EMBOSS和EMBnet

笔者撰写的“EMBOSS软件包序列分析程序实例”一文,已经在《生物信息学》期刊2021年第19卷第1期发表。此文介绍欧洲分子生物学开放软件包(European Molecular Biology Open Software Suite, EMBOSS)。EMBOSS是欧洲分子生物学网络组织(European Molecular Biology Network, EMBnet)于上世纪九十年代末启动的以欧洲国家为主的国际合作项目,是生物信息学领域中较早投入使用的大型开源软件包。本文基于笔者亲身经历,回顾EMBOSS项目的来龙去脉,讲述EMBnet三十多年来的发展历程,及其对生物信息开发、服务和教育培训等方面的贡献,从某个侧面为读者特别是年轻读者展示生物信息学发展早期的一段历史。     

超声检查在肛周感染性疾病中的诊断价值

目的:通过对一定样本的肛周感染患者的超声影像分析,探讨超声检查在肛周感染性疾病中诊断的价值,旨在早期为临床提供早期干预证据.方法:利用飞利浦IU22超声对我院2010年10月到2012年10月收治的60例肛周感染患者进行扫查,根据病变部位,特征及超声声像图进行分型分析并与实际手术结果对照,评价超声在肛周感染性疾病上的诊断及治疗方法选择的价值.结果:超声诊断单纯型肛周脓肿28例,肛瘘20例,复合型肛周脓肿12例;与手术所见符合率分别为单纯脓肿93.33％,肛瘘100.0％,复合型肛周脓肿90.91％.术前超声诊断和手术确诊病例数之间没有统计学差异(P＞0.05).结论:超声在肛周感染性疾病的诊断中具有快速、准确、经济等独特的优势,并可根据声像图对其作出较准确的分型,为临床治疗方法的选择提供可靠的依据.     

中国蝗虫一新属一新种(直翅目,癩蝗科,癩蝗亚科)

记述了采自中国山东泰山癩蝗科癩蝗亚科1新属驼笨蝗属Humphaplotropis gen.nov.,1新种,泰山驼笨蝗Humphaplotropis taishanensis sp.nov.,新属近似笨蝗属Haplotropis Saussure,1888,区别特征为雄性前胸背板沿中隆线呈驼背隆起;前缘中央呈尖角形突出,其顶端几乎到达两复眼之间的中部;后缘中央呈尖角形突出,其顶端到达第1腹节的中部模式标本保存于山东农业大学植物保护学院,山东泰安.驼笨蝗属,新属Humphaplotropis gen.nov.(图1～4)词源:新属属名源自Hump-驼状隆起,-haplotropis为近似属笨蝗属Haplotropis Saussure,1888.意为前胸背板呈强烈驼背隆起的驼笨蝗属.泰山驼笨蝗,新种Humphaplotropis taishanensis sp.nov.(图1 ～4)正模♂,山东泰山(36°15′N,117°07′E),1981-06-23,采集者不明.词源:新种种名源自模式标本产地地名.     

不同生物型棉蚜对夏寄主葫芦科作物的选择

于2008、2009年连续两年采用模拟田间自然扩散法,系统地研究了棉花型棉蚜和甜瓜型棉蚜有翅蚜对11种夏寄主的选择性.结果表明,棉花型棉蚜对杂交葫芦、小西葫芦表现出强选择性及适应性,而对香瓜、黄瓜、西瓜及甜瓜均不选择,或即使选择其若蚜在其上也不能存活;甜瓜型棉蚜对甜瓜、香瓜、南瓜、黄西葫芦、大西葫芦、杂交葫芦等均表现较强选择性,而对棉花及小西葫芦表现不选择.但是,甜瓜型棉蚜在小西葫芦上也能产若蚜并存活.从而证明小西葫芦是两种寄主型棉蚜的共同寄主,有可能成为两者相互转换的桥梁寄主.     

螺旋CT扫描及三维重建技术在股骨颈骨折分型及治疗中的应用

目的:探讨螺旋CT扫描及三维重建技术在股骨颈骨折分型及治疗中的应用价值。方法:选择2010年5月~2013年5月期间我院收治的股骨颈骨折患者237例为研究对象,根据患者扫描检查方式的不同将其分为对照组(112例)和观察组(125例),对照组患者行髋关节X线正位扫描,观察组行髋关节正位64排螺旋CT扫描,两组均根据扫描结果进行分型并制定相应的治疗方案,比较两组患者骨折内固定手术后2年的股骨头坏死率及骨折不愈合率。结果:两组行骨折内固定手术比例比较,差异无统计学意义(P0.05);术后2年,对照组股骨头坏死5例(22.73%),骨不连6例(27.27%);观察组股骨头坏死1例(3.70%),骨不连1例(3.70%),观察组患者股骨头坏死率及骨折不愈合率均显著低于对照组,差异均有统计学意义(P0.05)。结论:螺旋CT扫描及三维重建成像能够全面、准确显示股骨颈骨折的损伤情况,有助于骨折的正确分型和治疗方法的选择,改善预后。     

藤茶防腐抑菌作用的研究

以生活中常见的真菌(酵母菌、青霉菌、毛霉和黑曲霉)为实验菌种,采用水粗提法和酒精粗提法提取藤茶中的有效成分,探究藤茶对常见食品的防腐作用,以及用打孔法探究藤茶对酵母菌、青霉菌、毛霉和黑曲霉等微生物的抑制作用。实验结果表明:藤茶对酵母菌、青霉菌、毛霉和黑曲霉等具有一定的抑制作用;能延长食品腐败的时间。     

The toxicity test and hypothetical model ofBacillus thuringiensis Cry1Aa helix4

Development of targeted biological agents against agricultural insect pests is of prime importance for the elaboration and implementation of integrated pest management strategies that are environment-friendly, respectful of bio-diversity and safer to human health through reduced use of chemical pesticides. A major goal to understand how Bt toxins work is to elucidate the functions of their three domains. Domains II and III are involved in binding specificity and structural integrity, but the function of Domain I remains poorly understood. Using a Manduca sexta BBMV (brush border membrane vesicles) system, we analyzed its responses to Cry1Aa 15 single-point mutations with altered Domain I helix 4 residues. Light scattering assay showed that toxicity was almost lost in 3 mutants, and we observed significantly reduced toxicity in other 7 mutants. However, 5 mutants retained wild-type toxicity. Using computer software, we simulated the three-dimensional structures of helix 4. Both experimental and bioinformatic analysis showed that residues in Cry1Aa Domain I helix 4 were involved in the formation of ion channels that is critical for its insect toxicity.     

CD9在口腔鳞状细胞癌中的表达水平及其临床意义

目的:口腔鳞状细胞癌是一类极易发生局部侵袭和淋巴结转移的恶性肿瘤,CD9蛋白在多种肿瘤的发生发展及侵袭转移过程中起到重要作用,本研究旨在分析CD9蛋白在口腔鳞状细胞癌中的表达水平及其临床意义。方法:收集我院诊断明确的口腔鳞癌肿瘤患者石蜡标本合计80例,通过免疫组化手段对CD9蛋白表达水平进行评价,并根据CD9蛋白的表达水平分组,分析患者的临床病理学特征与CD9蛋白的关系。结果:CD9在正常组织和癌旁组织正常表达,在肿瘤组织中表达率低,其表达水平和口腔鳞癌的分化程度,淋巴结转移及最终分期有相关性(P0.05)。结论:本研究结果揭示,CD9在口腔鳞状细胞癌的发生发展中起到重要作用,CD9蛋白水平的低表达或不表达可能预测着肿瘤具有更明显的恶性生物学行为,并可能成为口腔鳞状细胞癌预后的生物学指标及基因治疗的新靶点。     

中国外斑腿蝗属两新种(直翅目,蝗总科,斑腿蝗科,斑腿蝗亚科)

记述了采自中国台湾斑腿蝗科外斑腿蝗属Xenocatantops Dirsh,1953的2新种.台湾外斑腿蝗X.taiwanensis sp.nov.近似Xenocatantops sauteri(Ramme,1941),区别特征为前翅较长,超过后足股节中部,到达肛上板的中点;颜面隆起具纵沟,两侧近平行,中部微缩狭;前胸腹板突圆柱形,端圆形.长翅外斑腿蝗X.longipennis sp.nov.近似Xenocatantops luteitibia Zheng et Jiang,2002,区别特征为后足股节粗壮,长为最宽处的3.7倍;触角中段一节的长为宽的1.1～1.3倍;前胸背板缺小黑点.并附外斑腿蝗属中国已知种的检索表.模式标本保存于国立自然科学博物馆,台中.     

中国台湾尼蝗属三新种及种检索表（直翅目, 蝗总科, 斑腿蝗科, 秃蝗亚科）(英文)

记述了中国台湾尼蝗属 Niitakacris Tinkham, 1936 的3新种。新种阿里山尼蝗 Niitakacris arishanensis sp. nov.后足股节内侧非红色和雄性尾须基部的最大宽度为端部宽度的4倍,可与本属所有已知种相区别。新种夏氏尼蝗 Niitakacris xiai sp. nov.与红胫尼蝗 N. rosaceanum 和台湾尼蝗 Niitakacris taiwanensis sp. nov.近似,不同之处为中胸腹板中隔的长度大于最狭处,前翅不到达腹部第1节背板后缘。新种台湾尼蝗 Niitakacris taiwanensis sp. nov.与红胫尼蝗 N. rosaceanum 近似, 不同之处为复眼较小,纵径为眼下沟长的1.4 倍;两尾片分开;肛上板基部纵沟较短,不到达中部,沟端圆,不尖。列出了尼蝗属全部5个种的检索表。