基于第三代长读段测序数据解析蜜蜂球囊菌基因的可变剪切与可变腺苷酸化

【目的】蜜蜂球囊菌(Ascosphaera apis,简称球囊菌)是一种专性侵染蜜蜂幼虫的真菌病原,导致的白垩病是严重影响养蜂生产的顽疾,每年给养蜂业造成较大损失。本研究旨在基于已获得的第三代长读段测序数据对球囊菌菌丝(Aam)和孢子(Aas)中基因的可变剪切(alternative splicing,AS)和可变多聚腺苷酸化(alternative polyadenylation,APA)进行深入分析。【方法】利用Astalavista软件鉴定Aam和Aas中基因的AS事件类型。利用IGV浏览器对部分剪切异构体(isoform)的结构进行可视化。通过TAPIS pipeline对Aam和Aas中基因的APA位点进行鉴定。通过MEME软件对Aam和Aas中全长转录本的APA位点上游50bp的序列特征进行分析并对motif进行鉴定。【结果】在Aam中共鉴定到286次AS事件,包括162次RI(Retained intron),87次A3(Alternative 3'splice-site)、32次A5(Alternative 5'splice-site)和5次SE (Skipping exon);在Aas中共鉴定到559次AS事件,包括305次RI、155次A3、85次A5、13次SE和1次MEE (Mutually exclusive exon)。进一步分析发现,现有参考基因组上的多数注释基因结构并不完整;部分注释基因在菌丝和孢子中转录形成的isoform在数量和结构方面均存在差异;部分isoform在参考基因组中没有对应的注释基因。Aam中共鉴定到2748个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有1个APA位点的基因数量最多(726,26.42%);Aas中共鉴定到2768个基因含有1个及以上的APA位点,其中含有5个以上APA位点的基因数量最多(1180,42.63%)。部分基因在菌丝和孢子中含有不同的APA位点数。序列特征分析结果显示,球囊菌全长转录本的3'UTR的上下游表现出明显的碱基倾向性,U和A分别富集在3'UTR的上游和下游。此外,在球囊菌全长转录本的APA位点上游鉴定到4个motif,分别是UCUCCU、UCUUCU、CCCACC和CCCCCU。【结论】本研究通过对球囊菌菌丝和孢子中基因的AS和APA进行深入分析,揭示了球囊菌转录组的复杂性,为完善现有的基因组和转录组注释提供了宝贵信息,也为探究AS和APA在球囊菌的基因表达调控中的作用提供了关键基础。     

E-PASS评分系统用于评估老龄患者消化道手术后并发症和转归的临床价值研究

目的:评价日常活动和手术应激评估(Estimation of physiologic ability and surgical stress,E-PASS)系统用于评估老龄患者消化道手术后并发症和转归的临床价值。方法:回顾性分析2011年7月至2013年7月西京医院消化外科所有65岁以上的患者的临床资料,计算其中行消化道手术者的E-PASS评分,并记录这些患者术后并发症的发生情况和患者术后的住院时间。分析E-PASS评分和几项该评分未涉及的因素与老龄患者消化道手术后并发症的发病率、死亡率、住院时间的相关性。结果:研究共纳入1236例老龄行消化道手术的患者,其中521例发生术后并发症(42.15%),8例死亡(0.65%)。患者术前E-PASS评分系统中,三项评分均与术后住院时间相关,术前风险评分(Preoperative risk score,PRS)和综合风险评分(Comprehensive risk score,CRS)与术后并发症的发病率和死亡率显著相关(P均0.05)。E-PASS评分系统未包含的指标中,麻醉方法与术后并发症发生和住院时间无关,术后入ICU、术中使用血管活性药物和急诊手术与术后发病率、死亡率和住院时间相关(P均0.05)。结论:E-PASS评分系统可用于预测老龄患者行消化道手术后并发症的发生情况和转归,纳入术后入ICU、术中使用血管活性药物和急诊手术三项指标可能进一步提高E-PASS评分系统的预测准确性。     

一株嗜热链球菌产多糖条件的优化

使用单因素和正交试验设计相结合的方法对培养基配方及培养条件进行优化提高嗜热链球菌AR333的胞外多糖(exopolysaccharides,EPS)产量.获得最佳培养基配方为:脱脂乳粉15％(w/v)、半乳糖1％ (w/v)、大豆蛋白胨0.5％ (w/v)、磷酸氢二钾0.1％ (w/v).最佳培养条件为:接种量3％,40℃,初始pH6.5,发酵时间16 h.优化后嗜热链球菌AR333的EPS产量可达256.97mg/L,比优化前的产量提高了3.6倍.     

上海市食用菌重金属污染状况的研究

本文通过对上海不同区域的金针菇、蘑菇、平菇、鸡腿菇及香菇5种常见鲜食用菌进行实地抽样,采用微波消解前处理,电感耦合等离子体质谱法(ICP-MS)测定食用菌中铅(Pb)、砷(As)、汞(Hg)、镉(Cd)的含量,考察鲜食用菌的重金属污染状况.研究结果表明,不同食用菌中重金属的污染状况随其种类和地域的不同而呈现显著差异.As、Pb、Cd和Hg在食用菌中的平均含量分别为0.177 mg/kg、0.094 mg/kg、0.082 mg/kg和0.004 mg/kg,均低于GB 2762-2012《食品安全国家标准食品中污染物限量》中的限量标准,说明上海市售鲜食用菌的重金属含量总体上是安全的.但在这5种食用菌中,部分蘑菇样品中的砷残留存在安全风险,样品超标率为27.3%;但进一步研究表明,超标蘑菇样品中无机砷占总砷的比例仅为4.4%~6.3%,最高含量仅为0.370 mg/kg,以无机砷含量替代总砷含量进行考察,则这些样品也是食用安全的.虽然在不同地区的食用菌中,这4种重金属的含量有显著差异,但均低于国标限定值,说明在上海市不同地区出售的食用菌总体上是安全的,可以放心食用.     

纤溶酶系统与阿尔茨海默症

阿尔茨海默症(Alzheimer's disease,AD)是一种中枢神经系统进行性的退变疾病,其病因目前尚未确定。越来越多的遗传学和生物化学证据显示β淀粉样蛋白(amyloid β,Aβ)是AD发病的主要病理因子。本文介绍了大脑纤溶酶系统与Aβ相互作用的分子机理,通过上调大脑中纤溶酶的表达,可以清除Aβ,这可能为防治AD提供了新的治疗靶点。最新研究结果表明PAI-1的小分子抑制剂和他汀类药物可以通过纤溶酶系统来调控Aβ的降解,这类药物有望成为治疗和预防AD的新药。     

利用响应面法优化红谷霉素发酵培养基*

在摇瓶条件下,对链霉菌702发酵生产过程中的主要培养基组成对产红谷霉素影响进行的研究。试验采用响应面法优化摇瓶发酵培养基,利用全因子实验设计筛选出对链霉菌702产红谷霉素重要影响因子黄豆饼粉和工业蛋白胨,应用最陡爬坡实验法接近重要因子的最优水平,然后应用中心复合设计确定重要因子的最优水平。优化后的培养基组成为：玉米淀粉20g,玉米粉20g,葡萄糖20g,磷酸二氢钾0．3g,蛋白胨9g,黄豆饼粉23g,硝酸钾2．5g,硫酸铵2．5g,豆油5mL,氯化钠3g,碳酸钙6g,定容至1L。实验结果表明,采用优化后的培养基,其发酵液红谷霉素效价达到1,500μg／mL,比优化前提高了3.08倍。     

链霉菌降解角蛋白的生化机制研究*

对弗氏链霉菌S-221变种降解角蛋白的生化机制进行了初步研究。该菌在角蛋白底物作用下诱导产生角蛋白酶。它是一种复合蛋白酶,含有二硫键还原酶和多肽水解酶等多种酶活性组分。硫酸钠、亚硫酸钠和巯基乙醇对角蛋白酶具有强烈的激活作用,其主要表现作用于角蛋白酶中的二硫键还原酶。亚硫酸钠在0·01mol/L浓度下不仅作用于二硫键还原酶,而且还作用于多肽水解酶。硫代硫酸钠对二硫键还原酶有强烈的抑制作用。角蛋白酶降解羽毛角蛋白首先是角蛋白酶中的二硫键还原酶使角蛋白中二硫键裂解产生变性角蛋白,然后变性角蛋白在多肽水解酶的共同     

中药薰蒸在蛇伤后肢体功能障碍中的应用

中药薰蒸是将药物煎汤,趁热薰蒸患处,以达到疏通腠理、调和气血、清热解毒、消肿止痛等为目的的一种治疗方法。2001~2004年我科用中药薰蒸法辅助治疗蛇伤后致肢体功能障碍,促使其功能早日恢复,取得满意效果,现报告如下。1临床资料1·1一般资料选择在我科住院的76例蛇伤后均有关     

橡胶人工林养分循环通量及特征

对不同树龄的PR107无性系橡胶人工林N、P、K 3种元素的养分循环通量及特征进行了研究.结果表明:(1)橡胶林生态系统养分循环通量中养分总吸收量为315.28～949.13 kg/hm2,总存留量为282.78～714.51 kg/hm2,总归还量为32.50～205.74 kg/hm2,胶乳总损失量为10.18～37.73 kg/hm2,土壤中养分总输入量为111.73～652.79 kg/hm2,总输出量为315.28～949.13 kg/hm2,平均亏损量为-249.94 kg/hm2,各循环通量都随着树龄的增加而增大,其中3种养分元素的大小顺序均为N>K>P;(2)胶林生态系统养分循环特征参数中吸收系数随林分生长呈凸抛物线变化(先增大后减小),归还系数逐渐上升,存留系数不断下降,周转时间加快,而6a后,胶林的枯落物养分平衡指数与土壤养分平衡指数开始下降,胶园土壤养分收支失衡,另外,产胶对养分的利用效率在14a前后表现为先升高后降低;(3)不同元素循环特征参数有差异.吸收系数、归还系数中的大小顺序为N>P>K,存留系数为K>P>N,枯落物养分平衡指数为K>N>P,土壤养分平衡指数为P>N>K,养分利用率为P>K>N,表明N的流动性大,故循环速率最快,循环水平最高,其次是K,而P的循环速率最慢,水平最低.