猪轮状病毒感染小鼠肠道组织的转录组分析

猪轮状病毒（Porcine rotavirus,PoRV）是在世界范围内与严重腹泻疾病相关的主要肠道病原体,是新生仔猪肠炎和腹泻致死的重要原因之一。为了深入了解猪轮状病毒感染肠道后其致病机制以及引起宿主的抗病毒和修复机制,我们分别饲喂培养基和猪轮状病毒病毒液5d后,采取5 d、10 d、15 d、20 d、25 d小鼠空肠组织进行高通量转录组测序分析。利用基因本体论（Gene Ontology,GO）数据库功能富集分析、京都基因与基因组百科全书（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG）通路富集分析差异表达基因（Differentially Expressed Gene,DEGs）,选取部分差异表达基因,进行qRT-PCR验证。结果显示,与对照组相比,5个时间段上调DEGs有849个,下调DEGs有824个。对DEGs进行5个功能富集,有共同差异基因15个。这些差异表达基因广泛参与脂质合成与代谢、免疫、细胞增殖、细胞凋亡等活动,主要注释到PPAR、NOD-like、IL-17等信号通路中。qRT-PCR验证上皮细胞增殖相关基因PBLD、C...     

干酪乳杆菌刺激小鼠肠道的转录组学分析

干酪乳杆菌(Lactobacillus casei)刺激小鼠肠道后，利用高通量测序技术对干酪乳杆菌饲喂组和空白组小鼠的肠道组织进行分析，以期查询和验证干酪乳杆菌对肠道免疫的影响。转录组数据的生物信息学分析发现差异表达基因共751个，通过GO富集分析发现有14个基因与细胞免疫相关，聚焦在T细胞激活、细胞分化、免疫调节负调控等功能上。KEGG通路富集显示聚集在PPAR信号通路、B细胞受体信号通路和趋化因子信号通路。对基因的基本特性分析结果显示，14个基因分别定位在10条染色体上，蛋白的分子量介于11.37～83.45 kDa之间，等电点pI 4.42～11.36,均为不稳定脂溶性蛋白，并具有相关功能结构域。通过保守基序与结构分析发现Motif分布具有保守性，大部分基因含有2个内含子。qRT-PCR验证结果表明，14个基因中有6个基因(Ces1d、Lzts1、Paqr7、Aloxe3、Zbtb16、OX40)在不同时间的处理下整体表达水平较高。验证结果与转录组测序结果一致，且这些基因功能与细胞免疫相关，该结果为研究干酪乳杆菌对机体的免疫作用效果提供一定的理论依据。