基于卷积神经网络的大肠杆菌启动子预测

目的 基于位点特异性打分矩阵（position-specific scoring matrices,PSSM）的预测模型已经取得了良好的效果,基于PSSM的各种优化方法也在不断发展,但准确率相对较低,为了进一步提高预测准确率,本文基于卷积神经网络（convolutional neural networks,CNN）算法做了进一步研究。方法 采用PSSM将启动子序列处理成数值矩阵,通过CNN算法进行分类。大肠杆菌K-12（Escherichia coli K-12,E.coli K-12,下文简称大肠杆菌）的Sigma38、Sigma54和Sigma70 3种启动子序列被作为正集,编码（Coding）区和非编码（Non-coding）区的序列为负集。结果 在预测大肠杆菌启动子的二分类中,准确率达到99%,启动子预测的成功率接近100%;在对Sigma38、Sigma54、Sigma70 3种启动子的三分类中,预测准确率为98%,并且针对每一种序列的预测准确率均可以达到98%以上。最后,本文以Sigma38、Sigma54、Sigma70 3种启动子分别和Coding区或者Non-coding区序列做四分类,预测得到的准确性为0.98,对3种Sigma启动子均衡样本的十交叉检验预测精度均可以达到0.95以上,海明距离为0.016,Kappa系数为0.97。结论 相较于支持向量机（support vector machine,SVM）等其他分类算法,CNN分类算法更具优势,并且基于CNN的分类优势,编码方式亦可以得到简化。     

益生菌通过调整正常菌群缓解酒精性肝损伤的研究进展

许多临床试验表明慢性酒精性肝损伤会引起肠道菌群的失调,主要表现为双歧杆菌、乳杆菌数量减少,革兰氏阴性菌大量繁殖,破坏肠道屏障功能,增加肠道通透性,使细菌来源的内毒素大量释放出来,引起血液内毒素增加,并在肝脏中累积,超出肝脏的清除能力,导致肝损伤。本文主要综述益生菌通过调整正常菌群这一机制来缓解酒精性肝损伤的研究进展,进而深入了解酒精引起肠道菌群变化(酒精的摄入会导致肠道中拟杆菌、厚壁菌数量减少,革兰氏阴性变形菌、革兰氏阳性放线菌数量增加,同时肠道内细菌来源的内毒素水平增加)导致肝损伤的发病机制,以及益生菌如何通过调整肠道正常菌群改善酒精性肝损伤。     

肿瘤细胞不同程度表达HLA-G对NK细胞杀伤活性影响的分析

目的:分析肿瘤细胞不同程度表达HLA-G对NK细胞杀伤活性影响。方法:以HepG2、NCI-H446、K562为研究对象,基因克隆建立表达载体,并将HLA-G/pGEM-T质粒转染到HepG2、NCI-H446及K562上。测定HepG2、NCI-H446及K562细胞内及细胞表面HLA-G的表达。结果:转染后的HEPG2-G、NcI-H446-G、K562-G细胞表面HEPG2-G的表达量依次为33.25%、45.68%、38.43%。3组比较,差异具有统计学意义(P<0.05)。     

多潜能乳腺干细胞的发现

小鼠乳腺由多种不同类型的上皮细胞构成。多潜能干细胞位于乳腺发育的顶端,是乳腺中所有分化细胞类型的来源。然而,这群多潜能乳腺干细胞此前尚未通过特定的标记基因得到鉴定,其存在性也备受争议。借助乳腺干细胞体外培养体系,从Wnt信号通路入手,发现了蛋白C受体基因Procr。在乳腺中,Procr作为一个新的Wnt信号通路的靶基因,能够标记多潜能乳腺干细胞。Procr标记乳腺基底细胞中的一个亚群,这个亚群的细胞低表达基底细胞普遍表达的角蛋白,表现出上皮–间充质转化的特性。Procr阳性的细胞在移植实验中表现出最高的乳腺重建率,体内追踪Procr阳性细胞的后代,发现Procr阳性细胞能够在发育过程中分化形成乳腺上皮的所有细胞类型。多潜能乳腺干细胞的发现结束了乳腺中多潜能干细胞存在性的争议,对乳腺癌的诊断及靶向治疗具有重大意义。     

全髋关节置换术与双极人工股骨头置换术治疗老年股骨颈骨折的临床疗效

目的：探讨全髋关节置换术（THA）与双极人工股骨头置换术（BHA）治疗老年股骨颈骨折的临床疗效。方法：选择2013 年7 月-2015 年3 月我院收治的老年股骨颈骨折患者90 例,根据手术方法不同将患者分为全髋关节置换组（THA 组）和双极人工股 骨头置换组（BHA 组）,每组45 例。观察并比较两组患者的手术时间、术中出血量、住院时间、术后并发症的发生率及手术效果。结 果：两组患者的手术时间、术中出血量及住院时间比较,差异无统计学意义（P>0.05）;THA 组并发症的发生率明显低于BHA 组, 差异具有统计学意义（P<0.05）;术后1 年,两组手术优良率比较,差异无统计学意义（P>0.05）;术后两年及三年,THA 组手术优良 率明显高于BHA 组,差异具有统计学意义（P<0.05）。结论：THA和BHA 治疗老年股骨颈骨折均具有良好的临床疗效,但THA具 有更好的远期疗效,而且术后并发症的发生率较低。     

白腐菌胞外提取液与纤维素酶对玉米秸秆的协同酶解研究

通过评价几株白腐菌固体发酵不同时间的胞外提取液与纤维素酶同时加入对玉米秸秆酶解产糖的影响,得到一个较高糖化效果的胞外降解体系,并对其相关影响因素进行研究,进而初探其协同酶解的机制.结果表明,Echinodontium taxodii 2538固体培养5 d的胞外提取液与纤维素酶形成的胞外降解体系的协同酶解效果较好,酸处...     

心脏特异表达Calponin 1转基因小鼠的心脏功能分析

目的建立心脏特异表达Calponin 1转基因小鼠,研究Calponin 1对心脏发育及心肌病的调节作用。方法利用心脏特异启动子α-MHC构建转基因表达载体,显微注射法建立Calponin 1转基因小鼠,PCR法鉴定转基因小鼠的基因型,Western Blot检测Calponin 1在心脏组织中的表达,心脏超声检测转基因小鼠的心脏结构和功能,HE染色和Masson染色检测转基因小鼠心脏的病理改变。结果 Calponin 1在野生型小鼠心脏中有表达,在扩张型心肌病小鼠的心脏组织表达降低。通过显微注射法,建立了2个心脏组织Calponin 1基因高表达的转基因小鼠系。与野生型小鼠相比,Calponin 1转基因小鼠收缩期左室内径（LVID,systolic）增加28%（P〈0.01,n=12）,舒张期左室内径（LVID,diastolic）增加16.2%（P〈0.01,n=12）,收缩期左室后壁厚度（LVPW,systolic）减小15.7%（P〈0.01,n=12）,舒张期左室后壁厚度（LVPW,diastolic）减小21%（P〈0.01,n=12）,射血分数（ejection fraction,EF）降低11.5%（P〈0.01,n=12）,短轴内径缩短率（fraction shortening,FS）降低14.6%（P〈0.05,n=12）。转基因小鼠心脏组织病理H＆E染色和Masson染色显示,转基因小鼠心室扩张,心肌细胞不均匀肥大,细胞间隙变大,心肌间质纤维增多。结论 Calponin 1在心脏特异过表达引起转基因小鼠心脏左室内径增加,收缩期容积和舒张期容积显著增大,心室壁变薄,射血分数及短轴缩短率降低等扩张性心肌病表型,推测Calponin 1是参与心肌病病理发生的基因之一。     

拮抗菌株Kc-t99的鉴定及其抑菌活性研究

通过传统分类与分子生物学技术相结合的方法对从京郊菜园土壤中分离筛选的拮抗菌株Kc-t99进行鉴定,并采用生物测定的方法评价其抑菌活性.结果表明,菌株Kc-t99的形态学特征和生理生化特性与枯草芽孢杆菌基本一致,其16S rDNA序列与GenBank中已鉴定的枯草芽孢杆菌的16S rDNA序列同源性高达98.06%,据此初步确定其为枯草芽孢杆菌.抑菌试验表明该菌株对供试的5种病原真菌和4种细菌均具抑菌活性,其中对甘蓝枯萎病菌、黄瓜角斑病菌和桃褐腐病菌抑制作用显著.     

不同摇瓶条件对侧耳菌生长及漆酶分泌的影响

研究了小试液体摇瓶下不同pH培养条件、摇瓶转速、装液量对侧耳属白腐菌BP漆酶分泌及生长状况、形态变化的影响。结果表明：BP在中、酸性条件下生长较好且表现较高的分泌漆酶能力,用硫酸调pH为5．0时,漆酶活力和生物量分别在第10d和第6d达到最高,分别为742U／mL和8．4g(干重)/L,高于相应缓冲液调节pH体系的结果;天然(pH6．5)培养条件下,最佳转速与装液量分别是150r／min、200mL/500mL三角瓶,此时菌球较小,四周为毛刺状,漆酶酶活和生物量分别在第5d和第6d达到最高,分别为714．2U／ml和9．2gtL。同时,运用SPSS统计软件对各影响因素进行差异显著性检验,获得白腐菌生长及漆酶分泌特性的主要影响因子。     

人工食物对高原鼠兔稳定性碳和氮同位素组成的影响

以玉米面、小米面和绿豆粉 (质量比为 5∶3∶2 )的混合食物饲喂青藏高原地区特有种高原鼠兔 ,4 0d后断头杀死 ,取其后腿肌肉测定稳定性碳和氮同位素组成。结果表明 ,用混合食物饲喂后 ,高原鼠兔的稳定性碳同位素比值显著升高 ,由对照的 (- 2 4 6 6± 0 2 5 )‰上升为 (- 19 0 5± 0 0 9)‰ ;稳定性氮同位素的组成变化较小 ,仅由对照的 (3 2 8± 0 13)‰增加为饲喂后的 (3 6 1± 0 32 )‰。经人工食物饲喂后 ,高原鼠兔与其食物间稳定性碳同位素的分馏效应为 4 73‰ ,稳定性氮同位素的分馏效应为 2 79‰。C4组分食物的加入影响高原鼠兔的稳定性同位素 (特别是氮同位素 )代谢模式 ,其稳定性同位素代谢周转率可能高于原来预测的 4 0d。