基于差异基因表达谱的Microbacterium sp. XT11降解黄原胶潜能挖掘

为挖掘微杆菌(Microbacterium sp.)XT11在黄原胶降解过程中起关键作用的功能基因,预测黄原胶降解通路,利用转录组测序技术对该菌株在不同碳源培养条件下的转录本进行测序,对差异基因进行功能富集分析。结果表明,菌株XT11以葡萄糖为对照组,以黄原胶为碳源时可获得上调差异基因213个。显著上调的基因主要富集在聚糖降解、淀粉和蔗糖代谢途径、ABC转运、苯丙氨酸代谢、丙酮酸代谢五个KEGG途径。碳水化合物活性酶(Carbohydrate-active enzymes, CAZymes)功能注释表明,位于同一基因簇上的4个CAZymes基因和黄原胶降解直接相关,其余的CAZymes基因具有潜在的黄原胶降解活性。此外,预测到磷酸转移酶系统(phosphotransferase system, PTS)和ABC转运途径(ABC transporters)参与了胞外黄原胶降解中间产物的跨膜转运。挖掘了菌株XT11中黄原胶降解过程中的功能基因,并阐述了菌株XT11的黄原胶降解通路。     

铁皮石斛对脾虚便秘小鼠肠道菌群多样性的影响

目的 探讨铁皮石斛对脾虚便秘小鼠肠道菌群的影响,为铁皮石斛对脾虚便秘的疗效机制及临床组方提供依据。方法 选取12只SPF级昆明小鼠随机分为正常组、模型组、铁皮石斛组和枳术汤组,每组3只。造模阶段正常组灌胃无菌水,模型组和治疗组采用番泻叶水煎液灌胃7 d后,限制饮食饮水8 d,建立脾虚便秘模型。造模成功后,正常组和模型组灌胃无菌水,治疗组分别以铁皮石斛和枳术汤水煎液干预5 d。治疗结束后,收集各组小鼠盲肠内容物样本进行16S rDNA高通量测序。结果 脾虚便秘小鼠排便量减少,粪便细小,干燥,质硬,呈黄色。铁皮石斛和枳术汤分别治疗后,小鼠排便量增加,粪便软硬适中,呈黑褐色。测序分析发现,正常组与铁皮石斛组的共有OTU数最多,与枳术汤组的共有OTU数最少。α-多样性指数与PCA结果表明,铁皮石斛组菌属结构较其余两组更接近正常组小鼠。物种相对丰度及组成结果表明,铁皮石斛增加了脾虚便秘小鼠双歧杆菌属相对丰度,抑制了乳杆菌属、拟杆菌属相对丰度,但对菌群丰度的调节作用不及枳术汤;LEfSe分析与随机森林分析鉴定出布劳特菌属和活泼瘤胃球菌是铁皮石斛组与其他组别的差异菌群。结论 铁皮石斛能恢复脾虚便秘小...     

基于MODIS数据模拟华北平原冬小麦农田生态系统的呼吸作用

为探讨华北平原冬小麦农田生态系统的呼吸作用, 利用2013—2017年河南省郑州市农业气象试验站的碳通量观测数据分析了冬小麦生长季的呼吸作用, 基于MODIS遥感数据讨论了该生态系统的环境因子并模拟了冬小麦的呼吸作用。结果表明: 冬小麦呼吸作用(观测值)和增强型植被指数(EVI)、陆地表面水分指数(LSWI)及地表温度(LST)存在较好的相关关系, 可以利用基于MODIS数据的呼吸模型模拟郑州地区冬小麦呼吸作用, 呼吸作用的模拟值白天要大于夜间, 在2013—2017年冬小麦研究阶段(年积日DOY=73—169)模拟的呼吸作用总累积量分别为472.18、477.02、490.43、482.90、487.37 g·m–2。研究表明, 基于MODIS数据模拟郑州地区冬小麦农田生态系统呼吸作用是合理可行的, 可为研究中国区域碳收支评估提供数据基础和技术理论支持。     

PHD2基因在鲸类低氧信号通路中的功能

为研究鲸类低氧适应的分子机制,文章克隆了不同低氧耐受能力的3个鲸类物种,抹香鲸(Physeter macrocephalus)、白鲸(Delphinapterus leucas)和长江江豚(Neophocaena phocaenoids asiaeorientalis)的脯氨酸羟化酶2(PHD2)。通过对其序列进行分析,发现3个物种PHD2的氨基酸序列非常保守。通过对这3个物种的PHD2的功能进行探究发现:3个物种的PHD2在常氧情况下均可以降解3个物种的HIF-α(包括HIF-1α和HIF-2α)蛋白,而在低氧(O₂浓度小于2%)情况下,PHD2则无法明显降解HIF-α蛋白。在常氧下,鲸类的PHD2降解HIF-α是依赖于识别鲸类的HIF-1α上LTLLAP和LEMLAP,HIF-2α的LAQLAP和LETLAP氨基酸片段,推测PHD2是通过对HIF-α序列中的脯氨酸位点进行羟基化修饰后,被VHL-E3泛素连接酶复合体所识别,发生泛素化降解。而在低氧条件下,PHD2的活性受到抑制HIF-α不能被VHL-E3泛素连接酶复合体识别,发生降解。研究对3种不同低氧耐受能力...     

猪轮状病毒感染小鼠肠道组织的转录组分析

猪轮状病毒（Porcine rotavirus,PoRV）是在世界范围内与严重腹泻疾病相关的主要肠道病原体,是新生仔猪肠炎和腹泻致死的重要原因之一。为了深入了解猪轮状病毒感染肠道后其致病机制以及引起宿主的抗病毒和修复机制,我们分别饲喂培养基和猪轮状病毒病毒液5d后,采取5 d、10 d、15 d、20 d、25 d小鼠空肠组织进行高通量转录组测序分析。利用基因本体论（Gene Ontology,GO）数据库功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析差异表达基因（Differentially Expressed Gene,DEGs）,选取部分差异表达基因,进行qRT-PCR验证。结果显示,与对照组相比,5个时间段上调DEGs有849个,下调DEGs有824个。对DEGs进行5个功能富集,有共同差异基因15个。这些差异表达基因广泛参与脂质合成与代谢、免疫、细胞增殖、细胞凋亡等活动,主要注释到PPAR、NOD-like、IL-17等信号通路中。qRT-PCR验证上皮细胞增殖相关基因PBLD、C...     

固相萃取与气相色谱⁃质谱法联用测定食用植物油和含脂肪食品中氯丙醇酯的方法验证研究

氯丙醇酯是国际上广泛关注的食品加工过程污染物,其水解产物氯丙醇对人体（特别是婴幼儿）危害风险较大。采用固相萃取与气相色谱-质谱（gas chromatography-mass spectrometry,GC-MS）联用技术,对食用植物油和含脂食品中的氯丙醇酯[3-氯-1,2-丙二醇脂肪酸酯（简称3-MCPD酯）和2-氯-1,3-丙二醇脂肪酸酯（简称2-MCPD酯）]进行检测。该方法准确度高（3-MCPD酯和2-MCPD酯的平均回收率分别为98.9%和96.5%)、灵敏度高(3-MCPD酯和2-MCPD酯的检出限分别为0.042 mg·kg^-1和0.058 mg·kg^-1)、重现性好(相对标准偏差均低于5%)。76批次监测样品中,3-MCPD酯和2-MCPD酯的含量分别为0.042~4.865 mg·kg^-1(平均值为0.773 mg·kg^-1)和0.058~2.592 mg·kg^-1(平均值为0.469 mg·kg^-1)。经机构间的协同验证和英国FAPAS样的能力验证,2种氯丙醇酯在0.200~3.000 mg·kg^-1范围内线性良好,为进一步研究奠定了基础,同时也为食品加工企业严格控制生产过程建立了一种可行的检测方法。     

人乳头瘤病毒研究的新进展

人乳头瘤病毒研究的新进展于修平,卞继峰（山东医科大学微生物学教研室,济南２５００１２）ＲｅｓｅａｒｃｈＰｒｏｇｒｅｓｓｏｎＨｕｍａｎＰａｐｉｌｌｏｍａＶｉｒｕｓｅｓ￥ＹｕＸｉｕｐｉｎｇ;ＢｉａｎＪｉｆｅｎｇ（ＤｅｐａｒｔｍｅｎｔｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌ...     

红穗醋栗色素理化性质的研究

本试验研究了红穗醋栗色素的理化性质,结果表明:红穗醋栗色素热稳定性很好,而光照对其有一定的降解作用。pH值对该色素影响明显,宜在酸性食品中应用。几种金属离子Na~ 、Ca~(2 )、Al~(3 )、Zn~(2 )。Cu~(2 )对该色素的色泽没有影响;而Fe~(3 )、Sn~(2 )则有不良影响。食品中常含的几种添加物葡萄糖、蔗糖、淀粉和抗坏血酸对该色素无不良影响。红穗醋栗色素对Na_2SO_3的还原性耐性较强,对H_2O_2的耐氧化性很差。防腐剂苯甲酸钠对该色素也有一定的不良影响。