ChooseMaterials.pl，控制变量挑选实验材料的perl脚本

用Perl语言编写了一个脚本--ChooseMaterials．pl,通过计算两个材料特定某几列数据之间增加或减少的百分数水平,达到控制变量突出关键因子的作用,方便生物学工作者选取材料,做进一步的实验或分析。     

Enrich_analysis.pl,差异表达基因富集分析的perl脚本

如何从庞大的基因表达数据库里挖掘出有价值的信息,并做出科学的生物学诠释,是基因表达分析领域的重要挑战。富集分析为解决这一问题提出了合理的方案。用Perl语言写了一个脚本——Enrich_analysis.pl,可根据基因注释信息进行基因富集分析,并利用Fisher's Exact Test做检验。富集分析先根据生物学知识将基因归类,然后进行基因差异表达分析,提高数据的可解释性。并利用3篇SCI文章的差异基因数据,对本perl脚本进行了对比测试,证明本perl脚本算法正确可靠。     

利用荧光指示分子IeGFP比较vip3A和cry1Ia基因启动子活性

苏云金芽孢杆菌（Bt）的Vip3A和Cry1Ia蛋白质序列无同源性,但具有其他相似的特征,例如在孢子形成早期合成,然后跨膜转运至胞外。本研究以新型融合荧光蛋白IeGFP为报告分子,比较vip3A（Pv）和cry1Ia基因（Pi）启动子的调控模式和活性。结果表明,在大肠杆菌中,两者均为组成型启动子。通过荧光信号强度的比较发现,在大肠杆菌中,Pi活性显著强于乳糖操纵子调节基因启动子（PlacI, P<0.01）,但比PlacI增强型突变体（PlacIq, P<0.01）和cry1Ac基因启动子（Pac, P<0.01）弱。在3个Bt启动子中,Pv活性最弱,接菌12 h后,与PlacI接近（P>0.05）。在Bt菌株中,Pv对IeGFP的表达调控与之前报道的Pi相似。启动子的Shine-Dalgarno（SD）序列与目的基因起始密码子（AUG）之间的间隔区域在调节细菌的蛋白质翻译效率方面发挥重要作用。本研究中构建的大部分Pv与Iegfp基因的间隔区域突变,均导致相应大肠杆菌和Bt细胞的荧光强度显著降低（P<0.05）,说明融合荧光蛋白IeGFP具有较好的灵敏度。该研究不仅确定了2种启动子在Bt和大肠杆菌中的活性,而且验证了IeGFP指示弱启动子活性的可行性。     

孔雀石绿脱色菌的分离鉴定及染料脱色后毒性研究

【目的】从印染污水处理厂污泥中筛选孔雀石绿脱色菌,并分析比较染料脱色前后毒性。【方法】采用平板稀释涂布法筛选分离纯化菌株,通过扫描电镜、16S r RNA基因序列分析对菌株进行初步鉴定,采用蚕豆根尖微核毒性试验和小球藻毒性试验对染料脱色前后毒性进行分析。【结果】从印染污水处理厂污泥中筛选出一株高效孔雀石绿脱色菌。经过16S r RNA基因序列分析,鉴定该菌株为Klebsiella sp.JD。菌株的菌落边缘规则,圆形,灰白色粘稠,以接种环挑之,易拉成丝,表面光滑。通过对比小球藻在脱色前后的生长率和抑制率以及蚕豆微核率和污染指数分析出脱色后的染料毒性大大降低。【结论】筛选得到一株新的孔雀石绿脱色菌,该菌降解效率高,可降低染料毒性,对修复染料污染的水体有一定的现实意义。