鼻咽癌相关基因NAG7编码产物的表达和定位分析

为了研究NAG7基因编码产物的特性和在活细胞内定位与表达,首先利用生物信息学分析NAG7编码蛋白的一般性质并预测其定位,再通过构建增强型绿色荧光蛋白（Enhance green fluorescent protein,EGFP)与NAG7融合基因的真核表达载体pEGFP-C2-NAG7,通过脂质体介导分别转染非洲绿猴肾细胞系COS7和人鼻咽癌细胞系HNE1,瞬时表达后荧光显微镜观察NAG7基因编码蛋白的活细胞内定位及表达,研究结果表明NAG7的编码产物可以COS7细胞中高表达并定位于细胞浆,而在HNE1细胞中虽也定位于胸浆,但仅有极少数细胞存在表达,因此NAG7编码产物在HNE1中的表达差异是否是NPC发生的原因之一有待深入研究。     

染色体7q32-ter鼻咽癌相关基因的初步研究

为克隆7q32-ter区域等位基因杂合性丢失最小共同缺失区的鼻咽癌相关基因.以STS D7S509为探针,PCR法筛选位于该区的细菌人工染色体(BAC)克隆,应用EST介导的定位-候选克隆策略并结合生物信息学筛选出在鼻咽癌细胞株和活检组织中表达增强的EST AA773454,cDNA克隆测序和生物信息学资源获取全长cDNA,DNA印迹和甲基化分析研究其表达增强的机制.结果表明,克隆的NAG18基因cDNA全长802 bp,编码227个氨基酸,定位于胞核.该基因分别与人、鼠TAXREB107基因及RPL6基因高度同源.其表达增强的机制不是基因拷贝数的丢失和甲基化位点的改变.可以断定NAG18是定位于7q32-ter最小共同缺失区的鼻咽癌相关基因,它是一高度保守的基因,参与了DNA的转录活化.     

LRRC4通过LRR结构域抑制脑胶质母细胞瘤U251细胞的生长和侵袭

LRRC4基因是候选的脑胶质瘤抑制基因,其细胞外区域含有一个保守的LRR和一个IgC2 结构域.本研究结合生物信息学分析,通过一步PCR法构建了不同结构域缺失的突变体（pc ΔLRR, pcΔIgC2或pcΔTm）.并将全长LRRC4（pcLRRC4）和各突变体转染至U251细胞,构建了稳定表达的U251细胞系.通过MTT,软琼脂集落形成及Transwell体外侵袭模型检测发现,全长LRRC4能够抑制U251细胞的生长和侵袭;LRR结构域缺失的突变体不再抑制U251细胞的生长和侵袭;而IgC2或Tm区缺失的突变体仍然可以抑制U251细胞的生长和侵袭.该结果表明,LRRC4抑制U251细胞的生长和侵袭依赖于它的LRR结构域,而不是IgC2或Tm结构域.     

一个新鼻咽癌抑瘤候选基因的克隆及其功能初步分析

从cDNA 代表差异分析法（cDNA representational difference analysis, cDNA RDA）分离的新cDNA片段入手,进一步采用RT-PCR验证,其中发现AF152605片段在74%鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)活检组织中表达下调和缺失,DNA印迹显示其代表一转录本为2.1 kb的基因,结合生物信息学,运用文库筛选克隆该基因,命名为NAG4基因,GenBank登录号AF179285,定位于6q22.1～22.33,至少含有两个外显子,并在第一外显子的上游有TATA盒样序列,编码一个508个氨基酸组成的、分子质量为57.4 ku的蛋白质;功能预测NAG4基因产物与小鼠溴区蛋白BP75有84%同源,是含有多个磷酸化位点和溴区结构域的核内转录因子;突变分析表明NAG4基因在HeLa细胞株中发生整码突变.以上结果说明NAG4基因是鼻咽癌抑瘤基因的良好候选者,其表达的下调参与了鼻咽癌的发生.     

NAG7基因转染对鼻咽癌细胞生长的影响

为了探讨鼻咽癌表达下调基因NAG7对鼻咽癌细胞系HNE1生长的影响, 构建了NAG7基因的真核表达载体pcDNA3.1(+)/NAG7, 并采用脂质体转染技术将真核重组体pcDNA3.1(+)/NAG7质粒和真核空载体pcDNA3.1(+)质粒分别导入HNE1细胞, 经G418筛选后获得稳定转染细胞克隆, RT-PCR和RNA印迹检测NAG7基因的表达, 并通过细胞生长曲线、裸鼠接种和流式细胞等方法对转染细胞的生物学行为进行检测.结果显示：转染NAG7基因后,基因表达增加,细胞生长倍增时间较空载体转染和HNE1明显延长,流式细胞技术检测表明,NAG7可延缓细胞由G0～G1期进入S期;裸鼠接种实验显示转染NAG7基因后的HNE1细胞致瘤性受到抑制.上述结果表明：NAG7基因转染后鼻咽癌细胞生长受到抑制,提示NAG7基因是一鼻咽癌相关的抑瘤基因候选者.     

pcDNA3．1表达载体转染对细胞生长的影响

为了探讨真核表达载体转染对细胞生长的影响,通过脂质体介导将pcDNA3.1( )表达载体DNA转染鼻咽癌细胞系HNE1,G418筛选后,Southern杂交鉴定稳定表达细胞株,以HNE1细胞为对照,观察pcDNA3.1( ）／HNE1克隆细胞的生物学特性;结果显示,在pcDNA3.1( )/HNE1阳性克隆中,一株细胞克隆培养过程中发生自溶性死亡,一株细胞生长明显受到抑制,另一株细胞生长无明显影响,揭示在宿主细胞中pcDNA3.1( )DNA与宿主基因组DNA发生了随机整合,从而表现不同的细胞生物学改变。     

秦岭南坡子午河中下游流域土地利用/土地覆被信息提取及其应用

精确的土地利用/土地覆被数据不仅可以反映区域的生态环境状况,为环境部门提供决策支持,也为实现区域生态环境更高质量发展发挥重要作用。以子午河中下游流域为研究区,利用多源多时相的landsat8卫星遥感数据,结合地面调查数据、文献调研等,探讨并研究支持向量机分类法（SVM）和随机森林模型（RFM）对该区的植被类型和土地利用现状类型进行识别,对两种方法的分类精度进行对比,并分析和评价光谱特征变量对模型的重要性和适用性。利用满足要求的土地利用现状数据,再结合修正的通用土壤流失方程RUSLE模型进一步计算出研究区的土壤侵蚀模数,绘制研究区土壤侵蚀分布图,结合土地利用/植被覆盖信息计算研究区的生态环境状况指数,从宏观上对子午河中下游流域进行生态环境评价。结果表明：①随机森林模型可以有效利用样本的特征因子,并与地形约束因子结合,从而对植被和土地利用类型进行分类,分类总体精度均达到80%以上,kappa系数分别为0.73和0.86,与传统的SVM方法相比,RFM方法均提高了森林类型和土地利用类型的分类精度。②研究区总体生态环境状况指数为87.12,生态环境状况为优,其中水源区附近由于土壤侵蚀流失量相对较大,所以生态环境状况为良,占研究区总面积的15.69%。     

利用GenMAPP筛查鼻咽癌差异表达基因

利用GenMAPP软件对鼻咽癌和正常鼻咽上皮基因微阵列表达谱结果进行分析,筛查鼻咽癌差异表达基因. 结果显示：在17 000个基因中,与正常鼻咽上皮相比,在鼻咽癌中发生2倍以上差异表达的基因共有339个,其中有160个基因在鼻咽癌中表达上调,179个表达下调. 这些基因分别与细胞增殖、基因转录、凋亡、信号转导、DNA损伤修复、肿瘤分化和浸润转移及细胞周期调节等相关. 鼻咽癌的发生发展存在多基因表达调控的改变,对其差异表达基因的研究有助于阐明鼻咽癌发生发展机制.     

Tet 调控的脑相对特异性新基因 LRRC4表达细胞系的构建

LRRC4是一个在脑相对特异性表达的富亮氨酸重复超家族新成员,在神经胶质瘤表达明显下调或缺失且具有抑制脑胶质瘤细胞生长的潜能. 利用 Tet-on 基因表达系统,经过两轮转染,先后将调控质粒 pTet-on 和表达质粒 pTRE-2hyg-LRRC4 转染 U251 细胞系,分别用 G418 和潮霉素 Hygromycin 进行两次筛选. 在第一轮挑取的 80 个克隆中,利用 pTRE-2hyg-luciferase 报告基因进行最佳的低背景高表达的 pTet-on 细胞克隆筛选,在通过量效关系和动力学检测筛选的最佳克隆基础上,再进行 pTRE-2hyg-LRRC4 的转染,并通过 RT-PCR 和 RNA 印迹检测,成功获得了两个具有良好诱导性 Tet 调控的 LRRC4 双稳定表达细胞系,为进一步阐明 LRRC4 在脑胶质瘤发生发展中的作用,提供有利的研究基础和理想的实验平台.     

两个鼻咽癌负相关新基因的分离与特性

8个通过 c DNA代表差异分析法 ( c DNA representational difference analysis,c DNA RDA)分离的新 c DNA序列中 ,经 RT- PCR验证 ,发现其中一 c DNA序列 (登录号 :AF0 91 51 7)在 40 %的鼻咽癌活检组织中存在表达缺失和下调 .Northern杂交显示 ,AF0 91 51 7代表转录本为 1 .1 kb和 1 .4kb大小的两个基因 ,进而采用文库筛选 ,成功分离出 3′端完全不同的两个基因 ,命名为 NAG1 1和 NAG 1 2 (登录号分别为 AF 1 70 30 7和 AF 1 94971 ) .经过计算机预测 ,NAG 1 1编码 87个氨基酸组成的跨膜蛋白 ,NAG1 2编码 1 36个氨基酸组成的可溶性的核蛋白 ,两者无任何同源性 .NAG 1 1蛋白含有 3个 ATP结合区、两个蛋白激酶 C磷酸化位点和两个 N-肉豆寇酸化位点 ,NAG 1 2含有POU结构域和多个功能位点 .结果说明 NAG1 1和 NAG1 2的表达的缺失与下调可能参与了鼻咽癌的进程 ;NAG1 1基因产物可能与 ATP的跨膜转运有关 ;NAG1 2基因产物可能与转录翻译有关 .