌(G+C)mol%快速、准确、结果稳定,是放线菌分类鉴定的一种可靠方法.     

从红树植物根际土壤选择性分离小双孢菌

从海南文昌采集23种红树植物的根际土壤, 采用GA、HV作为选择性分离培养基, 添加复合维生素、放线菌酮、制霉菌素和重铬酸钾, 结合适当的预处理: 干热120°C 60 min或干热100°C 60 min及1% 氯胺-T处理30 min, 平板稀释涂布法(10-1、10-2、10-3)分离其中的小双孢菌。共分离得到199株放线菌, 通过培养特征及显微形态观察, 发现其中有链霉菌147株、非链霉菌52株。选择7株链霉菌和28株非链霉菌进行了16S rRNA基因序列分析, 结果显示19株菌属于小双孢菌属, 7株属于链霉菌属, 4株属于野野村菌属, 2株属于小单孢菌属, 1株属于链孢囊菌属, 1株属于阿萨诺氏菌属, 1株属于小单孢菌科。结果表明红树林根际土壤中蕴含着丰富的小双孢菌资源。     

海南文昌清澜港红树林真菌抗B16肿瘤细胞活性菌株的筛选

从海南文昌清澜港红树林采集78份植物组织和土壤样品。对样品进行真菌分离, 共分离得到真菌608株, 采用目测法对其体外抗肿瘤细胞活性进行检测, 发现81株红树林真菌对小鼠黑色素瘤B16细胞有不同程度的抑制作用, 占总分离菌株的13.32%。结果表明, 从红树植物杯萼海桑中分离得到真菌菌株的数量最多, 而从红树植物银叶树分离得到的抗肿瘤细胞活性菌株数量最多。