Meta-Mesh——元基因组数据分析系统

随着元基因组数据的不断增多,建立一个包含高品质的元基因组样本(也称为"微生物群落")数据的集成化的分析平台成为可能,使得微生物群落样本能够被有效分析、比较与搜索,从中发现更加深入的生物学意义。然而,一方面目前大部分元基因组数据库仅仅提供了简单的数据存储,缺乏良好的样本注释或者仅仅提供了很少的分析功能。另一方面,用于计算微生物群落数据相似性的方法所能够接受的样本数据量非常有限。长期以来,科学家们一直在寻找有效的方法计算海量微生物群落之间的相似性,从而研究样本之间的相似度并发现元基因组数据信息的相关性。Meta-Mesh是一个全新的在线元基因组分析系统,它包括元基因组数据库和分析平台,可以对元基因组样本进行系统、有效地分析,并实现样本的群落结构比较和精确搜索。其中,元基因组数据库已经从公共领域和内部实验室收集了超过7 000个高品质、带有有效注释的样本。同时,Meta-Mesh的分析平台提供了多种在线分析工具,可以对元基因组样本进行群落的结构分析与注释,多角度比较,并能通过快速索引策略和群落结构相似性算法在数据库中高效搜索近似的样本。Meta-Mesh通过"人体微生物群落样本的数据库搜索识别"以及"基于相似度矩阵的样本的聚类"等一系列的元基因组研究案例证明了其分析方面的性能。作为一个在线的元基因组数据库和分析系统,Meta-Mesh将服务于元基因组样本的快速分析、识别、比对、搜索等相关领域。     

鸡IGFBP2基因3′UTR区1196C>A单核苷酸多态性的功能性鉴定及分析

鸡IGFBP2基因3′非编码区(3′UTR)1196CA单核苷酸多态性(SNP)与鸡的腹脂重和腹脂率显著相关.生物信息学分析显示,该SNP恰好位于gga-mi R-456-3p的一个潜在靶基因结合位点处,提示IGFBP2基因可能是gga-mi R-456-3p的一个靶基因,且该SNP位点可能影响gga-mi R-456-3p对IGFBP2基因表达的调控作用.为鉴定SNP 1196CA是否为功能性SNP,本研究分别构建了包含该SNP位点C或A等位基因的双荧光素酶报告基因载体,比较分析这两个等位基因在鸡胚成纤维细胞系(DF1)和鸡前脂肪细胞中对报告基因活性和表达的影响;利用mi RNA mimics和inhibitor分析gga-mi R-456-3p对不同等位基因报告基因活性以及内源性IGFBP2表达的影响.结果发现,在DF1细胞和鸡前脂肪细胞中,A等位基因的报告基因活性和表达均显著高于C等位基因(P0.05);gga-mi R-456-3p仅影响C等位基因的报告基因活性和表达,而对A等位基因的报告基因活性没有明显影响;gga-mi R-456-3p调控细胞内源性IGFBP2基因的m RNA和蛋白质表达.本研究证实IGFBP2基因是gga-mi R-456-3p的靶基因,其3′UTR区SNP 1196CA是一个功能性SNP,它影响gga-mi R-456-3p对鸡IGFBP2基因的表达调控作用.本研究结果对于鸡的分子辅助选择育种及IGFBP2基因在脂肪沉积中调控机制的阐明具有重要意义.     

树木年代学的研究进展

我国树木年代学研究自20世纪90年代以来取得了长足进展,尤其是树木年轮气候学研究已经在国际上有一定影响.然而,我国树木年代学研究发展相对不均衡,其他树木年轮分支学科的发展相对较弱.本文综述国内外树木年代学不同分支学科研究进展,对比我国树木年代学研究现状和国际研究概况,为我国树木年代学不同分支学科的研究提出建议.我国未来树木年轮气候学研究应在开展大量不同区域树木年轮气候学重建基础上,尝试选用不同数理方法和多树木年轮指标(宽度、密度、同位素和木材解剖学指标)进行长时间尺度和大空间范围重建工作,并通过诊断方法和过程模拟方式讨论重建时段的气候机制.     

青枣核果木枝叶石油醚部位脂溶性成分GC-MS分析

青枣核果木枝叶经溶剂提取法与硅胶柱层析法分离得到石油醚部位脂溶性成分A和B,采用气相色谱-质谱联用(GC-MS)技术用对其化学成分进行分离、鉴定及分析。从提取物A中鉴定了16种化学成分,主要为:角鲨烯(72.51%)、三十三烷(3.08%)、二十四烷(2.06%)。从提取物B中鉴定了16种成分,主要为:角鲨烯(47.82%)、棕榈酸乙酯(11.69%)、硬脂酸乙酯(5.43%)、木焦油酸乙酯(3.17%)、棕榈酸甲酯(3.14%)。本研究首次对青枣核果枝叶石油醚段脂溶性成分进行分析,表明青枣核果木枝叶中含有大量的活性成分角鲨烯。     

引起神经元“非周期敏感现象”的分岔机制

实验发现神经元平均发放率变化率在放电脉冲序列串(ISI序列)呈非周期节律时普遍大于ISI呈周期节律时的平均发放率变化率,称为“非周期敏感现象”。以HR神经元模型和胰腺β-细胞模型为例,在合适的参数改变量作用下观察到了“非周期敏感现象”,并进一步讨论了平均发放率变化率与ISI序列动力学性质的关系。发现当ISI序列经历混沌-周期分岔时“非周期敏感现象”表现明显,尤其在ISI序列经历从混沌到嵌入在混沌中的周期窗口的分岔时表现最为显著。进一步的分析表明周期窗口在整个混沌带中所占测度较大,故混沌．周期分岔及从混沌到嵌入在混沌中的周期窗口分岔是引起神经元“非周期敏感现象”的一种重要动力学机制。实验结果支持上述结论。     

高温胁迫对粉带扦插苗形态和生理特征的影响

对粉带扦插苗进行高温处理,研究高温胁迫对其外观形态和生理生化指标的影响。结果表明,35℃高温胁迫或40℃高温胁迫短时间(2d)内,扦插苗受害指数和大部分生理生化指标均与对照差异不显著,粉带未产生热伤害;40℃高温胁迫长时间(3d)或45℃高温胁迫短时间(2d)内,粉带产生较严重的热伤害,但植株仍能自我调节和恢复,受害指数、可溶性蛋白、可溶性糖、Pro、MDA含量、SOD和CAT活性均急剧上升,叶绿素、类胡萝卜素含量明显减少,POD活性略有降低;45℃高温胁迫3d,对粉带产生热伤害,各项生理生化指标急剧下降,40%的扦插苗整株萎蔫枯死,大部分植株已无法通过自身调节恢复。粉带叶片的叶绿素、Pro、MDA含量和POD活性在高温胁迫时变化明显,且4种指标与受害指数之间具有显著相关性,其相关系数绝对值均在0.88(P0.001)以上,可作为耐热性鉴定指标。     

亚心形四爿藻氢酶的稳定性及初步纯化

亚心形四爿藻Tetraselmis subcordiformis是一种具有高产氢能力的海洋绿藻,在厌氧环境中经暗诱导调控,可进行一定时间的连续产氢。氢酶是亚心形四爿藻进行光合产氢的关键酶,本文研究了在厌氧环境中连二亚硫酸钠、β-巯基乙醇和丙三醇等试剂对氢酶的稳定性影响,考察了硫酸铵分级沉淀对氢酶的纯化效果及回收情况。结果表明,连二亚硫酸钠和丙三醇均能对氢酶起到较好的保护作用。60%～70%饱和度硫酸铵沉淀出的蛋白样品比酶活较高,且所含其他蛋白较少,可用于氢酶的进一步纯化。     

棘托竹荪菌托的化学成分及抑菌活性研究(Ⅰ)

用水蒸汽蒸馏法提取棘托竹荪菌托干品挥发油,得率为0.081%;用石油醚冷浸提菌托鲜品,得率为0.414%。应用GC-MS对提取物的化学成分进行研究,用HP-5MS柱分离,质谱法分别鉴定出41种和20种成分,其中有35种成分是首次从竹荪属中检测到的,其主要成分为:脂肪酸、醇、酮、倍半萜、芳香烃、酯等。提取物的抑菌效果:挥发油>石油醚提取物。挥发油对受试的霉菌、酵母菌、细菌都有强的抑制作用。     

ZUNG 抑郁量表在冠心病诊断中的作用

目的：研究ZUNG量表在冠心病中的诊断作用。方法：对临床上所有怀疑冠心病的患者并行冠状动脉造影检查,术前给予ZUNG量表进行评价,同时对40健康人进行ZUNG量表评价,所有住院患者同时进行ECG,HOLTER检查及病史方面评价。结果：①在无高危因素和ECG客观检查正常的患者中ZUNG量表积分明显增高,且抑郁症的检出率高于其他各组,而冠心病检出率却低于除健康对照组的其他各组。②相关性分析：ZUNG量表积分与冠脉病变积分无相关关系。冠心病的患者中抑郁的检出率高于非冠心病组。存在高危因素的患者的抑郁检出率高于健康对照组。结论：ZUNG量表在冠心病的鉴别诊断,尤其排除抑郁导致胸痛,是一项比较有意义的检查手段。     

农产品SPS特别贸易关注分析与应对建议

利用世界贸易组织信息系统数据,在对1995—2016年卫生与植物卫生相关的特别贸易关注分析的基础上,重点研究了与中国农产品贸易相关的特别贸易关注及其特点,就推动中国农产品卫生与植物卫生贸易关注解决提出建议。