生物学工具包概述

对于用户而言,生物学工具包指什么？生物学工具包就是整合到一起的软件包,可以在处理器上运行生物学信息。常见的生物学工具包有BioJava、BioPerl、BioPython和BioRuby。这些工具相应的计算机语言——Java、Perl、Python和Ruby——是无法理解科学研究信息的。然而,其组合而成的工具包却能够理解那些信息背后所代表的化学、生物或其它学科的含义。这些计算机语言不同于人类语言,它们只是生硬地揭示标准和变化。而工具包则可以通过代码揭开计算机语言所蕴含的深层含义,找到通往答案的途径。     

FS2M01.pl,转换片段大小表为0/1矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本———FS2M01.pl来实现片段大小表向0/1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0/1矩阵的问题。     

一种高效自动化的转录组差异性表达分析方法

差异性表达分析是转录组研究的核心目标之一,对于揭示基因功能和调控规律具有重要意义。但该分析属于多步迭代且耗时较长的计算密集型过程,软件之间具有复杂的数据依赖关系,输入输出格式不尽相同。传统方式下,软件安装与使用复杂、繁琐的手动操作、分析环境的不易迁移以及无法按需集成都是有待解决的关键问题。针对上述问题,文中首次将云开源项目Docker容器技术应用于生物信息领域,提出一种高效自动化的转录组差异性表达分析方法。首先将最佳实践流程在Docker容器中内置与集成,其次多脚本联动与Web服务相结合,最后形成一个轻量级、易迁移、高效自动化的转录组差异性表达分析"黑匣子"。实验结果表明,与传统方式相比,该方法的分析时间缩短约72%,效率提升2倍多,为研究人员提供了更高效的技术支持。     

Perl语言环境下XML文档解析方法

数据准备是生物信息学研究中的重要步骤,数据准备过程中常常需要进行复杂的数据解析。本文详尽地描述了在Perl语言环境下如何利用XML::Smart模块对NCBI发布的同源基因数据集HomoloGene进行解析提取其中目标数据的方法及其技巧。对单个XML项目用对象实例-{‘项目名’}解析;对同层有多个项目的情况用对象数组解析。     

ChooseMaterials.pl，控制变量挑选实验材料的perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本--ChooseMaterials．pl,通过计算两个材料特定某几列数据之间增加或减少的百分数水平,达到控制变量突出关键因子的作用,方便生物学工作者选取材料,做进一步的实验或分析。     

Enrich_analysis.pl,差异表达基因富集分析的perl脚本

如何从庞大的基因表达数据库里挖掘出有价值的信息,并做出科学的生物学诠释,是基因表达分析领域的重要挑战。富集分析为解决这一问题提出了合理的方案。用Perl语言写了一个脚本——Enrich_analysis.pl,可根据基因注释信息进行基因富集分析,并利用Fisher's Exact Test做检验。富集分析先根据生物学知识将基因归类,然后进行基因差异表达分析,提高数据的可解释性。并利用3篇SCI文章的差异基因数据,对本perl脚本进行了对比测试,证明本perl脚本算法正确可靠。     

用Perl实现在Windows下本地化运行BLAST

通过编写Perl脚本实现BLAST的本地化运行,使不懂编程的人也能在windows下进行自己的BLAST。     

基于Perl语言的序列同源性分析过程自动化的实现

Perl语言已经成为用于生物信息学应用程序开发最流行的语言。为了简化本地的序列同源性分析过程,作者基于Perl语言设计开发了序列同源性分析的自动化程序,该程序具有无需编译、可移植性好、简单易用等优点,大大提高了工作效率,充分体现了Perl语言在生物信息学研究中所具备的优势。     

FS2M01．pl，转换片段大小表为0／0矩阵的Perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本——FS2M01．pl来实现片段大小表向0／1矩阵的转换,解决了由人工方法将遗传图谱的位点信息转换成0／1矩阵的问题。     

基于Perl脚本在NCBI网站自动或批量获取物种信息

根据物种学名、分类号、任意一段核酸或蛋白质的序列,判定其属于什么物种及其详细分类的信息如何,是生物信息分析的最为基础且重要的环节,但该过程的分析及结果的获取均为手动,费时费力且容易出错。本研究旨在解决如何在NCBI网站上自动或批量获取物种信息。通过解析NCBI在线BLAST结果及其网页源程序特点,利用Perl语言编写自动化脚本,以达到批量获取查询或比对结果的物种分类信息。本研究编写的Perl语言脚本可解决序列在NCBI在线比对后自动或批量获取物种的分类信息问题,适用于细菌、真菌、动物、植物等物种学名、分类号、核酸或蛋白质的任意序列,可以为同行生物数据分析提供参考。