从DNA序列到物种树

从ＤＮＡ序列到物种树张亚平（中国科学院昆明动物研究所细胞与分子进化开放研究实验室６５０２２３）关键词ＤＮＡ序列,基因树,物种树Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ＤＮＡＳｅｑｕｅｎｃｅ,Ｇｅｎｅｔｒｅｅ,ＳｐｅｃｉｅｓｔｒｅｅＤＮＡ不仅是主要的遗传物质,同时也是生物进...     

Phylogenetic relationships of five pika species (genus Ochotona) based on mitochondrial DNA restriction maps

Restriction site mapping of mitochondrial DNA (mtDNA) with 16 restriction endonucleases was used to examine the phylogenetic relationships of Ochotona cansus, O. huangensis, O. thibetana, O. curzoniae and O. erythrotis. A 1-kb length variation between 0. erythrotis of subgenus Pika and other four species of subgenus Ochotona was observed, which may be a useful genetic marker for identifying the two subgenera. The phylogenetic tree constructed using PAUP based on 61 phylogenetically informative sites suggests that O. aythrotis diverged first, followed by O. cansus, while O. atrzoniae and O. huangensis are sister taxa related to O. thibetana. The results indicate that both O. cansus and O. huangensis should be treated as independent species. If the base substitution rate of pikas mtDNA was 2% per million years, then the divergence time of the two subgenera, Pika and Ochotona, is about 8.8 Ma ago of late Miocence, middle Bao-dian of Chinese mammalian age, and the divergence of the four species in subgenus     

随机扩增多态DNA影响因素的研究

随机拉多态ＤＮＡ分析受诸多因素的影响,我们发现不同厂家制造的ＰＣＲ扩增仪,不同厂家出品的ＴａｑＤＮＡ聚合酶和ＰＣＲ缓冲液,ＲＡＰＤ反应体系中的引物浓度,Ｍｇ＾２＋浓度,ｄＮＴＰ浓度,ＢＳＡ和明胶,以及模板ＤＮＡ的量等均可能对ＲＡＰＤ结果有不同程度的影响。     

一种新的近交系实验动物遗传监测方法及小鼠性别相关RAPD标记的发现

我们用21个10 bp的随机短引物对来自昆明、成都、上海、北京四个地方的BALB/c小鼠以及C57BL小鼠、昆明种小白鼠进行了随机扩增多态DNA(RAPD)分析,发现13个引物的扩增产物在BALB/c小鼠和C 57 BL小鼠中有差异,8个引物的扩增产物在BALB/c小鼠和昆明种小白鼠之间不同.在四个地方的BALB/c小鼠中,成都、上海、北京的BALB/c小鼠其遗传背景均一,而来自昆明的BALB/c小鼠中,有2只的4个引物的扩增产物不同于其它的BALB/c小鼠,表明这两只BALB/c小鼠可能曾发生过某种程度的遗传改变或污染。实验结果显示RAPD方法是一种有效的近交系实验动物遗传监测手段。实验中一个有趣的结果是,在OPG 2、OPE 4、OPE 9的扩增产物中,发现了严格的性别依赖的PAPD标记。OPE 9扩增产物中,凡雄性个体都有一条0.88 kb的标记.OPG 2、OPE 4则在所有的雄性个体中多扩增出一条约1.2 kb的带。通过交叉PCR扩增和斑点杂交证明OPG 2、OPE 4 得到的雄性特异性RAPD标记虽分子大小一致,但不具同源性。这些性别相关RAPD标记的染色体定位和性质分析正在进一步进行中.     

大熊猫线粒体DNA的九种限制酶图谱

本文用9种限制性内切酶（BamHⅠ,BglⅠ,BglⅡ,EcoRⅠ,EcoRⅤ,PstⅠ,PvuⅡ,SalⅠ,XhoⅠ）分析大熊猫的线粒体DNA（mtDNA）。构建其中5种酶（BamHⅠ,EcoRⅠ,EcoRⅤ,PstⅠ,PvuⅡ）的mtDNA物理图谱。大熊猫mtDNA的分子大小约为16.4 Kb,酶切位点是随机分布。我们的结果为进一步研究大熊猫mtDNA进化提供了基础资料。     

大熊猫Sox和Zfx基因

采用PCR克隆技术 ,获得了大熊猫 6个Sox基因HMG盒区及 2个Zfx基因锌指区DNA序列 ,并进行了DNA序列测定与分析 .大熊猫Sox基因分别属于两个Sox基因亚族 .大熊猫 pSox和 pZfx基因与哺乳类相应基因具有较高同源性 ,并与灵长类具有相近的DNA突变率 .     

猕猴属中的基因流研究

本文以我们修改的方法从猕猴肝脏组织中提取ｍｔＤＮＡ。用限制性片段长度多态分析为手段研究恒河猴,台湾省的台湾猴,日本猴和食蟹猴的ｍｔＤＮＡ多态。根据ｍｔＤＮＡ遗传距离计算了４个种间的分歧年代,其范围为１．８－３．２百万年。根据蛋白质多态资料,同样计算了这４个种间的分歧年代,其范围为０．４－１．５百万年。结合化石,行为,动物地理等方面的资料,我们的结果提示：在猕猴属的进化过程中,恒河猴,食蟹猴,日本猴     

长臂猿的DNA序列进化及其系统发育研究

本文测定了来自白眉长臂猿、黑冠长臂猿、白手长臂猿和合趾长臂猿３５２～３９９ｂｐ的线粒体细胞色素ｂ基因的序列。发现自然选择对该基因ＤＮＡ序列水平的进化具有显著的嵱跋臁＝岷锨叭说男蛄校颐枪菇讼低车某け墼撤肿酉低呈鳌Ｎ颐堑慕峁砻鳎け墼呈魨可分为４组：（１）白眉长臂猿组,仅一个种;（２）合趾猿组,仅合趾猿一个种;（３）白手长臂猿组,包括白手长臂猿、敏长臂猿、穆氏长臂猿、黑帽长臂猿和克氏长臂猿;（４）黑冠长臂嵲匙椋ê诠诔け墼场６杂τ谛翁系模锤鲅鞘簟：诠诔け墼逞侵旨涞囊糯只潭认詬著高于白手长臂猿亚属种间的分化程度。我们的结果提示,黑冠长臂猿可能至少应分为４个嵵郑窃诒;ど暇哂型戎匾牡匚唬Ψ直鸺右员;     

苦味受体与甜味、鲜味受体具有不同的进化途径

通过生物信息学和系统发育学分析,研究了苦味受体和甜味／鲜味受体的进化途径。结果显示,苦味受体和甜味／鲜味受体在进化上具有远相关,并且具有不同的进化途径,提示这可能是导致这些受体具有不同功能,传导不同味觉的原因。