结构方程混合模型在SNP分析中的应用

采用结构方程混合模型(SEMM)对实际SNP数据进行分析,为遗传统计学提供一种新的有效的分析方法。本研究的数据是由GAW17提供的,包含697个个体的22条常染色体的上万个SNP和根据这些SNP所模拟的697个个体的性状特点。随机挑选了1号染色体上的4个SNP和3个定量性状作为研究变量,分别进行潜在类别分析和结构方程混合模型分析。根据4个SNP数据,人群被分为3个潜在类别,概率分别为0.53,0.34,0.13。潜在类别1、2和3中的因子均值Q分别为-4.029、-2.052和0,潜在类别1、2的因子均值均低于3(<0.001)。研究表明:结构方程混合模型(SEMM)综合了结构方程模型和潜在类别模型的思想,形成了自己的优势,可用于处理同时包含分类潜变量和连续潜变量的数据。     

云南省德宏傣族景颇族自治州49例人类免疫缺陷病毒抗体不确定者的追踪研究

通过分析云南省德宏傣族景颇族自治州(简称德宏州)2008~2011年49例采用蛋白免疫印迹试验（WB）检测人类免疫缺陷病毒（HIV）抗体结果为不确定的标本,对人群分布、WB条带特点、随访复检情况及抗体转归情况进行探讨,揭示WB中可能存在的问题及改善措施。研究对象均来自德宏州疾病预防控制中心艾滋病确证实验室,依据《全国艾滋病检测技术规范》（2009年修订版）中的抗体检测替代策略和WB确证标准进行检测。结果显示,2008~2011年WB检测的2 452份样本中,有2.00%（49/2 452）为HIV抗体不确定,人员构成以自愿咨询检测者所占比例最大,占26.53%。S/CO值从大到小均有分布,但S/CO值≥10的样本复检阳性率较高,为83.33% (5/6)。WB结果呈现12种不确定的条带模式,以p24和gp160为主,其余10种呈散在分布。49例HIV抗体不确定者有27例成功进行了随访复检,其中8例HIV抗体复检转为阳性,转阳率为29.63%（8/27）。处于感染窗口期、临床期的患者及处于某些特定生理时期的正常人群都可能出现HIV抗体不确定的结果,因此除对实验的各个环节严格进行质量控制及对出现不确定结果的受检者加强随访外,必要时应结合其他检测方法及流行病学调查辅助,从而作出准确诊断。     

鼎湖山季风常绿阔叶林两种优势树种的生境适应研究:叶片功能性状和水力结构特征

植物在长期的进化和发展过程中,通过与环境相互作用形成了适应环境的形态结构及生理特征,反映了植物适应环境的生态策略;在森林群落中,地形和土壤等的变异常导致生境的异质性,从而直接或者间接影响物种的分布格局。因此,在生境异质性较强的森林群落中,植物物种分布格局与其生态适应策略有何关系,是值得关注的问题。该文以鼎湖山南亚热带季风常绿阔叶林20 hm2监测样地为平台,针对两种常绿优势树种罗伞树(Ardisia quinquegona)和光叶山黄皮(Aidia canthioides),对比研究了两种植物的叶片功能性状和水力结构特征在山脊、山坡、山谷三种不同生境中的生态适应策略,以阐明物种分布格局与其生态适应策略的关系。结果表明:罗伞树主要是通过调整叶面积(LA)、木材密度(WD)及渗透调节来适应不同生境;光叶山黄皮主要通过调整比叶面积(SLA)、WD及渗透调节,采取养分有效保存(低SLA,高干物质含量)及慢生长高存活的策略以适应不同生境,适应环境能力更强,尤其是在山脊和山坡生境;而且影响两个树种叶片功能性状和水力结构的主导土壤因子有所不同。研究结果说明罗伞树和光叶山黄皮对山脊和山坡生境比山谷更为适应,但在叶片功能性状和水力结构特征方面的生境适应策略不同。     

江苏省不同农业区土壤线虫群落分布特征

调查了江苏省不同农业区农田土壤线虫群落多样性,分析了土壤线虫数量和群落结构与土壤环境因子的关系,并探讨了土壤线虫对土壤健康的生物指示作用.结果表明： 农田土壤线虫共鉴定出2纲7目19科41属.6个农业区的土壤线虫的密度、群落组成均具有一定的差异性.沿海农业区的线虫数量最多(每100 g干土400条),显著高于徐淮、宁镇扬和沿江农业区(P＜0.05),而沿江农业区的土壤线虫数量最少(每100 g干土232条),这可能是由于土壤质地、年均降雨量和年均气温等因素的差异造成的.地理位置相近的农业区线虫优势属相似.相关性分析结果显示,土壤线虫数量与土壤有机质、全氮、速效氮、速效钾和速效磷均呈显著正相关关系;RDA分析表明,土壤全氮含量、速效磷及pH对线虫群落种属组成影响较大.分析江苏省农田土壤线虫群落空间分布特征,可为农田土壤生态系统健康状况评价提供数据支撑.     

‘砀山酥梨’及其褐皮芽变果皮中多胺类物质含量和相关基因表达分析

为研究多胺类物质在‘砀山酥梨’芽变品系‘锈酥’果皮褐色形成中的作用,以‘砀山酥梨’和‘锈酥’花后不同时期果皮为试材,采用HPLC方法测定果皮中多胺类物质的含量,利用RACE技术克隆多胺合成过程中的关键基因,通过Protparam网站与MEGA5.0软件分析相关基因蛋白的理化性质及其系统进化,用荧光定量qRT-PCR方法分析不同时期果皮中相关基因的相对表达量。结果表明:(1)除花后50和150d外,其它时期‘砀山酥梨’果皮中腐胺含量均显著高于‘锈酥’,花后50d、75d、150d时,‘锈酥’果皮中的亚精胺、精胺含量显著高于‘砀山酥梨’果皮。(2)克隆出多胺合成的基因ADC、SPDS和SPMS(GenBank登录号分别为KM923903、KM923905和KM923906),预测ADC和SPMS均为水溶性蛋白、SPDS为疏水性蛋白,它们与苹果的亲缘关系最近。(3)荧光定量PCR结果显示,花后50d,多胺合成中ADC、SPDS和SPMS在‘锈酥’果皮中表达量均显著高于‘砀山酥梨’。研究推测,‘锈酥’果皮中多胺代谢及相关基因的上调表达可能与‘锈酥’的果皮褐色形成有关。     

停乳链球菌对日本沼虾总超氧化物歧化酶活性的影响

对健康的日本沼虾(1.40±0.12)g分别肌肉注射0.6×10~6、2×10~6、4×10~6、6×10~6 CFU/mL的停乳链球菌茵液10μL、注射后3 h、6 h、9 h、12h、24h、5d、10d分别采集肝胰腺、肌肉和鳃组织,测定其中的总超氧化物歧化酶(T-SOD)活性,研究停乳链球菌时日本沼虾T-SOD活性的影响,研究结果显示,肝胰腺中T-SOD活性于注射5d后达到最大值(P0.05),10d后0.6×10~6、2×10~6和4×10~6 CFU/mL,组T-SOD活性下降并接近对照组水平,而最高浓度组(6×10~6 CFU/mL)T-SOD酶活性仅有对照组的46%。肌肉和鳃中T-SOD活性均在注射6 h后达到最大值,注射10 d后,4×10~6和6×10~6 CFU/mL组的肌肉和6×10~6 CFU/mL组的鳃组织中T-SOD活性均仅有对照组的50%左右。另外,肌肉组织中T-SOD的峰值远高于鳃和肝胰腺组织中的峰值。上述结果表明,停乳链球菌不仅影响日本沼虾机体T-SOD酶的活性。而且肌肉、鳃和肝胰腺组织中酶的活性应答时间不同,且组织内酶活性的应答与菌的感染方式有关,另外,注射高浓度停乳链球菌长时间后会降低其组织中T-SOD酶活性。     

抗衰老药物对线虫生存曲线影响的荟萃分析

随着世界人口老龄化步伐的加快,衰老机制及抗衰老药物的研究日益成为生物医学领域的热点前沿之一.国内外已有大量研究报道抗衰老药物能够延长多种模式生物包括线虫、果蝇、小鼠、大鼠及灵长类等的寿命,然而,这些药物延缓衰老方式的差异仍缺乏系统研究.因此,本研究以衰老研究的热点模式生物线虫为对象,搜集1990年以来国内外刊物上正式发表的有关抗衰老药物寿命试验的研究文献及其涉及的生存曲线,利用荟萃分析比较了不同抗衰老药物与生存曲线变化类型间的关系,并结合药物的药理作用探讨其延寿机制.生存曲线特征聚类结果与药物生物学分类交叉分析结果表明,药理作用类型与增益类型具有很强相关性,提示这2种分类方法的结果是匹配的.抗氧化剂类药物和控制血糖类药物对生存曲线的改善总体增益虽然不是最高,但相对于正常组生存曲线其增益部分呈平移形,表明该类药物可以通过改善年龄结构对整个群体产生显著增益,且其衰老曲线的特征与自然衰老相似.抗癫痫药物及胃肠道菌群相关药物总体增益较大,其曲线增益形状呈梯形,提示该类药物(尤其是胃肠道菌群相关药物)尽管显著延长了少数个体的最大寿命,但是从整个群体来看,大多数个体寿命延长程度并不明显,受益的少数个体可能需要较长的外界资源支持方能保持较长时间的存活状态,这种模式既不大众化也不经济.综上所述,清除自由基和控制血糖类药物对健康老年有着更为积极合理的作用与效应.     

共载体AAV-PR39-ADM治疗缺血性心脏病

目的:探讨共载体AAV-PR39-ADM分泌表达血管生成肽(PR39)与血管扩张肽(ADM)对SD大鼠心肌缺血再灌注损伤的作用。方法:选健康成年雄性SD大鼠36只,体重平均为280 g±20 g,随机分为假手术组(SO)、治疗组(TR)与对照组(I/R),每组各12只。治疗组大鼠心肌注射共载体AAV-PR39-ADM感染心肌7天后行B超检查,测量记录左室壁厚度及射血分数(EF%),左室收缩末压(LVSP),左室内压最大上升下降速率(±dp/dt max)评价作为心脏功能指标。对照组建立缺血再灌注损伤模型,假手术组只穿线不结扎且两组行相同检测。速取处死大鼠心肌行masson染色测量心肌梗死面积。结果:治疗组明显高于对照组,其射血分数、左室内收缩末压、最大上升速率,最大下降速率、梗死面积分别为:EF%(50.4±6.3),(29.8±10.5),P0.05;LVSP:(116±4.2),(101±3.7),P0.05;+dp/dt max:(2859±365),(2137±191),P0.05;-dp/dtmax:(2186±107),(1886±124),P0.05;IS%:(29.3±4.6),(24.6±2.2),P0.05。结论:共载体AAV-PR39-ADM能够显著恢复心肌缺血损伤引起的左室内压下降,提高心肌收缩能力,提高射血分数并明显缩小心肌梗死范围。     

群落构建研究的新进展:进化和生态相结合的群落谱系结构研究

群落如何构建足群落生态学中的重要问题.群落谱系结构研究将物种间的亲缘进化关系运用到群落生态学研究中,利用物种的系统发育状况推测历史因素对现有群落的影响,为推断影响群落组成的生态学机制提供了有效方法.群落谱系结构的研究方法是首先建立可代表群落物种库的超级系统进化树,然后计算群落内物种间的谱系距离,最后通过统计方法检测其与随机模型下的谱系距离是否有显著差异来获得谱系结构(如谱系聚集、谱系发散),从而揭示群落构建中的关键生态过程(如生境过滤、竞争作用).群落谱系结构与空间尺度、分类群尺度、时间尺度等不同研究尺度有关.在小的空间尺度下,随着分类群尺度降低、树木年龄级增大,群落谱系结构从聚集逐渐转为发散;而随群落空间尺度的增大,谱系趋向于聚集.谱系结构受到环境因素影响,因此分析集合群落下的谱系可以揭示区域生态过程的影响.另外,群落谱系结构研究还有助于探讨中性理论、密度制约假说等生态学理论,并预测干扰作用下的群落演化趋势.在利用谱系结构深入探讨群落构建成因时,需要基于生态特征和环境变量共同分析,同时考虑小尺度局域过程(群落的微环境或群落内种间相互作用等)和大尺度区域过程(地史过程和物种形成等),并可结合生态控制实验,以确认群落构建的关键因素.在研究方法和手段上,今后需要注重通过选择合适的基因片段建立系统树,然后通过生态特征来加以校正,以更准确地反映物种间的亲缘距离.另外,获得谱系树后还需要寻找更加合理的统计模型和指数,增加统计分析和解决问题的能力.     

糖尿病肾病动物模型的研究进展

糖尿病肾病是糖尿病的主要并发症之一,也是终末期肾衰的元凶,其发病机制至今尚未阐明。因此,建立理想的实验动物模型是研究糖尿病肾病发病机制、疾病防治、新药开发的关键环节。本文回顾并分析了有关该疾病模型的国内外文献,从造模方法、发病机制、病理改变、适用条件、模型的优缺点等方面进行比较分析,为选择合适的动物模型应用于糖尿病肾病的研究提供参考。