民族生物学学科规范--美国国家科学基金(NSF)生物复杂性研讨会报告

SalickJan (MissouriBotanicalGarden) ;　　　AsaCheryl (St.LouisZoo) ;CamiloGerardo (St.LouisUniveristy) ;　　　FritzGayleJ .(WashingtonUniversity St.Louis) ;MillerJim (MissouriBotanicalGarden) ;　　　AlcornJanis (WorldResourcesInstitute) ;AndersonEugene (U     

人类新基因ACBP5cDNA的克隆及其同源物在小鼠/鸡胚发育过程中的表达

利用电子克隆的方法寻找具有重要结构域的人类新基因ACBP5 ,根据得到的序列信息用RT PCR的方法获得全长基因 .通过生物信息学方法预测其结构 ,采用整体原位杂交和组织RT PCR的实验方法 ,在小鼠和鸡胚胎实验模型中研究该基因在发育过程中的表达情况 ,并对其功能进行初步的预测 ,获得一个含有乙酰辅酶A结合蛋白 (acyl CoAbindingprotein ,ACBP)结构域的人类新基因ACBP5 .ACBP5基因的cDNA长度为 10 83bp ,生物信息学方法预测其定位在人第 1号染色体上 ,包含 7个外显子 ,6个内含子 ,包含一个 35 4bp的完整阅读框架 ,编码一个 118个氨基酸残基的蛋白 .在以小鼠胚胎和鸡胚为模型的整体原位杂交中 ,以ACBP5基因全长编码区为探针的结果均显示该基因在胚胎头部特异表达 ,并且主要集中在中脑与间脑之间的峡部 .成体小鼠的组织RT PCR的结果显示 ,ACBP5的同源基因在各组织中均有表达 .这提示ACBP5基因在不同物种中的表达可能比较保守 ,并与头部发育有密切关系 ,同时也对维持细胞的正常功能起到重要的作用 .     

重组人ω-干扰素在金黄地鼠和Wistar大鼠体内的组织分布和排泄

目的:为进一步的临床试验提供重组人ω-干扰素(rhIFN-ω)的分布和排泄试验数据。方法:用125I同位素示踪法结合三氯醋酸(TCA)沉淀法测定各主要器官组织的总放射性浓度和酸沉淀部分放射性浓度,获得rhIFN-ω的尿粪排泄和胆汁排泄数据。结果:各主要器官组织的总放射性浓度AUC0-4h排序由大到小依次为:尿、胸腺、胆囊、膀胱、肾、肾上腺、肠内容物、肠淋巴结、空肠、肺脏、血清、卵巢、脾、肝、肌肉、心脏、骨髓/股骨、睾丸、脂肪、脑。皮下注射125I-rhIFN-ω后48h尿和粪的累计排出量分别达到注入放射量的87.9%±2.8%和4.0%±1.6%,尿粪合计排出量占注入放射性量的91.9%±2.1%,而皮下注射125I-rhIFN-ω后20h内胆汁排泄放射性量占注入放射性量的3.34%。结论:rhIFN-ω在泌尿系统分布比较高,与血清蛋白结合比较少,在脑、脂肪和肌肉等组织的药物浓度最低。rhIFN-ω主要以尿的形式排泄。     

一个新的人类乙酰转移酶基因hNATL的克隆与表达谱研究

从小鼠cDNA序列入手,依据同源分析的电子克隆方法得到一个包含N末端乙酰转移酶结构域的人类新基因hNATL(Human NAT Like)。hNATL的cDNA长1803bp,编码区621bp,Genbank 登陆号AY632082。hNATL编码的蛋白长206个氨基酸残基,包含有N乙酰转移酶结构域。hNATL 基因定位于人染色体17q25．2区,包括6个外显子和5个内含子。基因表达汇编分析结果显示, hNATL在人脑和生殖腺中高表达。Northern杂交显示,在成年小鼠中hNATL在心脏,脾脏和卵巢中出现表达。整体原位杂交的结果显示,hNATL特异表达于E7．5和E8．5的小鼠胚胎脑部和HH10期鸡胚胎的头部。上述结果提示,hNATL对胚胎期脑的发育和成体中重要器官行使正常功能发挥十分重要的作用。     

大腹园蛛丝腺的氨基酸组成分析

通过解剖大腹园蛛,获得５种丝腺体,并对各丝腺蛋白进行了氨基酸组成分析和蛋白质相对分子质量测定,比较了不同丝腺体蛋白质组成的差异,发现不同丝腺体蛋白质氨基酸组成中Ｇｌｙ和Ｇｌｕ均有较高含量,而Ｓｅｒ的含量并不高,壶状腺中含有较高的Ｐｒｏ,而管状腺中含有较高的Ａｒｇ．同时发现不同丝腺体蛋白质的相对分子质量存在较明显差异,例如集合腺中不同相对分子质量的蛋白质分布较均匀,而在葡萄状腺中大分子质量的蛋白质明显高于小分子质量蛋白质．     

细胞周期相关蛋白cyclin D1、p53和p21WAF1/Cip1在食管鳞癌中的表达改变及其病理学意义

食管鳞状细胞癌(Esophageal squamous cell carcinoma, ESCC)是我国常见的恶性肿瘤之一, 虽然临床诊治手段正逐步改进, 但中晚期患者5年生存率仍然很低。目前认为细胞周期调控异常与肿瘤发生发展关系密切, 然而相关周期调节蛋白在食管癌患者中的表达改变、临床意义及其应用价值还没有明确结论。文章应用组织微阵列联合免疫组织化学技术(TMA-IHC), 对148例食管鳞癌组织标本中细胞G₁/S期调控蛋白cyclin D1、p53和p21^WAF1/Cip1的表达进行检测, 分析其与临床病理参数之间的相关性。结果显示, cyclin D1与p53蛋白在食管癌细胞中表达升高, p53表达阳性率与区域淋巴结转移显著相关(P = 0.001)。p21^WAF1/Cip1蛋白在肿瘤组织中表达降低, 且p21WAF1/Cip1表达阴性患者的术后生存时间显著短于表达阳性的患者(P = 0.001)。多因素生存分析显示p21WAF1/Cip1是一个独立的预后因素(相对危险度为0.418, P<0.001)。微阵列比较基因组杂交(array-CGH)检测进一步表明45.4%的食管癌患者存在cyclin D1基因扩增。以上结果提示食管鳞癌中存在细胞周期G1/S期调控异常, p21^WAF1/Cip1蛋白可能是一个有应用价值的预后因子。     

小鼠和鸡的类E1酶新基因UBAL的克隆和表达分析

根据含有UBA_NADbindingdomain的EST序列,利用同源性序列查找和EST拼接的方法,克隆得到鼠、鸡的新基因UBAL(ubiquitin-activatingenzymelikeprotein),它们都具有泛素活化酶Uba1的保守结构域Ⅰ,可能的ATP结合序列GVGGVG和Cys活性位点.用半定量RT-PCR分析11种成年小鼠组织的mUBAL表达量,显示mUBAL在成年小鼠多种组织中都有表达,在肾、睾丸、脑、心脏中尤为丰富.用mUBAL的编码区为探针进行的小鼠胚胎整体原位杂交显示,mUBAL在胚胎发育早期即开始表达,并随着前内脏内胚层(AVE)的向前迁移而迁移,随后在胚胎的端脑区特异性表达.与小鼠胚胎的表达谱相类似,gUBAL在HH14、HH16和HH18期鸡胚中的表达主要集中在头部.根据mUBAL和gUBAL的序列相似性保守结构域和活性位点,可以初步断定它们可能是类泛素活化酶E1的新成员,可能通过活化类泛素蛋白参与胚胎脑部的发育和调控成体组织的功能.     

包含BTB锌指结构的新基因Bsg2结构特性及其在发育阶段的组织表达特异性

通过消减差异筛选法寻找小鼠胚胎发育过程中在脑中特异表达的基因 .克隆得到的脑特异表达新基因 2 (brainspecificgene 2 ,简称Bsg2 )长 36 91bp ,通过生物信息学方法预测其编码一个含713个氨基酸的锌指蛋白 .此蛋白N端有一个BTB(BR C ,ttkandbab)结构域 ,C端有 9个连续的C2H2锌指结构 .该基因定位在小鼠 12号染色体上 ,包含 1个内含子和 2个外显子 .应用生物信息学和RT PCR方法分别检验该基因在小鼠各组织中的表达 .结果表明 ,Bsg2基因在小鼠胚胎及成体的各组织中普遍表达 ,在脾、肾、睾丸、肠、子宫和脑的表达水平较强 .利用整体 (wholemount)原位杂交研究其时空表达模式 .结果显示 ,Bsg2在早期的小鼠胚胎和不同时期鸡胚的头部均特异表达 ,在11d鼠胚的肢芽里也有较强的表达 .Bsg2基因的结构和表达特征预示它编码 1个具有DNA结合功能的转录调控因子 ,同时揭示它在脑的发育和器官形成过程中发挥着重要作用     

人类新基因cegl cDNA的克隆及表达研究

CLECT and EGF-1ike domain contained Gene 1(cegl)基因是用电子克隆的方法获得的人类新基因.该基因定位在人类的第14号染色体上,是一个单一外显子的基因.cegl基因的cDNA长度为2050bp,通过生物信息学方法预测它包含一个1340bp的完整阅读框架,编码一个490个氨基酸的蛋白,含有CLECT、EGF-like结构域各一个.以cegl基因全长编码区为探针的整体原位杂交结果显示该基因的小鼠和鸡的同源基因在各自早期胚胎头部中特异表达,并且在不同时期胚胎神经系统增殖迅速的部位中有大量的表达.RT-PCR结果显示该同源基因在小鼠成体各组织中广泛分布.这提示cegl基因可能与头部生长发育有密切关系,并且对维持成体各组织的正常功能起到重要的作用.对cegl基因在胚胎发育的时间和空间表达模式的研究将有助于进一步深入地揭示它在人脑的正常生长发育中的作用.     

烤烟K326与香料植物间作模式下根际土可培养细菌多样性及功能

【背景】烤烟是我国重要的经济作物,选择间作种植方式能影响根际微生物的多样性,缓解烤烟连作障碍;根际微生物能够适应根际微环境的变化,对烤烟的生长具有一定促进作用。【目的】研究不同生长时期烤烟K326与5种香料植物间作模式下烤烟根际土细菌种群多样性,从生物多样性角度比较不同时期、不同间作模式的差异,探究烤烟根际微生物的适应性及功能。【方法】以不同生长期、不同香料植物间作模式下烤烟根际土为研究对象,设计纯培养方法对根际细菌进行分离及16S rRNA基因测序,研究不同种植期、不同间作模式下根际土细菌多样性,并挑选代表菌株进行烟碱、Cr6+耐受及促生性质检测。【结果】蕾薹期、开花结果期、采摘期烤烟K326与5种香料植物间作模式下植物根际土蕴含丰富的细菌资源,共分离到707株细菌,分布于70个属。蕾薹期烤烟根际土细菌的香农指数变化为:W(4.0791917)2GAY(3.8403521)2GDY(3.5145628)2GCKY(3.497 703 4)2GBY (3.447 478 9)2GCY (3.253 409 2)2GEY (3.241 103 4);开花结果期烤烟根际土细菌的香农指数变化为:3GAY(3.6889817)3GCKY(3.4421251)3GBY(3.3531558)3GDY(3.349 171 9)3GEY (3.306 294 5)3GCY (3.305 582 2);采摘期烤烟根际土细菌的香浓指数变化为:5GEY(2.8571028)5GBY(2.4583113)5GAY(2.2718685)5GCKY(2.2102536)5GCY(2.079 441 5)5GDY (0.693 147 2);在不同时期都检测到的细菌类群有节杆菌属(Arthrobacter)、芽胞杆菌属(Bacillus)、短波芽孢杆菌属(Brevibacillus)、短波单胞菌属(Brevundimonas)、微杆菌属(Microbacterium)、类诺卡氏菌属(Nocardioides)、假单胞菌属(Pseudomonas)、红球菌属(Rhodococcus)、链霉菌属(Streptomyces)和地杆菌属(Terrabacter),大部分代表菌株具有烟碱耐受、Cr6+耐受、固氮、铁载体产生、溶磷、淀粉水解等特性。【结论】不同生长时期、不同间作模式的烤烟根际土中蕴含丰富的细菌类群,Bacillus、Pseudomonas和Streptomyces是烤烟根际土中的优势类群,在烟碱、Cr6+耐受及促生作用方面具有重要应用潜力;香料植物与烤烟间作模式能够改变根际土细菌的多样性;在开花结果期,5种香料植物与烤烟的间作明显增加了土壤根际土可培养细菌的多样性;薄荷、香茅草、香叶天竺葵间作类型在缓解烤烟连作障碍方面具有优势。