艾滋病痴呆综合征蛋白质组学的研究进展

艾滋病痴呆综合征(acquired immunodeficiency syndrome dementia complex, ADC)是由人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)侵犯中枢神经系统,造成患者意识、行为和运动能力改变为主要临床表现的综合征。约50%的HIV感染者表现出不同形式的认知功能损伤。ADC的发病机制尚未完全阐明,诊断也无明确的病理和生化指标。目前,蛋白质组学技术以其高灵敏度和高通量的特点广泛应用于传染病研究。本文综述了近年来ADC蛋白质组学研究领域的进展,包括ADC蛋白质组学研究所用样品、蛋白质组学技术及其在ADC研究中的应用,为ADC的诊断和发病机制研究提供新思路。     

不同分化程度的鼻咽癌细胞系质膜差异蛋白质组分析

本研究以CNE1和CNE2为材料,采用亚细胞蛋白质组研究方法研究不同分化程度鼻咽癌细胞系的差异蛋白质．首先用Percoll密度梯度离心法获得高纯度质膜,通过双向凝胶电泳分离、PDQuest软件分析后找出在肿瘤细胞中表达变化的蛋白质点,再用基质辅助激光解析电离飞行时间串联质谱（MALDI-TOF/TOF-MS）进行鉴定,共鉴定到9个具有2倍或2倍以上差异的蛋白质.这些表达差异的蛋白质参与了细胞分化、代谢及细胞信号传导过程．我们对其中5个蛋白质进行了实时定量PCR分析,对其中4个蛋白质的表达进行了免疫印迹验证．本试验为研究不同分化程度的鼻咽癌提供了一种蛋白质组研究方法,并且找到了galectin-1、annexin Ⅱ等一些可能与分化相关的蛋白质.这些数据对于研究鼻咽癌的生物学特性具有非常重要的意义．     

小鼠肝质膜蛋白质的生物信息学研究

随着高通量蛋白质组研究技术的发展,使用生物信息学方法对鉴定出的蛋白质进行批量的物理化学性质和功能属性的研究显得越来越重要．对2-DE分离的小鼠肝质膜中鉴定的209个蛋白质运用生物信息学方法进行了一系列的功能属性分析,包括统计分析ProtParam软件计算出的209个蛋白质的理论相对分子质量、等电点以及疏水值的分布情况,使用TMHMM预测蛋白质的跨膜区数目,运用系统发生谱方法预测蛋白质相互作用网络,根据其相互作用网络预测部分未知蛋白质的功能．     

免疫性肝纤维化大鼠肝非实质细胞蛋白质组分析

研究肝纤维化发生机制对治疗肝纤维化有重要意义.通过注射猪血清2,4,6和8周后构建纤维化程度S0-1,S2,S3-4及S4期的大鼠肝纤维化模型,采用Masson染色法检测大鼠肝脏的病理学变化.Percoll梯度密度离心富集肝非实质细胞.提取处理4和8周的大鼠肝非实质细胞蛋白,二维凝胶电泳分离,考马斯亮蓝（G250）染色.在第4周样本中鉴定到18个非冗余差异蛋白,通过进一步验证,PDIA3和NDUV蛋白质在蛋白表达水平及mRNA水平具有一致性.大鼠模型Western blot检测及人肝脏免疫组化检测验证PDIA3表达下调.本研究阐明不同时期大鼠肝纤维化模型和正常对照肝非实质细胞蛋白表达变化,揭示了有关肝纤维化进程的重要信息.     

2DE中IPG胶条转移到SDS-PAGE中的技术改进

2-维凝胶电泳(Two—dimensional gel electrophoresis,2DE)因其高通量、高分辨率等特点,被广泛用于蛋白质组的分离．然而,在蛋白质从第一向一固相(Immobilized pH gradients,IPG)胶条转移到第二向一十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶(Sodium dodecyl sulfate,SDS;Polyacrylamide gel electrophoresis．PAGE)时,常会引起蛋白质的损失．尤其是当将IPG胶条放入浓缩胶上时,在胶面不平、技术不熟练等情况下,常会在IPG胶条下引入气泡,导致蛋白质更多的损失．现将IPG胶条转移过程进行改进：先在第二向的十二烷基磺酸钠聚丙烯酰胺凝胶上加上薄薄的一层(约1～2mm厚)琼脂糖溶液,然后将IPG胶条转移上去,最后再封住胶条的上面．这样的转移不会引起气泡,可以大大提高实验的成功率及重复性,有利于蛋白质的转移(尤其是相对分子质量大于40kDa的蛋白质)．提高质谱鉴定的准确性．此法操作简便,可以减少因操作不熟练而带来的麻烦．     

2-DE技术中疏水性和碱性蛋白质的研究进展

双向凝胶电泳(2-DE)具有高分辨率、高通量等特点,已被广泛地用于蛋白质组的分离．但是它在分离疏水性蛋白质和碱性蛋白质时却遇到了极大的挑战．然而,疏水性与碱性蛋白质在全蛋白质中占相当大的比例,且具有很重要的生物学意义．因而,近年来,越来越多的研究者将目标瞄准这些蛋白质,并且取得了一些令人鼓舞的进展：用亚细胞预分离技术,顺序提取法等方法来富集疏水性蛋白质,用一些新的有效的增溶剂如硫脲,ASB一14等来改善疏水性蛋白质的溶解,应用这些技术2一DE可分辨出总平均疏水值达O．80的蛋白质;在碱性蛋白质分离方面,通过等电聚焦预处理,使用窄pH梯度胶条等大大地改善了碱性蛋白质在2-DE中的分离,能分辨出等电点达11．7的蛋白质．现对2-DE技术中疏水性和碱性蛋白质分离的研究进展进行综述．     

癌症差异蛋白质组学研究中样品分离和鉴定分析技术

随着人类基因组测序的完成,癌症研究的重点从基因组学转移到蛋白质组学研究中。癌症研究中的差异蛋白质组学技术也飞速发展,包括癌症样品制备、分离,蛋白质鉴定分析、蛋白质组定量研究和翻译后修饰研究等。这些技术极大地推动了与癌症相关的差异蛋白质组学研究,使蛋白质组学在癌症早期诊断、治疗,监测以及发现新药物治疗靶标方面发挥更大的作用。本文主要综述了近年来癌症差异蛋白质组学研究中样品分离和鉴定分析技术。     

鼠肝质膜蛋白质组研究的方法评估

细胞质膜是细胞中重要的细胞器, 在肝功能的发挥中具有非常重要的作用. 使用蔗糖密度梯度离心纯化细胞质膜, 通过电子显微镜观察和免疫印迹法检验膜的纯度. 结果显示, 与组织匀浆成分相比, 质膜富集了20倍, 线粒体的污染减少了约50%. 提取的蛋白质用二/一维凝胶电泳(2DE/1DE)分离、胰酶酶解、电喷雾四极杆飞行时间质谱(ESI-Q-TOF)和基质辅助激光解吸飞行时间串联质谱(MALDI-TOF-TOF)鉴定, 或者提取的蛋白质直接进行溶液内酶解、液相色谱串联电喷雾离子阱质谱(LC-LTQ)(鸟枪法)鉴定. 一共鉴定了547个非冗余蛋白质, 其中34%为质膜或质膜相关蛋白质. 优化和评估了质膜蛋白质组研究的方法, 且对鼠肝质膜蛋白质组进行了系统的分析.     

新型冠状病毒肺炎治疗药物监测研究进展

新型冠状病毒肺炎(简称"新冠肺炎")在全球持续蔓延,其治疗用药均为老药新用。但这些药物在新的适应症中的药代动力学参数缺乏,且很多患者需要使用血透和人工肺等可能影响药物浓度的治疗手段,因此急需对患者用药进行治疗药物监测(therapeutic drug monitoring, TDM),以提高临床用药的有效性,并降低其毒副作用。本研究对新冠肺炎患者使用的羟基氯喹、替考拉宁、阿比朵尔、克立芝(洛匹那韦/利托那韦, LPV/RTV)和万古霉素的治疗药物监测进行综述,包括各药在老适应症患者中的TDM研究进展、药物浓度检测的方法(主要是液相色谱串联质谱法)、血药浓度治疗窗以及这些药物在新冠肺炎患者中的TDM研究进展,以期为新冠肺炎TDM研究提供方法学的支持,为患者个体化用药提供理论依据。