梯棱羊肚菌全基因组SNP/Indel分析及基于Indel标记的遗传连锁图谱构建

基于梯棱羊肚菌Morchella importuna两个子囊孢子培养物的全基因组测序数据,对全基因组范围内的变异位点进行分析。共鉴定到18 438个变异位点,平均每Mbp的变异位点数量为361个;变异位点以单核苷酸多态性SNP为主,共计17 104个,基因组中SNP的频率为335SNPs/Mbp;Indel多态性位点1 334个,以2-10bp的插入缺失为主;73.4% SNP/Indel位于基因间隔区域,外显子区域共检测到3 042个变异位点,占总数的16.50%;对基因功能产生确定影响的移码突变有1 088个,占5.90%,错义突变916个,占比4.97%;不同Scaffold上的SNP/Indel出现频率不同,SNP频率最大的为Scaffold80,平均每Mbp包含2 856个SNP,频率最低为Scaffold60和Scaffold75,分别为16SNPs/Mbp和30SNPs/Mbp;对≥11bp的Indel变异位点进行标记开发和多态性群体分析,成功开发出75对Indel标记。采用原生质体单细胞分离技术,获得了梯棱羊肚菌M04的两个可亲和的同核体菌株M04P01和M04P40,同时采用来自M04子囊果的58个单孢菌株作为作图群体,初步构建了包含75个Indel标记和1个交配型基因的梯棱羊肚菌遗传连锁图谱,共获得12个连锁群,连锁群总长度273.7cM。     

ITS/CHS1靶位序列分析结合SRAP分子标记技术鉴定Nannizzia incurvata临床分离株

以转录间隔区（internal transcribed spacer,ITS）和几丁质合成酶1（chitinase synthase 1,CHS1）为鉴定靶位,结合种系进化分析将2007年至2016年分离自头癣或面癣患儿的12株石膏样小孢子菌复合体成员（现被归入Nannizzia菌属）鉴定到种水平,其中5株为Nannizzia gypsea（Microsporum gypseum）,另7株为Nannizzia incurvata（Microsporum incurvatum）。在此基础上,通过序列相关扩增多态性（SRAP）分子标记进一步证实二者在DNA多位点存在扩增多态性。本研究证实在我国湖北地区存在Nannizzia incurvata,为我国开展Nannizzia菌属的分子流行病学研究提供了实验室依据和支持。     

内固定与关节置换手术治疗骨质疏松性髋部骨折的临床效果及术后并发症的影响因素分析

目的:分析内固定与关节置换手术治疗骨质疏松性髋部骨折的临床效果及其术后并发症的影响因素。方法:将2017年4月至2018年5月因骨质疏松性髋部骨折于我院进行手术治疗的78例患者作为研究对象,参考患者自身意愿按照采取手术方案的不同将所有患者分为内固定组与关节置换组。内固定组主要采用动力髋螺钉内固定治疗;关节置换组采用全髋关节置换术治疗。对比分析两组治疗后并发症的发生情况及关节功能恢复程度。结果:关节置换组手术治疗后关节功能的恢复情况显著优于内固定组(P0.05),术后并发症发生率低于内固定组(P0.05);患者术后并发症发生的主要影响因素包括:术前存在合并症、手术时机≥2h、采用内固定手术。结论:与内固定术相比,关节置换手术治疗骨质疏松性髋部骨折患者的疗效和安全性均更高,但采用该手术治疗时需注意手术操作的规范性及手术时机。     

黄藤染色体核型及基因组大小分析

为探究黄藤(Daemonoropsjenkinsiana)染色体核型和基因组的大小,采用体细胞染色体常规制片法与显微摄影技术相结合的方法,对黄藤染色体进行了核型分析,同时以番茄(Lycopersicon esculentum)为内标,应用流式细胞术对黄藤叶片基因组大小、DNA含量和DNA倍性进行了测定。结果表明,黄藤茎尖是理想的染色体制片材料;黄藤的染色体数为2n=24,核型公式为K(2n)=1M+17m+5sm+1st,核型类型为2C;核型不对称系数61.20%;黄藤的DNA含量为1.57 pg,基因组大小为1 539.53 Mb,黄藤的DNA倍性为二倍体(2n)。这是首次报道黄藤的核型和基因组大小,为深入开展黄藤属及其近缘属植物的核型和基因组比较分析提供了参考依据。     

米卡芬净对分离自中国的念珠菌和曲霉临床株体外抑菌活性的研究

目的了解新型抗真菌药物米卡芬净(micafungin,MFG)对分离自中国的念珠菌和曲霉临床株的体外抑菌活性。方法参照CLSI(Clinical and Laboratory Standards Institute,以前为NCCLS)制定的M27-A2和M38-A方案测定86株念珠菌和35株曲霉的最低抑菌浓度(MIC)或最低有效浓度(MEC)。结果MFG对大多数念珠菌属和曲霉属均有较好的抑菌作用。对念珠菌属的MIC90从高到低依次为:氟康唑(FLC)敏感的白念珠菌、热带念珠菌、光滑念珠菌为0.125μg/ml,FLC耐药和剂量依赖敏感株为0.25μg/ml,克柔念珠菌为0.5μg/ml,近平滑念珠菌8μg/ml,季也蒙念珠菌>16μg/ml。MFG对烟曲霉的MEC90为≤0.03μg/ml,对非烟曲霉的曲霉属MEC90为0.06μg/ml。MFG与唑类药物、两性霉素B(AMB)不存在交叉耐药,对FLC耐药的念珠菌、伊曲康唑耐药的曲霉、AMB不敏感的曲霉均有好的抑菌活性。结论MFG对多数念珠菌属和曲霉属(包括对唑类耐药和AMB不敏感的菌株)有较好的体外抑菌作用。     

微生物源脂肽的生物合成和分子调控

微生物源脂肽具有抑制真菌和细菌的生长、抗病毒和抗肿瘤等多种生物活性,在农业生物防治、临床医疗、环境治理等多种领域具有巨大的应用潜力。然而,低产量一直是影响其推广应用的瓶颈。深入了解脂肽合成的关键因素和调控策略对于提高其产量和纯度至关重要。本文概括了3大家族脂肽surfactin、fengycin和iturin的结构、功能及应用前景,介绍了NRPS和NRPS-PKS两种合成系统的结构域和功能,阐释了脂肽生物合成过程中侧链脂肪酸的合成、脂肪酸的活化及与氨基酸的连接、肽链的延伸和环化三个阶段的模块组装和酶催化活动,以及三大家族脂肽合成操纵子开放阅读框的组成;总结了导入或缺失关键基因、定点突变、模块替换、强启动子替换、修饰前体路径等多种遗传操作对脂肽产量的影响,以及群体感应肽信息素、sigma因子等全局调控因子对脂肽合成基因表达的调节。指出利用多组学联用深入探讨脂肽合成的全局分子调控机制和加强结构域蛋白互作和分子动力学研究是提高脂肽产量和纯度以及创造新脂肽的理论基础,提出了利用基因组装和编辑等合成生物学方法及代谢工程技术提高脂肽产量和挖掘新型脂肽靶向性的可能途径,为推进脂肽的生产和应用进程提供科学参考。     

水葫芦苗(Halerpestes cymbalaris)的生长特征研究

以调查统计的方法在中国科学院海北定位站研究了高寒湿地植物水葫芦苗无性系的生长特征、形态特征以及能量分配规律。结果表明：匍匐茎只有1条的水葫芦苗最多,占35．29％,匍匐茎有4条的水葫芦苗只占8．82％。同一水葫芦苗无性系中,随着匍匐茎数目的增多,分株数、间隔子数、茎总长和匍匐茎比节问重变小。分株一般在第一级最高,末级较低;第1条匍匐茎的间隔子较长。随水葫芦苗匍匐茎数目的增多,用于无性繁殖的分株干重比例逐渐增加,用于有性繁殖的花的干重比例下降。水葫芦苗无性系这种生长特征、形态特征以及能量分配规律是其生物—生态学特性和所处高寒湿地生境共同决定的。     

虎纹捕鸟蛛毒素-Ⅰ突变体K3A-HWTX-Ⅰ的化学合成与生理活性分析

采用固相Ｆｍｏｃ法在自制自动蛋白质化学工作站上合成了其第３位赖氨酸（Ｋ３）被丙氨酸（Ａ）取代的虎纹捕鸟蛛毒素－Ⅰ的突变体Ｋ３Ａ－ＨＷＴＸ－Ⅰ．合成的突变体用Ｅｄｍａｎ降解和电喷雾质谱进行鉴定．Ｋ３Ａ－ＨＷＴＸ－Ⅰ经谷胱甘肽系统进行氧化复性后通过离子交换和反相ＨＰＬＣ纯化．活性分析结果表明,Ｋ３被Ａ取代后ＨＷＴＸ－Ⅰ的生物活性下降了８０％,提示Ｋ３与ＨＷＴＸ－Ⅰ的生物活性有一定的相关性     

基于PDB数据库的三个RNA二级结构预测软件评估

随着21世纪分子生物学研究的蓬勃发展,RNA二级结构预测成为其中一项重要内容。由于RNA二级结构预测的准确性最为关键,因此寻找高精度且易操作的二级结构预测工具显得非常重要。本文选取三种简单且易操作的二级结构预测软件,先基于PDB数据库收录的318个RNA发夹序列进行二级结构预测,进而通过比较预测结果与实验测定结果进行软件预测性能评估。比较结果显示,RNAstructure为三个软件中性能最优的RNA二级结构预测软件。     

共载体AAV-PR39-ADM治疗缺血性心脏病

目的:探讨共载体AAV-PR39-ADM分泌表达血管生成肽(PR39)与血管扩张肽(ADM)对SD大鼠心肌缺血再灌注损伤的作用。方法:选健康成年雄性SD大鼠36只,体重平均为280 g±20 g,随机分为假手术组(SO)、治疗组(TR)与对照组(I/R),每组各12只。治疗组大鼠心肌注射共载体AAV-PR39-ADM感染心肌7天后行B超检查,测量记录左室壁厚度及射血分数(EF%),左室收缩末压(LVSP),左室内压最大上升下降速率(±dp/dt max)评价作为心脏功能指标。对照组建立缺血再灌注损伤模型,假手术组只穿线不结扎且两组行相同检测。速取处死大鼠心肌行masson染色测量心肌梗死面积。结果:治疗组明显高于对照组,其射血分数、左室内收缩末压、最大上升速率,最大下降速率、梗死面积分别为:EF%(50.4±6.3),(29.8±10.5),P0.05;LVSP:(116±4.2),(101±3.7),P0.05;+dp/dt max:(2859±365),(2137±191),P0.05;-dp/dtmax:(2186±107),(1886±124),P0.05;IS%:(29.3±4.6),(24.6±2.2),P0.05。结论:共载体AAV-PR39-ADM能够显著恢复心肌缺血损伤引起的左室内压下降,提高心肌收缩能力,提高射血分数并明显缩小心肌梗死范围。